Ещё двумя Кораблями был вооружён 3-й отряд на Западном фронте, в Станьково: «Киевский» (№ 182) капитана И. С. Башко и Корабль XII штабс-капитана Е. М. Городецкого. В начале 1917 года только «Киевский» выполнял боевые задания (позволяли хорошие моторы), совершив с января по март 11 вылетов.
В начале января 1917 года начали поступать новые Корабли типа «Г-бис», на которых было установлены по два мотора «Рено» и два «Санбима», при этом завод сообщал, что в ближайшем будущем «Санбимы» могут быть заменены «Руссобалтами» или «Аргусами» своего производства. По-видимому, Ставка основательно нажала на снабжающие органы, так как в Эскадру стали поступать новые моторы «Санбим» мощностью 160 л. с., имевшие значительные преимущества перед прежними.
М. В. Шидловский: «На новые ВКустановлены полученные моторы “Рено”, РБВЗ и МРВ. Испытания показали отличные результаты, и теперь все ВК стягиваются в Винницу для переоборудования новыми двигателями и вооружением. Моторами переоборудованы уже 12 ВК. К 1 января 1917 года будут готовы ещё 8 ВК, и к 1 марта – ещё 10 ВК, т. е. весь штат в 30 ВК.
По завершении переоборудования Кораблей Эскадра как сплочённая боевая часть с установившимися уже боевыми традициями, со спаянными в боевой работе командными составами является действительно грозным оружием в руках Верховного командования. Направленная в тыл намеченного для удара района противника, она сможет произвести громадные разрушения в тыловых сооружениях противника и, держа под постоянным ударом железнодорожные узлы и резервы противника, создаст для него серьёзные препятствия для подвоза подкреплений, боевых снарядов, материалов и т. д.».
Всю кампанию 1917 года «Муромцы» воевали в основном на двух фронтах: Юго-Западном и Румынском. На Румынский фронт был назначен 4-й боевой отряд под командованием капитана Р. Л. Нижевского, в составе которого находились Корабли: IX – начальника отряда, III – капитана Е. И. Жигайлова, IV – поручика Я. Н. Шарова и V – штабс-капитана Г. В. Алехновича. В апреле экипажи получили задание вылететь на фронт. 8 апреля до места назначения добрались лишь Корабли IV и IX. У Корабля III из-за сильного ветра было сломано правое крыло, и его пришлось доставить для ремонта в Винницу. Корабль V сел в Кишинёве и лишь в мае присоединился к отряду. 4-й боевой отряд под командованием капитана Р. Л. Нижевского базировался с апреля 1917 года на аэродроме в Болграде и действовал в интересах 6-й армии Румынского фронта. Основную тяжесть всей работы нёс командирский ВК IX.
Первый боевой полёт 4-го боевого отряда состоялся 8 апреля 1917 года. Экипаж Корабля IX получил задание произвести бомбометание по портовым сооружениям и складам г. Тульче, попутно осуществляя разведку и фотографирование. 20 апреля в полёт отправились уже две машины: Корабли IV и IX. Но у поручика Шарова на высоте 700 м остановился мотор и при вынужденной посадке были сломаны шасси, винты и передняя коробка крыльев. Его пришлось отправить в ремонт в Винницу.
В одном из полётов от разрыва зенитного снаряда загорелся двигатель. Мотористы с огнетушителями выскочили на крыло и потушили пожар. Нижевский на трёх моторах вернулся на аэродром. В другом полёте вражеские истребители вывели из строя два мотора «Муромца», тем не менее экипаж выполнил задание, уничтожил один из нападавших истребителей и вернулся на базу.
31 мая оба «Муромца» типа «Е» совершили совместный налёт на Тульчу, сбросив по складам и казармам неприятеля 18 пудов бомб. 17 июня Корабль V был атакован двухмоторным бипланом, который был отогнан пулемётным огнём. В августе 1917 года 4-й отряд был переименован в 1-й. Его последняя операция на Румынском фронте состоялась 21 сентября. В этот день «Муромец» Нижевского взорвал 3 поезда со снарядами на станции Троян. При возвращении с удачного полёта Корабль подвергся нападению двух немецких истребителей. Два пулемётчика были ранены. Верхний лонжерон крыла над кабиной был частично расщеплён, а два мотора, второй и третий, с пробитыми пулями радиаторами были выведены из строя. Первый истребитель ушёл безнаказанно, так как по нему не успели открыть огонь, а по второму стреляли из трёх пулемётов, но что с ним произошло – неизвестно. На двух оставшихся моторах самолёт благополучно добрался до своего аэродрома.
Всего же отряд подполковника Нижевского совершил 16 боевых полётов, из которых 13 пришлось на долю командирского Корабля, 2 – на Корабль V и 1 – на Корабль XVI. Сброшено около 150 пудов бомб, сбит 1 самолёт противника, добыты ценные разведданные для 6-й армии.
На Юго-Западном фронте в 1-м боевом отряде в апреле 1917 года остался только старый Корабль XV типа «Г-1» с моторами «Санбим» капитана Клембовского. Отряд располагался, как и в прошлом году, около Ягельницы. После перевода Панкратьева на должность помощника начальника Эскадры отряд возглавляли по очереди штабс-капитан Соловьёв, штабс-капитан Никольский, ротмистр Середницкий и капитан Клембовский. 14 и 25 числа последний совершил на нём два боевых вылета, причём в последнем выдержал бой с тремя неприятельскими истребителями. В воздушном бою было сбито два немецких «фоккера». Кораблю тоже досталось.
На обратном пути севернее Мечищува самолёт подвергся нападению трёх «альбатросов». После 15 минут боя огнём с Корабля был сбит один из нападавших, который перевернулся через правое крыло и упал в Оренчовский лес. Остальные, видимо повреждённые пулемётным огнём, снижаясь, ушли в западном направлении. Все радиаторы были пробиты, что привело к остановке двух моторов. Помощник командира поручик И. Г. Демичев-Иванов, бывший всё это время за штурвалом, благополучно совершил вынужденную посадку у деревни Шубинцы. В Корабле насчитали более 12 пробоин. На следующий день после спешного ремонта «Муромец XV» вернулся в Ягельницу. За этот подвиг Демичев-Иванов был награждён орденом Св. Георгия IV степени, а артиллерийский офицер штабс-капитан П. В. Ивановский, отражавший атаки «альбатросов» и сбивший один из них, – Георгиевским оружием.
В начале апреля 1917 года на аэродром у д. Микулинцы прибыл 2-й боевой отряд в составе Корабля I (№ 178) под командованием ст. лейтенанта Г. И. Лаврова. В Виннице машину переоборудовали: поставили два мотора Renault мощностью 225 л. с. и два РБВЗ-6 по 150 л. с. Сзади добавили пулемётную точку, для этого пришлось переделать хвостовую часть, которая стала двухкилевой.
29 апреля произошла трагедия. Около 6 часов утра Корабль пролетал на высоте 3000 метров над расположением 2-го корпусного авиаотряда, давая сигналы очередями из пулемёта. Истребители отряда должны были вылететь на сопровождение «Муромца». Далее, по свидетельству очевидцев, с Корабля стали падать различные средние и мелкие части, т. е. он начал рассыпаться в воздухе. «Илья Муромец I» перешёл в пологий штопор, затем на высоте около 300–400 метров выровнялся, вновь перешёл в пологий штопор и, пролетев над крышами домов деревни Доброводы, упал плашмя на её окраине. Погибли все члены экипажа: старший лейтенант Г. И. Лавров, поручик С. К. Витковский, лейтенант А. Ю. Шокальский, прапорщик Ф. П. Балашев, подъесаул А. И. Отрежко и старший унтер-офицер Ф. Сафронов.
Комиссия, расследовавшая обстоятельства катастрофы, всё же пришла к заключению, что причиной гибели Корабля явилась недостаточная опытность или даже растерянность поручика Витковского, труп которого был найден у штурвала. Очевидно, поручик вёл Корабль и на вираже допустил скольжение, растерялся, не выключил моторы, и Корабль вошёл в штопор. Скорость быстро возросла, и конструкция Корабля не выдержала. К. Н. Финне (начальник медицинской службы ЭВК, автор книги «Русские воздушные богатыри И. И. Сикорского») полагал, что гибель Корабля произошла из-за умышленной порчи стойки или тросов, её поддерживающих. Потеря для Эскадры была тяжелейшей: погиб один из лучших лётчиков, да и 2-й боевой отряд прекратил своё существование.
Другие же отряды участвовали в июльском наступлении 1917 года. Общая численность машин в оставшихся отрядах не превышала десяти. Вся боевая работа держалась только на энтузиазме и чувстве долга офицеров. Они продолжали ходить на задания, рискуя в каждом полёте из-за солдатского саботажа повторить судьбу экипажа Лаврова.
В Галицию, под Гусятин, в апреле 1917 года перебазировался с Западного фронта и 3-й боевой отряд капитана И. С. Башко. С августа 1917 года 2-й и 3-й боевые отряды ЭВК стали совершать групповые полёты (3–4 Корабля). Иногда «Муромцев» прикрывали истребители 1-й боевой авиагруппы (2-й, 4-й и 19-й корпусные отряды) ротмистра А. А. Казакова, которые, охраняя, совершили 17 самолёто-вылетов. С июня по сентябрь 3-й отряд выполнял боевую работу вместе с 1-м отрядом в полосе действия 7-й армии. «Муромцы» летали на бомбёжку, разведку, отражали атаки истребителей. 19 июля «Киевский» во время бомбометания подвергся нападению целой группы. И. С. Башко не ушёл с курса на цель, пока не сбросил все бомбы, а потом, по дороге домой, успешно отбивался. Три истребителя противника ушли к земле.
Среди воздушных боёв за всю войну один следует отметить особо. Такого результата не добивался никто. 18 июня 1917 года входивший в состав 3-го отряда BK-IV под командованием одного из ветеранов Эскадры капитана Шарова вылетел на бомбёжку. Над целью его встретили три истребителя. При попытке атаковать два были сбиты. Третий уклонился от боя. Вскоре появились ещё пять. Их встретили дружным огнём из трёх пулемётов. Два истребителя закувыркались вниз, третий стал снижаться кругами. Четвёртый и пятый шарахнулись в стороны. Пять сбитых из восьми возможных. Но и «Муромцу» досталось. Весь экипаж был ранен и с трудом дотянул до своего аэродрома.
За этот смертельно опасный бой три члена экипажа Корабля IV были награждены Георгиевским оружием: командир Корабля штабс-капитан Шаров, артофицер капитан Барбович и помощник командира поручик Лутц.
20 июня 1917 года при посадке были потеряны сразу два Корабля. В этот день было облачно, и «Муромцы», не выполнив задания, повернули обратно. Корабль XVIII ротмистра А. В. Середницкого был сильно повреждён при приземлении. «Илья Муромец XIV» штабс-капитана С. Н. Никольского при посадке зацепил верхушки деревьев и упал. Из-за утечки бензина произошло возгорание, затем сдетонировали бомбы. Экипаж остался невредим, а аэроплан разнесло в щепы. Этот Корабль успел совершить всего два боевых полёта.