2 мая численностью в 613 человек был размещён в Консепсьоне, 2 Итороро с 855 людьми занимал Асуньсьон, 667 солдат из 3 Корралес разместились в Пуэрто-Гуарани, занимая гарнизонами Фуэрте Олимпо, Баия Негру и Пуэрто Касадо. В Энкарнасьоне для защиты Восточного Парагвая оставался только один полк слабого состава. Это был 4 полк Курупаити, который насчитывал только 247 человек. Приказом от 24 августа 1928 года началось формирование двух новых полков. 5 полк Генерал Диас в составе двух батальонов и одной роты общей численностью 1001 человек был передислоцирован в Баия Негру, а 6 полк Бокерон силой в 604 человека развёрнулся на Вилле Айес. Во время мобилизации 1928 года их численность быстро выросла до десяти тысяч. Пехотные полки были развёрнуты до штатной чмсленности в 1001 человека, а кавалерия сведена в полк. Он состоял из четырёх эскадронов и двух пулемётных секций и насчитывал 1641 человека. Непосредственно на линии соприкосоновения с противником располагались с севера на юг следующие полки: 5 пехотный Генерал Диас насчитывал 1001 солдат, 3 пехотный Корралес (5 и 6 батальоны) – 677, 1 пехотный 2 мая (1 и 2 батальоны) – 613, 2 пехотный Итороро (3 и 4 батальоны) – 835 и 1 кавалерийский Валуа Риварола. Таким образом, вместе с кавалерией на линии фронта оказалось около четырёх с половиной тысяч парагвайцев против семи тысяч боливийцев.
Структура дополнительных закупок показывает, что парагвайское командование почти сразу отказалось от французской схемы организации армии. Это было связано не только с финансовыми трудностями, но и наличием нескольких оперативных направлений разной значимости выяснилась необходимость создания соединений менее громоздких, чем троичные дивизии. В соответствии с концепциями Х.Ф. Эстергаррибии и Х.Айялы, возглавлявших Генеральный Штаб, было принято решение о формировании двух-трёх оперативных соединений различного состава. К 1930 году основная часть заказанного оружия прибыла в страну и позволила начать формирование новых частей. Приказом от 30 июля в существующих пехотных полках развёртывались третьи батальоны, восстанавливался незадолго до этого расформированный 6 полк Бокерон и формировались два новых – 7 24 мая и 8 Пиребибуй. С прибытием вооружения из Европы артиллерийская группа Генерал Бругес и инженерный батальон Генерал Акино пополнили свои ряды, а кавалерия получила новую организацию. Сохранившиеся после мобилизации полки 1 Валуа Риварола и 2 Коронель Монгелос были уменьшены на один эскадрон. Из них был сформирован третий полк Коронель Толедо. В 1931 году парагвайская кадровая армия насчитывала 219 офицеров и генералов, 146 военных чиновников, 200 кадетов и 3325 солдат и сержантов. В резерве числилось ещё 511 офицеров и 14000 солдат.
С началом Великого Кризиса и неурядицах Боливии напряжённость в Чако несколько спала, что позволило демобилизовать три пехотных полка. Из освободившихся солдат была сформирована вторая артиллерийская группа Коронель Эрмоса, пополнены и приведены в боевую готовность гарнизоны на севере. Баия-Негру и Фуэрте-Олимпо усилили пулемётами и артиллерией. Несмотря на финансовые трудности в Пуэрто-Касадо продолжалось развёртывание 1 пехотной дивизии, командиром которой был назначен подполковник Х.Ф.Эстигаррибия. В 1932 году в Консепсьоне началось формирование 2 дивизии, а база 1 дивизии была перенесена в Исла-Пой. В начале 1932 года в Баия Негре был размещен штаб 3 пехотной дивизии, а в Пуэрто-Пинаско – кавалерийской. Они находились в эмбриональном состоянии. Так, К.Фернандес назначенный в августе 1932 года командиром 1 дивизии, писал, что у него в подчинении оказалось 2 вторых лейтенанта, интендант и доктор.
В целях экономии пехотные полки были переведены на штаты мирного времени. Теперь они состояли из двух батальонов, а группа огневой поддержки была переведена в структуру полка. Технические, хозяйственные и медицинские службы также были реорганизованы. В отличие от французского проекта, где главный упор делался на полковые службы, организация тыла была возложена на дивизионные управления. По новому расписанию в него входили штаб, разведывательно-шифровальный отдел, лазарет и интендантство с обозом и полевым парком. Штаб дивизии с группой связи осуществлял общее руководство соединением и состоял из нескольких десятков человек. В их распоряжении находился радиопередатчик, полевые телеграфная и телефонная станции. Разведывательный отдел становился важным элементом управления. Помимо собственно разведки в его функции входили перехват и дешифровка сообщений противника, обеспечение секретности и организация пропаганды. Дивизионное интендантство обеспечивало снабжение войск (довольствие, боеприпасы). Ему подчинялся небольшой полевой парк и обоз. В начале войны он был конным и представлял собой полсотни местных двухколесных повозок, приспособленных под перевозку военных грузов и раненых. При обозе имелся шанцевый и столярный инструмент, который использовался ремонта повозок и путей сообщения.
Медицинская часть парагвайской армии находилась в лучшем состоянии, чем у ее противника. Её возникновение относится к 1912 году, хотя официально она была учереждена семью годами раньше. В 1924 году, когда главным военным врачом стал доктор Идояга, военно-медицинская часть была представлена только Центральным Госпиталем в Асуньсьоне. Первым шагом к изменению этого положения стала организация курсов медицинских сестёр, где ежегодно обучалось по 20 человек. Несмотря на реформу военно-медицинской части, проведённую в 1927 году, накануне войны в стране было только 219 врачей и фельдшеров. Двадцать четыре из них находились уже в возрасте, а 25 были иностранцами. В столице имелось 93 врача (из 108) и две машины скорой помощи. В начале войны в боевых частях ощущался сильный недостаток в обученном медицинском персонале, и поэтому полевые лазареты не могли обеспечить раненым надлежащий уход. Часто врачи не имели нужного уровня образования и практики, не хватало оборудования, литературы и медикаментов. Вследствие этого даже легкое ранение приводило к ампутации. Согласно штатам, медицинская часть каждого полка должно было иметь четырех врачей и одного хирурга скорой помощи. Осознавая недостатки правительство издало указ, по которому все медицинские работники были сведены в отдельный корпус, во главе которого встали Х.Рекальде и К.Васконселос. Их консультатом был назначен А.Вейс. Благодаря их энергичным мерам был обеспечен необходимый уровень медицинского обслуживания и снабжения. Если верить генералу Н.Н.Стогову, Парагвай закупил медикаментов и других материалов на 10 русских корпусов, что в три раза превысило норматив Великой войны. Вейс внедрил методы военной санитарии, разработанные в ходе войн. Так, была внедрена сортировка раненых с помощью ярлыков, каждый солдат получил индивидуальный перевязочный пакет, а полевые лазареты – готовые повязки для осколочных ранений. Примером может послужить Вторая Дивизия, которая была сформирована в Консепсьоне в августе 1932 года. Она состояла из двух пехотных полков и артиллерийской группы, а её медицинская часть состояла из лвух хирургов, 20 адъюнктов, 11 фармацевтов и биологов, 8 стоматологов, 3 ветеринаров и 43 медсестер. Кроме того, в дивизии имелось 2 лазарета с скорой помощи со 134 местами. Однако, по мере роста числа соединений численность медперсонала в них убывала, поэтому в войсках стали готовить санитаров и санинструкторов из наиболее подготовленных солдат. Подобные меры давали положительный эффект только при наличии медикаментов, поэтому в годы войны А.Ф.Вейсу приходилось постоянно бороться с министром финансов о выделен средств на их покупку.
Эвакуация тяжелораненых в Восточный Парагвай превращалась для них в сущий ад, когда они пересекали болотистую долину Эстерос де Каранхо. Пять упряжек волов с трудом перетаскивали санитарные транспорты через пятикилометровую топь. Многие солдаты не выдерживали томительного ожидания застрявшего транспорта и умирали от дизентерии и потери крови, переохлаждения или перегрева, обезвоживания и гангрены. Дорога между Исла-Пой и Пунта-Риэль (последней станции узкоколейки) усеяна могилами не выдержавших транспортировки. Далее раненые следовали по узкоколейке в Пуэрто-Касадо, где находился этапный госпиталь. Оттуда их развозили по госпиталям два санитарных судна. Официальная статистика Военного госпиталя Асунсьона свидетельствует, что через него прошло 130 000 человек, из которых 104 000 были больны, а 34398 серьёзно ранены. Из этого числа 17107 солдат умерли от ран и болезней. Для такой слаборазвитой страны как Парагвай смертность в размере 12% является большим достижением.
Госпитали делились на три категории: полевые, тыловые и эвакуационные. Первые полевые госпитали были развёрнуты на Вилле Милитар и Исла Пой. Они насчитывали по сто мест, а вих штате числилось врач, два хирурга, два адъюнкта и старшая медсестра. Потери под Бокероном в первый день составли 110 человек и сразу превысило вместимость развёрнутых лазаретов. Это сразу поняли руководители санитарной службы и поспешили создать дополнительные мощности, организовав в Казанильо эвакуационный госпиталь. По мере продвижения парагвайской армии на север её линии снабжения растягивались. Вместе с ними увеличивалис расстояния между тыловыми и фронтовыми госпиталями. Эта задача решалась путём увеличения числа санитарных автомашин, а в особых случаях – санитарных самолётов. Прибывшие на берег реки Парагвай, раненые и больные должны быть госпитализированы в этапный госпиталь в Пуэрто-Касадо, но чаще помещались на госпитальное судно Куяба. Оно развозило их по больницам Консепсьона, Сальвадора или Асуньсона. В ходе войны к ним добавилась ещё одна больница на сто коек. Она была построена в столице меннонитских колоний Филадельфии на их деньги. Главным центром госпитализации и лечения более важным является Асунсьон, который помимо центрального военного госпиталя имел гражданскую больницу «Сан-Лоренцо», оборудованную банком крови, больницу «Maria Auxiliadora» и ряд медицинс