2005 3 февраля погиб премьер-министр Грузии Зураб Жвания. Новый премьер – Зураб Ногаидели. В марте стартовала радикальная реформа системы лицензирования, в итоге которой число лицензий было сокращено на 85 %.
30 мая Сергей Лавров и Саломе Зурабишвили утвердили график вывода российских военных баз из Аджарии и Ахалкалаки – процесс должен был завершиться до конца 2008 года.
В ноябре Бендукидзе продал свой пакет акций ОМЗ «Газпромбанку».
2006 Взрывы на двух магистральных газопроводах оставили Грузию без тепла в разгар морозов. Оппозиция потребовала отставки Бендукидзе – «пешки в руках Москвы». В сентябре разгорелся шпионский скандал: после задержания в Грузии четырех офицеров ГРУ Россия ввела транспортную блокаду и торговое эмбарго, заблокировала денежные переводы в Грузию, устроила охоту на грузинских иммигрантов. Бендукидзе и его команда готовят радикальную реформу системы здравоохранения, которая будет проводиться в 2007–2009 годах.
2007 Политический кризис в Грузии.
1 ноября ушло в отставку правительство Ногаидели. 7 ноября полиция с применением водометов разогнала демонстрацию у парламента и заняла офис телеканала «Имеди», которым владел противник президента Бадри Патаркацишвили. 22 ноября новым премьером Грузии стал Ладо Гургенидзе, а 25-го Саакашвили подал в отставку, чтобы принять участие в досрочных президентских выборах.
Созданный Бендукидзе Knowledge Fund приобрел тбилисскую European School of Management (ESM). В декабре на базе ESM и тбилисского Института Азии и Африки был создан Свободный университет Тбилиси.
2008 5 января Саакашвили набрал 53,5 % голосов и второй раз стал президентом Грузии. 31 января Бендукидзе возглавил государственную канцелярию правительства Грузии.
Пятидневная российско-грузинская война в августе закончилась российской оккупацией Абхазии и Южной Осетии. 27 октября Гургенидзе ушел в отставку.
2009 6 февраля новым премьером Грузии стал Ника Гилаури, 9-го Бендукидзе ушел с госслужбы.
2011 Knowledge Fund купил у государства Аграрный университет в Тбилиси.
Парламент Грузии принял Акт экономической свободы, ограничивающий пределы государственного дефицита и усложняющий введение новых налогов. Первая версия документа была подготовлена осенью 2009 года Бендукидзе, его «правой рукой» Вато Лежавой и экс-премьером Ладо Гургенидзе.
2012 Победу на парламентских выборах одержал радикально оппозиционный блок «Грузинская мечта», премьер-министром стал главный спонсор «Мечты» миллиардер Бидзина Иванишвили. Умерла мать Бендукидзе, Джульетта Рухадзе.
2013 Новые грузинские власти арестовали одного из ключевых членов команды Саакашвили – экс-министра внутренних дел и премьер-министра Вано Мерабишвили. В январе 2014 года по итогам двух судебных процессов он был осужден на девять с половиной лет лишения свободы. В начале весны министерство образования предприняло попытку заблокировать деятельность Аграрного университета, отняв у него аккредитацию (вскоре она была восстановлена).
2014 После победы Майдана Бендукидзе начал регулярно бывать в Украине, консультируя министров переходного правительства. В июле покинул Грузию, опасаясь ареста. 13 ноября умер в лондонской гостинице. Диагноз – сердечная недостаточность.