Вместе с тем, у парагвайского президента и военного министра было больше возможностей для вмешательства в военное строительство и планирование. Это было связано с тем, что Генеральный Штаб занимал в структуре командования обособленное положение. Его структура являлась отдалённой копией русских штабов мировой войны, поскольку его организацией занимались русские. Ядром Генерального штаба было Управление квартирмейстера (аналог русского Главного Управления Генерального Штаба), которое имело три отдела-бюро. Они занимались:
SI оперативный – планированием военных операций,
S2 информационный – мобилизацией и военной статистикой (сбор разведывательной информации),
S4 организационный – обучением войск (Военный колледж, колледж Генштаба, кадры и подготовка офицеров резерва) и военным управлением (снабжение войск, медицина, транспорт),
Адъютантская часть (аналог Управления дежурного генерала) во главе с генералом Н.Ф.Эрном ведала канцелярией, кадровыми и хозяйственными вопросами. Ей подчинялись военный прокурор, инспекции родов войск, комендант, офицеры связи, военная полиция и служба военных сообщений. Последняя помимо обеспечения транспортных путей и линий связи следила за порядком в армейском тылу, обеспечивала военную цензуру и охрану военных объектов.
Секция картографии была создана под руководством генерала И.Т.Беляева. В ходе Чакской войны эта секция координировала сбор разведывательной информации. Она, совместно с бюро военной статистики Управления квартирмейстера, в котором перед войной были созданы шифровальный и технический отделы, обеспечивала действующую армию информацией о ТВД и противнике.
Первоначально военная разведка была организована в составе Военного министерства, но затем перешла в ведение Генерального Штаба. Её первой военной акцией стала миссия капитана А.Брея, осуществлённая в апреле 1924 года. Под именем Артур Брайтон он въехал в Боливию по аргентинским поддельным документам. Он пересёк её территорию по маршруту Тартагал-Якуиба– Вилья Монтес– Санта Крус-Пуэрто-Суарес. Вернувшисьв Асуньсьон через бразильскую территорию, парагвайский лазутчик представил обширный доклад о положении на юге Боливии и её приготовлениях по продвижению в Чако. Именно он стал причиной обращения военного министра Л.Риарта к генералу И.Т.Беляеву с просьбой организовать систематическое изучение Чако. Вторая военно-разведывательная миссия была осуществлена подполковником Э.Гараем в мае 1927 года после инциндента с лейтенантом Рохасом Сильвой. Он обследовал район Корумбы. Доклад послужил основой для повышения мер безопасности в районе Баия Негра. Уже в августе это дало свои езультаты: в районе фортина Галпон парагвайцы захватили в плен начальника штаба 4 боливийской дивизии вместе с группой сопровождавших его офицеров.
Разведывательные органы в дальнейшем совершенствовались совместными усилиями отдела G2 Генерального Штаба аргентинской армии и русскими эмигрантами. Если С.Н.Керн при содействии генерала Н.Ф.Эрна создал войсковую разведку, то аргентинский военный атташе в Парагвае полковник Швейцер и члены РОВСа– агентурную. Используя дипломатические каналы, он поставлял информацию о неприятеле в распоряжение высшего руководства Парагвая. В обмен на нее аргентинцы добились создания в Асуньсьоне своей резидентуры (к концу войны ее численность достигла нескольких десятков человек). Войсковая разведка велась специальными отделами дивизионных штабов. Почти в каждом из них работал русский специалист (например, в 1 дивизии – Н. Гольшмидт, а после него – С.Н.Керн). Важную роль в изучении ТВД сыграли экспедиции, которые возглавлял лично И.Т.Беляев, и батарея топографической разведки, организованная Л.Л.Лешем. В речной флотилии аналогичную роль играло гидрографическое управление во главе с князем Я.К. Тумановым. Благодаря их деятельности парагвайское военное руководство имело гораздо лучшее представление о ТВД, чем его противник. Уже в ходе Генеральный штаб парагвайской армии по совету генерала Беляева попытался организовать диверсионную деятельность. Для этого было создано специальное формирование – кавалерийский полк Герильерос де ла муэрте (Партизаны смерти) во главе с Пласидо Харой. Этот отряд формировался исключительно из добровольцев, среди которых были индейцы Чако и аргентинцы. Его задачей были операции на коммуникациях противника. Однако эта затея не увенчалась успехом.
В составе службы военных сообщений имелся центр радиоперехвата с группой дешифровщиков, который активно сотрудничал с аргентинскими коллегами. Благодаря их работе парагвайцы узнавали планы боливийского командования раньше, чем его подчиненные. В рамках службы военных сообщений существовал ряд органов, выполнявших в комплексе функции контрразведки. В их состав входили военная полиция, трибунал и органы цензуры. Военная полиция была организована по принципу жандармерии и имела отделения в каждом из военных округов и речную секцию. Полномочия сотрудников военной полиции были широки, что позволяло быстро восстанавливать порядок. При создании корпусов были созданы еще 3 группы военной полиции и в нее были включены криминалисты. Впоследствии ее опыт был использован парагвайскими диктаторами, превратившими ее в политическую полицию. Военная полиция очень тесно сотрудничала с полевой почтой, которая проводила перлюстрацию всей частной переписки военнослужащих. Ее работа облегчалась тем, что более половины солдат не были грамотными. Первоначально органы цензуры входили в состав полевой почты, но затем их переподчинили военной полиции.
Особняком от полиции и цензуры стояла система военной юстиции, подконтрольная военному министру. Перед войной в ее систему входил Военный трибунал со следственной частью во главе с военным прокурором. В разное время его аппарат насчитывал от 26 до 51 сотрудника, включая 15-20 офицеров. Несколько позже были созданы военные трибуналы при штабах корпусов. Они также насчитывали пять членов, из которых четыре были строевыми офицерами, а пятый – прокурором. Такая система судов была важным элементом поддержания военной дисциплины: большинство рассмотренных ею дел касались дисциплинарных проступков, в первую очередь, мародерства. В отличие от трибуналов крови Ф.С.Лопеса военные суды Чакской войны были объективны и часто выносили оправдательные решения.
Военное ведомство на территории республики было представлено военными комендантами, которым подчинялись этапные части, военные склады и подразделения, а они, в свою очередь, – военному министру. После отправки основной массы войск на фронт в округах Восточного Парагвая оставалась небольшая охрана военных объектов и сельская полиция. Штат комендатур был невелик, но они тесно сотрудничали с охранными частями, сельской и военной полицией. В случае необходимости в распоряжении комендантов выделялись запасные и учебные части. Окружные коменданты взаимодействовали с территориальными отделениями управлений министерства при размещении производства и организации закупок. Однако основной их задачей было пополнение армии живой силой. в частности, выявление уклонистов и дезертиров.
Снабжение парагвайской армии первоначально возлагалось на военное министерство, в котором существовал военно-административный департамент. Он имел в своём составе 3 отдела: казначейский, продовольственный и вещевой. Впоследствии он был передан в состав Генерального Штаба и выполнял функции Военного интендантства. Боевые припасы и довольствие войск концентрировалось на главном армейском складе в Асуньсьоне, а оттуда перебрасывалось в Исла-Пой, где располагалась передовая база снабжения действующей армии. Исключение составляли только части 3 дивизии, ВВС и речная флотилия, снабжавшиеся напрямую из Асуньсьона. Из Исла-Пой довольствие и боеприпасы распределялись по дивизионным паркам. По совету французской военной миссии в Коммерческой Школе Асуньсьона были организованы курсы военных интендантов.
Связь Асуньсьона с Исла-Пой осуществлялась силами речной флотилии и мобилизованного персонала железных дорог, ведущих вглубь Чако (Пуэрто-Пинаско (75 км), Пуэрто-Касадо (160 км) и Пуэрто-Састре (76 км)), а также линии Консепсьон-Оркета (20 км) и Асуньсьон-Энкарнасьон (252 км). Центральная железная дорога сыграла важную роль при мобилизации и снабжении. За годы войны по ней, не считая грузов, было перевезено полмиллиона парагвайских солдат и шестьдесят тысяч военнопленных. Грунтовая дорога от Минас-Куэ до Исла-Пой, где располагались тылы армии, обслуживалась гужевым транспортом, состоявшим из вольнонаемных. Уже первые дни войны показали неэффективность последнего. В это время в армии по штату было очень мало грузовиков: один на полк и два – на дивизию. Полковые грузовики служили для интендантских нужд, а дивизионные – для санитарных. Перед началом военных действий в распоряжении фронта было всего четыре грузовика. По мере прибытия новых частей и соединений, а также мобилизации частного автотранспорта (62 единицы) их число постепенно росло и достигло полусотни. Вследствие частых поломок многие из них стояли в ремонте, поэтому для перевозки использовались два или три десятка. Для пополнения армейского автопарка парагвайское правительство срочно закупило в Италии партию грузовиков Реа. Они были заказаны под видом сельскохозяйственных машин. Затем последовали новые партии грузовиков Форд и Шевроле, приобретавшиеся через Аргентину. По мере поступления автомобилей на фронт и захвата трофеев в частях и соединениях создавались транспортные секции и взводы, постепенно вытеснившие гужевой транспорт. Автотранспортные секции (4 грузовика, 10 солдат) появились в каждом полку, а взводы (20 грузовых и легковой автомобили, 27 солдат) – в дивизиях и корпусах. На театре военных действий интендантством были развернуты хлебопекарня, скотобойня, отделение полевой почты и военной цензуры, полевая мастерская по ремонту и эвакуации техники и вооружения, команда по сбору трофеев и охране пленных.
Вступавшая в войну парагвайская армия имела по сравнению с 1928 годом больше оружия. В июне 1932 года на ее вооружении находились 21000 винтовок и карабинов