1-13 января 1916 года подводная лодка «Нерпа» дважды обнаруживалась германской подводной лодкой UB8, 8 января 1916 года захватила в качестве приза парусник с грузом. С 27 января 1916 года, в соответствии с распоряжением штаба Командующего флотом, черноморские подводные лодки приступили к систематической разведке турецкого побережья. 28 января – 10 февраля «Тюлень» несла блокадную службу у Босфора. 23 февраля – 4 марта 1916 года в том же районе с задачей блокады Зонгулдака действовала «Нерпа», а с 5 по 13 марта 1916 года – вновь «Морж». 10 марта подводная лодка «Морж», со второй попытки торпедировала и потопила турецкий колесный буксир «Darica», вышедший из-за мола в Зонгулдаке, а буксировавшиеся им восемь барж остались дрейфовать. 12 марта 1916 года подводная лодка атаковала находившийся в дозоре у Зонгулдака турецкий вспомогательный тральщик «Rusumet №-2», но была отогнана огнем береговой батареи. 14–23 марта 1916 года «Тюлень» выходила в поход к берегам Болгарии и Босфору. 19 марта 1916 года подводная лодка в пяти милях от входа в Босфор обнаружила и атаковала двумя торпедами большой пароход, следовавший в охранении миноносца из Зонгулдака с грузом угля. Поврежденный взрывом одной из торпед турецкий пароход «Dutor», выбросился на берег у Галата – Бурну. 21 марта подводная лодка «Тюлень» у о. Кефкен обнаружила большую группу парусных шхун с грузом угля. Сблизившись с ними, «Тюлень» начала артиллерийский обстрел, потопив в итоге 11 шхун, причем некоторые из них пришлось поджечь, а для ускорения затопления даже таранить.
26 марта – 5 апреля 1916 года в район Зонгулдак – Босфор выходила подводная лодка «Морж». Утром 29 марта 1916 года «Морж» была вынуждена находиться в подводном положении двенадцать часов, что очень тяжело сказалось на самочувствии личного состава. На следующий день в 25 милях от Босфора подводная лодка была атакована гидросамолетом, вынудившим ее погрузиться. 3 апреля 1916 года «Морж» прошла в подводном положении к Босфору, обнаружила на мели у м. Кара-Бурну пароход «Dutor» и торпедировала его. Одновременно взрывом торпеды был уничтожен и подошедший к борту парохода большой парусный бриг. По возвращении командир подводной лодки поднял вопрос о необходимости регенерации воздуха на борту подводной лодки при длительном пребывании под водой, а также предложил демонтировать торпедные аппараты Джевецкого, вооружив подводную лодку противозенитными орудиями.
5-15 апреля 1916 года «Тюлень» выходила в поход, действуя у Анатолийского побережья в районе Босфора. 8 апреля 1916 года в районе Шиле подводная лодка была атакована гидросамолетом, сбросившим на нее пять бомб. Ночью у Акчакоджи «Тюлень» перехватила и, с намерением захватить в качестве приза, обстреляла каботажный колёсный паром «Eseri Merhamet». При этом установленное в носовой части австрийское 88-мм орудие дало осечку, и огонь пришлось вести только из 5 7-мм кормового отечественного орудия. Пароход успел выброситься на берег, и был добит днем торпедой. В тот же день подводная лодка потопила артиллерийским огнем бригантину и шесть барж.
25 апреля – 4 мая в районе Зонгулдак – Босфор несла службу подводная лодка «Морж». 30 апреля 1916 года у мыса Шали подводная лодка обнаружила и обстреляла артиллерийским огнем три турецких парусника, один из них с грузом угля потопила тараном. В тот же день подводная лодка была дважды атакована германским гидросамолетом №-239, сбросившим по пять бомб. 30 апреля 1916 года в море вышла подводная лодка «Тюлень», возвратившаяся 4 мая в базу, но уже через три дня вновь отправившаяся в Боевой поход. Перейдя к Анатолийским берегам «Тюлень» потопила 11 мая 1916 года у м. Кара – Бурну шхуну и в тот же день была безрезультатно атакована германским гидросамолетом. 13 мая 1916 года подводная лодка потопила четыре шхуны у Варны, а 16 мая 1916 года захватила и привела на буксире в Севастополь в качестве приза турецкий двухмачтовый барк «Ваісі». Вышедшая в море 20 мая 1916 года и сменившая на позиции «Тюленя» подводная лодка «Морж» 25 мая 1916 года захватила у м. Эмине трехмачтовый барк «Belguzar». 27 мая 1916 года приз был приведен на буксире в Севастополь. С 28 мая по 7 июня 1916 года в районе Зонгулдака действовала подводная лодка «Нерпа», причем ввиду возросшей угрозы со стороны неприятельской авиации, подводной лодке пришлось в этом походе находиться под водой непрерывно рекордное для своего типа время – 17 часов 10 минут, пока не представилась возможность всплыть и провентилировать отсеки. По донесению командира, личный состав чувствовал к моменту всплытия все признаки отравления углекислым газом.
С 8 по 14 июня 1916 года в районе Зонгулдака крейсировала подводная лодка «Тюлень», но из-за поломки румпеля носовых горизонтальных рулей была вынуждена возвратиться досрочно. С 19 по 25 июня 1916 года в районе Босфор – Зонгулдак действовала подводная лодка «Нерпа». 21–30 июня 1916 года в море находилась подводная лодка «Морж», выходившая в последующие два дня в торпедные атаки по пароходам близ Шиле и о. Кефкен. С 8 по 19 июля 1916 года в этом же районе действовала «Тюлень», торпедировшая в устье реки Агве каботажный пароход «Hale». На следующий день подводная лодка там же захватила, а затем уничтожила двухмачтовую шхуну. Так же был атакован и вынужден выброситься на берег еще один паром – «Neveser». 16–18 июля подводная лодка «Нерпа» выходила к Босфору, 20 – 27 июля 1916 года совместно с подводной лодкой «Кит» обеспечивала проведение флотом очередной минно-заградительной операции в том же районе. С 26 июля по 2 августа 1916 года ее на позиции сменила подводная лодка «Морж», которой удалось 31 июля у острова Кефкен потопить шхуну. 5–6 августа подводная лодка «Тюлень» в подводном положении выполнила разведку болгарского порта Варна. Полученные разведданные были использованы командованием флота для подготовки авиационного удара по Варне и постановки 1 сентября 1916 года заграждения подводным минным заградителем «Краб».
С 5 по 15 августа 1916 года в районе Босфора действовала подводная лодка «Нерпа», обеспечивающая минную постановку эсминцами 1-го дивизиона «Дерзкий» и «Пронзительный». Днем, находясь в надводном положении близ Варны, подводная лодка была атакована германской подводной лодкой UB7, выпустившей две торпеды. От одной из них «Нерпа» уклонилась, вторая же угодила в правый борт между рубкой и третьим торпедным аппаратом Джевецкого. Оставаясь в районе, «Нерпа» 10 и 12 числа у входа в Босфор потопила артиллерией две шхуны. 13 августа 1916 года подводная лодка «Морж» потопила у входа в Босфор парусник. На позицию к Босфору 3 -13 сентября пришла «Нерпа», а затем в очередное крейсерство вышла «Тюлень». В ночь на 29 сентября 1916 года «Тюлень» близ о. Кефкен обнаружила и после артиллерийского боя захватила вооруженный пароход «Rodosto».
Действуя с 21 по 29 октября 1916 года в районе о. Кефкен – Босфор, «Тюлень» 23 октября захватила и уничтожила шхуну «Lutfi СеШ», обстреляла из орудий каботажный пароход «Tutsak». 27 октября у о. Кефкен подводная лодка захватила парусник «Sfatos» и привела его в качестве приза в Севастополь. 22 – 25 октября 1916 года подводная лодка «Морж» производила разведку побережья в районе Сакария – о. Кефкен. «Морж» 13 декабря 1916 года в районе м. Кара – Бурну безуспешно атаковала торпедами турецкие паромы «Ihsan» и «Sutludce», 21–30 декабря 1916 года подводная лодка «Нерпа» в устье р. Агве перехватила и обстреляла артиллерийским огнем каботажные паромы «Nusret» и «Eser-і Merhamet», которые вели на буксире по одной парусной барже. Оба парусника были брошены и уничтожены подводной лодкой.
В 1917 году Боевые действия Бригады Подплава Черноморского флота на коммуникациях противника свелись к одиночным выходам подводных лодок. С 3 по 7 января «Морж» обеспечивала у Босфора минную постановку, проводившуюся эсминцами и тральщиками. 23 января 1916 года «Морж» захватила и уничтожила в районе м. Мидия три шхуны. 2 марта 1916 года у о. Кефкен подводная лодка потопила шхуну №-268, но затем была обстреляна огнем береговой батареи. 6 марта 1916 года у Босфора «Нерпа» потопила одну шхуну. С 1 по 11 апреля 1916 года у Босфора патрулировала «Морж», потопившая в две шхуны. 11 апреля 1916 года «Нерпа» в районе Окне – Шары обстреляла буксирный пароход «ВеЬек» и буксируемый им барк. Поврежденному буксиру удалось уйти, а трехмачтовый барк был потоплен.
В последний Боевой поход «Морж» ушла из Севастополя вечером 27 апреля 1917 года, направившись на смену в районе Босфора подводной лодке «Кашалот». Посланные на поиски миноносцы захватили пленных которые показали что первого мая видели бой подводной лодки «Морж» с гидроаэропланами у р. Эрегли. Вследствие этого является предположение, что подводная лодка во время боя погибла. Вместе с подводной лодкой пропали без вести 42 подводника. 6 июня 1917 года в район восточнее Босфора выходила подводная лодка «Нерпа». С 15 по 27 июля 1917 года в район Босфора впервые после затянувшегося ремонта выходила подводная лодка «Тюлень». В конце июня «Тюлень» направлялась в Севастополь, но выскочила на песчаную отмель и вынуждена была возвратиться в Николаев. 18 июня 1917 года близ устья р. Мелен-Су потопила шхуну, через два дня – две шхуны у о. Кефкен, а 23 июля – еще 2 шхуны. 24 июня потопила каботажный пароход «Intizam». 1 августа 1917 года подводная лодка «Нерпа» ушла в Николаев, в нем была разоружена и поставлена в завод для проведения капитального ремонта, который затянулся на шесть лет.
Последний Боевой выход в море совершила подводная лодка «Тюлень» с 20 по 24 сентября 1917 года. Подводная лодка потопила у входа в Босфор парусник, а в ночь на 23 сентября 1917 года захватила пароход «Kozlu» и привела его в Севастополь в сопровождении двух вызванных для этого эсминцев.
Из числа строившихся для Черного моря новых подводных лодок тип «Лебедь», в Боевых действиях успела принять участие только подводная лодка «Гагара», вступившая в строй 20 июня 1917 года. «Гагара» дважды ходила к Босфору, потопила шесть парусников и в