Чтобы воспрепятствовать воцарению Годунова, боярская оппозиция во главе с Богданом Бельским попыталась организовать переворот в пользу татарского хана Симеона. Но против наступавшей на Москву Крымской Орды Годунов сумел поднять чуть ли не пол-России и не оставил крещенному татарину никаких шансов на власть. 30 апреля 1598 года царя Бориса уже торжественно встречали в столице. Вскоре после воцарения он, как водится, разобрался со своими союзниками и противниками, одних наградив, других отправив в ссылку. В частности, он ввел в Боярскую думу всех братьев Романовых (ранее туда входил только Федор Никитич), обласканными царской милостью оказались и их близкие родственники. А первой жертвой жестокой расправы Годунова с боярской оппозицией стал его свояк Богдан Бельский: у него были отобраны все вотчины.
Семилетнее правление царя Бориса (1598—1605) оказалось несчастливым. По свидетельствам современников, находясь на престоле, он «не царствовал, но болезновал». Недуги настолько одолевали Годунова, что последние пять лет своего царствования он почти не покидал Кремлевского дворца, а когда все же выходил к народу, то все замечали, с каким трудом он ходит, подволакивая ногу. Но дело было не только в состоянии здоровья царя. Народ его невзлюбил, считая главным виновником смерти царевича Дмитрия, а знать разделилась на несколько враждующих группировок, каждая из которых желала видеть на троне своего ставленника. Именно в недрах боярского заговора и готовилось «тайное оружие» против Годунова – самозванец Гришка Отрепьев, бывший холоп Романовых, присвоивший себе имя убиенного сына Ивана Грозного. Узнав о тайных замыслах облагодетельствованных им коварных родственников, царь Борис начал расправу. В ночь на 26 октября 1601 года стрельцами был подожжен дом бояр Романовых. Федора Никитича заключили в Антониево-Сийский монастырь неподалеку от Холмогор и насильно постригли в монахи. Почти все ближайшие слуги Романовых были казнены.
Но и после репрессий народная молва продолжала полниться слухами о том, что царевич якобы жив и скоро вернется в Москву, чтобы занять престол. Это создавало неспокойную политическую обстановку в стране, которая вскоре усугубилась тяжелым экономическим положением: в 1601—1603 годах в результате неурожая Россию постиг большой голод и моровая язва, унесшие до трети населения, внутренние области обезлюдели, народ обнищал и не мог платить податей, государственная казна была пуста. Чтобы накормить народ, Годунов велел открыть царские житницы и продавать хлеб по низкой цене. Но богачи тут же стали скупать его и спекулировать, а люди по-прежнему продолжали умирать от голода. На фоне этих трагических событий, словно из смрада гниющих мертвых тел, и возникла зловещая тень царевича Лжедмитрия I.
Появление этого самозванца было опасно не только тем, что его поддерживала часть русских бояр, но и Речь Посполитая, стремившаяся расширить свою территорию за счет русских земель. Польский король Сигизмунд III сразу же признал Лжедмитрия I русским наследником. За обещание ему Смоленска и Северской земли, а также за введение в Московском государстве католицизма он неофициально разрешил всем желающим помогать «царевичу». И уже 13 октября 1604 года возглавляемые Лжедмитрием I польские отряды вступили в пределы Московского государства. В условиях возрастающего народного недовольства, даже несмотря на серьезные поражения самозванца от правительственных войск, удача сопутствовала ему, и русский царь уже не мог совладать с надвигающейся интервенцией.
13 апреля 1605 года Борис Годунов внезапно скончался. По поводу его скоропостижной смерти по стране сразу же поползли самые разные слухи. Говорили, что он то ли упал с трона во время официального приема, то ли принял яд от безысходного положения в войне с поляками. Но исторические источники описывают его кончину совсем иначе: «Царю Борису, ставши из-за стола после кушанья, и внезапну прииде на него болезнь люта, и едва успе поновитесь и постричи, и два часа в той же болезни и скончась». Учитывая стремительность развития недомогания и то, что перед кончиной у Годунова открылось кровотечение и отнялся язык, историки склоняются к мнению о том, что он был отравлен.
Сыну Бориса Годунова царю Федору после смерти отца удалось продержаться на троне только два месяца. Против него созрел заговор во главе с рязанским дворянином Прокопием Ляпуновым, который перешел на сторону Лжедмитрия I. 9 июня 1605 года молодой царь был задушен убийцами, подосланными приверженцами самозванца. А 20 июня Лжедмитрий вошел в Москву и вскоре был помазан на престол, став, таким образом, законным царем. Всех бояр, репрессированных при Годунове, он вернул из ссылки, возвратив им имущество. Особо облагодетельствованы были Романовы: Ивану Никитичу самозванец даровал боярство, а Федора Никитича возвел в сан ростовского митрополита.
После воцарения Лжедмитрий I начал проводить некоторые реформы: в стране были объявлены свобода торговли, промыслов и ремесел, свобода передвижения. Всем служилым людям вдвое увеличили жалованье, ужесточилось наказание судей за взятки. Патриарх и архиереи получили постоянные места в Боярской думе. Улучшилось положение крестьян. Началось ускоренное производство оружия, и появилась идея покорения Крыма. А вот о территориальных уступках и переходе к католицизму, обещанных Сигизмунду III, новый царь как-то сразу забыл. Многие тогда отмечали, что он совершенно не жесток, а временами даже слишком добр. А гуманисты на русском престоле никогда не выживали. И вскоре среди бояр, отстраненных Лжедмитрием I от управления, созрел против него заговор. Самозванец был нужен им только для того, чтобы избавиться от Бориса Годунова, а теперь они ждали подходящего случая, чтобы убрать и его самого. Князья Шуйские и Голицыны сообщили Сигизмунду III о намерении свергнуть самозванца и посадить на его место сына короля – Владислава. Надо сказать, что положение самого Сигизмунда III тогда было довольно шатким. Польская оппозиция намеревалась предложить корону Речи Посполитой… Лжедмитрию I. Таким образом, вчерашний союзник превратился для польского короля в соперника. Теперь интересы русских бояр и Сигизмунда III в отношении самозванца совпали, и его нужно было скорейшим образом устранить.
Заговорщики не заставили себя ждать. 8 мая 1606 года, в день свадьбы Лжедмитрия I с дочерью сандомирского воеводы Юрия Мнишека Мариной, в столицу прибыли польские войска. Поляки позволили себе разные бесчинства. Воспользовавшись этим, заговорщики в ночь на 17 мая ударили в набат и объявили народу, что «ляхи» бьют царя. Пока стрельцы разбирались с поляками, заговорщики ворвались в Кремль. Царь попытался спастись, но, спрыгнув с 13-метровой высоты, повредил ногу. Его тут же захватили люди Шуйского и убили. По одним данным, тело самозванца сожгли и, смешав пепел с порохом, выстрелили из пушки в ту сторону, откуда он пришел в Москву. По другим – труп уже после избрания царем Василия Шуйского привязали к лошади, выволокли в поле и закопали у дороги. И только после того как в народе пошли слухи о том, что над могилой стало появляться голубое свечение, останки самозванца выкопали и сожгли. Но, как говорится, свято место пусто не бывает. Сказка о чудесном спасении Дмитрия, теперь уже от рук заговорщиков, вскоре снова повторилась. И бороться с «чудесно спасенным» пришлось уже новому царю – Василию Шуйскому.
Избрание на престол боярина старинного русского рода для всех (кроме, конечно, его самого) произошло довольно неожиданно. Исторические источники сообщают о том, что после расправы над Лжедмитрием I Боярская дума два дня заседала, но так и не выбрала достойного на царствие. Вышедших после утомительных дебатов на Красную площадь бояр встретила толпа народа с криками: «Василия Шуйского на царство!» Напор митингующих был настолько сильным, что боярам ничего не оставалось, как согласиться на эту кандидатуру. Несомненно, что эта «избирательная кампания» была организована и проплачена самим Шуйским, имевшим огромное влияние в Москве. Чтобы скрыть факт подкупа «крикунов», сразу же после воцарения он начал рассылать по стране грамоты, свидетельствующие о том, что его избрали по решению всероссийского собора. Подданные удивлялись им, поскольку никаких представителей в Москву на собор не посылали, но предпочитали помалкивать. А вот в лице большинства бояр, видевших в царе Василии выскочку, а также среди польской шляхты, десятков тысяч «гулящих людей», воевавших под знаменами Лжедмитрия I, и крестьянства он сразу же нажил себе массу врагов. Новому царю отказались повиноваться почти все юго-западные и южные города от Путивля до Кром, восстала Астрахань. По сути, в стране разворачивалась гражданская война.
Для предотвращения появления под именем Дмитрия новых самозванцев Василий Шуйский приказал перенести в Москву мощи убиенного царевича, которого церковь причислила к лику святых. Но народ уже сомневался в их подлинности, ибо по стране настойчиво бродили слухи о якобы «воскрешении» Лжедмитрия I. Исходили они от появившегося в июне 1607 года в городе Стародубе-Северском человека, назвавшегося Андреем Нагим, родственником последней жены Ивана Грозного. Когда же его жители, угрожая пришельцу пыткой, потребовали указать им царя, то он сам объявил себя Дмитрием и, как ни странно, был сразу торжественно признан. На сторону нового самозванца стали переходить ближайшие города, а вскоре у него появилось и войско. Дело в том, что под знамя Лжедмитрия II стали стекаться поляки – участники мятежа против короля Сигизмунда III, поддерживавшие Лжедмитрия I, которые после его поражения не могли вернуться домой под страхом смертной казни. Среди них были будущие гетманы Маховецкий и Рожинский, воеводы Хмелевский и Адам Вишневецкий, а также приведший пятитысячный отряд запорожцев Заруцкий. Они хорошо знали, что «царь» был ненастоящим, и под именем Дмитрия на этот раз выступал крещеный еврей Богданко (Богдачко), служивший помощником попа в городе Шклове, а затем учительствовавший в Могилеве. Но, сделав слабовольного Лжедмитрия II игрушкой в своих руках, они могли добиться личных целей и поэтому поддержали его.