Узнав об измене, Пётр немедленно принял решительные меры: приказал Меншикову взять Батурин (что и было сделано), обратился к населению с манифестом, призывающим не идти за Мазепой, а тех, кто пошёл — вернуться, и назначил выборы нового гетмана. Население Мазепу не поддержало, и отдельные старшины начали прибывать к Петру с изъявлением верности. Одними из первых был Стародубский полковник Иван Скоропадский, Черниговский — Полуботок, и много других. Некоторые полковники, например, Галаган, Апостол и другие, вначале пошедшие за Мазепой, возвращались к Петру, который их не только не наказывал, но ещё и награждал за верность.
6 ноября 1708 в Глухове был торжественно выбран гетманом полковник Иван Скоропадский. При этом находившимся там же Петром была подписана и оглашена царская грамота, подтверждающая «сохранение вольностей и преимуществ Малороссийских». А через пять дней прибывший сюда же Киевский митрополит Иосиф Кроковский, и архиепископы с епископами, в особой церемонии предали вечному проклятию Мазепу и его помощников. Мазепа же находился в походе со шведским войском, которое двигалось к городам Ромны и Гадяч на зимние квартиры, где для шведов предателем было заранее заготовлено продовольствие и возведены укрепления. Но, начав теперь сомневаться в победе Карла, Мазепа через полковника Апостола обещал Петру содействовать поражению и даже пленению Карла. Пётр его обнадёжил, но предложению не поверил, и продолжал готовиться к решительному сражению с Карлом.
Зима 1708/1709 прошла без особенно крупных столкновений. Шведы сидели в Ромнах и Гадяче, а русская ставка была в Лебедине. Наши силы росли, благодаря прибывавшим подкреплениям; силы же и запасы шведов таяли, и они искали, кого бы ещё склонить к предательству. К маю 1709 года, после длительных уговоров, Мазепе и Карлу удалось подбить на это дело запорожцев, и те, под предводительством кошевого Гордиенка, двинулись на помощь Карлу.
В ответ Пётр молниеносно, смешанным русско-казацким отрядом, захватил Сечь, и уничтожил её до основания. Командовали этой экспедицией полковник Галаган (сам бывший запорожец) и Яковлев. Спасшиеся запорожцы бежали на турецкую территорию и основали там новую Сечь, Карл же двинулся на юг на соединение с запорожцами и по пути хотел взять Полтаву. Когда это ему не удалось, он и начал осаду этого города, которая продолжалась безуспешно полтора месяца и закончилась известной Полтавской битвой. Шведы были разбиты наголову. Остатки войск бежали на запад к Днепру, бросив все обозы и артиллерию. У Переволочни их настиг Меншиков и казаки, и принудили к капитуляции. Спаслись только Карл и Мазепа, переправившись через Днепр первыми, да небольшой шведско-казачий отряд. Дальше бежали они на территорию Турции, в Бендеры, где и задержались продолжительное время. Здесь вскоре Мазепа умер и был торжественно похоронен в монастыре.
Несколько старшин, оказавшихся в Бендерах после смерти Мазепы, выбрала гетманом его ближайшего сотрудника Филипа Орлика, который совместно с Карлом начал усиленно уговаривать Турцию нарушить мир с Россией и начать войну. В 1710 Орлик с группой казаков, запорожцев и татар предпринял набег на Правобережье, но был разбит и отогнан обратно. В 1711-м, наконец, Турция начала войну, о которой мы ещё скажем (в главе «Разные „мелочи“»), — на эту войну подстрекали её Карл XII и Орлик, обещая помощь и запорожцев, и всего населения Украины, и верных Станиславу Лещинскому поляков.
Для России война оказалась неудачной. Но и Карлу с Орликом она многих успехов не принесла. Орлик уехал в Швецию; в дальнейшем жизнь его протекала в интригах среди иностранцев за расчленение России. Однако европейские государи, убедившись в невозможности оторвать от России Украину (из-за отсутствия сепарататистских настроений у её населения), прекратили выдачу подачек Орлику. Католическая церковь, верным сыном которой он был, по-видимому, ему тоже не помогла, и он умер в нищете в Молдавии в 1742 году.
Измена Мазепы и присоединение к нему некоторого числа старшин и казаков, а также выступление на стороне Карла запорожцев вызвали взрыв негодования во всей России; о прежнем доверии к гетманству не могло быть и речи. Неудивительно, что новый гетман — Скоропадский, сразу после избрания, несмотря на подтверждение Петром «прежних прав и вольностей», получил комиссара, с которым должен был согласовывать все свои мероприятия. В придачу Скоропадский находился «под башмаком» своей жены и давлением алчных старшин, буквально вырывавших у него универсалы на потомственное владение разными имениями. В общем, элита и здесь больше думала о своём кармане, чем о благе страны и народа. Казаки же продолжали ходить на работы и в походы. В 1716-м несколько тысяч казаков были отправлены на рытьё канала Волга-Дон; в 1720-м 12 000 — на работы на Ладожский канал, и 5000 на постройку Киевской крепости; в 1722 ещё 10 000 в Ладогу. Работы были тяжелы и изнурительны; казаков косили болезни, и значительная часть их погибла. Сохранились сведения, что только в 1721 году на Ладожском канале умерло 2461 человек; за остальные годы сведений нет.
В 1721 году 10 000 ушли в поход на Персию — Индию. Между тем, находившийся при гетмане комиссар Протасьев в своём рапорте за 1720 год сообщил царю, что «в Малороссии самые последние чиновники добывают себе богатство от налогов, грабежа и винной торговли. Если кого определит гетман сотником, хотя из самых беднейших и слуг своих, то через один или два года явится у него двор, шинки, грунты, мельницы и всякие стада, и домовые пожитки».
Надо полагать, подобные рапорты комиссар подавал и раньше, ибо в архивах сохранился приказ ему Петра ещё за 1715 год: «строго смотреть за полковниками, чтобы они не обременяли народ взятками и разными налогами». А в 1722 году в инструкции Вельяминову, сменившему Протасьева, Пётр пишет: «препятствовать, с гетманского совета, Генеральной Старшине и полковникам изнурять работой казаков и посполитых людей». По словам А. Дикого, «как видно из … документов, оспаривать достоверность которых невозможно, защитником народа от притеснений его высших классов являлся Пётр». И несмотря на это, некоторые политически ангажированные «историки» уверяют, что Россия вообще угнетала весь украинский народ, а Пётр был «катом» (палачом). На деле же «катами» были свои же украинцы — старшины, а защитником от них был «москаль» Пётр. Это не значит, что жизнь населения Левобережья в эпоху Петра была лёгкой. Но если ту глубокую ломку всех сторон жизни, которую вызвали Петровские реформы, сравнить на Левобережьи и в остальной России, то нельзя не признать, что в Великороссии она была гораздо глубже, резче и болезненнее, чем на Украине.
Здесь-то ломки жизни и быта почти не было: усы и чубы с оселедцем остались в неприкосновенности, и никто на них не посягал, как на великорусские бороды. Пышные одежды старшин никто не перекраивал на немецкий лад; их детей не забирали принудительно для обучения или на царскую службу, а их жён и дочерей не заставляли проводить время на «ассамблеях». Администрация оставалась такой же, какой она установилась во времена Хмельницкого.
Интересно ещё вот что. Россия посылала в Малороссию людей для занятия разных должностей, но, с другой стороны, очень много представителей наиболее культурной части населения — прежде всего, высшего духовенства — в этот же период заняли в Великороссии руководящие посты. Известный проповедник, архиепископ Феофан Прокопович, местоблюститель Патриаршего Престола Стефан Яворский и целый ряд архиепископов и епископов (Димитрий Ростовский, Гавриил Бужинский, Василий Григорович, Сильвестр Кулябка, Амвросий Зертис и многие другие), происходили из Малой России.
От времён Раскола, а особенно с первой четверти XVIII века православной церковью Российской империи руководили главным образом украинцы. А так как церковь в ту эпоху имела огромное влияние на всю культурную жизнь, то можно утверждать, что культурное развитие России в значительной степени направлялось и определялось церковно-культурными деятелями с киевским образованием. И Пётр такому положению дел всячески содействовал! Вот и получается, что во время гетманства Скоропадского, и даже ранее, шёл своего рода обмен кадрами между Велико— и Малороссией. Первая давала администраторов с твёрдыми традициями централизованного государства, вторая — идеологических деятелей. Процесс этот, несомненно, вёл к сближению и слиянию воссоединённых частей Руси, а потому помимо «обрусения Украины» происходило параллельно «обукраинизирование» общероссийской православной церкви.
Лишь при поверхностном взгляде на события создаёт впечатление, будто всё правление Скоропадского было периодом утраты прежних вольностей. На деле шёл процесс эволюции общественных институтов, такой же, что и во всех других странах мира. Ведь нет ни одной, в которой всё осталось бы, как в день Творения. Скоропадский среди «плебса и патрициев» большой популярностью не пользовался, а когда умер (3 июля 1722), то летописец записал: «Доброта сердца без других украшений не составляет истинного достоинства правителя народа». Надо сказать, у Петра бывал соблазн поменять его на другого, «мудрого» деятеля, но он предпочёл стабильность мудрости. Тем более, что имел уже опыт предательства слишком образованного Мазепы. После смерти Скоропадского, по соглашению старшин и председателя Малороссийской Коллегии Вельяминова, впредь до избрания нового гетмана был назначен наказным гетманом черниговский полковник Павел Полуботок, человек умный, но излишне горячий. А Вельяминов вёл себя диктаторски, что сразу вызвало трения и недоразумения между ним, гетманом и старшинской элитой.
К Петру полетели доносы и с той, и с другой стороны. Вельяминова обвиняли в грубом обхождении, в «перемене слога в письме малороссийском, к которому Генеральная Канцелярия издревле при всех гетманах привыкла», во взяточничестве и в самовольстве. А он обвинял малоросскую элиту в самоволии, присвоении казённых земель, отягощении населения неправедными повинностями и поборами.