Недовольный своим положением Чирифе стал готовить переворот, но правительство опередило его. 3 мая батальон Эстергаррибии был переброшен в столицу, а шесть дней спустя были посажены под домашний арест участники заговора – офицеры Эсс и Бауэр. Усиление президентского контроля над вооруженными силами очень не понравились А.Чирифе, который 27 мая выступил со своими солдатами на Асуньсьон. Его поддержали командующие III и IV военных зон полковники Мендоса и Брисуэльо, а генерал Эскобар “заболел”. Сторону мятежников принял авиационный парк и все немецкие инструкторы, в спешном порядке выехавшие в Парагуари. Наступавшие на Асуньсьон войска трех округов насчитывали 9 пехотных батальонов при 12 полевых орудиях и трех эскадронов кавалерии. На помощь им двигалась группа Брисуэльо в составе 2 пехотных батальонов, пулеметной роты, артиллерийской батареи и кавалерийского эскадрона. М.Скенони был назначен командующим правительственными войсками. Он действовал очень энергично и организовал эффективную оборону столицы. В начале июня у него имелось пять пехотных батальонов (2 регулярных и 3 добровольческих), три эскадрона кавалерии (гвардейский и два добровольческих под командой курсового офицера военного училища Иррасабаля и майора Вальдеса), речная флотилия и 6 полевых орудий. Основу правительственных сил составили полиция и профсоюз грузчиков, общее командование над которыми было поручено майору Эстигаррибии. Вскоре из Аргентины прибыли два самолета с пилотами: англичанином Стюартом и сербом Кусманичем. Этими силами удалось отбить первый наскок мятежников, а 29 мая даже перейти в контрнаступление. Ввиду явного численного превосходства сил Чирифе нападение на его войска было отложено. Приведя свои части в порядок, мятежники обложили Асуньсьон с востока. К сентябрю выяснилось, что правительство не имеет запасов стрелкового оружия, необходимого для формирования новых боевых частей. Несмотря на то, что аргентинское правительство наложило эмбарго на его продажу участникам конфликта, М.Скенони удалось приобрести в Чили 2500 винтовок Маузера и 12 пулеметов Максим. В апреле Эусебио Айяла передал власть своему энергичному кузену Элигио, который организовал подавление мятежа и назначил М.Скенони военным министром. В железнодорожных мастерских под руководством гардемарина В.Г.Бабаша был построен бронепоезд, оснащенный морскими пушками Виккерса. Он принял участие в обороне города, но главный упор был сделан на авиацию. Разными путями в страну были доставлены 14 самолетов (по одному Витворт FK8s, Спад -Эбремон S20 и Капрони, по два SAML S1s, де Хэвиленд DH-6 и Ансальдо SVA10s и пять Ансальдо SVA5s). Два аэроплана были подарены Германией, а остальные были закуплены через Бразилию и Аргентину. Капрони и один де Хэвиленд не достигли Парагвая, разбившись при перелете. Отсутствие собственных пилотов привело к тому, что в правительственных ВВС был высок процент иностранцев. Часть из них была наемниками (пилоты, летавшие под псевдонимами Стюарт и Браун), а остальные эмигрантами (например, Кусмасич – из Австро-Венгрии, а Н.Бу – из Италии). Правительственная авиация оказался решающее значение в отражении второго штурма Асуньсьона, проведённого мятежниками 9 июля 1923 года. После этого правительственные войска при поддержке бронепоезда перешли в контрнаступление в направлении Парагуари. Их поддержала монтанера, поднятая местными хефе Восточного Парагвая, недовольными политикой Э.Шерера. Скованная их действиями группа полковника Брисуэльо (2 батальона, пулеметная рота и батарея и эскадрон) так и не оказала поддержки главным силам А.Чирифе, ведущим бой у Вильярики. Во время дальнейшего отступления лидер мятежников неожиданно умер. Его смерть лишила мятежников талантливого вождя и надежды на победу. Правительственные войска, составившие 1 и 2 полки, при поддержке монтанеры быстро разгромили повстанцев и вытеснили их бразильской границе, положив конец гражданской войне.
Победа сделала М.Скенони непререкаемым военным авторитетом среди либералов. На протяжении пяти последующих лет он стоял во главе вооруженных сил и способствовал искоренению немецкого духа из армии. Почти все немецкие офицеры за поддержку или “сочувствие” А.Чирифе были уволены с военной службы, а некоторые даже высланы из страны. Это не остановило военную реформу. Уже в 1925 году выяснился еще один узкий момент – отсутствие офицерских кадров, необходимых для укомплектования полков. Поэтому в 1925 году в страну была приглашена французская миссия во главе с полковником Е.М.Ж.Куленом. В ее составе был майор авиации Х.С.Л.Фромон, который возглавил летную школу. По его инициативе авиационный парк был пополнен пятью учебными машинами (три Анрио и два Морана-Солинье), а также четыре старых аэроплана (их планировалось использовать как макеты). Учитывая, что к этому времени боеготовыми были только три Ансальдо (из шести) Парагвай обладал только восьмью самолетами вместо двадцати двух. В основу военного строительства была положена французская военная организация и тактика. При военной академии был создан штабной колледж, а кроме летной школы, были созданы курсы для подготовки офицеров других родов войск: пулеметчиков, кавалеристов, инженеров и артиллеристов. К 1927 году регулярная армия начала качественно меняться, но была по-прежнему очень мала: в ее составе числилось 175 офицеров (из них 20 Генерального Штаба) и 2679 солдат.
К началу 1924 года в вооруженных формированиях, включая полицию, насчитывалось почти 4000 человек. Сухопутные части состояли из 1 и 2 смешанных полков, расположенных гарнизонами в Консепсьоне и Асуньсьоне, соответственно. В их кадровом составе насчитывалось 131 офицер и 2381 солдат. Сыгравшая важную роль в борьбе с мятежниками, речная флотилия насчитывала 26 офицеров, 217 матросов и 3 корабля: военный транспорт Ричуэльо и канонерские лодки Эль Триумфо и Адольфо Рикельмо. Продолжали существовать военная, морская и летная школы. Ревизия показала, что гражданская война очень сильно опустошила парагвайские военные арсеналы: на вооружении находились только 4000 винтовок, 14 пулеметов Максим и 25 артиллерийских орудий Виккерса, Круппа и Гочкиса. Большинство из них устарели и не отвечали требованиям современной войны, а значительная часть требовала ремонта. Поэтому новое правительство Парагвая разместило заказ у Виккерса и приобрело три с половиной миллиона винтовочных патронов в Аргентине.
Вооружения Боливии вызвали естественную озабоченность у правительства Элигио Айялы, который поручил М.Скенони разработать новый план реорганизации парагвайской армии и провести закупку необходиого вооружения. Уже в 1925 году генерал представил конгрессу очень амбициозный, но трудно реализуемый план. Согласно нему в каждом из четырех военных округов Восточного Парагвая должна была быть развернута автономная группа в составе 3 пехотных и кавалерийского полков, батальона инженеров и артиллерийского дивизиона численностью 5280 солдат и офицеров. Для их вооружения требовалось приобрести 13853 винтовки и 7600 карабинов с 20552 штыками к ним, 1227 пистолетов, 1700 кавалерийских пик и сабель, 128 станковых пулемётов, 96 пушек и 32 гаубицы, а также значительное количество радиотехнического оборудования и оптику. Кроме боевых частей в состав групп (фактически дивизий) должны были войти части тылового обеспечения, санитарные и другие учреждения. Количество офицеров Генерального Штаба должно было увеличиться до тридцати. Находясь под впечатлением опыта гражданской войны, М.Скенони считал необходимым приобретение 2 канонерских лодок и 64 самолёта. Общая сумма закупок должна была составить семь с половиной миллионов американских долларов. Эта сумма составила семь годовых военных расходов Парагвая и на треть превышала весь бюджет страны.
Финансовые возможности республики не могли удовлетворить всем запросам Скенони, и его план был принят в урезанном виде. На заседании правительства было решено, что «в рамках первой мобилизации» будет закуплено 3453 винтовки, 1900 карабинов и 5138 штыков к ним, 176 лёгких и 32 станковых пулемётов, 8 миномётов и 32 горных орудия (24 75мм пушек и 8 105мм гаубиц), по четыре сотни сабель и пик и 75 биноклей. Боеприпасы составили отдельную статью расходов, поскольку их заказы касались всех видов вооружения. Всего было приобретено 10 миллионов патронов, 2 миллиона капсюлей, 3000 шрапнелей и 7800 75мм гранат, 1200 дымовых снарядов и 2000 105мм гранат. Средства связи были также сильно урезаны: в новом плане закупок числились только 12 радиостанций и 6 радиокоммутаторов мс двойным количеством телефонов. Количество самолетов было снижено до 16 единиц: 8 бомбардировщиков и по 4 истребителя и разведчика. Общая стоимость заказа составляла 2 миллиона золотых песо или военный бюджет республики за два с половиной года. Кроме сухопутных вооружений в Италии за полмиллиона золотых песо были заказаны две современные 745-тонные канонерские лодки Парагвай и Умайта и оборудование для военно-морского арсенала, директором которого был назначен итальянец Басарно.
16 октября в конторе банкирского дома Бэринг был открыт счёт, на который были перечислены 96614 фунтов 11 шиллингов и 8 пенсов, предназначенных для закупок вооружения и обмундирования.
Первый заказ был сделан 16 января 1926 года. Он предусматривал поставку в течение полугодия 2000 комплектов обмундирования. Через четыре дня 54030 золотых песо были переведены в Аргентину в счёт оплаты полутора миллионов винтовочных патронов. В апреле последовал ещё один заказ на 2 миллиона патронов. В марте того же года с испанским государственным арсеналом Армас де Овьедо был заключён договор на поставку 8463 винтовок и 1900 карабинов Маузера по цене 175 песет за ствол. Впоследствии за испанскими Маузерами сохранилось прозвище «убийц». Общая стоимость заказа была чуть больше трёхсот тысяч долларов. Более удачно удалось разместить заказы в Дании. Там в августе были заказаны 176 ружей-пулеметов