Нетрудно было возбудить к войне не успокоившееся еще население, там и сям вступавшее в мелкие стычки с польскими солдатами. Война возобновилась, но на этот раз счастье и удача отвернулись от казаков и их вождя. В первом же крупном сражении под местечком Зборовом татары были подкуплены поляками и изменили союзникам. Хан стал настаивать на мире, Хмельницкому пришлось уступить, чтобы не потерпеть поражения. В августе 1649 года был заключен так называемый Зборовский договор. Для казацких поселений отводились по этому договору воеводства Киевское, Черниговское и Брацлавское. Сюда совершенно не допускались евреи, а иезуиты могли жить только в тех городах, где не было православных школ, чтобы не имели возможности вмешиваться в воспитание православного юношества. Шляхтичи-землевладельцы возвращались в свои поместья. Все должности в указанных воеводствах должны были замещаться исключительно православными русскими. Казакам, поселившимся здесь, предоставлялось полное самоуправление, во главе с выборным гетманом, подчиненным непосредственно королю. Число реестровых казаков доводилось до сорока тысяч, остальные казаки возвращались к своим панам. Участвовавшие в восстании Волынь и Подолия оставались в прежнем подчинении Польше.
Нечего было и думать о том, чтобы такие условия успокоили и удовлетворили казаков. Главным неисполнимым пунктом было, конечно, возвращение панов-землевладельцев и подчинение им не вошедших в реестр казаков или хлопов, участвовавших в восстании и очищавших Украину от тех же панов. Хмельницкому, как повелителю Украины, приходилось защищать панов от насилий хлопов, но заставить последних работать по-прежнему он не мог.
Общее недовольство усиливалось еще и голодом, наступившим после войны в разоренных областях. В Подолии и Волыни положение было еще хуже, так как там хлопы были беззащитны, и паны свободно вымещали на них свою злобу. Не было довольно условиями договора и польское правительство, считая их унизительными для государства. Вернувшиеся из плена гетманы Калиновский и Потоцкий мечтали о мести казакам.
Все это подготовляло почву к новой войне, и Хмельницкий искал союзников. Прежде всего он обратился к Москве. Но так как там медлили с согласием, он стал искать покровительства у турецкого султана. Султан принял казаков под свою руку и запретил крымскому хану вступать в союз с Польским государством.
Военные действия открылись в 1651 году. В Польше снова было объявлено «посполитое рушение», т. е. всеобщее ополчение. Первое сражение под Берестечком опять кончилось полной неудачей для казаков. В самый разгар битвы скрылся с поля отряд татар и увлек за собой Хмельницкого. Лишенное предводителя и союзников, казацкое войско растерялось и частью было перебито поляками, а частью погибло в непроходимых трясинах и болотах. В это же время литовский гетман Радзивилл завладел Киевом, разорил и сжег много церквей и монастырей и перебил жителей. Вернувшийся Хмельницкий не решился продолжать войну и согласился на заключение нового договора в Белой Церкви. Конечно, поляки воспользовались своей победой, чтобы изменить условия Зборовского договора. Теперь количество реестровых казаков было определено только уже в двадцать тысяч и для поселения они получили только одно Киевское воеводство. Казацкое самоуправление было ограничено, казацкий гетман был поставлен в зависимость от польского коронного гетмана. Условия договора не могли удовлетворить казаков, особенно тех, которым предстояло опять превратиться в хлопов и вернуться на издевательство к своим панам.
В это время особенно усилилось начавшееся еще раньше переселение украинцев за границы Московского государства, на левую сторону Днепра. Большая часть казаков, не попавших в реестр, скрылись туда, другие рассыпались по Запорожской Сечи, разнося неудовольствие против поляков и самого Богдана Хмельницкого. Московское правительство радушно принимало переселенцев и даже помогало им обзаводиться на новых землях. Так образовались в пределах Московского государства казацкие поселения или слободы, из которых выросли потом города и местечки, такие как Харьков, Сумы, Лебедянь, Ахгырка, Короча и другие. Польская пограничная стража не могла остановить переселение, казаки отбивались от нее силою. И вырастала новая Украина в то время, как старая не переставала волноваться и вести распри с Польшей и самим старым гетманом. Хмельницкий тоже принимал жестокие меры против зачинщиков восстаний против него. Уже несколько было предано смертной казни. Волнения не утихали, Киевское воеводство страдало от постоянных войн и разорялось, Киев снова лежал наполовину в развалинах.
Хмельницкий все время обдумывал план новой войны, хлопоча о надежном союзнике и покровителе. Москва все еще не решалась определенно выступать против Польши, потому Хмельницкий задумывал союз с молдавским господарем, к дочери которого сватался его сын. С 1652 года война возобновилась и тотчас же с обеих сторон начали проявляться еще большие жестокости, чем в предыдущие столкновения. Умершего Иеремию Вишневецкого сменил поляк Стефан Чарнецкий, отличавшийся горячей любовью к Польше и непомерной кровожадностью в отношении к врагам. Истребляя все по пути в Украине, он наткнулся, наконец, на серьезный отпор, который дал ему казацкий отряд, под предводительством Богуна. В битве под Монастырищем Чарнецкий был ранен, а войско его разбежалось, напуганное слухом о приближающихся татарах. После этого король стал сам во главе войска. Войско расположилось на берегу Днестра, против города Хотина, у местечка Жванца. По обыкновению, в польском войске был сильный беспорядок. Хмельницкий мог бы без труда одержать над ним верх, если бы снова не изменили ему в важную минуту его вероломные союзники татары. Опять принудили они его заключить мир с поляками. Новый договор подтвердил статьи Зборовского. Вдобавок к этой неприятности, татары, в награду за союзничество, опустошили и без того уже разоренную и почти обезлюдевшую Украину хищническими набегами.
Невесело было возвращаться Хмельницкому в Чигирин. Его горе было усугублено еще и личным несчастием — потерей сына, женившегося на дочери молдавского господаря и вскоре после этого умершего от раны. Но через некоторое время надежды его на освобождение Украины от Польши опять оживились. В Чигирин прибыло московское посольство, сообщившее о готовности государя Алексея Михайловича принять под свое покровительство Украину. В январе собралась общая казацкая рада в Переяславле. Гетман вышел на площадь в парадной одежде, прикрытый бунчуком, за ним шла вся украинская старшина. В своей речи к собравшемуся народу Хмельницкий предложил ему избрать государя из четверых: турецкий султан, крымский хан, польский король и православный царь Великой Руси, царь восточный. «Избирайте, кого хотите. Царь турецкий бусурман. Всем нам известно, какую беду терпят наши братья православные христиане греки и в каком утеснении они от безбожников. Крымский хан тоже бусурман. Хотя мы по нужде и свели с ним дружбу, однако приняли через то нестерпимые беды, пленение и нещадное пролитие крови христианской. Об утеснениях от польских панов не надобно вам и сказывать, сами знаете! А православный христианский царь восточный одного с нами греческого благочестия, одного исповедания; мы с православием Великой Руси едино тело церкви, имеющее главой Иисуса Христа». Тысячи голосов ответили: «Волим под царя восточного православнаго! Лучше нам умереть в нашей православной вере, нежели доставаться ненавистнику Христову, поганину!» Потом начали читать условия, на которых Украина должна была соединиться с Москвой. Главными из них были: во-первых, целость и нераздельность области Украины по обе стороны Днепра. На правой стороне в эту область должны были входить воеводство Киевское и части воеводств Подольского и Волынского. Затем Украина должна иметь: право собственного управления, независимого от царских чиновников, право собственного законодательства и судопроизводства, право избирать гетманов и чиновников вольными. голосами, право принимать послов и сноситься с иноземными государями; сохранение прежних прав городов, неприкосновенность личных прав сословий: шляхетского, духовного, мещанского, казацкого и посполитого (народного); неприкосновенность имуществ, умножение реестрового войска до 60 000, жалованье казакам из местных доходов, когда эти доходы определятся. Украина, с своей стороны, обязывалась платить своему государю дань, но без вмешательства московских сборщиков, а также помогать царю войсками на войнах, а царь должен был защищать ее и совершенно освободить от притязаний Польши.
Условия пришлись всем по вкусу, и, после произнесения речи главным московским послом Бутурлиным, рада разошлась, а гетман поехал в собор для принесения присяги новому государю. Но здесь произошло первое недоразумение, за которым следовали потом и другие. Гетман предложил послам присягнуть за своего государя в том, что «его величество, великий государь, не нарушит наших прав, дарует нам на права наши и имущества грамоты и не выдаст нас польскому королю». «Никогда не присягнем мы за своего государя, — отвечали послы, — да гетману и говорить о том непристойно: подданные должны дать веру своему государю, который не оставит их жалованьем, будет оберегать от недругов, не лишит прав и имений ваших». «Мы поговорим об этом с полковниками и со всеми людьми», — отвечал гетман и вышел из церкви. Пришедшие затем в церковь полковники также требовали присяги. Послы отказались наотрез. Хмельницкому невыгодно было ссориться в настоящее время с московскими послами, и он, вместе с старшинами, присягнул в вечном подданстве царю от всей Украины, в тех границах, в каких она была поставлена Зборовским договором.
После этого послы отправили стольников и стряпчих по всем городам и полкам Украины для приведения жителей к присяге, а сами отправились в знатнейшие города: Киев, Нежин и Чернигов. 14 января въехали они в Киев. Киевские казаки встретили их с девятью распущенными знаменами, за десять верст от города. Они пристали к послам и открыли торжественное шествие. За казаками вели двенадцать царских лошадей турецкой породы, в златоглавых чепраках, которые волочились по земле. На них лежали вышитые золотом седла. За ними шел полк детей боярских, одетых в собольи шубы; за ними еще ряд турецких лошадей, которых сбруя сверкала золотом и жемчугом и между ними несли четыре знамени, удивлявших своей огромностью и искусно вышитыми на них изображениями: на одном был вышит лев, на другом единорог, на третьем и на четвертом морская рыба с девичьим лицом. Позади всех ехали послы. Процессия следовала к Золотым воротам и версты за полторы была встречена духовенством.
Митрополит произнес приветственное слово, но вместе со всем прочим духовенством решительно отказался принести присягу московскому царю. Он боялся, что при соединении Украины с Московским государством ему придется подчиниться московскому патриарху. Послы привели к присяге казаков и горожан. Немедленно вслед за отбытием посольства в Киеве водворился московский воевода с сильным гарнизоном, и вскоре была построена новая крепость. Эти первые шаги московского правительства уже разочаровали гетмана и других украинских патриотов. Они увидели в них первое нарушение самостоятельности их родины. Хмельницкий между тем, ожидая мести со стороны поляков, немедленно разослал универсал всей старшине: «Панове полковники, сотники и вся атамания войска Запорожского и городового. Доброго здоровья вам желаю от Бога и учиняю вам известным, чтобы вы были осторожны в замках и исполняли воинские обязанности по обычаю, как сами знаете. Чтобы у вас пороха, свинца, борошна и всякого продовольствия было довольно, потому что я с королем лядским мира не постановил, и вы неприятелей наших ляхов бейте, если они посмеют нападать на нас, а царь московский, сражаясь за веру, будет помогать вам. Препоручаю вас Господу Богу».
В том же 1655 году московский царь начал войну с Польшей из-за Малороссии. Успеху русских содействовала Швеция, напавшая на Польшу с другой стороны. Скоро Польское государство было разобрано. Русские захватили Литву и Южную Русь по Львов и Люблин, а шведы северную часть. Поляки, видя неминуемую гибель, прибегли к хитрости. Они пообещали царю Алексею Михайловичу избрать его на польский престол и тем склонили его к миру с собой и к войне с Швецией. Он заключил мир в Вильне, удержав за собой Малороссию и Белоруссию. Хмельницкий, радовавшийся поражению исконного врага Украины, Польши, негодовал на виленский мир, заключенный так не вовремя. Он знал, что пока Польша существует, она не оставит своих притязаний на Украину. Что же касается Московского государства, то, как он думал, там больше соблюдали свои выгоды, чем заботились о пользе Украины. Он присоединился к недовольству духовенства и старшины и начал строить планы новых союзов. Он входил даже в переговоры с Швецией, бывшей во враждебных отношениях с Москвой, и не отказывался слушать поляков, снова обещавших казакам все права и вольности, если они вернутся к ним. От огорчений и неприятностей старый гетман расхворался и умер в 1657 году, оставив родину далеко не успокоенной.
После его смерти в Украине поднялись раздоры партий, окончательно разорившие ее. Одни тянули несчастную страну к Польше, другие к Москве, третьи к Турции. Так метались из стороны в сторону гетманы и старшины, хотя большинство из них явно склонялись к Польше, ожидая от нее большей свободы, чем от Москвы. Что же касается казаков и простого народа, то они симпатизировали Москве, как единоверному государству, и, кроме того, надеялись, что она избавит их от произвола шляхты. При этом друзья Москвы жили преимущественно на левой стороне Днепра, в новой Украине, или Малороссии, а друзья Польши в старой Украине, на правом берегу Днепра.
Ближайший преемник Хмельницкого Выговский склонился на предложение польского правительства и заключил с ним договор, по которому казаки присоединялись к Польше, как «вольные к вольным и равные к равным». Украина, по этому договору, делалась союзным с Польшей государством и должна была пользоваться самоуправлением со своим сеймом, судебным трибуналом, должностными лицами из местных уроженцев, с полной свободой православия и народного образования. С помощью старых союзников татар Выговский разбил московское войско при Конотопе. Но победа эта не принесла никому пользы, так как приверженцы Москвы едва не убили Выговского, смотря на его соглашение с поляками как на измену русскому народу и православию. Изменил также Москве и сын Хмельницкого Юрась, выбранный на гетманство после Выговского. Вследствие этой измены московские войска снова потерпели поражение от польских. После этого поражения правобережная Украина отпала от Москвы и управлялась некоторое время отдельным гетманом. Эта вторая война Москвы с Польшей кончилась в 1667 году Анд-русовским перемирием. По Андрусовскому договору, за Москвой оставался Смоленск, левобережная Украина и на два года Киев. Весь правый берег Днепра снова принадлежал Польше.
Многие украинцы горевали о разделении Украины и мечтали о соединении ее под каким-нибудь новым покровительством. Один из таких был правобережный гетман Дорошенко. В 1672 году он обратился к турецкому султану и призвал его на помощь. Султан разорил и Польшу, и правобережную Украину.
Между тем Москва вводила мало-помалу свои обычаи и порядки в подчиненной ей Малороссии. Воеводы злоупотребляли своей властью, оказывая полное пренебрежение к правам казаков и всего населения. Московский патриарх явно стремился к подчинению себе южно-русской церкви. Все это настолько усиливало общее недовольство московским правительством, что оно стало распространяться и среди жителей левого берега. Влиянию Дорошенка подчинился сначала гетман Брюховецкий, до тех пор вернейший слуга московского правительства, а затем и его преемник Многогрешный. Но в то же время нашествие приглашенных Дорошенком турок привело в такой ужас жителей разоренной и выжженной правобережной Украины, что оно толпами стало переселяться за Днепр. В скором времени Дорошенку оставалось гетманствовать в пустыне или присягнуть московскому царю, что он и сделал.
Теперь Москве приходилось выцарапывать правобережную Украину из рук Турции, и при царе Федоре Алексеевиче началась война с нею. Война была неудачна для русских. После Бахчисарайского мира (1681 г.) правобережная Украина, к югу от Киева, все-таки осталась за Турцией, которая передала ее молдавскому господарю. Наконец, еще через пять лет Москва заключила вечный мир с Польшей и вступила с ней в союз против Турции. Двадцати пяти лет не прошло еще со смерти «батьки Богдана», а правобережная Украина, за которую он боролся, особенно воеводства Подольское и Брацлавское и большая часть Киевского, превратилась в сплошные развалины и почти безлюдную пустыню. Турецкий гарнизон стоял в Каменце и сторожил разоренную и опустевшую страну, когда-то богато населенную и радовавшую взоры приветливой красотой плодородных полей и пышных садов. Как во времена Батыя, прекратилось торговое движение, заросли дороги и заглохли пути, оживляемые в прежнее время многочисленными караванами.
Но как только восстановилось здесь хотя и это грустное затишье, снова потянулись на старое пепелище прежние жители с левого берега или из Малороссии, как определенно называлась теперь эта сторона в отличие от правобережной Украины. Гетманом Малороссии был в то время Самойлович. Как и многим другим украинским патриотам, ему не нравилось заключение Бахчисарайского мира с Турцией, и так же, как они, не мог он примириться с фактом вечного мира с Польшей, открыто высказываемое неудовольствие подвело его под гнев московского правительства и погубило. Немало способствовал этой гибели и преемник Самойловича Мазепа, давно добивавшийся гетманства. Он был избран на раде 1687 года.