Связи Пьерпонта в сфере благотворительности были почти столь же обширны, как и его деловые интересы. Он предпочитал жертвовать на религиозные, культурные и образовательные цели, а не на нужды органов социального обеспечения. Он не пытался решить проблему бедности. Он хотел создавать частные и элитарные учреждения. Он был одним из первых меценатов Метрополитен-музея и Американского музея естественной истории, имел ложу в "Золотой подкове" Метрополитен-оперы (ему нравились романтические, витиеватые оперы, особенно "Троваторе"), вносил крупные пожертвования в больницу Святого Луки. После того как Джуниус стал партнером С. Эндикотта Пибоди (дальнего родственника Джорджа) в Лондоне, Пирпонт помог его сыну, преподобному Эндикотту Пибоди, купить девяносто акров земли к северу от Бостона для строительства новой подготовительной школы Гротон. Созданная по образцу школы Регби, она должна была воспитывать в своих учениках добрый, мужественный, христианский характер. По иронии судьбы, она породила заклятого врага дома Морганов - Франклина Делано Рузвельта.
Через своего друга и личного врача, доктора Джеймса В. Марко, Пирпонт сделал один из своих редких подарков иммигрантским массам, хлынувшим тогда в нью-йоркский Нижний Ист-Сайд. В 1893 г. Марко рассказал ему об операции, которую он провел на кухне доходного дома, чтобы спасти мать-иммигрантку и ее ребенка. Пирпонт отсчитал три стодолларовые купюры. "Позаботьтесь о том, чтобы она получила надлежащий уход", - сказал он, передавая деньги врачу. В конце концов доктор Марко убедил его выделить более 1 млн. долл. на строительство нового здания Нью-Йоркской больницы для лежачих больных, где медсестры будут обеспечивать бедных беременных женщин питанием, молоком и дородовым уходом. Доктор Марко стал ее директором. По мере того как Пирпонт становился все более похотливым, его забота о нерожавших матерях становилась предметом шуток в городе, а также рассказов о врачах больницы, женившихся на любовницах Пирпонта.
Но больше всего Пьерпонта поглотила епископальная церковь, входившая в англиканскую общину. Религия объединяла его ценности - красоту, порядок, иерархические отношения, почитание прошлого, пышность и помпезность. Будучи самым влиятельным епископальным мирянином Нью-Йорка, он посещал съезды церкви, проводимые раз в три года, и участвовал в заумных дебатах. Религия логично сопровождала морализм, который двигал им на работе и лежал в основе его возмущения американской деловой практикой. Его дед по материнской линии был проповедником, дед по отцовской - задорным певцом гимнов, а банковские максимы отца были сформулированы в эпиграмматическом стиле проповедей, и Юниус часто звучал как разочарованный священнослужитель: "Самоуничижение и чувство, что Бог одобряет, принесут гораздо большее счастье, чем все богатства, которые может дать мир". А сам Пирпонт был не прочь понтировать на Уолл-стрит, 23.
Для Пьерпонта и Фанни воскресные дни были посвящены религии. Они посещали церковь Святого Георгия на Стайвесант-сквер, где Пьерпонт был ризничим с 1868 г., и проводили воскресные вечера за пением гимнов. Чтобы доставить удовольствие Фанни, Пьерпонт также посещал по средам вечерние заседания хорового кружка Mendelssohn Club. В ранние годы он отличался ярко выраженным ханжеством. В целом его религиозные интересы не были связаны с земными правилами поведения. Религия двигала им на более примитивном уровне. Выкрикивая гимны на собраниях возрождения или сидя в одиночестве в соборе Святого Георгия, наслаждаясь органной музыкой в полумраке, он, казалось, был заворожен ритуалом и погружался в грезы мистической глубины.
Подходя к Писанию с буквализмом фундаменталиста, Пьерпонт был доверчив, как ребенок. В 1882 г. он посетил Палестину. Глубоко взволнованный, он написал Фанни об ощущениях, испытанных им перед входом в гробницу Христа: "Там находится плита, на которой Он был положен. Под влиянием порыва, которому невозможно сопротивляться, вы падаете на колени перед этой святыней". В более поздние годы он говорил своему библиотекарю Белле да Коста Грин, что верит каждому слову в Библии, включая рассказ об Ионе и ките. Однажды, путешествуя по Нилу вместе с епископом Уильямом Лоуренсом, он указал точное место, где Моисей был вырван из камышей, и настаивал, что все произошло именно так, как написано в Библии. Учитывая такое легковерие, неудивительно, что Пьерпонт увлекался оккультизмом. В течение многих лет он поручал астрологу Эванджелин Адамс читать его гороскоп, прося ее изучить его звезды по всем вопросам - от политики до фондового рынка. Когда родился его сын, Лак, гороскоп младенца показал кардинальный крест, ассоциирующийся с депрессиями - подходящее предсказание для Моргана, который руководил банком в 1929 году.
В 1883 г. настоятелем церкви Святого Георгия стал тридцатитрехлетний преподобный Уильям С. Рейнсфорд. Это был симпатичный молодой ирландец с кембриджским образованием. Пирпонт, финансировавший деятельность церкви, приложил руку к его назначению. Будучи социальным реформатором и пламенным приверженцем "социального Евангелия", Рейнсфорд сказал Моргану, что согласится на эту работу только в том случае, если церковь будет демократичной и открытой для бедных. "Согласен", - ответил Морган и согласился покрыть дефицит церкви. И Рэйнсфорд действительно принял бедняков на свободные скамьи церкви Святого Георгия. В конце концов, эти два человека стали настолько близки, что каждый понедельник утром они вместе завтракали в доме 219 по Мэдисон-авеню, а Морган построил несколько новых церковных зданий.
Впоследствии у доктора Рейнсфорда возникли проблемы, когда он попытался расширить и демократизировать ризницу, которая собиралась в "черной библиотеке" Моргана. Это противоречило принципам филантропии Пьерпонта, и он прямо сказал: "Я не хочу, чтобы ризница была демократизирована. Я хочу, чтобы она оставалась органом джентльменов, которых я могу попросить встретиться со мной в моем кабинете - джентльменов, которые чувствовали бы себя как дома и могли бы покрывать дефицит из своего кармана". Он отправил Рейнсфорду письмо, в котором отказывался от должности старшего причетника; молодой ректор упорно отказывался его принять. В течение нескольких недель они продолжали завтракать по понедельникам, оба ели молча. Возможно, во время этих трапез Пирпонт вспоминал богатых людей, которые преследовали его деда-реформатора, преподобного Пирпонта. После нескольких недель такого противостояния Морган пригласил Рейнсфорда отплыть в Европу. Оставшись наедине с Рейнсфордом в своей каюте, Пьерпонт обнял его за плечи и воскликнул: "Рейнсфорд, молись за меня, молись за меня". Этим мелодраматическим проявлением раскаяния и закончилась вражда.
Рэнсфорд оставил интересные впечатления о религиозной вере Пьерпонта: "Его верования были для него драгоценными реликвиями. Он преклонялся перед ними, как русский преклоняется перед "иконом" перед приветствием хозяина дома". Он видел, что для Пьерпонта Церковь была не активным, реформирующим духом, а хранилищем древней красоты, могущественной потому, что она была архаичной и неизменной. Рэйнсфорд также отмечал у Пьерпонта высокую лояльность и откровенную честность: "Когда он говорил что-то и смотрел на тебя во все глаза, когда он это говорил, сомневаться в нем было невозможно". Этот взгляд приковывал к себе внимание двух поколений президентов железных дорог и промышленных магнатов.
Несмотря на то, что деловая жизнь Пьерпонта Моргана была связана с железными дорогами, Пьерпонт более остро ощущал притягательность моря. В то время, когда частные железнодорожные вагоны были обычными экспонатами магнатов, Пьерпонт никогда не имел собственного вагона и по мере необходимости брал частные вагоны у руководимых им железных дорог. К середине жизни море стало для него лучшим средством от депрессии, местом, где он вырывался из вечного напряжения офиса и освобождался от забот. Когда в 1880-х гг. модный Нью-Йорк охватило увлечение яхтостроением, ему не потребовалось особых усилий, чтобы принять в нем участие. В 1882 г. он приобрел первую из серии огромных яхт, названную "Корсар", и вступил в Нью-Йоркский яхт-клуб. Эта паровая яхта с черным корпусом длиной 165 футов, вторая по величине во флоте клуба, ознаменовала собой новое великолепие Morgan.
Вероятно, не случайно Пьерпонт приобрел "Корсар" вскоре после того, как стало очевидно, что его брак распадается. Яхта была не просто эффектной безделушкой. Она давала ему возможность общаться не только с Фанни и детьми и впоследствии фигурировала во многих историях о тайных похождениях. Она позволяла вести разгульный образ жизни за пределами душных викторианских рамок, в которых он жил в раннем браке. Он создал группу друзей, известную как "Клуб корсаров", которая обеспечивала маскировку, необходимую для контрабанды женщин на борт. Корабль стал для него и вторым домом, особенно когда Фанни с детьми уезжала на лето вверх по Гудзону в Крагстон. Часто Пьерпонт обедал на корабле и оставался на ночь, когда тот стоял на якоре у берегов Манхэттена.
Приобретение судна "Корсар" совпало с новым этапом карьеры Пирпонта, когда он стал как арбитром, так и финансистом железных дорог. Яхта была полезна как место встречи для разрешения споров, тайный клуб, скрытый от посторонних глаз. Пирпонт обладал актерским талантом создавать драматические декорации для своих подвигов, и "Корсар" позволил его деловой жизни обрести ауру оперной феерии. Так было и в 1885 году, когда между Пенсильванской железной дорогой и Нью-Йоркской центральной железной дорогой разгорелся спор по поводу железной дороги под названием Вест-Шор.
Участие Пирпонта имело и личный аспект. Однажды в 1881 г. он увидел торговца, который вел по Брод-стрит пару осликов; восхищенный их сходством с маленькими осликами, которых он видел в Египте, он послал клерка купить их. Названные Вельзевулом и Аполлионом, они стали любимцами детей Моргана в Крэгстоне. В следующем году его дети почувствовали угрозу со стороны ирландских хулиганов, строивших новую железную дорогу под его домом на западном берегу Гудзона, и Пирпонт запретил им ездить без сопровождения взрослых. В то же время взрывы взрывчатки, производимые на строительстве новой дороги на западном берегу, стучали в окна Крэгстона, вторгаясь в спокойное убежище Моргана.