В Германии Мартин Лютер в качестве отправной точки для своего толкования Евангелия выбрал именно свободу вероисповедания. "Каждый христианин — сам себе священник", — заявил он в знак протеста против коррумпированной папской церкви, где каждый мог получить отпущение грехов за деньги. Это была порочная практика, побудившая Лютера подготовить свои знаменитые девяносто пять тезисов, которые он повесил на дверях церкви в Виттенберге. В начале 1520-х годов Лютер в своих записях доказывал различие светской и духовной властей. По его мнению, если какой-то гражданин повинен в ереси, то его преступление не должно рассматриваться в светском суде. Подобная точка зрения в ту эпоху воспринималось весьма неоднозначно, поскольку ересь считалась опасным деянием для основанного на христианских ценностях общества. А Лютер считал ересь духовным "преступлением", с которым следовало бороться соответствующим оружием. Вера была личным делом каждого, как и неверие. Нарушая свободу вероисповедания, светская власть, по мнению Лютера, превышала свои полномочия. В таком случае следовало проявить неповиновение. Разделение светской и духовной властей, предложенное Лютером, стало очередным этапом пути к свободе вероисповедания и свободе слова, собственно к светской демократии, где церковь отделена от государства, хотя сам Лютер, возможно, и не задумывался о таком результате.
Главному действующему лицу немецкой Реформации в начале 1520-х противостояла католическая церковь и светские власти тех частей Священной Римской империи, население которых поддерживало Рим. В 1521 году Лютера отлучил от церкви сам папа, светская власть также объявила его вне закона вместе с последователями, учение немецкого теолога было признано ересью, после чего вышел указ, предписывавший не только разыскивать и сжигать его книги, но и наказывать за их печать, продажу и покупку. В сложившейся ситуации Лютер смог воспользоваться в своей борьбе против папства учением о двух независимых друг от друга властях, духовной и мирской, и о границах участия светской власти в вопросах веры.
Впоследствии, когда протестантизм в интерпретации Лютера стал государственной религией во многих немецких княжествах, он уже одобрял казнь верующих иных религиозных направлений, забыв о терпимости, сторонником которой был раньше. Лютер осудил католическую мессу, назвав ее "богохульным преступлением", которое власти были обязаны всячески пресекать. Когда какой-либо город или княжество принимали протестантизм, то под запретом сразу же оказывались учение о чистилище, культ Девы Марии и различных святых, включая католическую мессу. Разрушались алтари, религиозные изображения и орнаменты, используемые в католических обрядах. Протестанты занимали католические церкви, монастыри закрывались. В союзе с государственной властью Лютер не выказывал уважения свободе вероисповедания, которой требовал, возглавляя бунт против власти папы. "Я не могу вообразить причины, по которой терпимость можно было бы оправдать перед Богом", — говорит Лютер в письме 1541 года.
Казнив Сервета, кальвинисты Женевы расписались в своей религиозной нетерпимости, и в течение следующих ста пятидесяти лет Европу сотрясали религиозные войны. Первый вооруженный конфликт разразился в Швейцарии уже в 1529 году, а последние религиозные войны завершились только в начале XVIII века. Конфликты между представителями различных вероисповеданий продолжали возникать одновременно с распространением идеи терпимости.
Реформация вынудила католиков искать ответ на вопрос, для которого не было предпосылок в предыдущем тысячелетии: "Кто мы?"
В Европе действовала только христианская церковь, и, несмотря на столкновение с исламским миром и присутствие во всех странах континента евреев, ее идентичность никогда не ставилась под сомнение, как это произошло с появлением протестантизма. Сложившееся тогда положение очень похоже на то, в котором Европа оказалась сегодня, в начале XXI века. После двух мировых войн и победы Запада под руководством США в холодной войне перед Европой встали точно такие же экзистенциальные вопросы: "Кто мы? Что значит быть европейцем в XXI веке? Что значит быть гражданином либерально-демократического общества? Что есть свобода слова и религии в мультикультурном социуме? Какие права и обязанности есть у гражданина? Как могут народы, принадлежащие к разным культурам и исповедующие разные религии, жить вместе в мире и демократии?"
Религиозный раскол XVI–XVII веков дал толчок теологическим диспутам среди христиан. До этого отношение каждого отдельного человека к религии в основном носило ритуальный характер без особого погружения в предмет веры. Молитвы читались на латыни, которую мало кто понимал. Религию исповедовали в соответствии с календарем, от праздника к празднику, в определенные дни постились, ходили на мессы и отправлялись в паломничества к святым местам, где приносили жертвы в соответствии с ритуалами. При этом христиане слабо представляли смысл догм своей веры, который не имел особого значения, когда все придерживались одной религии. Ситуация резко изменилась в эпоху Реформации, когда Европу раскололи несколько конкурирующих между собой религиозных направлений. Время предъявило новые требования каждому отдельному христианину, заставив его углубиться в основы своей веры, а также отцам церквей, которым предстояло определить, чем их религия отличается от других. Христианские церкви начали вводить политику религиозной идентичности, когда духовенство скорее стремилось не найти общее с другими вероучениями, а определить различия. То есть противоречия обострялись.
Можно провести параллели с нашим временем, когда в мультикультурном обществе приветствуются клановый менталитет и культурно-религиозные различия, при этом многие не замечают, что основу демократического порядка и равенства перед законом составляют общие, универсальные ценности. В эпоху холодной войны мир был разделен на два враждебных лагеря, воспринимающих друг друга как добро и зло, правду и ложь, белое и черное, капитализм и коммунизм.
В XVI–XVII веках религиозная нетерпимость позволяла отчетливее обозначить свою веру и социально-политическую принадлежность. В конфессиональном государстве эта тенденция усиливалась. Диссидентов воспринимали как угрозу, и они не располагали теми же правами, что и представители правящей церкви. Исповедание религии, отличной от признанной государством, считалось оскорблением Бога. Правоверные опасались, что будут наказаны, если их заметят в обществе религиозных диссидентов. Кроме того, инакомыслящие считались потенциальными предателями, независимо от того, верны ли они государству. В Великобритании, Франции и Польше подобный взгляд на диссидентов был широко распространен вплоть до середины XVIII века и даже позднее. В Дании евангелическо-лютеранская церковь обладала монополией на религию вплоть до принятия конституции 1849 года, гарантировавшей свободу вероисповедания.
Несмотря на усилившуюся идеологическую и политическую конфронтацию в Европе, нетерпимость не получила права избегать критики. Казнь Мигеля Сервета вызвала первую крупную дискуссию в Европе о религиозной терпимости. Раскол среди христиан приобрел настолько разрушительный характер, что теологи, философы и другие мыслящие люди спрашивали себя, возможна ли альтернатива требованию религиозного единообразия при совместном проживании людей разных вероисповеданий, без попыток большинства изгнать или уничтожить тех, кто придерживается другой веры. И как в таком случае обустраивать общество? Возникшие в результате религиозных войн и принятия многообразия как данности, оба этих вопроса обсуждались все шире, и почти двести лет спустя появились Декларация независимости США (1776) и французская Декларация прав человека и гражданина (1789), закрепившие принцип свободы слова и вероисповедания.
Спустя два месяца после сожжения Сервета началась дискуссия между двумя самыми выдающимися писателями французской Реформации — Жаном Кальвином и Себастьяном Кастеллио, и в течение следующих пяти лет то утихала, то разгоралась с новой силой. В декабре 1553 года в протестантском городе Базеле, где селились многие беженцы от инквизиции, внезапно появился анонимный комментарий под заголовком "Рассказ о смерти Сервета". Автор так и остался неизвестным, но предполагалось, что им был уроженец Франции Кастеллио. Во всяком случае, так считал сам Кальвин.
Кастеллио, теолог, владевший шестью языками: французским, итальянским, немецким, латынью, греческим и ивритом, лично знал Кальвина и останавливался у него в Страсбурге в 1540–1541 годах, после того как в Лионе ему довелось присутствовать при сожжении инквизицией одного из первых протестантских еретиков. Пережитое глубоко потрясло Кастеллио, который до конца жизни отстаивал гуманизм, составляющий, по его мнению, основу протестантизма. Впоследствии из-за Кальвина Кастеллио переехал в Женеву, где работал школьным учителем, а затем директором. Однако из-за ссоры с Кальвином, священников которого он обвинил в трусости, поскольку они отказывались проводить службы для больных в разгар эпидемии чумы и провожать их на тот свет, ему пришлось отправиться в Базель, где Кастеллио получил звание профессора. Там же он и умер в 1563 году.
В своем комментарии Кастеллио обличал то, что считал лицемерием со стороны Кальвина. По его словам, если Кальвин действительно верил в учение о предопределенности человеческой судьбы, если Господь действительно заранее решил, кто будет спасен, а кто проклят, то у верующих не было никакого основания опасаться ереси Сервета. И почему Кальвин искал поддержки швейцарских церквей, с которыми в иных ситуациях имел разногласия по ряду теологических вопросов? Кастеллио цитировал слова благочестивых христиан, осуждая заговор Кальвина и инквизиции против Сервета и казнь за веру. Рим и Кальвин были ничем не лучше Ирода и Пилата, за ересь распявшего Иисуса. Кастеллио считал, что в данном деле гражданским властям было не место.
Кальвин от этого пришел в бешенство и несколько раз безуспешно пытался заставить магистрат города Базеля схватить Кастеллио. В своем произведении "Защита правой веры во Святую Троицу" начала 1554 года Кальвин утверждал, что Сервет действовал не один, что он был в сговоре с противниками смертной казни для еретиков и что защитники еретиков сами виновны в ереси. Далее он выразил мысль, что защищаемое Кастеллио право личности сомневаться способно разрушить церковь.