14 августа 1995 года Московская городская прокуратура возбудила очередное уголовное дело против Новодворской. Поводом послужила листовка, написанная Новодворской к пикету ДСР 8 апреля. Дело было передано в Останкинскую прокуратуру, которая не нашла в листовке состава преступления.
В декабре 1995 года на выборах в Госдуму 2-го созыва Новодворская вошла в избирательный список Партии экономической свободы. Кроме этого, Новодворская зарегистрировалась в одномандатном округе № 192 Москвы, но выборы проиграла и в Госдуме 2-го созыва (1995–1999) была помощником депутата Константина Борового.
11 марта 1996 года Московская городская прокуратура отменила решение прокуратуры Центрального округа Москвы от 8 августа 1995 года о прекращении дела (№ 229120) в отношении Новодворской. Дело было направлено для повторного расследования в прокуратуру Северо-Восточного округа Москвы.
10 апреля 1996 года Валерии Новодворской было предъявлено обвинение по статье 74-й, части 1-й (умышленные действия, направленные на разжигание национальной розни). Перед выборами Президента РФ поддерживала кандидатуру Григория Явлинского. После первого тура выборов, вместе с Демократическим союзом России, предложила лидеру «Яблока» «немедленно и без всяких условий отдать голоса своих сторонников Борису Ельцину».
22 октября 1996 года Московский городской суд отправил на доследование дело № 229120 в отношении Валерии Новодворской.
В конце августа 2008 года на время отлучена от эфира радиостанции «Эхо Москвы» за слова о Шамиле Басаеве, которые главный редактор радиостанции Алексей Венедиктов посчитал оправданием терроризма. Когда чуть позднее в своем блоге Валерия Новодворская назвала Басаева «нелюдью», проблема была исчерпана.
В марте 2010 года подписала обращение российской оппозиции «Путин должен уйти». В 2013 году совместно с Константином Боровым приступила к созданию партии «Западный выбор».
В последние полгода своей жизни Валерия Новодворская поддерживала Евромайдан, курс Украины на вступление в Европейский союз и свержение с поста Президента Украины Виктора Януковича и правящей «Партии регионов».
15 марта 2014 года приняла участие в Марше мира в Москве против вооруженного вмешательства российских властей во внутренние дела Украины. Новодворская вышла с плакатом «Банда Путина, геть в Нюрнберг». В марте 2014 года записала видеообращение к активистам украинского «Правого сектора», в котором призывала их активнее влиять на новое украинское правительство, чтобы противостоять России. По мнению следователя МВД РФ в отставке Павла Карпова, распространенное в Интернете обращение Новодворской к Дмитрию Ярошу является публичным призывом к осуществлению экстремистской деятельности, разжигает ненависть и вражду.
18 марта 2014 года в заявлении ЦКС «Демократический Союз» Новодворская подвергла резкой критике Россию за ее внешнюю политику по отношению к Украине, сказав что «Демократический Союз» не признает ни сам факт проведения референдума под дулами российских пушек и автоматов, ни его сфальсифицированные результаты. «Крымские татары не участвовали в этом референдуме. Но это не самая большая ложь, которую позволил себе штандартенфюрер России, г-н Путин. Он смеет заявлять о единодушной поддержке своего безумного решения о присоединении Крыма. Так вот, „Демократический Союз“ не признает этого аншлюса, не признает аннексии Крыма, считает Крым украинской территорией и не желает солидаризироваться с фашистским государством, которое идет, возглавляемое чекистами, по сталинско-гитлеровскому пути. Россия объявила Украине войну. В этой войне мы на стороне Украины». Также по мнению Новодворской: «Крым для порядочных людей закрыт — раз Украина его лишилась, значит, и мы не будем пользоваться. А непорядочные пусть съездят и отдохнут без воды, без света и без еды. Пусть Путин им дает сухой паек. Предавшие Украину крымчане, решившие прибарахлиться российской пенсией, пусть жарят ее на керогазе, потому что больше жарить скоро будет нечего».
В апреле 2014 года Новодворская заявила о принятии воинской присяги на верность Украине. В июне 2014 года на просьбу прокомментировать гибель российских журналистов на Украине Новодворская заявила следующее: «Их никто не старался специально убить. Стреляли не по журналистам, стреляли по врагам, по „колорадам“. Они стояли среди них, они не кричали: „Не стреляйте, мы журналисты!“ <…> Тот, кто ведет репортажи с фронта, должен быть готов к подобному финалу. Никто не пляшет на их могиле. <…> Никто не хотел их убивать. Я не буду делать вид, что проливаю о них слезы. Это были очень плохие люди. Но это не значит, что их надо было убивать. Жаль, что погибли».
12 июля 2014 года Валерия Новодворская была госпитализирована в реанимацию отделения гнойной хирургии московской ГКБ № 13, где, как сообщил ряд СМИ, скончалась от флегмоны левой стопы, осложненной сепсисом. Как рассказали близкие, травму на левой ноге она получила еще полгода назад и пыталась вылечить ее самостоятельно. По сообщениям, смерть наступила от инфекционно-токсического шока.
16 июля тысячи людей пришли проститься с Валерией Новодворской в Сахаровском центре Москвы. По просьбе собравшихся телеграмму Путина зачитывать не стали. Гроб с телом Новодворской провожали скандированием: «Герои не умирают», «Россия будет свободной». Затем состоялось отпевание в Николо-Архангельском крематории.
Библиография
Ванденко А. Валерия Новодворская: «Я диссидент в четвертом поколении» // «Новый Взгляд» № 18 от 6 июня 1992 г.
Новодворская В. Возложите на время венки // «Новый Взгляд» № 04 от 23 января 1993 г.
Новодворская В. Из ристалища — на позорище // «Новый Взгляд» № 05 от 30 января 1993 г.
Новодворская В. О, Запад есть Запад! // «Новый Взгляд» № 07 от 13 февраля 1993 г.
Новодворская В. О, мой любимый мужчина // «Новый Взгляд» № 08 от 20 февраля 1993 г.
Новодворская В. Доктор Фауст и душа Запада // «Новый Взгляд» № 09 от 27 февраля 1993 г.
Новодворская В. Бремя вандалов // «Новый Взгляд» № 10 от 6 марта 1993 г.
Новодворская В. Красная тоска // «Новый Взгляд» № 11 от 13 марта 1993 г.
Новодворская В. Каждая девочка должна сама выбирать // «Новый Взгляд» № 12 от 20 марта 1993 г.
Новодворская В. Сказочная правда бытия // «Новый Взгляд» № 13 от 27 марта 1993 г.
Новодворская В. …А Игорева храброго войска не воскресить // «Новый Взгляд» № 13 от 27 марта 1993 г.
Новодворская В. Поручик Голицын, раздайте патроны // «Новый Взгляд» № 15 от 10 апреля 1993 г.
Новодворская В. Признание комиссара оппозиции президенту республики // «Новый Взгляд» № 14 от 14 апреля 1993 г.
Новодворская В. Изыди, люмпен! // «Новый Взгляд» № 17 от 24 апреля 1993 г.
Новодворская В. Открыт паноптикум печальный… // «Новый Взгляд» № 16 от 17 апреля 1993 г.
Новодворская В. Под колесом демократии // «Новый Взгляд» № 18 от 15 мая 1993 г.
Новодворская В. Русские кавалеристы и французские товарники // «Новый Взгляд» № 19 от 22 мая 1993 г.
Новодворская В. Пир победителей // «Новый Взгляд» № 21 от 9 июня 1993 г.
Новодворская В. Как нас обустроят коммунисты // «Новый Взгляд» № 23 от 19 июня 1993 г.
Новодворская В. Тайная Вечеря как прообраз учредилки // «Новый Взгляд» № 24 от 26 июня 1993 г.
Новодворская В. Консенсус // «Новый Взгляд» № 25 от 3 июля 1993 г.
Новодворская В. Бал воров // «Новый Взгляд» № 26 от 10 июля 1993 г.
Новодворская В. Что ищет он? // «Новый Взгляд» № 27 от 17 июля 1993 г.
Новодворская В. Когда номер кончен // «Новый Взгляд» № 30 от 7 августа 1993 г.
Новодворская В. На границе // «Новый Взгляд» № 31 от 14 августа 1993 г.
Новодворская В. Вьется по ветру Веселый Роджер // «Новый Взгляд» № 35 от 11 сентября 1993 г.
Новодворская В. Осенние маневры // «Новый Взгляд» № 37 от 25 сентября 1993 г.
Новодворская В. Советская власть запрещена // «Новый Взгляд» № 39 от 9 октября 1993 г.
Новодворская В. Кто собирается гасить свечи? // «Новый Взгляд» № 41 от 23 октября 1993 г.
Новодворская В. Новая имперская политика // «Новый Взгляд» № 43 от 6 ноября 1993 г.
Новодворская В. О богатстве и скудости // «Новый Взгляд» № 44 от 13 ноября 1993 г.
Новодворская В. Советы постороннего // «Новый Взгляд» № 45 от 20 ноября 1993 г.
Новодворская В. Крутой маршрут // «Новый Взгляд» № 47 от 4 декабря 1993 г.
Новодворская В. Каравай // «Новый Взгляд» № 48 от 11 декабря 1993 г.
Новодворская В. Россия на игле // «Новый Взгляд» № 50 от 25 декабря 1993 г.
Новодворская В. Россия № 6 // «Новый Взгляд» № 01 от 15 января 1994 г.
Новодворская В. Пейзаж вместо битвы // «Новый Взгляд» № 03 от 29 января 1994 г.
Новодворская В. Окаянная зима // «Новый Взгляд» № 05 от 12 февраля 1994 г. Леско М. Макабр // «Новый Взгляд» № 14 от 16 апреля 1994 г.
Новодворская В. Горе победителям! // «Новый Взгляд» № 24 от 25 июня 1994 г.
Новодворская В. Пророков нет в отечестве своем // «Новый Взгляд» № 28 от 30 июля 1994 г.
Новодворская В. Тройка, семерка, туз // «Новый Взгляд» № 35 от 10 сентября 1994 г.
Новодворская В. Параноики пишут нолики // «Новый Взгляд» № 41 от 22 октября 1994 г.
Новодворская В. Мытищигейт российской охлократии // «Новый Взгляд» № 45 от 19 ноября 1994 г.
Новодворская В. Нью-Йорк стоит мессы // «Новый Взгляд» № 47 от 3 декабря 1994 г.
Новодворская В. Пейзаж вместо битвы // «Московская Комсомолка» № 04 от 17 ноября 1999 г.