Те же старообрядцы, помня о гонениях ещё допетровских времен, часто предпочитали селиться как можно дальше от столицы и бдительного ока правительства. Многие жили в разрозненных общинах, которые связи друг с другом не поддерживали. Пётр I в 1715 году ввёл для старообрядцев двойной налог, шедший в казну Святейшего Синода, а переплачивать многие не хотели и «маскировались» под православных. Отменили налог только в 1782 году, и это привело к тому, что уже сама каноническая православная церковь, не желая терять налог, не желала, чтобы раскольники официально покидали ряды её прихожан. При этом в некоторых случаях из-за продолжавшихся притеснений сами старообрядцы предпочитали по-прежнему числиться православными, и за это право консистории брали с них деньги.
При Николае I, ревностном стороннике канонической православной церкви, гонения только усилились. Староверам запрещали строить церкви, а венчание, проведённое согласно их обрядам, законным не считалось, соответственно возникали проблемы с внесением метрических данных о детях и получением наследства. Из-за непризнания законности брака дети считались внебрачными, а Николай I в битве за нравственность подданных ограничил в правах их незаконнорожденных отпрысков. Браки староверов стали официально признавать только с 1878 года. В итоге старообрядчество ушло в глубокое подполье, но не исчезло, и гонения дали интересный результат. Они способствовали сплочению единоверцев, взаимовыручке и налаживанию тесных экономических связей. Староверов было особенно много не только среди крестьянских общин, но и купечества. Многие крупные промышленники и дельцы были либо староверами, либо их потомками.
Религиозные взгляды староверов отличались от канонических не так уж сильно, а различия крылись преимущественно в проведении ритуалов. Быт был подчёркнуто строгий, излишества не поощрялись. Браки заключались обычно по воле родителей, а женихов и невест выбирали из числа единоверцев. Сельские староверы были консервативнее городских и ревностнее относились к соблюдению всех традиций. Женская одежда (особенно сарафаны) имела либо 17 пуговиц (по аналогии 17 пророчествами об Иисусе), либо 22 (22 книги Ветхого Завета). Мужская одежда часто имела застежку на противоположную сторону (как у женской), и на ней было 3, 5 или 7 пуговиц. Существовала молитвенная одежда, которую хранили и стирали отдельно от остальной. В городах этому предавали меньше значения.
Неоднозначной репутацией пользовалась секта хлыстов (они же христоверы и божьи люди). Предположительно, название связано с самобичеванием во время религиозных обрядов — радений. Основатель сектыкрестьянин Костромской губернии Данила Филиппов утверждал, что в 1645 году на горе Городина, что близ Мурома, сошёл на землю бог Саваоф. Там же он вселился в его, Филиппова, бренное тело и дал людям 12 новых заповедей. Главу общины («корабля») называли Христом (у каждой был свой собственный). Также выбирали и Богородицу. Название «корабль» сектанты могли трактовать так: община — судно духовного спасения, которое ведут Святой Дух и кормчий Иисус по волнам неблагочестивого мира. Удивительно, но в историю Филиппова поверило немало людей, включая бояр, и долгое время с «хлыстовщиной» не боролись вообще. Первые судебные процессы начались только в 1716 году, и искоренить эту ересь до революции так и не удавалось.
Ещё более опасной оказалась секта скопцов, которая считается продолжательницей дела христоверов. Если в перечне заповедей хлыстов есть «Не женимые не женитесь, а женимые разженитесь, и с женою как с сестрою живите», то скопцы, как видно из названия, пошли дальше и занялись во всех смыслах членовредительством. Женщины отрезали себе груди и делали обрезание, мужчины проходили обряд кастрации («малая печать»), а иногда ещё и оскопления («большая печать»). Скопцы ратовали за максимально аскетичный образ жизни, отказ от сквернословия, мяса, алкоголя, табака, чая, кофе, любых телесных радостей. Основатель секты — беглый крепостной Кондратий Селиванов, сначала примкнул к хлыстам, но проповедовал аскетизм, который даже по меркам «божьих людей» был слишком радикален, поэтому скитался Селиванов от корабля к кораблю, пока в одном из них не встретил единомышленника — Александра Шилова. Тот, возомнив себя новым Иоаном Крестителем, сначала отсёк всё «лишнее» себе, а затем и товарищу. Дурной пример оказался заразителен, и членовредительством занялись и другие «пассажиры» этого корабля. Наиболее здравомыслящие хлысты пришли в ужас и выдали Селиванова полиции. Смутьяна несколько раз отправляли в крепости и ссылки, откуда он благополучно сбегал и вновь начинал сеять ересь. При Александре I Селиванова выпустили на поруки, под надзор почитателя А. М. Елянского, который ранее был камергером польского короля, и проповеди продолжились. Последователи стали со временем утверждать, что помимо прочего Селиванов — ещё и чудом выживший император Пётр III, который оскопил себя, чтобы избавиться от притязаний развратной супруги. Адепты заочно записывали в свои ряды многих аристократов и даже монарших особ. Удивительно, но в то, что звучит как бред сумасшедшего, поверило немало людей.
После смерти Селиванова его последователи продолжили калечить «новобранцев». «Греховные» части тела перевязывали, а затем отсекали со словами «Христос воскресе!», а затем рану прижигали или смазывали мазью. Во время религиозных церемоний сектанты пели, хлопали в ладоши, скакали, пока с них не начинал лить градом пот, и это называли «духовной баней». Некоторые адепты были привлечены проповедями, некоторые соблазнены деньгами. В. А. Гиляровский в книге «Москва и москвичи» приводит историю купцов Ляпиных, один из которых таким образом получил стартовый капитал. «Братья Ляпины — старики, почти одногодки. Старший — Михаил Иллиодорович — толстый, обрюзгший, малоподвижный, с желтоватым лицом, на котором, выражаясь словами Аркашки Счастливцева, вместо волос “какие-то перья растут”. Младший — Николай — энергичный, бородатый, был полной противоположностью брату. Они, холостяки, вдвоём занимали особняк с зимним садом. Ляпины обладали хорошим состоянием и тратили его на благотворительные дела… История Ляпиных легендарная, и зря ее не рассказывали всякому купцы, знавшие Ляпиных смолоду. Ляпины родом крестьяне не то тамбовские, не то саратовские. Старший в юности служил у прасола и гонял гурты в Москву. Как-то в Моршанске, во время одного из своих путешествий, он познакомился со скопцами, и те уговорили его перейти в их секту, предлагая за это большие деньги. Склонили его на операцию, но случилось, что сделали только половину операции, и, вручив часть обещанной суммы, докончить операцию решили через год и тогда же и уплатить остальное. Но на полученную сумму Ляпин за год успел разбогатеть и отказался от денег и операции».
О взаимоотношениях обоих сект упоминается в романе В. В. Крестовского «Петербургские трущобы». «Многочисленная тайная секта хлыстов всегда оставалась, да чуть ли и по сей день ещё не остается, чем-то странным и загадочным для нашего официального мира. Основанная ещё при царе Алексее Михайловиче, она постоянно стремилась захватывать в недра свои людей всех классов и сословий, не ограничиваясь, подобно прочим, одним только крестьянством да купечеством. В 1734 году Анна Иоанновна издала указ, из которого ясно можно заметить, что в то уже время хлыстовская секта начинала сильно тревожить этот официальный мир своим необычайно быстрым развитием. “Разного звания духовных и светских чинов люди обоего пола, — писалось в этом указе, — князья и княгини, бояре и боярыни и другие разных чинов помещики и помещицы, архимандриты и настоятели монастырей, а также и целые монастыри обоего пола, как например Ивановский и Девичий в Москве, все это сполна принадлежало к хлыстовской секте, все это составляло “согласие” божиих людей, поклоняющихся богу живому”. Поповщинские и беспоповщинские согласия, по преимуществу, тяготеют к Москве; веры же “божьих людей”, то есть хлысты со скопцами облюбили Петербург, хотя первым и Москва тоже “многолюбезна”. Но облюбили они этот “Питер-град”, вероятно, на том основании, что хлыстовское согласие составляет как бы переходную ступень к более совершенной вере “божьих людей”, к согласию скопческому, у которого все симпатии — в Петербурге. Можно сказать почти с достоверностью, что скопчество естественным путем истекло из хлыстовщины в прошлом веке. Однако, несмотря на эту более совершенную веру, несмотря на то, что скопцы давно уже помышляли о слитии своих кораблей с кораблями хлыстовскими, эти последние продолжают жить вполне самостоятельной жизнью. Прошло более восьмидесяти лет со времени указа Анны Ивановны, а хлыстовские общины растут и крепнут, приобрели всё новых адептов, так что в 1817 году Михайловский замок в Петербурге сделался одним из важнейших сектаторских пунктов. Там, в квартире полковницы баронессы Б., устроилось тогда постоянное молитвенное сборище сектантов, между которыми было очень много гвардейских офицеров. Душою и чуть ли не “богиней” этого дела явилась женщина энергическая, как говорят, весьма умная, стойкая характером и сильная фанатичка. Это была некто подполковница Т. Как Б., так и Т., принадлежали к очень известным, даже отчасти аристократическим фамилиям. Никакие официальные раскрытия сборищ, никакие официальные внушения не могли остановить стремлений этой пропагандистки, и в 1838 году её снова накрывают и схватывают вместе со всем согласием, находившимся в сборе в одном уединённом доме близ Московской заставы. Но тут для захвативших вышел скандал неожиданный: кроме лиц, участвовавших в собраниях семнадцатого года, здесь было значительное число новых. Там были гвардейские офицеры, здесь — действительные статские и даже тайные советники, между коими особенно выдавался известный П.А., в это же самое время богатый русский барин, многоземельный помещик разных губерний, отставной подполковник Д., является вдруг самым ревностным пропагандистом хлыстовщины, становится апостолом, наставником и соединяет в своей пространной аудитории крестьян и дворян, мужчин и женщин, православных русских и лютеран-немцев. Таким образом, пропаганда не умирает — и в 1849 году опять открываются общества хлыстов, которых называли на сей раз адамистами; и тут опять-таки те же самые лица, которые участвовали в сборищах баронессы Б. и подполковницы Т., а между ними были особы весьма даже значительные, так что по поводу некоторых особенных обстоятельств дело о раскрытии тайного общества адамистов более не продолжалось».