Несмотря на это милиция редукций просуществовала до 1766 года, когда декретом вице-короля ее отряды были распущены. С этого момента пальму первенства в организации военных отрядов перехватила креольская верхушка Асуньсьона, принявшая участие в борьбе с иезуитами. В канун XVIII века конфликт между энкомендерос и иезуитами достиг своего апогея. В 1721 комиссар ауденсии Чаркас Хосе Антекера-и-Кастро отстранил проиезуитски настроенного губернатора Диего де лос Рейеса Бальмаседу. На протяжении последующих трех лет коммунерос, как себя называли сторонники Антекеры, трижды выступали против иезуитов, пытавшихся восстановить Бальмаседу на посту губернатора. Так, в 1722 году Антекера с 600 солдат появился в районе миссий и заставил экс-губернатора бежать в Буэнос-Айрес. В августе 1724 года на реке Тебикуари трехтысячная монтонера креолов Асуньсьона, разгромило двухтысячное войско редукций. Только через год губернатор Буэнос-Айреса Бруно Маурисио де Завала при поддержке милиции редукций смог занять Асуньсьон и выслать Антекеру в Лиму. Однако восстание продолжалось. Пять лет спустя коммунерос не пустили в город нового губернатора Игнасио де Сорету. В 1733 году в битве у Гуайя-Ибити парагвайская милиция полностью уничтожила испанский отряд во главе с новым губернатором Мануэля Аугустина де Руйлоба-и-Кальдерона. Только два года спустя де Завала при поддержке индейской милиции смог овладеть Асуньсьоном и разогнать коммунерос. Память о восстании была так сильна, что только спустя двадцать лет вице-король Ла-Платы разрешил создать первые иррегулярные формирования для охраны границ интендансии– три роты улан. В 1794 году в Асуньсьоне были сформированы два конных полка, которые получили крещение в 1807 году в боях с англичанами под Монтевидео. Так в основу парагвайской армии легла монтонера, ополчение гаучо – погонщиков скота. Независимость Парагвая была завоевана не в борьбе с колониальной империей, а с портеньо Буэнос-Айреса. Монтонера полковника М.А.Кабаньяса в двух сражениях (19.01.1811 при Парагуари и 09.04.1811 при Такуари) нанесла поражение экспедиционному корпусу генерала М.Бельграно. Несмотря на двукратное превосходство в живой силе парагвайские солдаты были плохо вооружены: они имели только 300 мушкетов и 500 сабель на четыре тысячи человек. Капитуляция М.Бельграно, обнаружившего в рядах своих противников таких же непримиримых борцов за свободу, привела к заключению мирного соглашения между Асуньсьоном и конфедерацией провинций Ла-Платы во главе с Буэнос-Айресом. Политическая нестабильность на юге, переросшая после похода Сан-Мартина в Чили и Перу, в гражданскую войну, являлась перманентной угрозой для независимости Парагвайской республики. Ее руководство подозревало, что портеньо со временем постараются восстановить свой контроль.
В 1811 году после отступления М.Бельграно было решено сохранить на постоянной основе 2 батальона милиции. Первой регулярной частью парагвайской армии стал сформированный в 1814 году гренадерский батальон для охраны главы государства (El Supremo) Х.Г.Р.Франсии. Диктатору при осуществлении реформ пришлось столкнуться с оппозицией, которую возглавили офицеры. 17 июля 1821 года 78 старших офицеров парагвайской армии были арестованы по обвинению в заговоре против El Supremo и расстреляны. В 1826 году режиму Х.Г.Р.Франсии угрожал новый путч, который был случайно раскрыт. Из-за этого он никогда не доверял своей армии и старался сократить офицерский корпус до минимума. Для защиты своей независимости республика содержала под ружьем до 5500 человек, в составе 2 кавалерийских полков, гренадерского, артиллерийского и 3 стрелковых батальонов. Еще 25000 человек составляли милицию. Несмотря на свою многочисленность, эта армия была слабо обучена и плохо вооружена: на 100 солдат приходилось только 25 мушкетов. При столкновении с лучше вооруженной и организованной монтонерой губернатора Корриентеса Ферре у Канделарии в 1832 году парагвайские войска позорно бежали. Немаловажную роль в слабой боеспособности парагвайской армии сыграли чистки 1821 и 1826 годов. В 1833 году Парагваю удалось вернуть утерянную территорию. Однако это была больше политическая интрига, чем военная победа над Ферре, не желавшего плясать под дудку портеньо. После его свержения ставленник диктатора М.Росаса Атьенда уступил Мисьонес Х.Р.Г. Франсии.
Преемник El Supremo Карлос Антонио Лопес при помощи своего советника, военного инженера Франца Виснера фон Моргенштерна реорганизовал армию. Им удалось преодолеть недостатки обучения и снабжения армии, построив в пригороде Асуньсьона арсенал Сайония. При К.А.Лопесе вооруженные силы возросли до 4 гренадерских и 4 кавалерийских полков, 6 стрелковых батальонов и 2 артиллерийских корпусов, достигнув 6018 человек. Уже в 1850 году реорганизованная парагвайская армия оказала поддержку восставшим против диктатуры М. Росаса унитариям Ла-Платы во главе с каудильо провинции Энтре-Риос Х.Уркисой. 3 февраля 1852 году в битве при Монте-Касерос вместе с монтонерой унитариев(11000), войсками Бразилии (5000) и Уругвая (2000) участвовали пять тысяч парагвайцев.
Падение М.Росаса, защищавшего интересы портеньо, открыло свободное судоходство по Паране и дало возможность Парагваю выйти из экономической изоляции. Следствием этого стало переоснащение его вооруженных сил. Арсенал Сайония под руководством Д.У.Уайтхеда и Т.Н.Смита построил несколько военных кораблей, заложив основу флота страны. В 1854 году сын президента Ф.С. Лопес приобрел в Великобритании первое паровое военное судно Парагвая Такуари. После возвращения из Европы он провел новую реорганизацию армии, усилив ее до 7000 человек в составе 8 пехотных батальонов, 5 кавалерийских и 2 артиллерийских полков. Его подруга-феминистка Э.Линч организовала первое женское подразделение в армии – Женский легион. Экономическое процветание Парагвая определило активную внешнюю политику Лопесов. Однако после разгрома армией портеньо войск Конфедерации Ла-Платы внешнее положение Парагвая стало ухудшаться. С целью предотвратить грядущий политический кризис Ф.С.Лопес вмешался в гражданскую войну в Уругвае на стороне партии бланко (белых). 30 августа 1864 года Ф.С.Лопес направил протест императору Педру II, требуя прекратить вмешательство во внутренние дела Уругвая. Имперское правительство это проигнорировало и направило в Уругвай корпус, который осадил столицу страны. Месяц спустя в Пайсанду капитулировала полевая армия бланкос. В ответ парагвайские власти арестовали бразильский пароход Маркиз де Олинда с губернатором Мату-Гросу полковником Ф.С.Кампосом на борту. В декабре два парагвайских отряда общей численностью в шесть тысяч человек выступили на север и заняли форты Корумба, Коимбра и Дорадос. Легкая победа в Мату-Гросу вскружила голову Ф.С.Лопесу, который решил “освободить” Уругвай и овладеть гегемонией в бассейне Параны. После мобилизации его армия достигла 25 тысяч человек, в то время как силы империи и ее союзников – 38. Президента Парагвая не обескураживало и то, что его войска технически уступали противнику. Его пехота была вооружена нарезными мушкетами, в то время как противник – казнозарядными ружьями. С тяжелым вооружением было еще хуже: из 108 пушек только 12 были нарезными, а речная флотилия состояла только из деревянных пароходов.
Война с Бразилией была плохо подготовлена дипломатически: Аргентина отказалась предоставить свободный проход парагвайских войск в Уругвай. Более того портеньо выступили посредниками между фракциями и заставили бланкос сдать Монтевидео. Президентом Уругвая стал лидер колорадос В.Флорес. Ф.С.Лопес посчитал это вмешательство достаточным поводом для объявления войны Аргентине. При этом он исходил из того, что эта страна не является серьезным противником. Президент считал, что провинции выступят против диктата Буэнос-Айреса и ему удастся повторить Монте-Касерос. 18 марта 1865 года парагвайский конгресс провозгласил состояние войны с Аргентиной и присвоил Ф.С.Лопесу чин маршала. В начале апреля два парагвайских корпуса вторглись на территорию Аргентины и стали медленно продвигаться вниз по долинам рек Уругвай и Парана. Быстрое продвижение парагвайских войск в область соперничества Аргентины и Бразилии привел к созданию Тройственного альянса. 1 марта в Буэнос-Айресе представители Бразилии, Аргентины и Аргентины подписали пакт. В силу ряда обстоятельств его ратификация затянулась до середины июня, что позволило парагвайцам полностью оккупировать Мисьонес и выйти на подступы к Корриентесу и Уругваю. Дальнейшее продвижение войск Ф.С.Лопеса было задержано зимними дождями. Убедившись в невозможности дальнейшего продвижения по суше, маршал решил высадить десант в районе Канделарии. Воспользовавшись заминкой, союзники стали концентрировать свои силы для отражения противника.
11 июля 1865 года парагвайская речная флотилия с десантом на борту была встречена бразильской эскадрой, состоявшей из 22 паровых судов. В битве при Ричоэльо, парагвайцы попытались взять имперские пароходы на абордаж, но были отражены артиллерийским огнем. Это сражение приостановило дальнейшее продвижение колонны генерала В.Роблеса у ворот Канделарии, в которую стягивались аргентинцы. Тем временем, 12000 солдат полковника А. де ла Крус Эстигаррибии овладела Уругваяной и стала продвигаться в Риу-Гранде-да-Сул. 17 августа ее авангард под командованием майора П.Дуарте был почти полностью уничтожен имперскими войсками, поддержанными уругвайскими колорадос в сражение у Ятая Войска Эстигаррибии отошли в Уругваяну, где решили дождаться помощи от В.Роблеса. Вместо того, чтобы деблокировать осажденный гарнизон генерал отвел главные силы парагвайской армии за Парану. Впоследствии генерал был отрешен от должности предан военно-полевому суду. 18 сентября пятитысячный парагвайский гарнизон Уругваяны капитулировал. Провал наступления заставил парагвайцев очистить весь Мисьонес. Начался новый период войны, в котором изолированный Парагвай боролся с крупнейшими державам континента. Армия Ф.С.Лопеса сосредоточилась в районе Умайты, контролировавшей устье Парагвая и Параны. Здесь были сосредоточены 126 береговых орудий и главные силы армии – 25000 солдат под командованием самого президента, ставка которого разместилась в Пасо-Пуку. Продвижение союзников было задержано самой природой: только в апреле 1866 года их войска во главе с президентом Аргентины генералом Б.Митре вышли на подступы к Умайте. 2 мая 35000 солдат Тройственного Альянса одержали победу при