Стрихнин ему якобы должны были дать в еврейской больнице, расположенной близ завода. Как утверждал Козаченко, Бейлис велел ему избавиться от фонарщика, потому что тот видел его с Андрюшей Ющинским. Что он имел против Лягушки, Бейлис якобы не объяснил. Козаченко якобы пообещали пятьсот рублей на расходы, но, если бы он выполнил эту чудовищную миссию, ему «дали бы столько денег, что хватило бы на всю… жизнь, причем деньги эти дала бы вся еврейская нация».
Одно в этом диком заявлении звучало правдоподобно. По словам Козаченко, Бейлис выразил уверенность, что «если его осудят, то пострадает вся еврейская нация». Бейлис и вправду начал осознавать особое значение своего дела и то, что от его участи и поведения зависит честь еврейского народа. Эта мысль будет поддерживать его в тюрьме и — без преувеличения — спасет ему жизнь. Не исключено, что впервые он поделился ею со своим мнимым другом.
Козаченко допросил подполковник Иванов, руководивший независимым расследованием убийства, которое проводило жандармское управление. Иванов решил проверить правдивость истории, рассказанной Козаченко, и послал его на завод Зайцева, чтобы тот представился бывшим сокамерником Бейлиса и собрал сведения. Иванов установил за Козаченко слежку и после каждой вылазки расспрашивал его. В конце концов он поймал Козаченко на явной лжи: тот придумал встречу с братом Бейлиса Ароном, которой не было. Иванов пригласил в комнату агентов, следивших за Козаченко, устроил им очную ставку, и Козаченко признался, что «все наврал».
Иванов сразу сообщил Фененко, что Козаченко дал ложные показания, и хотел составить об этом рапорт, но вмешался прокурор Чаплинский, который сказал, что рапорт составлять не нужно, все и так выяснится в процессе расследования. На самом деле Чаплинский собирался оставить в силе обвинение, озвученное Козаченко. Его показания остались в протоколе, а официального опровержения так и не последовало. Чаплинский полагал, что на основе таких «не вполне устойчивых» показаний можно выстроить прочное обвинение. Неважно, что часть этой истории вообще не имела смысла: Лягушка (сапожник Наконечный) дал показания в защиту Бейлиса. Чаплинский доложил министру юстиции Щегловитову, что свидетельство Козаченко достаточно подкрепляет имевшиеся улики, чтобы составить обвинительный акт.
Козаченко не наказали за лжесвидетельство, а Бейлис жестоко поплатился за попытку украдкой передавать письма. Через два дня после того, как он попрощался с Козаченко, Бейлиса вызвали к тюремному начальству, где показали два написанных им письма. За нарушение тюремных правил его перевели в темную, холодную одиночную камеру.
Расследование затягивалось, вероятность, что Бейлису предъявят официальное обвинение, росла, и для Марголина это означало, что требуется срочно установить настоящих убийц. Осторожный Фененко, который, конфиденциально переговорив с Марголиным, и так сильно рисковал, не мог предложить никакой конкретной помощи. Марголин понимал, что надо попытаться как-то установить связи с преступным миром.
Доступ туда открылся благодаря нелепому персонажу — журналисту Степану Бразуль-Брушковскому, который вел частное расследование убийства Ющинского. Бразуль, как и «студент Голубев», буквально помешался на этом деле, что вызывало насмешки коллег из «Киевской мысли». Он придерживался либеральных взглядов и был женат на еврейке, поэтому в буквальном смысле являлся филосемитом. Как журналист он имел весьма скромную репутацию, дарованиями не блистал, а как детектив отличался неуклюжестью и смехотворной доверчивостью. Но, несмотря на всю нелепость его расследования, ему удалось пролить слабый свет на возможный сценарий убийства Андрея.
Бразуль был знаком с Красовским и несколько раз к нему обращался, предлагая сообща взяться за дело Ющинского. Красовский, что вполне понятно, отнесся к предложению Бразуля без энтузиазма. Однако они продолжали общаться, и Красовский рассказал Бразулю, как его угнетает арест ни в чем не повинного человека. Больше он не мог сообщить журналисту ничего конкретного, но дал совет заняться Верой Чеберяк. Однако Бразуль понял его слова так, что Чеберяк просто-напросто располагает ценными сведениями, и «занялся» ею с наивным упорством.
Молодой журналист стал искать встречи с Чеберяк, и в течение нескольких недель она рассказывала ему о своих умерших детях, уверяя, что их кто-то отравил. Фененко и подполковник Иванов, по ее словам, не давали ей покоя, без причины подозревая в причастности к убийству мальчика. Двадцать девятого ноября она заявила ему, что, хотя не знает виновного, могла бы его найти, высказав предположение, что изначальная версия о причастности отчима и дяди может оказаться правдой. Бразуль ей тут же поверил. Коллега, сопровождавший его на одну из встреч, сказал ему прямо: «Эта женщина, должно быть, всегда лжет, она лжет даже и тогда, когда говорит правду. И если она во сне бредит, то и в бреду, вероятно, лжет». Бразуль пропустил его слова мимо ушей.
Первого декабря Бразуль зашел к Вере Чеберяк и застал ее с забинтованной головой. Она рассказала, что накануне поздно вечером на нее напали двое и ударили по голове «шоколадкой», то есть куском железа. Было слишком темно, но она была уверена, что одним из них был Павел Мифле, в которого она плеснула когда-то серной кислотой. Чеберяк заверила Бразуля, что Мифле наверняка замешан в убийстве, а с ним Лука, отчим Андрея, а также брат и мать Мифле. Чеберяк заверяла, что ей необходимо съездить в Харьков, чтобы там в тюрьме переговорить с заключенным, который знает больше. Бразулю показалось, что этот рассказ звучит вполне правдоподобно.
Он решил, что обладает сенсационной информацией. Бразуль был хорошо знаком с Марголиным, и он сообщил адвокату, что напал на след убийцы Андрея, но тот отнесся к его словам скептически. Поэтому вначале, когда Бразуль предложил устроить ему встречу с Чеберяк, Марголин отказался, однако позднее, переговорив с Фененко, понял, что ему стоит с ней увидеться.
Марголин сказал Бразулю, что готов встретиться с Чеберяк, только если будут приняты меры к сохранению его инкогнито, поскольку он как адвокат не должен был вмешиваться в ход расследования. Он как раз собирался по делам в Харьков, и там — почти в пятистах километрах от Киева — готов был встретиться с ней. Похоже, он сознавал, насколько рискует: эта встреча могла привести к обнаружению убийц Андрея и оправданию Бейлиса — а могла кончиться катастрофой для защиты, дав присяжным повод поверить, что евреи пытаются переложить вину на православную женщину.
В итоге Марголин, сохраняя инкогнито, встретился в Харькове с Чеберяк и выслушал ее запутанную историю, придя к выводу, что все рассказанное ею — ложь. Из этой встречи он вынес уверенность, что Чеберяк сама причастна к убийству Андрея. Во время их встречи Марголин большей частью молчал, но все же поинтересовался у Чеберяк предполагаемыми мотивами убийства. Почему, спросил он, убили Андрея? Андрея, ответила Чеберяк, умертвили Мифле и подлая шайка «профессиональных воров» потому, что мальчик знал, чем они занимаются, и был «опасным свидетелем».
К концу декабря Фененко стало ясно, что ему не удалось пресечь попытки обвинить Бейлиса в убийстве Андрея Ющинского. Он был уверен, что в ходе следствия нелепость обвинений окажется вопиюще самоочевидной и дело против Бейлиса закроют. Но Чаплинский требовал, чтобы Фененко объявил расследование завершенным, иначе судебное законодательство не позволяло составить обвинительный акт. Прокурор хотел начать новый год с громкого дела.
Правда, Чаплинского тревожила скудость улик, которые сам он признавал «не вполне устойчивыми». Необходимо было срочно найти — или сфабриковать — новые улики. Так возник странный союз, определивший ход дела. Чаплинский, прокурор Киевской судебной палаты, пошел на сотрудничество с Верой Чеберяк. Позднее они встретятся и сговорятся. Но пока между ними возникло лишь молчаливое соглашение, удовлетворявшее запросам честолюбивого чиновника и преступницы-социопатки. В эти дни, за неделю до Рождества 1911 года, каждый из них приводил в исполнение свой план, стремясь сделать обвинение более убедительным.
Двадцатого декабря Вера Чеберяк отправила своего мужа Василия к Фененко с новой историей. Василий был всецело во власти Чеберяк. Он сделал бы все, чего она хотела. Еще несколько месяцев назад он мечтал, чтобы ее арестовали, теперь же был готов на что угодно, чтобы отвести от нее подозрения. По его словам, родственники Андрея были «люди простые», и Василию «не хотелось, чтобы [его] мальчик гулял с таким мальчиком». Подчеркнув, что его покойный сын стоял выше своего покойного товарища, Василий выложил байку, сочиненную для него женой: «…в квартиру прибежал, запыхавшись, Женя и, когда я его спросил, где он был, он мне рассказал, что вместе с Андрюшей Ющинским он играл на мяле в кирпичном заводе Зайцева, и что там их видел Мендель Бейлис и погнался за ними».
Согласно новой версии, Женя вырвался из лап евреев, а Андрей — нет. Чаплинский мог радоваться, что наконец-то у него появился приличный свидетель, впутавший Бейлиса в подозрительную историю.
Чаплинского беспокоила еще одна проблема: результаты вскрытия не подтверждали версию о ритуальном убийстве. Судебно-медицинский эксперт А. М. Карпинский, делавший первое вскрытие, пришел к выводу о жестоком импульсивном, а не «ритуальном» убийстве. В отчете о втором вскрытии, представленном 25 апреля, основной причиной смерти было названо «почти полное обескровливание тела» (как уже отмечалось, это сомнительное заключение свидетельствовало о давлении Чаплинского, и на суде защита яростно оспаривала его). Но даже вторая экспертиза не указывала определенно, что преступление совершено с целью обескровить тело.
Фененко, видимо, не по своей инициативе, допросил профессора Н. А. Оболонского и прозектора Н. Н. Туфанова, проводивших второе вскрытие. Он вынужден был задать обоим совершенно необоснованный отвлеченный вопрос: «Если из тела Ющинского была выточена и собрана кровь, то из каких ранений было удобнее собрать ее?..» Двадцать третьего декабря эксперты дали ответ: