В 12 часов ночи отряды Московского гарнизона и чекисты начали операцию. Они оцепили 25 особняков анархистов, выставили против них броневики и потребовали сдачи оружия. Большинство анархистов после недолгих колебаний сдались, но у некоторых особняков на Малой Дмитровке, на Поварской и на Донской анархисты оказали отчаянное сопротивление. В окнах были выставлены пулеметы, даже горные пушки, было брошено несколько бомб. После применении чекистами артиллерии осажденные сдались. В доме «Анархия» на Малой Дмитровке был захвачен большой склад оружия — от револьверов до орудий, в подвале были обнаружены запасы продовольствия. Операция завершилась к 2 часам дня 12 апреля, арестовано было около 400, убито и ранено 30 анархистов.
«Нашей задачей, — говорил тогда Феликс Эдмундович Дзержинский, — с самого начала возникновения Чрезвычайной комиссии как органа борьбы с антиреволюционными явлениями была борьба с преступностью во всех ее проявлениях. Поэтому совершенное нами очищение города в ночь на 12 апреля следует рассматривать как одно из наших мероприятий, осуществленное в широком масштабе… Мы имели определенные сведения, что вожди контрреволюции хотят воспользоваться преступными элементами, сгруппировавшимися вокруг групп федерации, для выступлений против Советской власти… Последнее обстоятельство подтверждается также и теми своеобразными мотивами, которыми руководствовались анархистские группы при занятии особняков: они выбирали стратегические пункты как раз против всех наиболее важных советских учреждений города, поэтому мы имели основание предполагать, что якобы анархистскими организациями руководит опытная рука контрреволюции. Мы в настоящее время будем продолжать с должной энергией довершение начатого дела по очищению города от преступных элементов. В ближайшем будущем нами образуется особый подотдел, который систематически займется борьбой с преступными элементами…»
Удар, нанесенный ВЧК по анархистскому подполью, заставил контрреволюционеров на время притаиться, но сдаваться они не собирались. В начале 1919 года московские анархисты, считавшие вооруженные выступления против Советской власти и террор основными формами борьбы, решили объединить свои силы и образовать нелегальную организацию.
Одним из вдохновителей анархистов в столице являлся Казимир Ковалевич. Он возглавлял в 1918 году вооруженные ограбления Военно-законодательного Совета, Монпленбежа и Центротекстиля. Ковалевич и его единомышленники намеревались организовать вооруженное сопротивление Советской власти в масштабах всей страны, скоординировать разрозненные выступления анархистов в разных городах, подчинив их единой цели — свержению диктатуры пролетариата. И в первую очередь надежды главарей анархизма в Москве полагались на Махно и его многочисленные бандитские отряды.
На одном из тайных совещаний лидеров столичных анархистов было принято решение о создании нелегальной, глубоко законспирированной организации под названием «Всероссийская организация анархистов подполья». Центральное место в деятельности организации отводилось боевикам. В их задачу входило добывание оружия и взрывчатых средств, организация экспроприации (так анархисты называли вооруженные ограбления банков, магазинов и других государственных учреждений), подготовка и совершение террористических актов против В.И. Ленина и других руководителей Коммунистической партии и Советского государства. Большое внимание руководство организации уделяло вопросам конспирации, стремясь до минимума свести вероятность провалов. Все участники организации объединялись в семерки. Только один из членов каждой семерки мог быть связан с кем-либо из руководящего ядра. Приобретались явочные квартиры, они использовались для связи между участниками, укрытия членов организации.
На организационном собрании руководители анархистского подполья приняли решение создать отделения на Урале, в Сибири, Уфе, Брянске, Самаре и в других городах страны и направить туда своих уполномоченных.
Весной 1919 года руководители организации посылают со специальной миссией на Украину к Махно Марию Никифорову, а в мае в Харьков к «батьке» отправился и сам Казимир Ковалевич. Они сообщили Махно о создании организации и получили от него полное одобрение своих планов. Итогам переговоров явилась выработка единой политической линии борьбы с Советской властью. Было принято решение «начать бить по центру», что означало подготовку и осуществление основных ударов — взрывов и террористических актов — прежде всего в Москве. С этой целью московские группы анархистов были усилены махновцами. В столицу приезжает известный в анархистских кругах боевик-«экспроприатор» Соболев. Ковалевич и Соболев устанавливают тесные контакты с левыми эсерами, обсуждают с ними «текущий момент», пытаются договориться о совместных действиях. Кроме того, Ковалевич подыскивает конспиративные квартиры, вербует новых членов подполья, организует печатание и распространение контрреволюционной литературы.
Анархисты в этот период не только решали организационные вопросы, но и приступили к незамедлительному практическому осуществлению своих планов. В июле — августе 1919 года они совершили налеты на ряд московских банков, контор, правлений кооперативных товариществ.
Конечно, преступления анархистов не оставались безнаказанными, многие бандиты были арестованы, судимы. Но, несмотря на самоотверженность, мужество и героизм чекистов, несмотря на помощь трудящихся, нанести по анархистскому подполью в столице решающий удар в летние месяцы 1919 года не удалось.
Тем временем «Всероссийская организация анархистов подполья» усиленно готовилась к осуществлению взрыва в Московском Кремле-. Главари анархистов планировали приурочить его к годовщине Октябрьской революции. С этой целью они предпринимают меры к тому, чтобы получить образцы пропусков в Кремль. Приобретаются бланки паспортов и других документов, изготавливаются печати. В Москву тайно небольшими количествами ив разных городов страны анархисты доставляют взрывчатку. Для хранения оружия и боеприпасов анархисты снимали дачу в подмосковном поселке Краснове, здесь же размещалась и их подпольная типография.
Вечером 25 сентября 1919 года во время заседания в помещении Московского комитета РКП (б) в Леонтьевском переулке, где собрались ответственные партийные работники столицы, раздался взрыв. Погибло двенадцать человек, в том числе секретарь Московского комитета партии В.М. Загорский. На этом заседании собирался присутствовать В.И. Ленин, но не смог приехать.
Получив сообщение о террористическом акте, ВЧК и МЧК немедленно начали розыск преступников. Постановлением исполкома Московского губернского Совета Московская губерния была объявлена на военном положении. По указанию Ф.Э. Дзержинского практически все московские чекисты были мобилизованы.
В те дни большинство сотрудников Особого отдела МЧК работали круглосуточно. Спали по очереди, по два-три часа в рабочих кабинетах. Феликс Эдмундович вызывал к себе Евдокимова несколько раз в сутки, интересовался предпринимаемыми мерами, высказывал рекомендации.
Вначале чекисты придерживались версии, что взрыв в Леонтьевском переулке был совершен белогвардейцами как месть за аресты участников «Национального центра». Но никаких; доказательств тому так и не поступило, розыск не давал результатов.
2 октября при проверке документов в следовавшем из Москвы на Украину поезде была задержана активистка анархистской украинской организации «Набат» София Каплун. По распоряжению руководителей организации она была направлена для работы в тыл деникинских войск. У нее было найдено письмо главаря «Набата» Барона следующего содержания: «Теперь Москва начеку, пару дней тому назад местный комитет большевиков взорван бомбой, погибло больше десятка, дело, кажется, подпольных анархистов, с которыми у меня нет ничего общего. У них миллионные суммы. Правит всем человек, мнящий себя новым Наполеоном… Они сегодня, кажется, публикуют извещение, что это сделали они».
Сведения немедленно были переданы в Москву. Они позволили сразу же отмести предположение о причастности белогвардейцев к взрыву, искать виновных следовало среда анархистов. У Московской ЧК появилась хоть какая-то ниточка. Был арестован Барон, а также некоторые другие летальные московские и прибывшие с Украины анархисты. Но в процессе их допросов стало ясно, что они, хотя и осведомлены о том, кто устроил взрыв, всячески покрывают преступников. Арестованные даже пытались разыграть комедию; образовали из своей среды «следственную комиссию» якобы для оказания помощи чекистам, а на самом деле пытались сбить их с истинного пути, замести следы, оттянуть время.
Ф.Э. Дзержинский, В.Н. Манцев, Е.Г. Евдокимов и другие руководители ВЧК и МЧК тщательно проанализировали имевшиеся материалы об анархистах за предшествующий период и вновь поступившие данные. Они обратили внимание, что из поля зрения чекистов исчезло немало анархистов, активно действовавших прежде. Напрашивался вывод, что в столице существует анархистское подполье, что взрыв в Леонтьевском переулке могли осуществить именно эти анархисты. Были приняты меры по розыску исчезнувших «борцов за полную свободу».
К концу октября чекистам удалось установить некоторые связи анархистов, которые вели в район Арбата, в квартиру Марии Никифоровой. За квартирой было установлено наблюдение. Посещавшие Никифорову лица вели себя подозрительно, создавалось впечатление, что они пытались выявить наблюдение за собой. Чекисты нагрянули на квартиру, произвели тщательный обыск, арестовали несколько человек и устроили там засаду. Черев несколько часов пришел хорошо одетый мужчина. Обнаружив в квартире посторонних, он попытался скрыться, отстреливался и даже бросил в чекистов самодельную бомбу, которая, к счастью, не взорвалась. В перестрелке неизвестный был убит. У него были найдены наброски анархистских обращений и фальшивые документы. Московским чекистам удалось установить, что убитым является Казимир Ковалевич, служащий Московско-Курской железной дороги.