В ходе войны Боливия развернула пять кавалерийских эскадронов, артиллерийский полк, инженерный и девять пехотных батальонов численностью 12172 человек. Эти части комплектовались добровольцами и отрядами латифундистов. Основу волонтеров составили горняки (выставившие шесть полков) и чоло Ла-Паса (три полка). К середине мая союзники сосредоточили 9000 солдат в Тарапаке, 4000 – в Такне и 7000 – в Арике. В конце октября сюда прибыли 10000 чилийцев. Решающим эпизодом, предрешившим исход борьбы за Атакаму, стал увод Дазой с лучшей частью боливийской армии. Отступление на Альтиплано объяснялось непрочностью внутриполитической позиции боливийского президента. Несмотря на несколько успешных столкновений союзники, очистили Икике и отошли к Такне. К северу от нее у Альто де Альянса произошло решающее сражение войны. 26 мая 1880 года их 10000 солдат атаковали чилийцев. В ходе мясорубки боливийский генерал Нарсисио Камперо Лейес потерял 90% из своих 5465 солдат. Только шестистам из них удалось вернуться на Альтиплано: остальные полегли у Альто де Альянса. Это сражение для боливийских военных оказалось последним. 17 января чилийские солдаты промаршировали по Лиме. В течение двух последующих лет они пытались овладеть внутренними районами Перу, но это им не удалось. 20 октября 1883 года в Анконе был подписан мирный договор между Чили и Перу. Несколько месяцев спустя, 4 апреля следующего года в Вальпараисо было подписано перемирие с Боливией, по которому к Сантьяго переходил контроль над всей береговой полосой. Переход к победителю всех четырех боливийских портов привел к ликвидации небольшого боливийского военного флота, состоявшего из трех небольших кораблей. Тихоокеанская война воспитала у боливийских военных комплекс неполноценности и впервые со времен Боливара поставила вопрос о реорганизации армии.
Послевоенные руководители Боливии сделали попытку создать профессиональную армию. Вернувшийся с побережья генерал Н.Камперо легко сверг Дазу и четыре года удерживал власть. Этот получивший военное образование в Европе генерал использовал свой боевой опыт для возрождения вооруженных сил своего отечества. Его первым шагом стало ограничение влияния латифундистов в армии: был запрещен доступ лицам без военного образования к командным должностям и восстановлена национальная полиция. Задуманная как вспомогательное военизированное формирование для контроля за провинцией, она после падения маршала Санта-Круса стала орудием местных каудильо. Прошло 60 лет прежде, чем полиция превратилась в грозную силу в руках центрального правительства и стала главным орудием правопорядка в эпоху гегемонии консерваторов. Н.Камперо переоснастил армию: еще в годы войны на ее вооружение поступила современная артиллерия – две батареи 75мм горных пушек Круппа, закупленных через Аргентину. Президент Ансието Арсе Руис (1888-1892) продолжил реформу армии. В 1891 году он восстановил военный колледж Collegio Militar в Сукре. Его возглавил обучившийся в Сен-Сире боливиец. На протяжении нескольких поколений колледж оканчивали представители лучших семей страны, который при поддержке своих родственников быстро продвигались по службе и занимали руководящие посты в армии и полиции. Их обучение проводилось по французским методикам времен франко-прусской войны. Кадеты в течение трех лет последовательно проходили обучение в пехотном, кавалерийском и инженерно-артиллерийском отделениях. Таким образом, выпускники колледжа выпускались универсальными специалистами. Некоторое время спустя колледж был переведен в Оруро. Несмотря на известную профессионализацию, офицерский корпус республики оставался чрезвычайно политизирован. Это произошло вследствие сохранения пережитков эпохи каудильо. Армейские офицеры были напрямую связаны с политическими фракциями и часто подкрепляли их авторитет штыками и саблями своих солдат. Шагая в ногу со временем, новый президент М.Баптиста (1892-96) в 1894 году принял закон о всеобщей воинской повинности. Согласно нему, в армию на два года призывались мужчины в возрасте от 21 до 25 лет. После демобилизации они до 50 лет числились в резерве. Фактически, при консервативном режиме на военную службу призывались единицы, поскольку у республики не было ни сил, ни средств на обучение резервистов.
Приход к власти либералов во главе с генералом Х.Пандо открыл новый этап в военном строительстве. В 1899 году в Ла-Пасе была учреждена школа подготовки сержантов – Escuela de Clases Sargento Maximiliano Paredes. Туда же был переведен офицерский колледж был переведен из Оруро в Ла-Пас. Возросло количество кадетов в Colegio Militar, где на двух факультетах (основном и специальном) одновременно стали обучаться до 40-50 человек. Несмотря на возросший уровень подготовки, мятеж 1902 года в Акри закончился очередной капитуляцией боливийских военных. Для подавления мятежа Пласидо де Кастро Х.Пандо направил три слабых пехотных батальона с ограниченным запасом припасов. Вскоре они оказались окружены в Порто-Алонсо. На суше против них действовали не только повстанцы, но и регулярные бразильские войска генерала Каладо, которых со стороны реки поддерживала бразильская эскадра контр-адмирала Аленкера. Несмотря на подавляющее военно-техническое и численное превосходство противника, боливийцам удалось удерживать Порто-Алонсо до тех пор, пока конфликт не был переведен в дипломатическое русло. В 1903 году Акри было уступлено Бразилии за 110000 фунтов стерлингов. Капитуляция Порто-Алонсо способствовала росту сепаратистских тенденций среди ориенталес, объявивших в том же году о своей независимости. Они рассчитывали на поддержку Бразилии, но последняя оказалась связанной соглашением по Акри. Для борьбы с мятежниками даже не потребовалось призывать резервистов. В 1903 году в составе армии было всего 275 офицеров, 558 унтер-офицеров и 181 музыкант. Этих сил хватило, чтобы полностью подавить мятеж и восстановить контроль над Восточной Равниной.
Основными причинами поражения Боливии в конфликтах конца XIX-начала ХХ веков была не столько слабость духа, сколько антикварное вооружение ее солдат. Боливия вступила в борьбу с прекрасно оснащенной армией Чили, вооруженная мушкетами наполеоновской эпохи, а ее однозарядным ружьям и горным пушкам образца 1874 года бразильцы противопоставили магазинные винтовки и скорострельные морские орудия Армстронга. Сразу же после окончания кризиса в Акри эта ошибка была учтена. К 1905 году они получили современное оружие: 15000 винтовок Маузера и четыре батареи пушек Круппа образца 1898 года. Заказанных военных материалов было достаточно, чтобы трижды оснастить вооруженные силы страны. Получение новейшего оружия еще не означало увеличения боеспособности армии – требовалось их обучение современным методам боя.
Создание вооруженных сил по европейским стандартам началось во время президентства генерала И.Монтеса, ближайшего сподвижника Х.Пандо. В 1905 году им была приглашена французская военная миссия в составе 5 офицеров. Французы должны были превратить наследников монтонеры в профессионалов, главная задача которых заключалась в защите республики. За четыре года миссия проделала большую работу. По ее инициативе был создан Генеральный штаб – (Estado Mayor General), при нем колледж офицеров Генерального штаба (Colegio del Estado Mayor) и курсы подготовки офицеров резерва (Escuela de Oficiales de la Reserva). В Colegio Militar к основному и специальному факультетам добавился третий – технический. Норма приема офицеров в них была увеличена в 2-3 раза, но это не решило проблему подготовки офицерских кадров. По настоянию французской миссии был пополнен армейский арсенал. В 1906 году в Германии были приобретены 4000 винтовок и 1000 карабинов Маузер, а также 16 пулеметов системы Максима – Норденфельдт. В 1909 году армия состояла из 300 офицеров и 4000 солдат, объединенных в 7 пехотных и 1 пулеметный батальоны, 2 полка кавалерии и артиллерийский дивизион. В 1910 году последний был развернут в полк. Однако французам не удалось достичь главной цели – деполитизировать армию, вырвать ее из-под влияния местных каудильо.
Преемник И.Монтеса президент Э.Вильясон в январе 1911 года пригласил германскую военную миссию, в составе 5 офицеров и 13 унтер-офицеров во главе с майором Гансом Кундтом. Она приступила к переобучению армии Боливии по немецким стандартам. Прусская военная машина считалась тогда самой передовой в мире, поэтому большинство американских стран предпочитали приглашать офицеров кайзера для модернизации своих вооруженных сил. Правительство Боливии не являлось исключением из этого правила. Первоначальная задача, поставленная Э.Вильясоном перед миссией Г.Кундта, состояла в организации послушной президенту преторианской гвардии, позволяющей не только обуздать провинциальных каудильо, но и инкорпорировать в состав вооруженных сил представителей правящей элиты. Это позволило поставить провинцию их под контроль центра. Фактически, Г.Кундт наделялся широкими полномочиями и мог через голову командующего обращаться непосредственно к президенту. Так, он добился приема в армию десятка немецких иммигрантов, служивших в кайзеровской армии. Своими взглядами он приобрел широкую популярность среди высшего света Ла-Паса.
В военной подготовке, как и в большинстве армий мира, значительное внимание уделялось муштре в ущерб инициативе. Военные обозреватели того времени указывали на снижение уровня боевой подготовки боливийских солдат. Действительно, как в дальнейшем показал ход военных действий боливийские военнослужащие редко проявляли инициативу. Однако это не столько вина немецких инструкторов, сколько результат пополнения армии иррегулярными формированиями латифундистов. Вместе с ним и их офицерами в небольшую кадровую армию прусского образца был привнесен дух монтонеры, которую пришлось выбивать муштрой. Самое широкое использование кадров старого офицерства при создании новой армии отразило те изменения, которые произошли в стране за пятнадцать лет либерального правления. Появление в армии выходцев из креольской плутократии только консолидировало правящий класс. Военная миссия начала специальную подготовку младшего командного состава, который являлся последней инстанцией передачи приказа офицера солдатам, обеспечивающей контроль за их исполнением, а также соблюдение правил внутреннего распорядка и дисциплины. Прусский устав делал немецкого капрала главным винтиком военной машины. Несмотря на то, что боливийские унтер-офицеры выбирал