Погибший над Борунами «Илья Муромец XVI» стал единственным самолётом этого типа, который русская авиация потеряла непосредственно в воздушном бою за всю Первую мировую войну. Все дальнейшие попытки противника расправиться в воздухе с русскими «летающими крепостями» были тщетны. А своеобразный реванш за гибель «Ильи Муромца XVI» авиаторы Эскадры взяли в бою, который состоялся в небе над белорусским городом Сморгонь 2 ноября 1916 года. Тогда оснащённый новыми пулемётными установками «Илья Муромец VII» под командованием капитана И. С. Башко без труда расправился с тремя «фоккерами» противника и благополучно вернулся на базу… Штабс-капитан И. С. Башко за разгром складов и германского штаба получил орден Св. Анны IV степени с надписью «За храбрость» и был произведён в капитаны.
Донесение командира ВК II Панкратьева в Ставку ВГК от 12 сентября 1916 года:
«Сегодня ВК Второй совершил боевой полёт по маршруту Ягельница – Бжежаны – Ягельница. Продолжительность 3 часа 50 минут, высота около трёх тысяч метров, нагрузка – 70 пудов.
Произведены разведка и фотографирование позиций. Неприятельский аэроплан типа “Альбатрос” неоднократно пытался атаковать Корабль, но, каждый раз встречаемый пулемётным огнём, уклонялся от боя с малой дистанции. Корабль подвергся сильному огню многочисленных батарей противника».
В 1916–1917 годах на Юго-Западном фронте разворачивались основные события русско-германского противостояния. В июле 1916 года 1-й отряд перебазировался в галицийское местечко Микулинцы, а потом – в Ягельницы, где и оставался до самого распада фронта в 1917 году.
Значительно расширить боевые действия летом 1916 года позволила хорошо налаженная на базе в Пскове подготовка личного состава. В июне 1916 года четыре «Муромца» 3-го боевого отряда перебазировались на аэродром Станьково, в 45 км южнее Минска. Они бомбили объекты и вели разведку. В августе было выполнено 46 вылетов, на противника было сброшено 4,4 тонны бомб.
Через два дня (когда на другом фронте был сбит «Муромец» Макшеева) досталось и Кораблю IV поручика Шарова. В районе Митавы он был атакован обладавшим большой скоростью и манёвренностью немецким истребителем-бипланом с синхронным пулемётом. Истребитель, атакуя, всё время старался попасть в мёртвое пространство Корабля (у стабилизатора), но своевременными манёврами его отгоняли дружным огнём из четырёх пулемётов с левого борта. После двадцатиминутного боя истребитель быстро снизился и скрылся в облаках. По врагу было выпущено 600 патронов.
Всего в сентябре 1916 года Корабли Эскадры выполнили 24 боевых вылета.
Вот пример ведения воздушного боя с истребителями противника экипажем Г. В. Клембовского: «25 апреля Клембовский идёт в полёт на станцию Хутыско, бомбит её. Но на него нападают четыре немца и жестоко избивают Корабль, хотя и сами получают по зубам. Отличный стрелок штабс-капитан Фёдоров забирается на верхнюю площадку, подпускает немцев на 50 шагов и, когда уже ясно замечает голову пилота, пускает очередь из “Мадсена”. Первый немец взмыл, свалился на крыло и турманом пошёл вниз. Второй клюнул носом, перешёл в пике, да так и не выровнялся. Третий подбит и планирует. Четвёртый повернул и дал тягу».
А вот как описывает С. Н. Никольский, помощник командира ВК-II (КК Панкратьев), нанесение удара экипажем «Муромца» по скоплению войск и техники противника:
«25 мая в 4 ч 10 минут вылетаем. Облачно. Настроение торжественно-серьёзное. Бомб нагорожено в Корабле столько, что пройти нельзя. Двухпудовки висят в кассете. Две кассеты полных, остальное на полу. Подходим к Язловцу. Вижу, где держится противник, – дальше, в уцелевшей части Язловца. Вижу войска: батальона три-четыре. Ага, резерв. Идём туда. Здесь лощина с хатами, а между ними люди. Прицел поставил заранее. Приготовиться! Грох! Одна пудовая, три двухпудовых тротилки. Одновременно сваливаю три тридцатипятифунтовых осколочных и немного мелочи. Разрывы, облака дыма, сразу же пожары. Одну двадцатипятифунтовую тротилку бросаю в группу уцелевших домов, где вижу автомобиль, людей и лошадей. Высота 2600 м, но видно хорошо. Попадания великолепные.
Вижу массу артиллерийских запряжек. Дальше на поляне повозки, много лошадей и масса народу, тысячи три-четыре. Какие-то палатки. Бросаю в артиллерийский парк одну десятифунтовку и одну двадцатифунтовку. Попадание удачное. Павлик строчит из пулемёта. Вижу на поляне страшную панику. Люди, лошади бегут куда-то по разным направлениям. Выходим вторично. Тут уж я обнаглел и первую пудовку посадил прямо в первую линию, где держался противник. Дальше резерв уже в беспорядке и частью начинает разбегаться. Грохнул ещё кассету и часть осколочных. Всё окончательно заволокло дымом. Схватил пулемёт и сыплю, сыплю. И так крутили мы и бросали, пока от резерва уже ничего не осталось. Перед последним кругом (сделали уже пять) Панкратьев спрашивает: “Можно уже идти домой?”Я кричу: “Прошу ещё круг!” Вот и последний круг. Всё в пламени. Качу туда последние три бомбы. Свободны!»
Лето 1916 года было периодом наиболее интенсивных действий ЭВК. Стремясь оказать действенную помощь сухопутным войскам, нанести максимальный ущерб противнику, держать его войска в постоянном моральном и физическом напряжении, экипажи с лета 1916 года приступили к выполнению боевых заданий ночью. Большого успеха добились лётчики Эскадры при выполнении ночных налётов на немецкие склады в Митаве. Ночные налёты были для немцев неожиданными, и авиабомбы обычно удавалось сбрасывать на хорошо освещённые цели.
Шидловский признал расположение базы Эскадры в северном Пскове ошибочным. Требовалось найти место где-нибудь на юге. Потери Кораблей от капризов погоды за весь год были достаточно высоки. Многие из вновь прибывших «Муромцев» портились, ломались. Начальник ЭВК генерал-майор М. В. Шидловский доносил о сложившейся ситуации: «…на базах Эскадры, Западном и Северном фронтах упорно держится минимум давления с сильными дождевыми шквалами. Несмотря на все принимаемые меры, в Койданове шквалом сильно повреждён и вышел из строя Корабль XVII. Аэродромы, дороги превратились в болото. Переоборудование Кораблей в Пскове сильно затрудняется и может задержать переход главной базы в Винницу».
Уже в конце сентября из Пскова и Зегевольда (2-й отряд) туда отправили 13 Кораблей. На Юго-Западном фронте, в Ягельнице, в 1-м отряде осталось четыре Корабля и на Западном, в Станьково, в 3-м отряде – три «Муромца». Выбор пал на Винницу. Здесь располагался реквизированный у немецкой фирмы крупный завод свекловичных семян. Передислокация базы на новое место произошла в октябре – ноябре 1916 года.
К осени 1916 года Эскадра достигла пика своего могущества. В течение года совершила 156 боевых вылетов, сбросив на противника 18,8 тонны бомб. Вместе с тем в октябре на боевые задания летал только «Киевский», совершивший всего два полёта. В ноябре и декабре Корабли Эскадры не поднимались в воздух, за исключением боевого полёта Корабля XIII 22 ноября 1916 года.
Самолёты «Илья Муромец» успешно бомбардировали железнодорожные узлы и станции, склады военного имущества, скопления живой силы и техники, артиллерийские позиции и другие объекты противника. Кроме того, они вели разведку, производили аэрофотосъёмку позиций и рубежей обороны противника, боролись с его авиацией. Так, например, в августе 1916 года отмечалось несколько удачных групповых налётов на немецкую военно-морскую авиабазу в районе Риги. Во время одного налёта четыре «Муромца», несмотря на яростные атаки восьми истребителей и огонь зенитной артиллерии противника, смогли пробиться к цели и сбросить 72 бомбы. Из них 22 попали в ангары и 11 – в причалы и самолёты.
В результате бомбардировочного удара по штабу 84-й немецкой пехотной дивизии, складам и аэродромам, расположенным в районе Борзика, три экипажа тяжёлых Кораблей и шестнадцать лёгких бомбардировщиков нанесли противнику значительный урон. На обратном пути самолёты дважды были атакованы истребителями. В воздушном бою враг потерял четыре из них.
Начальник Эскадры решил собрать всё, что имелось на Галицийском и Румынском фронтах: 1-й боевой отряд, которым командовал старший лейтенант Г. И. Лавров, 2-й боевой отряд капитана А. В. Панкратьева, 3-й боевой отряд подполковника И. С. Башко и вновь сформированный 4-й боевой отряд под командованием штабс-капитана Р. Л. Нижевского.
Для этих отрядов были намечены аэродромы: для 1-го боевого отряда – в местечке Мыкулынци (в районе города Тарнополя); для 2-го боевого отряда – в местечке Ягельница; для 3-го боевого отряда – аэродром в Колодзиевке и для 4-го отряда – в районе города Болград, в местечке Болгарийка. По мере готовности Кораблей отряды должны были перелетать на эти аэродромы, общее количество самолётов нужно было довести до 12 единиц.
На Юго-Западном фронте, в Ягельнице, в 1-м отряде осталось 4 Корабля и на Западном, в Станьково, было 3 «Муромца» 3-го отряда.
В представленном в конце 1916 года Императору докладе отмечалось:
«По единогласному удостоверению штабов армий, разведка, произведённая “Муромцами”, является особенно ценной, всегда отличаясь подробными и точными данными, что же касается бомбометания, то в этом отношении “Муромцы” находятся вне конкурса. Благодаря построенным в Эскадре прицельным приборам и выработанным приёмам бомбометания средний процент попадания – 40 %, на отдельных Кораблях достигает 70 %. Воздушные бои показали, что “Муромец” является сильной, самостоятельной и страшной для противника боевой единицей».
За весь год Русско-Балтийский завод послал на фронт 39 Кораблей «Илья Муромец». Воевало, не считая Кораблей, полученных в 1915 году, лишь 12.
В начале 1917 года ЭВК располагала 30 Кораблями (включая учебные). И лишь четыре «Муромца» от общего числа находились на фронте. На Юго-Западном фронте, в 1-м боевом отряде в Ягельнице (у Черткова), имелись два Корабля: XIII – штабс-капитана В. А. Соловьёва и XV – капитана Г. В. Клембовского. Из-за изношенности машина Соловьёва (№ 169) не годилась для совершения боевых полётов. За зиму отряд не совершал боевых вылетов из-за того, что устарели «Аргусы» (у Соловьёва), а моторы «Санбим» (у Клембовского) зимой плохо работали.