В марте 1654 г. в Москве в присутствии царя Алексея Михайловича, членов Боярской думы, Освященного собора и гетманских послов, полковников С.З. Богдановича и П.И. Тетери был подписан исторический договор о воссоединении исконных русских земель с Россией. В соответствии с «мартовскими статьями»: 1) на всей территории Малороссии сохранялась прежняя административная, то есть военно-полковая, система управления, «чтоб Войско Запорожское само меж себя Гетмана избирали и Его Царскому Величеству извещали, чтоб то Его Царскому Величеству не в кручину было, понеже тот давный обычай войсковой»; 2) «В Войске Запорожском, что своими правами су- живалися и вольности свои имели в добрах и в судах, чтоб ни воевода, ни боярин, ни стольник в суды войсковые не вступалися»; 3) «Войско Запорожское в числе 60 000 чтоб всегда полно было» и т.д. Причем, что особо интересно, в «мартовских статьях» особо оговаривался конкретный размер государева жалованья и владений всей казацкой верхушки, в частности войскового писаря, войсковых судей, войсковых полковников, полковых есаулов и сотников.
Принимая Запорожское войско или «Гетманщину» под свою высокую руку, царь Алексей Михайлович, безусловно, учитывал неизбежность войны с Польшей, поэтому решение было принято только тогда, когда русская армия была в состоянии начать новую войну со своим давним и сильным противником. Новая русско-польская война (1654-1667) началась в мае 1654 г., когда 100-тысячная русская армия выступила в поход в трех главных направлениях. Царь Алексей Михайлович во главе основных сил двинулся из Москвы на Смоленск, князь А.Н. Трубецкой со своими полками выступил из Брянска на соединение с войсками гетмана Б.М. Хмельницкого, а боярин В.Б. Шереметьев из Путивля вышел на соединение с запорожскими казаками. Чтобы предупредить возможное выступление турок и крымских татар, тогда же на Дон был послан боярин В.А. Троекуров с наказом донским казакам зорко стеречь крымские рубежи, а при необходимости выступить против неприятеля.
Но к лету 1655 г. серьезно осложнилась ситуация на территории самой Малороссии, поскольку часть казацкой старшины, которая не признала решений Переяславской Рады, поддержала польскую шляхту, и гетману С. Потоцкому удалось собрать и вооружить новую армию. Однако уже в середине июня 1655 г. полки Б. М. Хмельницкого, А. Н. Трубецкого и В. В. Бутурлина разгромили поляков под Львовом, а сам город взяли в кольцо. Тем временем новый крымский хан Магомет- Гирей решил оказать помощь Варшаве и вторгся в пределы Польской Украины, но в районе Озерной он был разбит и поспешно ретировался в свои земли. После этих событий польский король Ян II Казимир в панике бежал в Силезию, а литовский гетман Я. Радзивилл переметнулся к шведам.
Гражданская война в Малой Руси
По завещанию Б.М. Хмельницкого, гетманскую булаву передали его сыну Юрию, но ввиду его малолетства, казацкая старшина, созвав в Чигирине новую Общевойсковую Раду, вручила гетманские полномочия генеральному писарю Запорожского войска И.Е. Выговскому, который вскоре изменил Москве и в июне 1658 г. подписал с Варшавой Гадячский мирный договор.
В августе 1658 г. войска И.Е. Выговского, ударив по тылам русских войск, взяли Полтаву, Лубны и Глухов, что крайне осложнило ситуацию на «украинском фронте». Поэтому русская армия срочно прекратила боевые действия против шведов, а в конце декабря 1658 г. московские послы подписали со шведскими послами трехлетнее перемирие в Велиесаре, по которому передали Стокгольму все завоеванные земли в Прибалтике. В начале 1659 г. крымско-шляхетская армия под командованием И. Е. Выговского и Магомет-Гирея нанесла крупное поражение русским войскам под Конотопом, где погибла лучшая часть поместной конницы во главе с князем А.Н. Трубецким. Тем временем против запорожского гетмана выступила Правобережная Малороссия, которую вскоре поддержали и в Левобережье. В результате И.Е. Выговский в панике бежал в Варшаву, а новым гетманом Запорожского войска был избран Ю.Б. Хмельницкий. Увы, это была весьма слабая личность, страдавшая запоями.
События на Польской Украине, которые развернулись после смерти Б.М. Хмельницкого и продолжались ровно тридцать лет (1657-1687), традиционно именуют очень емким и предельно точным термином «Руины». Причем большинство из этих авторов, в том числе сами украинские самостийники, справедливо характеризуют ее как гражданскую войну, которая имела катастрофические последствия для всех малороссийских земель. Активное участие в этой гражданской войне, которая носила абсолютно беспринципный характер борьбы за власть, приняли участие разные старшинские группировки запорожского казачества и малороссийской шляхты.
Уже к концу 1663 г. Малороссия де-факто разделилась на две части: гетманом Правобережной (Польской) Малороссии стал переяславский полковник П.И. Тетеря (1663-1665), которого сменил генеральный есаул П.Д. Дорошенко (1663-1676), а гетманом Левобережной Малороссии был избран кошевой атаман И.М. Брюхавецкий (1663-1668), которого затем сменил черниговский полковник Д.И. Многогрешный (16681672). При этом вся гетманская верхушка и полковая старшина не только воевали друг с другом, но и вели активные боевые действия на польском, крымском и русском «фронтах».
Тем временем в самой Польше часть шляхты подняла мятеж против Яна II Казимира, и в этой ситуации Варшава предложила Москве начать мирные переговоры, которые завершились в январе 1667 г. подписанием Андрусовского перемирия на 13,5 лет. По условиям этого перемирия: 1) Польша признавала за Россией Смоленские, Черниговские, Стародубские и Северские земли; 2) Польша признавала за Москвой всю Левобережную Малороссию и Киев; 3) Россия возвращала Польше все свои завоевания в Белоруссии и Литве; 4) Запорожская Сечь переходила под совместное управление России и Польши «на общую их службу от наступающих басурманских сил»; 5) обе стороны брали на себя обязательства оказать запорожским казакам военную помощь в случае нападения на их порубежные земли крымских татар.
Стамбул крайне раздраженно отреагировал на военные успехи Москвы и объявил ей войну. Русско-турецкая война (1677-1681) началась в мае 1677 г. походом объединенной крымско-турецкой армии на гетманскую ставку Чигирин, куда одновременно двинулась полки русской армии и запорожских казаков под командованием Г.Г. Ромодановского и И.С. Самойловича. В августе 1677 г. турки начали осаду Чигирина, оборону которого держал героический гарнизон под руководством воеводы князя И.И. Ржевского. В течение двух месяцев, до прихода основных сил, русские стрельцы и городовые казаки сдерживали натиск превосходящего противника. Но уже в конце сентября 1677 г., переправившись через Днепр, русская армия разгромила крымско-турецких вояк у Бужина и обратила их в постыдное бегство.
На следующий год объединенная армия турецкого султана и крымского хана вновь вторглась в Малороссию и в августе 1678 г. штурмом взяла Чигирин, но переправиться через Днепр она так и не смогла. После нескольких незначительных стычек воюющие стороны сели за стол переговоров, которые завершились в январе 1681 г. подписанием Бахчисарайского мирного договора, по условиям которого: 1) Россия, Турция и Крым заключали перемирие на 20 лет; 2) Турция и Крым признавали за Москвой Киев и всю Левобережную Малороссию; 3) Подольское и Брацлавское воеводства оставались под властью турецкого султана и его вассала молдавского господаря Георгия Дуки, который был назначен новым гетманом Ханской Украины; 4) Причерноморские земли между Днепром и Бугом объявлялись нейтральными и не подлежали заселению подданными России и Крыма.
Теперь можно было разобраться и с крымскими татарами, разбойничавшими в русских землях.
В мае 1687 г. многотысячная русская армия под командованием князя В.В. Голицына и гетмана И.С. Самойловича выступила в Первый Крымский поход. Однако он закончился неудачей, и «козлом отпущения» был назначен гетман И.С. Самойлович, которого лишили гетманской булавы и сослали в Тобольск. Новым гетманом Левобережной Малороссии стал генеральный есаул Запорожского войска И.С. Мазепа (1687-1708), который сумел втереться в доверие к всесильному фавориту царевны Софьи и заполучить заветную гетманскую булаву. Кстати, такими же льстивыми посулами он сумел завоевать и расположение Петра I и стать одним из первых кавалеров высшего российского ордена Андрея Первозванного. И хотя ближайшее окружение царя, в частности А.Д. Меншиков, П.А. Толстой и Д.М. Голицын, опираясь на достоверную информацию генерального судьи Запорожского войска В.Л. Кочубея и полтавского полковника И.И. Искру, не раз доносили ему о тайных сношениях И.С. Мазепы со шведскими агентами, Петр I продолжал симпатизировать малороссийскому гетману, о чем потом, конечно, сильно пожалел.
В разгар Северной войны (1700-1721) шведская армия, разгромив союзника Петра I польского короля Августа II Сильного, в первой половине 1708 г. овладела Гродно, Минском и двинулась на Могилев. В этой ситуации русская армия оставила незащищенный Могилев и отошла под Смоленск. Однако все попытки шведов овладеть им и начать движение к Москве были решительно пресечены армией фельдмаршала Б.П. Шереметьева, которая разгромила неприятеля в двух сражениях у села Доброго и деревни Раевка. После этого Карл XII принял решение перезимовать в Малороссии и двинулся на соединение с гетманом И.С. Мазепой, который подло предал русского царя.
Вопрос о том, сколько запорожских сечевиков перешло на сторону И.С. Мазепы, до сих пор не разрешен. Одни авторы (Д.И. Яворницкий, А.А. Васильев) утверждали, что на сторону мятежного гетмана перешло 7000 запорожских и 3000 реестровых казаков. Однако их оппоненты (Е. В. Тарле, В. А. Артамонов, П. А. Кротов) полагают, что из 40 000 реестровых и запорожских казаков на сторону И.С. Мазепы перешло не больше 4000 сечевиков, в том числе генеральный писарь Ф.С. Орлик, генеральный есаул А.И. Войнаровский и кошевой атаман К.Г. Гордиенко. Однако никто не оспаривает того, что битва казаков-предателей против своих братьев казаков-патриотов России