После возвращения из Франции Босуэлл сделал головокружительную политическую карьеру. Он переместился с периферии в самый центр событий, вызвав ревность тех, кого оттеснили от принятия решений. Он был заклятым врагом Морея. Мейтланд также его ненавидел. Их отношения достигли низшей точки, когда Босуэлл пригрозил выследить и убить бывшего государственного секретаря, обвинив его в участии в заговоре с целью убийства Риццио.
Под влиянием Кастельно вражда несколько ослабла или прекратилась совсем. Одним из тех, кто постоянно мешал усилиям Марии умиротворить страну, был ее муж. Узнав истинный масштаб предательства Дарнли и Леннокса, решивших получить «брачную корону» без ее согласия, королева отлучила Леннокса от двора. Справиться с Дарнли было гораздо сложнее, потому что она была беременна от него. Мария не могла поверить, что человек, за которого она вышла замуж, способен на такое — присоединиться к заговору лордов, чтобы убить ее личного секретаря, а затем распустить парламент, не посоветовавшись с ней. Дарнли имел наглость все отрицать даже после того, как бежавшие из страны бывшие сообщники отправили Марии скрепленное его подписью соглашение, в котором одобрялось убийство.
Дарнли продолжал плести интриги. Вскоре после торжественной церемонии примирения он написал письма Карлу IV и Екатерине Медичи, в которых называл себя «королем Шотландии» и использовал печать с изображением королевских атрибутов. Он заявлял о своей непричастности к убийству Риццио и стремился втереться в доверие к Карлу, своему «дорогому брату». Не удовлетворившись этим, Дарнли продолжил политику поддержки католицизма, несмотря на обещание сообщникам восстановить религиозное соглашение. Он писал Филиппу II и папе римскому, жалуясь на положение в стране, которое характеризовал как «отсутствие порядка» по причине того, что месса и католическая вера все еще не восстановлены. И все это, утверждал он, по вине Марии.
Еще более нелепыми были его планы по захвату Скарборо и островов Силли, принадлежавших Англии, но находившихся на расстоянии нескольких сотен миль от нее. Он собирался захватить замок Скарборо, полуразрушенную крепость на побережье Йоркшира в двух сотнях миль от Лондона и Эдинбурга, чтобы корабли могли выгружать войска и амуницию в соседнюю гавань. Дарнли также изучал карты островов Силли у южной оконечности Корнуолла, на который предъявлял необоснованные претензии, основываясь на мнении небольшой группы недовольных островитян и корнуолльского дворянства из числа католиков. От Эдинбурга острова Силли отделяли 600 миль. У них не было никаких связей с Шотландией, но Дарнли знал, что они были укреплены при Эдуарде VI, поскольку тщательно отметил на картах положение нескольких заброшенных блокгаузов и форта — построенного менее чем наполовину — и включил их в бастионную систему укреплений.
Дарнли готовил безумный план вторжения в Англию католических армий с континента через те пункты на Британских островах, которые он считал стратегически важными. Однако он не подумал, каким образом — даже если такая высадка состоится — войска будут доставлены с островов Силли в Англию. А после высадки в Скарборо как снабжать войска продовольствием и боеприпасами, когда они начнут марш к выбранным Дарнли пунктам.
Шпионы Сесила знали обо всех планах Дарнли. Несмотря на их очевидную глупость и неосуществимость, к ним следовало отнестись серьезно. Известие о беременности Марии повысило ее популярность в Англии — в полном соответствии с предсказаниями Сесила. Сам Сесил никогда не брезговал разного рода махинациями, когда дело касалось Марии. Он нанял агента-провокатора, некого Кристофера Роксби, и втайне от Елизаветы — она презирала подобных людей — отправил в Шотландию, чтобы тот попытался вовлечь Марию в заговор Дарнли. Цель — проверить, насколько она поддерживает планы мужа.
Роксби проник в Шотландию в мае и добился встречи с Марией — он представился католиком, бежавшим от преследований в Англии, и подарил ей распятие из слоновой кости. Сумев привлечь внимание королевы, он сообщил, что многие влиятельные английские лорды католического вероисповедания устали от Елизаветы и желали бы сместить ее — при условии, что Мария даст согласие на попытку переворота или убийства. Роксби уговаривал ее дать ему какой-либо предмет как символ одобрения этих планов и называл имена крупных английских землевладельцев, которые присоединятся к мятежу, если увидят доказательство ее поддержки.
Мария не позволила себя обмануть. Она была уже на девятом месяце и вскоре должна была родить. Никто не знал, когда именно ребенок появится на свет. Знания в области гинекологии и репродукции человека в те времена были настолько скудными, что даже опытные врачи считали, что плод женского пола проводит в утробе матери больше времени, чем плод мужского пола, и поэтому продолжительность беременности соответствующим образом увеличивается. Но время родов приближалось — Мария все больше времени проводила в постели и путешествовала лишь на небольшие расстояния и в конном паланкине. Королева была слишком занята надеждами и страхами, связанными с предстоящими родами, чтобы участвовать в заговоре. Кроме того, будущий наследник настолько укреплял ее положение, что она не желала пятнать свои претензии на английский трон какими-либо сомнительными действиями. Да, она могла быть наивной и импульсивной — но не мстительной: несмотря на язвительную пикировку с Елизаветой на протяжении многих лет, Мария никогда не замышляла заговора против английской королевы. Она отмахнулась от Роксби, который вернулся в Англию и принялся собирать доказательства, что его якобы наняли лорды католического вероисповедания — в точности, как он говорил Марии. Вооружившись этими документами, он снова пересек границу и предпринял вторую попытку.
Но Мария его опередила. В день возвращения, едва он успел найти себе жилье в Эдинбурге, Роксби был арестован, а бумаги конфискованы. Мария явно обрадовалась, когда среди вещей Роксби нашли явную улику — зашифрованное письмо от Сесила. После расшифровки письмо подтвердило вину Роксби, которому в случае успеха Сесил обещал щедрое вознаграждение. Новый английский посол в Шотландии, Генри Киллигрю, зять Сесила, которого прислали на замену Рэндольфу, выдворенному из страны за то, что он финансировал второй мятеж Морея, был единственным, кому первый министр Елизаветы рассказал о своих истинных отношениях с Роксби. Киллигрю пришел в ужас, когда письмо обнаружилось, и тут же написал Сесилу, предупреждая, что нужно готовиться к ответным шагам Марии.
Это был необычный, практически уникальный сбой системы безопасности Сесила. Но мысли Марии были заняты будущими родами. Она тянула время, выбирая наиболее удобный момент для контратаки. Затем отправила письмо лично Сесилу. «Со времени прибытия в наше королевство Шотландия, — писала Мария, — мы всегда были высокого мнения о Вас, полагая, что Вы достойно исполняете обязанности преданного министра». Мария отмечала, что никогда не сомневалась в мотивах Сесила, пока ее доброе отношение не было поколеблено «странными действиями англичанина по имени Роксби». С тех пор она «должна немного приостановить наше суждение, пока мы не получим новых доказательств».
Упрек Марии был исполнен чувства собственного достоинства и сдержанности. Она объяснила, что просила Роберта Мелвилла, своего представителя в Лондоне, обсудить дело Роксби с Сесилом. Мелвилл ответил, что Сесил «нисколько не изменил» своего «доброго расположения» к Марии, «что нас в немалой степени порадовало». Она убеждала Сесила «сохранять и поддерживать мир и дружбу». Так, она уверена, он «верно послужит Елизавете». Это был очень искусный ход, едва прикрытая угроза, поскольку Мария — в результате тайных расспросов Мелвилла — прекрасно знала, что Елизавета придет в ярость, если узнает, что Сесил использовал агента-провокатора.
3 июня 1566 г. Мария удалилась в личные покои Эдинбургского замка. После убийства Риццио она опасалась за свою безопасность и настояла, чтобы граф Аргайл, который, как она полагала, будет защищать шотландскую монархию до последней капли крови, несмотря на ссоры с ней самой и с ее матерью, поселился в соседней комнате и не покидал ее ни днем ни ночью. Сын Марии, принц Джеймс, родился в среду, 19 июня между десятью и одиннадцатью утра. Роды были долгими и трудными. Тем не менее Мария не утратила чувства юмора, в самый разгар родов воскликнув, что если бы она знала, как будет больно, то никогда не вышла бы замуж.
Появившийся на свет ребенок был абсолютно здоров. Мария торжествовала, хотя сил у нее почти не осталось. Она родила законного наследника престола для своей страны — сделала то, что ожидали от женщины-правительницы. Это значительно усилило ее позиции в противостоянии с Елизаветой, у которой от этой новости испортилось настроение. Пушки Эдинбургского замка дали залп в честь рождения наследника, и начались спонтанные празднования. В Эдинбурге и пригородах жители зажгли более пятисот костров.
Два дня спустя Киллигрю навестил Марию в ее покоях. Он поздравил ее с благополучным разрешением от бремени, а королева поблагодарила посла и извинилась, что разговор будет коротким. Она все еще была в постели, и у нее болела грудь. Из-за слабости она говорила очень тихо, и ее голос все время прерывался гулким кашлем. Киллигрю провели в детскую и показали ребенка. Джеймс, как выразился посол, повторяя своего предшественника Садлера, восхищавшегося маленькой Марией, был «прекраснейшим ребенком». Сначала Киллигрю посмотрел, как мальчик «сосет грудь кормилицы», Маргариты Литтл, а затем увидел младенца «обнаженным, я имею в виду голову, руки и ноги, и насколько я могу судить, это будет пропорционально сложенный и здоровый принц».
В XVI в. роды бывали опасным для жизни событием, и женщины всегда готовились к худшему. 9 июня Мария созвала приближенных, чтобы продиктовать завещание. Были сделаны три копии: одну следовало отправить ее родственникам Гизам, вторую она оставила себе, а третью подписала, запечатала и отдала тем, кого в случае ее смерти назначат регентами. Ни одна из этих копий не сохранилась. Мы знаем лишь, что функции регента должен был исполнять коллективный орган. Дарнли не был включен в его состав или (что более вероятно) его присутствие уравновешивалось двумя независимыми регентами, одним из которых был лорд Эрскин, умеренный протестант и капитан Эдинбургского замка, которому Мария пожаловала титул графа Мара. Другой член регентского совета — полностью реабилитированный граф Аргайл. Впоследствии враги Марии утверждали, что Мария назначила регентом Босуэлла, что явно не соответствовало действительности. Несмотря на то что отчаянный г