В Новороссийск подводные лодки привели команды, составленные из двадцати шести офицеров и одного мастерового. Подводные лодки пришли безоружными, так как французское командование запретило брать торпеды. 16 апреля была закончена эвакуация из Севастополя в Новороссийск действующих кораблей Черноморского флота, переданных союзниками представителям Белого движения еще в ноябре 1918 года. В Севастополе оставались находившиеся в резерве АГ-21, «Гагара», «Орлан», «Нарвал», «Кит», «Кашалот», «Краб» и отправленные к порту малые лодки. В Подплаве несли службу все нижние чины и три офицера. 22 – 26 апреля, в ожидании захвата главной базы флота войсками красных, подводные лодки АГ-21, «Налим», «Скат», «Лосось», «Судак», «Краб», «Кашалот», «Кит», «Нарвал», «Гагара» и «Орлан» по приказу англо-французского командования были затоплены в районе Севастополя.
3 мая 1919 года в занятом красными Николаеве красный флотский экипаж приступает к сборке пяти подводных лодок тип «Holland», из которых подводная лодка АГ-22 должна вступить в строй в этот же месяц. Подводная лодка «Нерпа» находится в капитальном ремонте. Без движения остаются спущенные на воду корпуса подводных лодок «Лебедь» и «Пеликан». Началось воссоздание Красного ЧФ при наличии 2700 человек личного состава в Севастополе, Одессе, Николаеве и полном отсутствии боеспособных судов. До указанного времени моряки Черноморского флота красных воевали на суше, главным образом в составе ударных частей и экипажей бронепоездов. 14 – 21 мая подводная лодка «Тюлень» совершила переход из Новороссийска в Батуми и вернулась обратно, ведя под конвоем транспорт «Ризе» с грузом боеприпасов. Батуми становится перевалочной базой для доставки русским войскам оружия и военного снаряжения союзников. Не имея ни одного боеготового корабля, в том числе ни одной подводной лодки, красные оказались не способны дать отпор противнику на море.
В июне 1919 года командир подводной лодки «Утка» вербует к себе радиотелеграфиста с миноносца. Подводная лодка готовится к Боевым действиям. Кораблей Красного Флота на Черном море все еще нет. 27 июня 1919 года русская Добровольческая Армия, освободив порты Азовского моря и Севастополь, оставленный красными, блокировала с моря Днепро – Бугский лиман, а в августе овладела Николаевом и Херсоном. Подводные лодки «Нерпа», АГ-22 и АГ-23 возвращаются в ряды Черноморского флота белых. 5 августа закончена достройка подводной лодки АГ-22. Подводная лодка вступила в строй и начала кампанию.
31 августа 1919 года войска Добровольческой Армии взяли Одессу группой сухопутных войск со стороны Николаева и десантом с моря. Главные силы Белой армии ушли в глубину европейской части России, к Москве. Подводные лодки «Утка» и «Буревестник» приступают к ремонту. Единственной боеготовой подводной лодке «Тюлень» ставится задача развить Боевую деятельность на Черном море.
10 сентября 1919 года подводные лодки АГ-22 и АГ-23 зачисляются во 2-й ранг судов Вооруженных Сил Юга России. 12 сентября подводная лодка «Утка» встала в ДОК на неделю. К 16 сентября 1919 года, по плану развития Черноморского флота белых, предполагалось иметь 6 -10 боеготовых подводных лодок. Для этого решили ввести в строй подводную лодку АГ-22, достроить подводные лодки АГ-23, АГ-24, АГ-25 и АГ-26, отремонтировать подводные лодки «Тюлень», «Утка» и «Буревестник», подготовить подводников для укомплектования команд. 27 сентября подводная лодка «Утка» направлена в Хорлы стационером, куда она прибыла 29 сентября. 3-14 октября 1919 года подводная лодка АГ-22 выполняла практическое плавание по маршруту Севастополь – Ялта – Феодосия – Новороссийск (прибыла 8 октября) – Анапа – Феодосия – Ялта – Севастополь. На переходе Анапа – Феодосия подводники сумели развить надводную скорость хода 9,5-10 узлов. 23 октября представлены сведения о готовности подводных лодок, находящихся в Севастополе: «Буревестник» – требуются исправление цепи освещения, установка приборов помпы охлаждения дизелей, покраска, а также топлива 2200 пудов, смазочного масла 115 пудов (готовность к 09.11.1919); «Тюлень» – находится в Николаеве на ремонте; «Утка» – прибыла из п. Хорлы, топлива 1100 пудов, масла 75 пудов; АГ-22 – в 12-часовой готовности, топлива 890 пудов, масла 84 пуда. Всем офицерам флота в Севастополе приказано получить винтовки. Из доклада командира Николаевского порта командующему Черноморским флотом: «Кроме АГ-23 имеются 24, 25 и 26-я в несобранном виде в ящиках. Подводные лодки «Лебедь» и «Пеликан» на воде, представляющие из себя плавающие коробки».
По докладу командира подводной лодки АГ-23 9 декабря подводная лодка находилась на стапеле завода «Руссуд». Спуск на воду планировался на 20 января 1920 года.
Согласно Боевого расписания Морских Сил русской Добровольческой Армии на 1919–1920 года в строю находились:
1-й дивизион подводных лодок: «Тюлень», «Утка», «Буревестник»; 2-й дивизион подводных лодок: АГ-22 (вступила в строй 5 августа 1919 года), АГ-23 (вступление в строй 1 февраля 1920 года), АГ-24 (вступление в строй 1 июня 1920 года), АГ-25 (вступление в строй 1 августа 1920 года), АГ-26 (вступление в строй 15 августа 1920 года). После поражения белых войск на севере Кавказа, корабли Антанты переправили в Крым из Новороссийска до 40 тысяч войск. 14 марта белые оставили Новороссийск. В начале года в составе флота белых на Черном и Азовском морях числились подводные лодки «Тюлень», «Буревестник», «Утка», АГ-22 и в постройке АГ-23.
Во второй половине января русские подводники увели из Николаева на буксире подводные лодки «Пеликан» (70 % готовности) и «Лебедь» (60 % готовности) в Одессу, где одну затопили на входе Щ в торговый порт, а другую в самом порту.
24 апреля 1920 года началось формирование Морских Сил красных на Черном и Азовском морях. К середине июня в северо-западной части Черного моря вошли в строй 10 пароходов, 4 буксира, 17 катеров; в Николаеве достроена подводная лодка АГ-23, подводная лодка «Нерпа» продолжала ремонтироваться. Всего на 1 сентября в составе красного флота числилось уже 7,5 тысячи человек. В мае 1920 года отмечалась активность подводных лодок «Тюлень» и АГ-22, ходивших из Севастополя в Феодосию, Алушту, к Херсонесу. Базировались лодки в Севастополе, в Южной бухте и Минной гавани. 1 июня 1920 года в Николаеве спущена на воду подводная лодка АГ-23, уже приписанная к морским силам красных. В конце июня в пока еще белом Севастополе ощущается нехватка продовольствия. Приказом Командующего флотом в приморском городе установлена очередь на получение рыбы. В третью очередь рыбу получают подводные лодки «Буревестник», «Тюлень», «Утка» и АГ-22. Еще зимой, чтобы поддержать огнем с моря свои позиции на Перекопе, со стороны Каркинитского залива из судов белого Черноморского флота сформировали отряд, ядро которого располагалось в районе Тендровской косы. Летом здесь иногда появлялись и подводные лодки белых.
1 августа 1920 года прибывшую на Тендру подводную лодку «Тюлень» направили к Одессе для наблюдения за движением судов. 4 августа ее сменила подводная лодка «Утка» с дополнительной задачей задержать на выходе из Одессы итальянский пароход. 7 августа снова произошла смена подводных лодок: место подводной лодки «Утка», ушедшей в Севастополь, заняла подводная лодка «Тюлень». Весь август подводная лодка «Тюлень» оставалась в составе Каркинитского отряда и даже преследовала посыльное судно №-1 красных, сопровождавшим отряд тральщиков, занимавшийся постановкой мин. Израсходовав запасы топлива, подводная лодка «Тюлень» ушла в Севастополь.
13 сентября 1920 года красная подводная лодка АГ-23 приступила к ходовым испытаниям в Днепро – Бугском лимане, чем вызвала переполох в Каркинитском отряде. Не знавший возможностей подводной лодки АГ-23, не имевшей торпед для своих американских аппаратов, начальник отряда приказал всем кораблям перейти на мелкие места к Тендеровской косе, чтобы затруднить действия подводной лодке на подводном ходу. Оберегая отряд от ночной атаки из надводного положения, выставили дозор из двух катеров. Крейсер «Генерал Корнилов» вел стрельбу противолодочными, так называемыми «ныряющими», артиллерийскими снарядами.
С 10 по 18 октября 1920 года подводная лодка «Утка» совместно со вспомогательным крейсером «Алмаз» принимала участие в прикрытии со стороны моря операции, в результате которой из района Адлера удалось без потерь вывезти воинский отряд. 21 октября подводная лодка АГ-23 вступила в состав Морских Сил, прорвала морскую блокаду, организованную судами Врангеля на выходе из Днепро – Бугского лимана, перешла в Одессу, откуда несколько раз выходила на Боевую подготовку и разведку в Каркинитский залив. К концу октября генерал Врангель распорядился начать подготовку к эвакуации. Если изношенные войной и долгой эксплуатацией без надлежащего ремонта суда еще годились на то, чтобы совершить последний трагический акт затянувшейся Гражданской войны – вывезти участников Белого движения из Крыма, то с людьми дело обстояло сложнее. Согласно спискам, численность офицерского состава белого флота позволяла полностью укомплектовать кадровыми офицерами немногие уцелевшие корабли когда-то большого Черноморского флота, однако на практике это не представлялось возможным. Любая революция разлагает. Подвергнувшись ее влиянию и потеряв веру в достойное будущее, офицеры стали покидать корабли. Вместо элитных офицеров по флоту на командных должностях оказался пестрый состав из числа офицеров по адмиралтейству, офицеров военного времени и офицеров Корпуса корабельных офицеров (комплектовался из произведенных в офицеры бывших кондукторов флота). Катастрофически не хватало опытных старших офицеров и старших специалистов. На подводных лодках ничего подобного не наблюдалось. Подводные лодки были полностью укомплектованы офицерами подводного плавания, имевшими достаточный опыт. Те из немалого числа российских подводников, кто не смог занять должность на подводной лодке (их на флоте осталось всего четыре), с удовольствием принимали назначение на надводные корабли, где исправно несли службу. Некоторые надводные корабли в Бизерту приведут командиры из числа бывших российских командиров подводных лодок.