Всего более пострадала Ладога в начале XVII века, при столкновении России со Швецией в так называемую смутную эпоху.
Сын Иоанна Грозного, царь Феодор, умер бездетным, и на престол вступил его шурин Борис Годунов. Младший сын Грозного, царевич Дмитрий, жил с матерью в Угличе, где и умер в семилетием возрасте. Был ли он убит или зарезался в припадке падучей болезни, как показало следствие, в точности неизвестно, но многие приписывали его смерть царю Борису. Через несколько лет пошел слух в народе, что царевич жив, его удалось спрятать, а убили другого ребенка. Явился и сам царевич в лице беглого монаха Григория Отрепьева, названного в истории Лжедмитрием. С помощью поляков он собрал войско и пошел на Москву. Царь Борис в это время внезапно умер в 1605 году, а вступивший после него на престол сын его Феодор был вскоре убит. И поднялась на Руси великая смута. Вера в Лжедмитрия усиливалась и распространялась, русские войска передавались ему сами. Наконец, он занял Москву, где и царствовал одиннадцать месяцев. Смута в народе продолжалась и особенно поддерживалась неразумным поведением поляков, которыми наводнил Москву Лжедмитрий. Толпу поджигали недовольные бояре, и в конце концов Лжедмитрий был зверски убит. В 1606 году на царство был выбран Василий Шуйский. Смута все не прекращалась. Появился второй самозванец, снова усиленно поддерживаемый поляками. Шведы в это время были во вражде с поляками, потому Шуйский и обратился к ним за помощью против Тушинского вора — второго Лжедмитрия — и поляков. В конце февраля 1609 года стольник Головин и дьяк Сыдавный Зиновьев заключили с поверенными шведского короля Карла IX договор. По этому договору король обязывался отпустить на помощь Шуйскому 2000 конницы и 3000 пехоты. Кроме платы солдатам и всяких льгот Швеции, король выговаривал еще город Карелу (нынешний Кексгольм). Шведы выполнили свое обязательство и выслали, кроме пяти тысяч наемников, еще около десяти тысяч всякого разноплеменного сброда под начальством Якова Делагарди. С прибытием шведских войск племянник царя, молодой Скопин-Шуйский, начал наступательные действия против тушинцев — приверженцев второго самозванца, Тушинского вора — и поляков. Союзным войскам удалось очистить несколько городов, между ними Орешек. Воевода Орешка, бывший приближенный Лжедмитрия, Михаил Салтыков убежал в Тушино. Иностранные войска трудно было поддерживать в повиновении, потому что платили им неаккуратно. Казна между тем опустела. Царь и Скопин собирали деньги по городам и монастырям с великим трудом и при помощи обещаний разных льгот. Царь приказал, против желания жителей, немедленно очистить Карелу и отдать ее шведам. Скопин продолжал одерживать победы, и польский король Сигизмунд начал опасаться, что его надежды овладеть Москвой не сбудутся. Между тем Скопин освободил Москву от тушинцев. Для борьбы с поляками ему нужны были новые вспомогательные силы. За новые, еще более тяжкие обязательства, шведы прислали еще 4000 войска. Осилив и поляков, Скопин и Делагарди торжественно вошли в Москву. Въезд народного любимца, молодого героя Скопина в Москву современные писатели сравнивали с торжеством Давида, которого израильтяне чтили больше, чем царя Саула. Но через месяц князя Скопина-Шуйского не стало. Командование войсками принял брат царя и дядя Скопина, Дмитрий Шуйский, не любимый народом и подозреваемый в отравлении племянника. Гетман Жолкевский, во главе польского войска, разбил союзников под начальством Делагарди и Шуйского. Делагарди дал слово Жолкевскому не быть больше в союзе с царем Василием и отступил к Новгороду.
17-го июня 1610 года Шуйский был низвержен. Поляки с Сигизмундом все больше и больше одерживали верх. Сильная и многочисленная русская партия соглашалась провозгласить царем сына Сигизмунда, Владислава. С этого времени шведы превращаются из союзников во врагов Московского государства. Француз Делавиль со своим отрядом занимает Ладогу, а Делагарди берет Кексгольм (Карелу) и направляется к Новгороду.
Засев в Ладожской крепости, Делавиль держался в ней семь месяцев, уверяя новгородцев, что соблюдает интересы русского царя (Шуйского), против которого восстали его же подданные, и что будет защищать Ладогу от неприятеля, как верный слуга Русского государства. Однако в Новгороде решили принять меры, чтобы выжить непрошеного защитника, и, еще до принятия присяги Владиславу, отправили в Ладогу князя Мещерского с войском. Но экспедиция кончилась неудачей, так как войско от нужды и бескормицы разбрелось. В Новгород в это время был послан сын Михаила Салтыкова, Иван. В своем донесении Сигизмунду Салтыков писал, что «послан был в Ладогу до моего приезду в Новгород князь Иван Мещерский с ратными людьми, и ратные государь люди, которые были с ним, от него с бедности разошлись».
По прибытии в Новгород, Салтыков прислал сказать Делавилю, что у русских новый царь Владислав, что Шуйский низложен, и чтобы Делавиль освободил крепость, иначе его придут выгонять русскими и польскими пушками. Делавиль продолжал стоять на своем, что сражается за русские интересы против врагов России. Он сам рассказывал потом в своих записках, что для изгнания его было сделано со стороны русских несколько попыток, окончившихся неудачей. Его хотели выжить голодом, лишив возможности добывать продовольствие в окрестностях Ладоги. Верстах в двух от крепости, за рекой, расположились русские лагерем в количестве 700–800 человек. Но Делавиль сделал вылазку и заставил русских не только сдаться, но и сжечь свои лагери.
Вторая попытка освобождения крепости была предпринята отрядом русских в 500 человек, состоявшим из пехоты и конницы под начальством Ивана Можайского. Отряд расположился на расстоянии пушечного выстрела от крепости, но Делавиль атаковал его и разбил. О следующей затем попытке Салтыков пишет Сигизмунду следующее: «Я, холоп ваш, приехав в Великий Новгород, поговоря с бояры, послал под Ладогу на немецких людей воеводу князя Григория Волконского, со многими ратными людьми и с нарядом и велел, государь, ему над немецкими людьми промышлять, сколько Бог помочи даст». В этом отряде было 2000 человек под начальством князя Гр. Конст. Волконского, который, по прибытии сюда, расположился в 12 верстах от крепости, т. е. у устья Волхова. Здесь Делавиль потерпел поражение. Битва была глухой зимой в 1611 году. Одержав эту победу, Волконский пришел под Ладогу; сюда же прибыл и Салтыков из Новгорода. Делавилю предложили очистить крепость за возвращение ему пленников и между прочими его брата. Делавиль не соглашался и предлагал выкуп за пленников, на что, в свою очередь, не соглашались русские. Для устрашения перед крепостью на глазах Делавиля зарезали двоих пленников. Положение французов делалось все более трудным. Запертые в крепости, лишенные всяких припасов, они выносили тяжкие лишения. Наконец, Делавиль согласился сдаться Салтыкову на почетных условиях. С знаменами и оружием, при звуках труб, вышли французы из крепости, получив от Салтыкова пленных. Крепость была занята семь месяцев и освобождена в феврале 1611 года.
Через полгода однако Ладога была уже снова в руках неприятели. За это время Делагарди успел силой овладеть Новгородом после того, как Салтыков умер, замученный пытками по обвинению его новгородцами в измене и желании предать их польскому королю. 15-го июля 1611 года Делагарди заключил договор с новгородцами об избрании на русский престол шведского королевича Филиппа. После этого он отправился с тем же намерением в Ладогу и требовал, чтобы ладожане впустили в крепость войско русского царя, избранного, по его словам, и в Москве. В это время Ладога была занята русским гарнизоном в 200 человек, и стражники били челом в 1611 году, что «сидят де они в Ладоге от немецких людей в осаде и на караулах живут беспрестанно, днем и ночью, и нужда де им в корме в Ладоге великая». Узнав, что новгородцы сдались Делагарди, ладожане впустили к себе на тех же условиях шведские войска, под начальством Ганса Райхенберга.
Шесть лет после этого находилась Ладога под властью шведов. Все время в ней стоял и хозяйничал шведский гарнизон, сначала под начальством Ганса Райхенберга, потом Эверта Горна и, наконец, самого Делагарди.
Между тем русский народ окончательно возмутился против иноземных властителей. В 1613 году образовалось народное ополчение под начальством князя Пожарского.
Ополчение изгнало поляков из Москвы, и Россия избрала на царство Михаила Феодоровича Романова. Все города присягнули новому царю, и новгородцы очутились между двух огней. Порвать со Швецией они не могли, потому что Делагарди держал их в руках; порвать с Москвою значило для них порвать со всеми началами своей жизни. В том же 1613 году умер король шведский Карл; преемник его Густав-Адольф прислал брата своего Карла-Филиппа в Выборг для переговоров. Эверт Горн требовал от новгородцев и ладожан прямого ответа: желают ли они окончательно признать своим государем шведского короля или нет? Во всяком случае они должны были знать, что шведский король имел на них право, так как его войска защищали их от врагов. Новгородцы хотели выиграть время. Они ответили, что и раньше присягали королевичу Филиппу с тем, чтобы он шел к ним и оставил у них все по-старому, идти же под власть шведского короля они и не собирались.
Пока шли эти переговоры, против шведов возрастало все большее и большее неудовольствие и возмущение в разоряемых ими посадах и городах. Князь Волконский начал стягивать войска к Новгороду, Тихвину и Ладоге. В декабре 1614 года было сообщено ему из Ладоги в Белоозерск: «Стоят на Волхове, в 10 верстах от Ладоги, 500 немецких людей, да пришло от Иван-Города, от ямы и Копорья 1500 немецких людей и стали на Масельгском погосте да на Лунчаге (финские поселки недалеко от Ладоги), стоит прежних немецких людей 500 человек, а с Рождества однолично идти всем немецким людям в Тихвин посад». В феврале 1615 года Ладога была сборным пунктом шведских войск, о чем было сообщено в Белоозеро: «Велел-де Ивенгор немецкому воеводе Самойлу Кобрину собирати всех немцев в Ладогу, которые хотели, ходили в Обонежскую пятину и на Масельгу, а собрався с теми немцы велел идти им в Тихвин же, и нынче-де немецкие люди сошлись в Ладогу». Делагарди жил в то время преимущественно в Ладоге и заводил в ней иноземные порядки.
Чтобы окончательно отделаться от шведов, новгородцы отправили послов к московскому царю. Послы сказали ему, что новгородцы только из нужды передались шведскому королю и просят заступиться за них и взять их под свое покровительство. После милостивой грамоты царя новгородцам открылись снова военные действия. Московские отряды стояли на реках Мете и Ловати, а Волконский сообщил, что он двинулся на государеву службу под Тихвин, Ладогу и Орешек, со всеми атаманами и казаками, и назначал сборный пункт у Рождества Христова на реке Паше.
Но шведский король был склонен к миру и дал приказ Делагарди бросить Новгород, разорив его как следует. Начались долгие переговоры, которые кончились съездом в деревне Столбове, между Тихвином и Ладогой, где был заключен мир 27 февраля 1617 года. По словам летописи: «Немцы с государем помирилися и отдали город Новгород, Порхов и Ладогу». Карела, Орешек, Копорье, Ямбург и другие города оставались у шведов, а ближайшим русским пунктом к морю стала Ладога. Густав-Адольф, прочитав текст договора, улыбнулся и сказал: «Ну, теперь Москва совершенно отрезана от моря, не перешагнет».
Долго не могла оправиться Ладога после этого последнего иноземного владычества. Вся она была выжжена, разорена и разграблена, жители ее почти все разбежались. Еще в 1614 году захваченные неприятелем пленники показывали, что «русских людей в Ладоге нет никого». Все окрестные монастыри и селения также были разграблены неприятелем. Валаамские старцы писали в 1618 году о Васильевском монастыре против Ладоги: «Стоит он пуст, игумена и братии в нем нет, лишь де живут в нем три служки». Этот монастырь был в такой крайности, что когда в 1620 году он начал «ставиться после войны немецких людей вновь», то до 1627 года богослужение в нем совершалось при освещении дранью, и братия, скорбя о том, приносила жалобу, что «у них де в церкви Божией, служача с лучиною, образа закоптели». Вообще кругом Ладоги, начиная с Николо-Медведицкого монастыря у устья Волхова и до Гостинополья (в 20 верстах от Ладоги), царствовало полное разорение. Очевидно, не сразу убрались из Ладоги шведы после Столбовского договора, потому что в грамоте от 1620 года игумена Медведицкого монастыря Кирилла, между прочим, пишется: «В прошлом году Ладожский воевода того Никольского монастыря бывшего игумена Феодорита и служителей монастыря пытал всякими разными пытками и покинул в тюрьму замертво, а в монастырь прислали многих немецких людей и монастырь разорили, образы и колокола и свечи и паникадила и всякую монастырскую казну, лошадей и коров и хлеб монастырский в житницах монастырских и по селам все пограбили, и по полям сеянный хлеб, пожав смолотив, свезли в Ладогу, и старцев и слуг и крестьян многих побили до смерти и монастырь и монастырские гумна все выжгли, и церкви каменные разломали и их разорили до основания». В 1621 году старица Акилина, заботясь о восстановлении Успенского монастыря, писала в своей челобитной: «Оне (сестры) от немецкого разорения скитались между дворами и кормились Христовым именем и их прежнюю жалованную грамоту и всякую монастырскую казну поймали и сестер побили немецкие люди в те поры, как имали Ладогу». А в 1652 году писали посадские люди в своей челобитной, что «в прошлых, государь, годах после немецкого разоренья и мирного договору, собралось нас сирот твоих посадских, тяглых людишек с разных городов на твое государево имя в твою государеву отчину в город Ладогу 49 семей».
И до сих пор еще можно услышать в Ладоге ссылки на то время, «когда французы и немцы Ладогу разоряли».
Затягивались понемногу глубокие раны Ладоги, собирались из бегов посадские людишки к своим разоренным жилищам и строчили слезные челобитные на стрельцов и пушкарей, которые отнимали у них последнюю возможность справиться торговлей и местными промыслами. Такими же челобитными вымаливали старцы и старицы пособия на восстановление разграбленных и опустевших монастырей. Исконный враг ушел, удовлетворившись полученными городами, и перестал тревожить опустошенную Ладогу. Жизнь в городке кое-как налаживалась и входила в колею, разваливались только не поддерживаемые за ненадобностью, когда-то грозные твердыни на берегу Волхова.
В 1699 году молодой московский царь Петр Алексеевич затребовал указом выписку из описных книг Новгородской области и ее пригородов и о состоянии их казенных зданий и имуществ. В выписке, касающейся Ладоги, перечислены все ее жители, по сословиям, в количестве 446 человек, и затем дальше, между прочим, значится: «Соборная церковь священномученика Климента, Егорьевская церковь, Успенский девичий монастырь, Васильевский монастырь. Город Каменный, а в нем: Башня Климентовская круглая, высоты 7 сажен 2 аршина. Та башня от мокроты с верху до подошвы вся сыплется; кровли нет, и мосты все сгнили и обвалились. В той башне был проходной тайник в Земляной город, и тот тайник и нижний бой засыпался и проходу в тайник нет». Затем идет подробное описание остальных башен города, которые почти все «сгнили, стоят без кровли и от мокроты сыплятся и валятся врознь». Местами обвалившиеся каменные стены заменены деревянными рублеными. Мосты также все сгнили и провалились. В Проезжей башне помещалась в то время зелейная и свинцовая казна. «А тот Каменный город, башни и прясла стоят без кровли и без починки многие годы; и на башнях кровлей и в башнях мостов нет; от дождя и снега все сгнило без остатку и провалилось; и наряд пушки стоят в башенных окнах с великою нуждою. В том же городе Приказная изба. И всего того города Каменного стены и с башнями по мере 168 сажен с четвертью». Город Деревянный. Все башни, мосты и ворота этого города также сгнили и «валились врознь». Внутри города был пруд, «и с того пруда преж сего пропущена была вода за город, в ров трубами; и те трубы огнили и заросли, и вода стоит в городе; а пруд травою зарос и засорился». «В Деревянном же городе тайник к реке Волхову, а в том тайнике колодязь; вода была проведена из реки Волхова трубою; и та труба и в колодязь обруб и мост над колодезем все огнило без остатку; и в нужное время в городе водою будет скудно. И всего в Деревянном городе деревянных круглых и глухих 2 башни, а третья проезжая, да Деревянного города башен и городовые стены и с быками 231 саж.».