Пока парагвайское командование усиленно сосредотачивало войска и готовило плацдарм для штурма Бокерона, их противник приводил в порядок укрепления и склады Алихуаты и Муньоса, которые оказались неподготовленными к приему большого количества войск. Как только улеглась эйфория, вызванная военными призывами и бескровными «победами», начались проблемы, связанные с мобилизацией, снабжением и развертыванием армии. Будучи реальным политиком Д.Саламанка полагал, что парагвайское правительство постарается разрешить конфликт дипломатическим путем, и Боливии при поддержке США удастся выторговать себе новые уступки в вопросе разграничения Чако, в обмен на занятые форты. Поэтому он не спешил с объявлением мобилизации. Так, в июне были набраны солдаты призыва 1930-32 годов, в августе в столицах департаментов были призваны солдаты 1928-31 годов службы, и только 13 сентября – резервисты департаментов Чукисака, Санта-Крус, Ла-Пас, Кочабамба, Оруро, Потоси и Тариха служившие в 1927-29 годах. 23 сентября была объявлена мобилизация резервистов 1923-26 годов. На ход призыва сильно влияло общественное мнение. Первоначально, многие молодые чоло, охваченные патриотическим порывом, записались добровольцами в армию. После того, как стало ясно, что война обещает быть долгой и трудной, многие из них постарались устроиться в глубоком тылу, используя связи своих свойственников. На войну пошли представители низших классов – шахтеры и крестьяне.
В середине 20-х годов генерал Г.Кундт разработал план всеобщей мобилизации в случае войны с Чили или Парагваем. Во время инцидента в Вангардии в нем выявились недостатки, которые на бумаге были устранены. Что касается оперативного плана войны, то он с 1924 года существовал в виде случайной фразы, обороненной генералом: «Асуньсьон можно взять лобовым ударом. Для этого мне потребуется 3000 штыков». Эта «директива» была уточнена начальником Генерального Штаба Родригесом. В 1930 году он планировал развернуть в случае войны с Парагваем 4060 штыков и 5 батарей. Силы противника, которые могут им противостоять в Чако оценивались в 3000 бойцов. Однако, последовавшее за отставкой Г.Кундта сокращение армии дезорганизовало всю систему развертывания войск. Мобилизационный план 1930 года предусматривал развертывание 6 смешанных бригад в 10 дивизий однородного состава. В каждую из них должен был входить один кавалерийский и 4 пехотных полка, а также группу артиллерии. В распоряжении главного командования оставались еще 8 пехотных полков, 8 групп артиллерии, 4 транспортных и 2 саперных батальона, 8 военно-санитарных учреждений и 5 автотранспортных рот, а также Авиационный корпус. В своих рядах они должны были насчитывать 106000 человек, в том числе 5 тысяч офицеров и 15 тысяч сержантов. Призыв резервистов осуществлялся через сеть призывных участков (44), разбросанных по стране. Участки направляли призывников в кадровые части, где формировались маршевые отряды для пополнения полевых войск. Однако по мере убытия кадровых офицеров и наиболее обученных рекрутов на фронт уровень боевой подготовки и сплоченности маршевых отрядов падал, что сказывалось на их боеспособности. В начале войны негативным фактором, действующим на мораль новобранцев, было прохождение выздоравливающих солдат сквозь депо. Их подавленный боевой дух отрицательно сказывался на новых рекрутах. С другой стороны, наличие обученных солдат в составе маршевых подразделений позволяло проводить подготовку резервов прямо в поездах, идущих на фронт. В целом, полковые штабы боливийской армии справились с задачей обеспечения войск пополнением. Их наличие облегчило задачу восстановления боеспособности боливийских частей даже в случае их полного уничтожения.
На развертывание соединений в штаты военного времени и их выдвижение план Г.Кундта давал 10-15 дней. Особое внимание уделялось мобилизации транспорта. Войскам требовалось 20000 лошадей (5000 кавалерийских и 3000 артиллерийских). К 1932 году Боливия располагала 62000 годных для военной службы лошадей (5500 кавалерийских и 12200 артиллерийских). Однако главный упор делался на мобилизацию частного автотранспорта. На военное положение переводились все железные дороги и речные суда. На эти мероприятия мобилизационный план Г.Кундта выделял только два дня, но фактически время набора растянулось на несколько недель.Насколько вяло текла мобилизация, настолько же медленно наращивалось боливийское военное присутствие в зоне конфликта. В июле в Чако прибыло 1826 солдат, в следующем месяце – 3521, а в сентябре – 4216. К концу четвертого месяца конфликта боливийцам удалось сосредоточить на театре военных действий столько же войск, сколько Парагваю за один месяц. Быстрая мобилизация парагвайской армии и сосредоточение ее на театре военных действий оказались неожиданными для боливийского командования. Тем не менее, боливийский Генеральный Штаб оптимистично относился к перспективам войны, полагая, что появление двух прекрасно оснащенных дивизий в долине Пилькомайо и еще двух в верховьях реки Парагвай быстро решат исход войны. Ничего не делалось и для мобилизации промышленности: располагая значительными военными запасами, боливийское военное и политическое руководство, игнорируя опыт мировой войны, полагало обойтись ими. 3 августа началось формирование 7 пехотной дивизии в Вилье-Монтес в составе трех новых пехотных полков (14 – в Вилье-Монтес, 15 – в Тарихе и 16 – в Тупизе). В связи с обнародованием доктрины Мендосы оно на следующий день было приостановлено специальным распоряжением президента и возобновилось только 12-14 августа.
Послевоенные критики Д.Саламанки обвиняют его в авантюризме при развязывании Чакской войны и, в частности, задержке выдвижения указанных полков в Чако более чем на две недели. Поведение главы государства можно легко объяснить целым рядом факторов, как внутренних: слабой компетентностью верховного командования, так и внешних. В качестве основного аргумента для объяснения этой задержки приводится факт медленной мобилизации боливийской армии. Однако не следует забывать, что с большим наплывом резервистов штабы кадровых дивизий не могли справиться, а их нужно было подучить и оснастить. Во-вторых, доктринаМендосы воспринималась роской как очевидное проявление слабости. Поведение Ла-Паса, основывалось на твердой уверенности боливийских и американских дипломатов, что Асуньсьон боится начать войну, а Аргентина не способна активно вмешаться на его стороне.
Кроме политических факторов темпы концентрации боливийских войск в Чако сдерживали организационно-транспортные проблемами. Автомобильный парк боливийской армии был гораздо крупнее парагвайского, но и коммуникации были длиннее. От железной дороги в Туписе до передовой базы снабжения в фортине Муньос расстояние составляло 800 километров. Эта коммуникация обслуживалась несколькими сотнями автомашин, разделенных на колонны. На практике грузовики на маршруте смешались. Перегрев моторов и разъедающая пыль чакских дорог зимой и непролазная грязь летних дождей приводили к частым поломкам двигателей автомашин. Они усугублялись налетами парагвайских патрулей. Дорога от Вильи-Монтес до фортина Муньос была усеяна остовами неисправных грузовиков. Требовалось особое умение и терпение, чтобы привести движение транспорта по маршруту Туписа – Муньос в порядок. Как раз этого у боливийского командования не хватало.
В сентябре 1932 года была объявлена мобилизация частного автотранспорта. В силу ряда причин она протекала очень медленно, чем тормозила переброску пополнений и военного имущества в Чако. В те годы автомобиль в Боливии представлял особую ценность. Владение грузовиком обеспечивало горожанину – чоло не только хороший заработок, но и определенный социальный статус. Поэтому при мобилизации водители старались со своей машиной попасть не на фронт, а устроиться в тылу: шоферы не хотели гробить свои машины, представлявшие в Боливии надежный источник дохода. Только к концу года военному министерству удалось обеспечить фронт необходимым количеством автотранспорта. За время войны в армию были приобретены и мобилизованы несколько тысяч автомобилей разного типа, которые составили основу системы снабжения действующей армии. Со временем, боливийское командование нашло простое решение проблемы для шоферов, гробивших свои машины: они направлялись на передовую. Поэтому между шоферами, может быть самыми привилегированными солдатами боливийской армии, происходило своеобразное соревнование за «выгодные» маршруты – подальше от линии фронта. Переход боливийского железнодорожного транспорта на военное положение прошел более гладко. Но и после этого большинство железнодорожных линий работали по мирному расписанию. Это было следствием легкомысленного отношения к противнику и проявлением авантюрной концепции «военного приключения на юго-востоке». В условиях ненадежного наземного транспорта экстраординарное снабжение боливийских войск в Чако держалось на дюжине транспортных самолетах, конфискованных у ЛАБ. Они в общей сложности могли перебросить до 8 тонн груза за один рейс и вывезти около 120 тяжелораненых из района военных действий. Их старались использовать в экстренных случаях и не подвергать опасности. Только один из них, Чаркас F13, был потерян за время войны. В 1934 году он попал в грозу и разбился. Транспортные самолеты оперировали с аэродрома Ла-Пас и совершали челночные рейсы сначала на Муньос и Диего-Суарес, а затем на Бальивиан и Виллу Монтес.
Офицер батареи Селеме Мануэль Сааведра Кирога так рассказывал о переброске своего подразделения в Чако. 15 августа их батарея погрузилось в Оруро в эшелон, направлявшийся в Тупису. Через два дня его подразделение выгрузилось и совершило пятидневный марш до Тарихи. Только 6 через 15 суток после прибытия, батарея пешим порядком выдвинулась в Виллу Монтес, куда прибыла 11 сентября. Здесь она получила на вооружение 4 горные 75мм пушки Виккерса и 5 грузовиков. Три дня спустя подразделение выехало в Муньос