Хорошо известно о той помощи, которую оказал ей в этом один из наиболее влиятельных придворных того времени, князь Василий Голицын. Но одними дворцовыми интригами, без военной силы власть было не получить. Поэтому для Софьи еще важнее была поддержка начальника стрелецкого приказа князя Ивана Андреевича Хованского. И она ее, как известно, получила. Однако это «сотрудничество» вызывает немало вопросов. Если с Голицыным у царевны были тесные узы интимной связи (как она сама писала, он был «страстью ее души»), то на чем основывались ее отношения с представителями древнейшего рода Хованских, которые вели свою родословную от Гедиминовичей и сами были не прочь занять российский престол?
По мнению Гримберг, «“сотрудничество” Софьи и Хованских осуществлялось на возможности компромисса». В чем же он состоял? Исследовательница полагает, что «претензии Хованских не были тайной для Софьи, и компромиссный вариант заключался в браке Андрея, сына Хованского, с одной из царевен, Софьиных сестер». Впрочем, она допускает, что речь могла идти и о браке с самой Софьей. На чем же строится такое предположение? Гримберг ссылается на любопытный факт, приведенный Г. А. Власьевым в его труде «Потомство Рюрика. Материалы для составления родословной», изданном в 1907 году, т. е. еще во времена правления последнего Романова. В нем указывается, что Андрей Хованский был женат на Анне Прозоровской, урожденной Щербатовой, вдове князя Прозоровского. Но ведь современники, писавшие о «Хованщине», ни о какой Анне не упоминают! Может быть, она являлась женой какого-то другого представителя рода Хованских? А если и была женой князя Андрея, то, по мнению Гримберг, он мог легко расторгнуть эти брачные узы, так как «браки в Московии не отличались прочностью; “неугодную” супругу, если ее род не был богат и влиятелен, всегда можно было отослать в монастырь…» Но в таком случае, если следовать логике исследовательницы, «Хованские предполагали для Софьи или одной из сестер замужество с представителем их рода, для которого этот брак явился бы вторым, то есть такое замужество для “царевны” оказывалось как бы вдвойне “непрестижным”». И все-таки Гримберг допускает, что «Софья могла лишь делать вид, будто соглашается на подобный вариант». Она не могла не понимать, что ничего хорошего подобный брак ей не сулил: Хованские быстро отстранили бы ее от власти. Но, видимо, именно в этом мнимом согласии и состоял компромисс, на котором основывалось «сотрудничество» Софьи с князем Хованским. И хотя документально это предположение ничем не подтверждено, дальнейший ход событий может свидетельствовать о его правомерности.
А развивались они, как мы уже знаем, весьма бурно и стремительно. Расправившись с Нарышкиными-Матвеевыми, Хованские поставили вопрос о созыве очередного феодально-церковного представительства страны – Земского собора. Хотя Софья и не спешила со свадьбой, они хорошо понимали, что ждать и бездействовать нельзя. Но именно в преддверии Собора ими была допущена ошибка, стоившая жизни многим участникам «Хованщины». Она состояла в том, что перед его проведением Хованские заручились поддержкой антиромановски настроенных церковников-раскольников. Но поскольку таковые в составе Собора были в меньшинстве, большая часть церковников не поддержала Хованских и он не состоялся. А для них самих эта политическая интрига закончилась трагически: отец и сын Хованские были казнены.
Правление Софьи по закону было временным, и чем ближе становились даты совершеннолетия ее подопечных, тем сложнее ей было найти рычаги для удержания власти в своих руках. Вот что пишет по этому поводу Ф. Гримберг: «Трудно понять, на что рассчитывала Софья в дальнейшем, кому намеревалась передать престол. Брат ее Иван, кажется, не отличался особенной политической активностью, с ним Софья, вероятно, могла бы договориться. Важным ее противником был юный Петр. Намеревалась ли она убить Петра?» По всей вероятности, да. По крайней мере, о намерении правительницы расправиться со сводным братом пишет в своем описании стрелецких выступлений Андрей Артамонович Матвеев.
Доподлинно известно, что в отчаянной попытке укрепить свои позиции Софья летом 1689 года велела стрелецким полкам захватить Преображенское, где находился Петр со своей семьей и матерью, и перебить всех его сторонников. В сумятице очередного кровопролития легко мог погибнуть и он сам. Но за день до стрелецкого бунта в лагерь Петра переметнулись двое стрельцов, которые и донесли ему о планах царственной сестрицы. Тот успел укрыться в Троице-Сергиевом монастыре, а уже на следующий день туда прибыл собранный им Преображенский полк. Это вызвало тревогу в лагере Софьи. Правительница даже предприняла несколько попыток к примирению с братом, но все они окончилось неудачей. Между тем, военные силы, на которые она рассчитывала опереться, с каждым днем таяли. Солдатские и стрелецкие полки, возглавляемые окольничим Федором Шакловитым, удержать в повиновении не удалось. Они не рискнули вступить в бой с солдатами Петра.
Тем временем юному царю доложили о тайном совещании, созванном Шакловитым, на котором решался вопрос о попытке проведения дворцового переворота. Петр потребовал у Софьи выдать изменника. Оставшейся без поддержки стрельцов правительнице ничего не оставалось, как пойти на это. 7 сентября, спустя месяц после начала бунта, Шакловитый вместе с сообщниками был доставлен в монастырь, где их подвергли пыткам и допросу, а через пять дней казнили. Для Софьи это означало полное поражение.
Чтобы окончательно решить вопрос об отстранении правительницы от власти, Петр направил брату Ивану письмо, в котором писалось: «Срамно, государь, при нашем совершенном возрасте тому зазорному лицу государством владеть мимо нас». После того к Софье приехал боярин Троекуров с царским приказом: отказаться от власти и отбыть в Новодевичий монастырь на вечное жительство. Условия ее содержания там были поистине царские: Софья жила в окружении многочисленной свиты, ежедневно ей присылали огромное количество всевозможных яств и даже горячительных напитков. Царевна ни в чем не знала отказа. Единственное ограничение – она не имела права покидать обитель. Впрочем, ее это не остановило: сестры Марфа и Мария, а также близкие женщины из числа свиты служили как бы связующим звеном между монастырем и городом, сообщая царевне всю интересующую ее информацию.
Между тем новости, доходившие за толстые монастырские стены, Софью не радовали. Петр быстро мужал и все активнее занимался государственными делами. Первые шаги по пути преобразований он направил на укрепление и оснащение войска, создание российского флота, что позволило ему в июле 1696 года одержать победу под Азовом в военной кампании против Турции. К тому времени двуцарствие закончилось – после смерти в январе 1696 года царя Ивана Петр стал единодержавным царем. Прежде чем развернуть в государстве большие реформы, он решил побывать в европейских странах и познакомиться с их жизнью и достижениями. С этой целью вскоре после взятия Азова Петр снарядил «Великое посольство», в которое кроме него вошли послы, волонтеры и солдаты – всего 250 человек. Но тут уже перед самым отъездом, в феврале 1697 года, ему донесли о новом заговоре среди стрельцов. Неизвестно, участвовала ли в нем отлученная от власти правительница или он был организован иноземцем, полковником Цыклером, но одно из основных требований восставших состояло в том, чтобы вернуть на престол Софью. Что же касается Петра, то стрельцы собирались объявить его «нехристем», губящим Россию, и лишить жизни. Ненавидевший его честолюбивый полковник даже подыскал среди них подходящих для убийства исполнителей и предложил им: «Как государь поедет с Посольского двора, и в то время можно вам подстеречь и убить». Но как только Петру стало известно о заговоре, он тут же начал расследование. Заговорщики были схвачены, а их организаторы – казнены. Только после того как был восстановлен порядок в столице, молодой царь отправился в путешествие по Европе.
Для Софьи длительное отсутствие Петра в России стало последним шансом для возвращения себе власти. Весной 1698 года стрельцы снова взбунтовались. Помимо невыплаты им положенного денежного довольствия, непосредственным поводом для мятежа прослужило известие о намерении царя перевести четыре стрелецких полка для прикрытия западной границы. Для них это означало смену столичного приволья на трудную и опасную службу в пограничных городах. И на этот раз стрельцы выступали под излюбленным лозунгом «Софью на царство!», руководствуясь грамотами, которые через своих сестер Марфу и Марию передавала им из монастыря опальная царица. Однако стрельцы действовали не слишком решительно, и еще до приезда Петра мятеж был подавлен. В августе, по возвращении из Европы, царь лично принял участие в расследовании заговора: в течение недели были арестованы около четырех тысяч человек, в том числе все стрельцы, проходившие службу в мятежных полках. Началась настоящая охота на стрельцов, получившая громкое название «великий сыск».
Особый допрос Петр учинил Софье. Следствие располагало данными о том, что заговорщики поддерживали связь друг с другом через некую Офимку Кондратьеву, приживалку опальной правительницы. Втянутой в заговор была и царская сестра Марфа. По тому, какую роль играли в этом бунте женщины, его впору было назвать не стрелецким, а бабьим. Никаких прямых улик в виде писем, доказывающих вину Софьи, добыть не удалось. Не помогли и очные ставки царевны со стрельцами – она все отрицала. Историки задавались вопросом о том, подвергалась ли бывшая правительница, как и другие организаторы заговора, пыткам? И не имея достоверных данных, ответ на него давали чаще всего отрицательный. Свет на эти события пролил найденный в середине XIX века дневник Патрика Гордона, участвовавшего в подавлении стрелецкого бунта 1698 года. В нем писалось, что царевна Софья была вздернута на дыбе и порота кнутом. Этот «допрос с пристрастием» был неофициальным, и потому протокол его не составлялся. Бывшая правительница перенесла пытки стойко, ни единым словом не показав против стрельцов. Несмотря на то что вина ее так и не была доказана, Софье пришлось до конца своей жизни (1707 г.) оставаться на тюремном положении в монастыре под именем инокини Сусанны, полученном после насильственного пострига.