1712 г. — После участия в военных действиях на севере Германии Брюс заканчивает свою военную службу.
1717 г. — При учреждении коллегий Пётр I назначает Брюса президентом Берг — и Мануфактур — коллегий.
1718 г. — Брюс принимает участие в Аландском конгрессе во время переговоров о мире.
1721 г. — Брюс вместе с Остерманом подписывает от имени России Ништадтский мирный договор. По возвращении в Петербург получает достоинство графа Российской империи и поместье из 500 крестьянских дворов.
1726 г. — Брюс в звании генерал-фельдмаршала выходит в отставку и поселяется в своём поместье Глинки в 42 верстах от Москвы.
1726—1735 гг. — Брюс постоянно живёт в Глинках, изредка наезжая в Москву и предаваясь исключительно научным занятиям.
19.04.1735 г. Смерть Якова Вилимовича Брюса. Похоронен в Немецкой слободе в Москве. Брюс не имел детей, поэтому его графский титул унаследовал племянник — Александр Романович.