Матушка Александра умоляла отца Пахомия поминать ее в Сарове за упокой, не оставлять и не покидать неопытных послушниц ее, а также попещись в свое время об обители, обетованной ей Царицею Небесною. На это старец отец Пахомий ответил:
«Матушка! послужить по силе моей и по твоему завещанию Царице Небесной и попечением о твоих послушницах не отрекаюсь, также и молиться за тебя не только я до смерти моей буду, но и обитель вся наша никогда благодеяний твоих не забудет, а впрочем не даю тебе слово, ибо я стар и слаб, но как же и браться за то, не зная, доживу ли до этого времени. А вот иеродиакон Серафим, духовность его тебе известна и он молод, доживет до этого; ему и поручи это великое дело».
Матушка Агафья Семеновна начала просить отца Серафима не оставлять ее обители, как Царица Небесная Сама тогда наставить его на то изволит.
Старцы простились, уехали, а дивная старица Агафья Семеновна скончалась 13-го июня в день святой мученицы Акилины. Отец Пахомий с братией на обратном пути как раз поспели к погребению матушки Александры. Отслужив литургию и отпевание соборно, великие старцы похоронили первоначальницу Дивеевской общины против алтаря Казанской церкви. Весь день 13 июня шел такой проливной дождь, что ни на ком не оставалось сухой нитки, но отец Серафим по своему целомудрию не остался даже обедать в женской обители и тотчас после погребения ушел пешком в Саров.
Н. А. Мотовилов пишет, что мать Александра перед смертью говорила послушнице Евдокии: «Молись Богу, Господь не оставит тебя, я уж скоро отойду от сего света, а ты еще долго проживешь и то, что сбудутся слова мои, т. е. что соберется на месте ее большая обитель, увидишь на деле, будет большое смятение; ты и до него доживешь». Предчувствуя приближение своей кончины, мать Александра пожелала восприять на себя ангельский образ и посылала она Евдокию Мартыновну с другой какой-то девушкой в Саров, и отец Исаия, бывший тогда казначеем сей обители, прибыв в Дивеево, постриг ее во время вечерни в великий ангельский образ и нарек ей имя Александры. Пострижение это было за неделю или за две до кончины, в Петровский пост. А в день кончины приобщалась Св. Таин, которые она принимала за несколько времени каждодневно, и лишь только священник ушел из кельи, то она и скончалась в самую полунощь. При кончине матушки была только Евдокия Мартыновна и еще другая старушка Фекла. Пред кончиною своею матушка изволила говорить Евдокии Мартыновне: «А ты Евдокиюшка, как я буду отходить, возьми образ Пресв. Богородицы Казанския, да и положи его мне на грудь, чтобы Царица Небесная была при мне во время отхода моего, а пред образом свечку затепли». Матушка скончалась в одной рубашечке и платочек был на голове.
По смерти первоначальницы Дивеевской общинки, матери Александры, осталось три послушницы, а именно две девицы: Евдокия Мартыновна и Анастасия Кирилловна и третья — вдовица Фекла Кондратьевна, из села Дивеева. Выбирая между собою старшую, они поставили на место первоначальницы Анастасию Кирилловну, которая в продолжение семи лет собрала в общинку до 52-х сестер. Управление ее ничем особенным не отличалось, но прошло прекрасно, тихо, с соблюдением установлений матери Александры. Ничего так не боялась Анастасия Кирилловна, как малейшего нарушения Саровского устава, и поэтому она относилась, согласно свидетельству Евдокии Мартыновны, невозможно строго к исполнению молитвенных правил и Саровского устава. Во всем она благословлялась у духовника общинки, настоятеля пустыни отца Пахомия, который до последнего дня своей жизни продолжал отечески заботиться о послушницах Дивеевской общинки. Пища привозилась по-прежнему раз в день с Саровской трапезы, а сестры работали шитьем и вязаньем для братии обители. С кончиною отца Пахомия общинка потеряла своего заботливого отца. Игумен Исаия сделался духовным отцом Дивеевских сестер, но уже не занимался ими, как отец Пахомий.
В числе вновь поступивших послушниц была из г. Тулы вдова оружейного мастера Ксения Михайловна Милованова, по мужу Кочеулова, с малолетнею дочерью Ириною Прокопьевною. До чего матушка Анастасия Кирилловна была исполнительна и строга, можно судить по ничтожному эпизоду, переданному сестрами. Однажды она увидала вдову Ксению Михайловну, собирающую сухие корки каши от трапезы для своей малолетней дочери Ирины; Ксения хотела их размочить водою и дать лишний раз голодавшей девочке, но матушка Анастасия Кирилловна сурово выговорила ей и даже определила наказание, запретив наистрожайше раз навсегда, ни даже ради детей, не нарушать заведенный устав их: однажды только в день вкушать пищу и в назначенный, без исключения, для всех равно, час общей трапезы.
В 1796 году скончалась Анастасия Кирилловна и ее похоронили на кладбище Казанской церкви, вблизи первоначальницы матери Александры.
Начальницею общинки, по выбору сестер, была поставлена Ксения Михайловна Кочеулова. Маленькая, сухая, крайне подвижная и деятельная, но плохенькая на вид, она проводила жизнь настолько сурово, неся подвиги, посильные только монахам, что о ее правлении сохранилось воспоминание, как о времени невыносимо трудном, подвижническом, но которое выработало великих стариц для будущего Дивеевского монастыря и наставниц истинной духовной жизни. Не допуская никакого исключения, снисхождения и малодушия, она даже казалась некоторым жестокой. Совершенно равная ко всем сестрам, она не жалела и своей слабой и хилой дочери Ирины Прокопьевны. Так, например, однажды кто-то подарил Ирине Прокопьевне чайник и чашечку, зная, что она под названием чая любит пить вообще горячее, как-то целебную травку или сухую малину. Узнала это матушка Ксения Михайловна и страшно огорчилась; запретила наистрожайше употреблять этот чайник и чашку. Ирина Прокопьевна обещалась не дотрагиваться до них, но Ксения Михайловна не успокаивалась и с истинным сердечным огорчением и крайним сокрушением сказала: «Что ты, что ты! Из них хотя пить-то не будешь, Оря, все же я непокойна, соблазн-то какой! Утешь ты меня старуху, Орюшка, разбей ты их, матушка, да от соблазну-то и черепки их в землю зарой! Можно ведь пить и из деревянной или чугунной посудки, а то глядико-сь грех-то какой! Какое малодушие!» Только тогда она успокоилась, когда дочь ее, уже старица также, за святое послушание начальницы-матери, разбила чайник и чашку и зарыла глубоко в землю все черепки.
Чрезмерно суровая строгость Ксении Михайловны настолько не понравилась сестрам, собранным покойною Анастасиею Кирилловною, что из 52-х выбыло в первый год ее управления 40; тогда всего в общинке осталось 12 сестер, но затем стали прибывать новые, так что к 1825 году, когда батюшка отец Серафим, окончив все свои внутренние, духовные благоустроения, достиг совершенства и мог, по заповеди матушки Александры, обратить все свое внимание на устройство Дивеевской обители, обетованной Божиею Матерью, в названной общинке снова собралось до 50-ти сестер. Стало не хватать земли для общины и соседка-помещица графиня Толстая поэтому пожертвовала на огород 32 десятины.
Монахиня Ермиония, старица, определенная в обитель самим отцом Серафимом, рассказывала, что когда она пришла к отцу Серафиму, то, посылая ее жить в Дивеево к родной тетке, послушнице Евдокии Ефремовне (впоследствии монахине Евпраксии, удостоенной в день Благовещения видения Божией Матери в Серафимовой келии), батюшка сказал последней, держащей ее за руку и приведшей на благословение: «Отведи ее к матушке Ксении Михайловне». «Во, матушка! — сказал старец, обращаясь к отроковице. — Ксения-то Михайловна жизни высокой, бич духовный, матушка!» «И действительно, — рассказывает монахиня Ермиония, — и вправду она была строга; станет выговаривать, думаешь вот-вот убьет, сейчас тут умрешь, а кончит — сделается прещедрая; скажет бывало: “Ну-ка, ну-ка. Оря (так звали ее дочь), прочти-ка вот ей такое-то житие!” Она сама была неграмотная. И прочтет Ирина Прокофьевна, что велит матушка. “Вот видишь ли, Евдокиюшка, скажет Ксения Михайловна, как трудно идти-то в Царствие Небесное, ведь от того так-то я и выговариваю. Ну, матушка, иди! Погляди-ка, Оря, нет ли тут у нас чего, не принес ли кто чего-нибудь, дай ей!”». «И мне же бывало чего сунув отпустит, — говорила Евдокия Ефремовна. Последняя жила одно время у Ксении Михайловны келейной и у нее были две красненькие тесемочки; раз подпоясалась она ими. Увидала это матушка… “Что это, говорит, вражью-то силу ты на себя надела!” Взяла Ксения Михайловна, сняла тесемочки с нее и сожгла их в печке. Не терпела она, чтобы носили хорошую одежду». «Было это с Евдокией — повествует монахиня Ермиония. — Раз как сшили ей первую ряску, матушка ее не видала. Пришла она в церковь, стоит, а она, наша голубушка, своею клюшкою-то и достает. “Кто это? кто это?” — спрашивает Ксения Михайловна. “Ах! это всечестная Евдокия! Что это ты делаешь, матушка: на что это ты восемь-то бесов себе посадила! (т. е. восемь клиньев). Выпори, выпори, говорит матушка, четыре-то беса!” В другой раз идет тетка Евдокия двором, надев сарафан из посконного холста, только что выкрашенный, новый. Увидала матушка, кричит: “Стой! стой!” Подошла она. “Ай, ай, матушка, — говорит она, — Бога ты не боишься, Евдокиюшка всечестная! Что надела плисовый-то сарафан! Подбери, подбери все кругом, матушка, подрежь, чтобы рубашка была бы видна, чтоб не до полу было!” Так была строга матушка Ксения Михайловна».
Все начальницы и сестры Дивеевской общины ходили в трудные часы испытаний, горей и борьбы духовной подкрепляться молитвой на могилку незабвенной и великой старицы матери Александры. По свидетельству сестер первой общинки, переданному протоиерею отцу Василию Садовскому, и также согласно показаниям священника обители отца Александра Филиксова, все жившие при Казанской церкви священнослужители и многие другие видели по ночам на могиле матери Александры огонь и горящие свечи, по временам слышали необычайный звон, а некоторые ощущали необыкновенное благоухание, исходящее из могилы ее. Затем в могиле слышалось какое-то журчание, и поэтому сложилось поверье в народе, что источник, открывшийся под горою, исходит из могилы матери Александры. Так называемый дальний источник матери Александры великая старица сама вырыла, когда для созидаемой ею Казанской церкви ломали камень для извести. Она приходила носить камни и для утоления жажды рабочих и прохлаждения от трудов и жары вырыла этот колодезь. Народ считает этот источник целебным и приносит купать в нем больных детей.