Генеральный Штаб Боливии был копией войскового управления рейхсвера (Truppenamt) Его штат насчитывал около семидесяти офицеров и подчинялся командующему. Только немногие из его сотрудников соответствовали занимаемой должности. Вследствие этого Штаб кое-как справлялся с организационными функциями, но совершенно упускал из виду вопросы планирования. Он состоял из центрального бюро (организация), архива и 4 отделов (боевой подготовки, оперативный, транспортный и иностранный). В каждой из структурных единиц штаба числилось от пяти до пятнадцати офицеров. Несмотря на явное сходство с рейхсвером, многие отделы Генерального Штаба исполняли совершенно иные функции. Так, ключевую роль в его работе играл начальник оперативного отдела, а иностранный отдел занимался назначением военных атташе вместо организации разведки.
В свое время генерал Г.Кундт планировал создание в каждом военном районе смешанной дивизии (бригады). Однако вследствие ряда объективных причин дислокация соединений не совпадала с округами. Причиной этому была не только напряженность на границах с Чили и Парагваем, но и индейские восстания. Вследствие неравномерного размещения частей их своевременное пополнение рекрутами было затруднительным. В первые месяцы 1932 года некомплект составил 32% (:418 из 9660). Он падал исключительно на строевые подразделения, где вместо 8780 человек числилось только 5539 (63% от штата). Часть отсутствующих (1106) находились в лазаретах, отпусках и учебных лагерях. Таким образом, на действительной военной службе состояло 24 старших и 207 младших офицеров, 218 сержантов и 7075 рядовых. Четыре тысячи из них были солдатами срочной службы (вместо предусмотренных штатом 6136). Причиной некомплектности частей было не столько дезертирство, сколько чистка, проведенная Д.Саламанкой после смещения Э.Силеса. Под предлогом экономии средств состав дивизий был резко сокращен.Снижение численности соединений происходило за счет сокращения численности пехотных полков, в которых второй батальон переводился в резерв.
По планам боливийского командования развертывание дивизий в случае войны должно было проходить в два этапа. Сначала создавались дивизионные части и пополнялись до штатного состава боевые части, которые дополнялись резервными формированиями, а затем пехотные полки развертывали вторые батальоны. Штат дивизии военного времени должен был включать штаб, разведывательный эскадрон, санитарную и ветеринарную часть, маршевые подразделения, санитарный, артиллерийский и инженерный парки и обозы, а также боевые части: 3-4 пехотных полка, эскадрон кавалерии, артиллерийскую группу и роту инженеров. Вследствие частичных мобилизаций боливийским командованием была допущена ошибка: сразу началось формирование большого количества (29 пехотных и 11 кавалерийских) полков вместо развертывания вторых пехотных батальонов в существующих частях. Вследствие этого все дивизии на ТВД представляли собой конгломерат кавалерийских эскадронов и пехотных батальонов полков, усиленных отдельными батареями. Вследствие этого в 1932-33 годах численность дивизии колебалась в пределах 1500-5000 человек. Только к концу 1934 года за счет формирования вторых батальонов удалось несколько уменьшить этот хаос: дивизия стала насчитывать 3-5 полков с 2-6 батареями, а ее численность достигала 4500-7500 человек (из расчета 1500 на полк). В конце войны Боливия имела уже 10 пехотных и 3 кавалерийских дивизии. Наличие дополнительной вертикальной командной структуры приводило к потере взаимодействия между штабом дивизии и боевыми подразделениями, которые, учитывая характер местности и слабости связи, часто приводило к досадным неудачам особенно в первый год войны.
Большое количество автономных единиц в составе дивизий, сложные условия местности и отсутствие надежной техники затрудняло стабильную связь на ТВД. По опыту первой мировой войны основной упор в дивизионной роте связи делался на телефонные линии, которые обеспечивали устойчивое управление только при обороне на непрерывном фронте. Радиосвязь осуществлялась на расстояние до 30 километров, но ею были обеспечены только штабы дивизий. Поскольку мерам предосторожности уделялось небольшое значение радиопереговоры между штабами армии, корпусов и дивизий, как правило, велись открытым кодом и становились известными противнику даже раньше, чем командирам частей, входящим в дивизию. Ситуация еще более усложнялась отсутствием надежной связи с полками и батальонами, поскольку поисковые группы противника постоянно резали линии связи. Отсутствие надежной связи заставляло боливийское командование стягивать основные силы в компактную группировку, особенно, при переходе в наступление, что делало ее малоподвижной из-за ограниченного количества путей сообщения.
Увеличение числа соединений, выделяемых против Парагвая, привело к формированию корпусных штабов перед самым началом военных действий. Один из них должен был действовать на направлении Бальивиан – Муньос – Асуньсьон, а второй Роборе – Толедо – Исла-Пой. Целесообразность их создания достаточно спорна: генерал Г.Кундт в 1933 году практически работал без них. По-видимому, возникновение корпусов являлось следствием политических игр боливийского генералитета. Во вновь созданные престижные штабы добивались назначения многие офицеры, чей опыт и знания могли понадобиться на фронте. Несмотря на небольшой штат (25 офицеров) корпусные управления во многом дублировали функции дивизий. Со временем, на них было возложены вопросы военной юстиции, распределения пополнений и организации тыла. С 1933 года генерал Г.Кундт передал корпусам вопросы размещения всех резервов и частично планирование операций. Функции дивизионных и корпусных штабов были четко разграничены только в 1934 году с прибытием чешской миссии. К этому времени были развернуты штабы 4 корпусов (3 армейских и кавалерийского).
Боливийская пехота вынесла на своих плечах всю тяжесть войны. Перед войной она состояла из 13 полков, а к ее концу – 50. Пехотный полк мирного времени состоял из штаба, обоза и боевого батальона и насчитывал 618 человек. При общей мобилизации в полку разворачивался второй батальон, а его штатная численность вырастала до 1096 солдат и офицеров. Благодаря наличию подразделений обеспечения полк мог действовать автономно в отрыве от дивизионных обозов. Боевую часть кадрового полка составлял батальон, скопированный с рейхсвера. Он состоял из управления, трех пехотных и пулеметной рот трехвзводного состава. Уже в ходе войны полки получили артиллерию – 70мм пехотные пушки Виккерса, а с 1933 года – секции 3” минометов Стокса (по 2 на полк). Вследствие этого штаты полков были увеличены на 21 единицу и достигли тысячи двухсот человек. Основным низшим подразделением боливийской пехоты было отделение, состоящее из 9 бойцов, восемь из которых были вооружены винтовками Маузера, преимущественно чехославацкого производства модели Vz 24, а один – ручным пулеметом Виккерс-Бертье или чехославацким же ZB-26. При этом взводного уровня не было и девять отделений напрямую объединялись в роту, которая дополнительно штатно имела два расчета станковых пулеметов Виккерс и один миномет.
Каждый полк мирного времени располагал двойным комплектом стрелкового вооружения (около тысячи единиц), складировавшимся в месте дислокации. Наличие этих запасов позволяло в считанные дни оснастить новые подразделения. Кроме того, каждая пехотная рота располагала 6 ружьями-пулеметами Виккерса-Бертье, а пулеметная рота – 4 секциями станковых пулеметов (8 единиц). Таким образом, пехотный батальон имел по штату 26 пулеметов, а всего в полку военного времени планировалось иметь 60 единиц автоматического оружия (в распоряжении штабов и обоза было 8 пистолетов-пулеметов).
В канун войны самым престижным родом войск была кавалерия, которая состояла из 5 полков. В 1935 году в ее составе насчитывалось уже 17 полков. Кроме штаба они включали три сабельных эскадрона, эквивалентных по силе пехотным ротам. Штат полка насчитывал 420 человек. Главным отличием от пехоты была большая насыщенность автоматическим оружием (по 6 ружей-пулеметов и пистолетов-пулеметов на эскадрон) – 40 единиц на полк. Инженерные войска Боливии перед войной состояли из 4 полков и предназначались для выполнения различных функций. Так, 1 инженерный полк Пандо обеспечивал связь, 2 Падилья – железнодорожное сообщение и только 3 и 4 полки были саперными. Перед войной полки представляли собой совокупность штаба и трех рот, раскиданных по различным частям страны. В военное время в состав 1 и 2 полков были мобилизованы все связисты и железнодорожники, а 3 и 4 послужили базой для формирования дивизионных саперных частей.
При разработке штатов частей генерал Г.Кундт посчитал излишним оснастить кавалерию и пехоту траншейной артиллерией и минометами. Это, по его мнению, затрудняло маневр в дебрях Чако. Артиллерия дивизии была слабой: она состояла из одной– трех батарей, имевших по 4 артиллерийских орудия на автомобильной тяге каждая. Они развертывались на базе 3 полков и 3 отдельных батарей мирного времени. Они имели на вооружении орудия систем Круппа,Виккерса,Шнейдера. В организационном плане артиллерийский полк представлял собой штаб, артиллерийскую группу (дивизион) и артиллерийский парк. В отличие от прочих частей он не предназначался для участия в боевых действиях, а служил базой формирования боевых подразделений. Артиллерийская группа (дивизион) являлась самым крупным из них и состояла из управления с эшелоном и трех моторизованных огневых батарей. Они состояли из 2 огневых взводов (по 2 орудия, 4 зарядных ящика), управления с секцией прикрытия (2 пулемета) и амуниционной колонны (18 зарядных ящиков). Такая организация оказалась оптимальной в условиях Чакской войны. Всего в ходе войны было сформировано 9 артиллерийских групп и 54 батареи.
Анализ театра военных действий подсказывал, что наиболее целесообразно использование более легких горных орудий и пехотных пушек. Однако необходимость использования для перевозки горных орудий вьючных животных ставила этот вид артиллерии в зависимость от источников воды. Несмотря на моторизацию, подвижность пехотной артиллерии также оставалась низкой из-за незначительной дорожной сети. Следует специально отметить, что артиллеристы были наиболее подготовленной и компетентной частью офицерского корпуса Боливии. При этом артиллерия оказалась технически неготовой к боевым действиям в Чако. Имея на вооружении, в основном, пушки, а в парках – шрапнель артиллеристы были не в состоянии подавить оборону, зарывшегося в землю противника. Только на последнем этапе войны, когда война пришла в предгорья Анд, артиллерия стала действовать более эффективно.