В случае войны Брестская крепость должна была стать базой обеспечения полевых войск, действующих западнее Буга. Ее стратегическое значение еще более возросло в связи с тем, что город стал крупным узлом коммуникаций. Здесь же с началом мобилизации планировалось формировать подразделения для пополнения гарнизонов крепостей первой линии. Согласно союзному договору с Францией русская армия, проведя мобилизацию под прикрытием укреплений, должна была перейти к наступательным операциям в направлении Берлина или Вены. План развития крепостей, утвержденный в 1898 г. военным министром генералом Куропаткиным, предусматривал проведение крупных фортификационных работ в западных областях страны. В том же году в районе Белостока и Брест-Литовска вновь проходили маневры Варшавского и Виленского округов. Однако интересы России на Дальнем Востоке и назревавший конфликт с Японией вынудили направить основные усилия на строительство крепости Порт-Артур, модернизацию укреплений Владивостока и Николаева-на-Амуре.
До начала русско-японской войны вследствие урезанного финансирования в Брест-Литовской крепости успели лишь приступить к возведению в северо-восточном секторе бетонного форта X по проекту генерала Величко. Он находился в двух километрах восточнее фортов III и IX и стал первым самостоятельным опорным пунктом, вынесенным за пределы общей оборонительной линии. Форт имел в плане начертание трапеции, один вал, приспособленный для стрелков, в углах которого располагались барбеты для легких орудий, выкатываемых из специальных убежищ.
В 1905 г. крепостное воздухоплавательное отделение развернулось в батальон, который размещался на Западном острове.
Поражение в войне с Японией, давшее толчок к началу первой русской революции 1905–1907 гг., затормозило крепостное строительство в России. Различными комиссиями усиленно изучался опыт обороны Порт-Артура, рассматривались вопросы реорганизации старых и проектирования новых укреплений. В Брест-Литовской крепости в то время велись работы только в форту V: капониры, казематы, потерны перестраивались по старому проекту, но из бетона; на валу появились пять двухъярусных казематов для прислуги противоштурмовых орудий.
Громким эхом прогремели события Кровавого воскресенья 9 января 1905 г. Стачки и вооруженные выступления проходили по всей империи, в том числе на бывшей территории Речи Посполитой. Активно митинговали и бастовали рабочие и железнодорожники Брест-Литовска. Революционный дух не минул и солдат гарнизона, хотя командиры старалось максимально изолировать их от гражданского населения. В армии был реализован ряд мероприятий по материальному обеспечению военнослужащих, в частности повышено жалование нижним чинам. Солдатам стали выдавать постельные принадлежности, полотенца и носовые платки.
24 ноября 1905 г. рота крепостной артиллерии во главе со старшим писарем А.И. Александровым организовала митинг, в котором приняли участие 7, 11, 12, 15 и 16-я роты. Солдаты требовали освободить кронштадтских матросов, отбывавших наказание в Брестской крепости, и солдат-агитаторов гарнизона, сократить срок службы, улучшить бытовые условия, разрешить «свободные отлучки после занятий и переклички», а также «беспрепятственное курение табаку». На дверях столовых, на центральном проходе Цитадели и в других местах были расклеены воззвания, призывавшие требовать «свободной жизни солдат», объявить забастовку, не подчиняться начальникам и не выполнять служебные обязанности. Брестская военно-революционная организация РСДРП выпустила и распространила воззвания «К солдатам Брест-Литовской крепости», «Ко всем солдатам Брест-Литовской крепости и гарнизона», листовку «26 требований солдат к начальству». Выступление артиллеристов не поддержала пехота. В течение трех дней энергичными действиями коменданта крепости генерала Лазарева волнения были прекращены. Печатавшие листовки на штабной пишущей машинке писари А.И. Александров и П.И. Горохов пошли на каторгу. Командование вынуждено было удовлетворить некоторые требования: демобилизовать солдат сверхсрочной службы, улучшить питание.
Строгая дисциплина, изолированная от города жизнь гарнизона, по признанию одного из агитаторов, бомбардира М.Н. Коковихина, «затрудняли партийную работу». Однако весной 1906 г. войска были выведены в летние лагеря в район полигона у форта IV. Здесь в полках развернули пропаганду представители различных социалистических партий, призывавших к борьбе с царизмом, обещавших землю, свободу и всеобщую революцию. Особо благодатную почву эти «семена» нашли во 2-м осадном артиллерийском полку, где обстановка была доведена до взрывоопасного состояния.
«8 июля 1906 года, — вспоминал М. Коковихин, после вечерней поверки, около 10 часов вечера, на шоссе, шагах в ста от палаток, небольшая группа солдат без всякого повода крикнула «ура». Этот крик, раздавшийся во внеурочное время, остальные солдаты восприняли как сигнал к восстанию, о котором говорили им агитаторы. Возгласы «ура» повторились в разных концах лагеря, пока их не подхватили все артиллеристы — две тысячи человек».
Однако обещанной революции не произошло. Другие воинские части выступление не поддержали: «Когда артиллеристы узнали, что крепостная пехота не хочет присоединиться к восстанию, их обуяла ярость (агитаторы говорили раньше, что солдаты крепостной пехоты ждут только сигнала к восстанию).. Раздался крик; «В ружье!» Солдаты крепостной артиллерии ринулись к палаткам, захватили винтовки и патроны, выбежали на шоссе и открыли пальбу по лагерям пехоты, находившимся на расстоянии 1–2 км. Стрельба продолжалась до тех пор, пока не иссякли патроны караульного запаса». После чего артиллеристы бросились бить офицеров, но к этому времени командиры и начальник крепостной артиллерии генерал Иванов успели бежать в Цитадель. Разочарованные солдаты сожгли помещение лагерного офицерского собрания и разгромили солдатскую лавку.
Наутро боевой пыл угас, отрезвевшие «повстанцы» поодиночке и мелкими группами начали перебегать в крепость. Оставшиеся в лагере 10 июля были окружены войсками и сдались без сопротивления, 700 участников выступления были арестованы. Их собрали в десятом форту, где в течение полутора месяцев велись допросы. Большинство солдат было отпущено. Суду подверглось 32 человека, из которых пятерых оправдали, остальных приговорили к каторжным работам и отправили в арестантские роты.
По окончании русско-японской войны с Дальнего Востока в район Брест-Литовска прибыла 38-я пехотная дивизия, ранее дислоцировавшаяся в Закавказье.
К инженерному обеспечению западной границы обратились вновь в 1907 г., когда наряду с вопросами модернизации либо упразднения уже существующих крепостей возникла концепция создания новой крепости в Гродно, стратегическое значение которой вытекало из ее флангового положения относительно направления движения вероятного противника на Брест-Литовск. Разрабатывались новые проекты фортов, из которых к реализации были рекомендованы три: генералов Величко, Буйницкого и полковника Малкова-Панина. Общим в этих проектах, разосланных Главным инженерным управлением во все крепости в качестве руководства, была заложенная в них возможность поэтапного развития форта, что позволяло строить укрепления в течение нескольких сезонов по мере поступления денежных средств при сохранении определенного уровня обороноспособности.
В 1909 г. под руководством военного министра генерала В.А. Сухомлинова был составлен новый план дислокации войск и стратегического развертывания армий на случай войны, так называемое «19-е расписание». В связи с этим встал вопрос и об использовании крепостей. Предложено было упразднить Варшавский укрепленный район и Ивангород, оставив лишь крепость Новогеоргиевск, а рубеж стратегического развертывания перенести вглубь страны на линию модернизированной крепости Ковно, Брест-Литовска, вновь построенной крепости Гродно. Среди ряда мероприятий предусматривалось усовершенствование Брест-Литовской крепости путем возведения второго кольца фортов на удалении 9–9,5 км от Цитадели. Год спустя были упразднены все резервные войска и крепостная пехота. Существовавшие 27 резервных бригад и 9 крепостных пехотных полков были сведены в 7 полевых пехотных дивизий нормального состава. Брест-Литовские полки составили 48-ю пехотную дивизию, которая вскоре убыла в Казанский военный округ. Это решение, оставившее фортификации без специально обученной пехоты, являлось малооправданным, поскольку опыт войн свидетельствовал, что позиции лучше защищают те войска, которые их знают. 2-я пехотная дивизия вошла в состав вновь учрежденного XXII армейского корпуса, выдвинутого к германской границе.
Всего в Варшавском военном округе дислоцировались теперь 10 дивизий, которые входили в состав пяти корпусов, образовывавших в случае войны 2-ю армию Северо-Западного фронта (деление войск в западных губерниях на два фронта — Германский и Австрийский — было предусмотрено еще в 1902 г.).
Развернувшееся в начале XX в. строительство управляемых аэростатов в Германии, Франции и Италии и значительные по тому времени достижения этих летательных аппаратов, которые могли играть важную роль при ведении боевых действий, заставили серьезно задуматься над этим вопросом русское военное ведомство.
В 1906 г. начальник Главного инженерного управления, докладывая военному министру о необходимости иметь на вооружении дирижабли, подчеркивал, что «армии, снабженные подобными аппаратами, будут обладать могущественным средством для производства рекогносцировок и могут нанести тяжелый моральный ущерб армиям, не имеющим таков