Управление корпусом на всей территории Советской России осуществлялось штабом через губЧК, ни одна часть корпуса не могла быть использована для решения какой-либо задачи без его решения и ведома командира губернского батальона. Каждый батальон численностью 750 человек, состоял из 3 рот пехоты, конной и пулеметной команд, взвода артиллерии, команды связи и броневого отделения. В августе 1918 г. в корпусе ВЧК уже было 33 отдельных батальона, объединенных в 6 округов. На местах командиры батальонов и отрядов войск ВЧК находились в распоряжении председателя губЧК. В составе ВЧК 8 июля 1918 г. создано Военное отделение с задачей наблюдения за военспецами Московского военного округа, осведомления политкомиссаров и борьба с антибольшевистскими организациями, сотрудничавшими с иностранным шпионажем, которое возглавил П.С. Янушевский.
В годы Гражданской войны особую важность приобрела борьба с контрреволюционными элементами в Красной армии. Поэтому 29 июля 1918 г. образован Военный отдел ВЧК для руководства фронтовыми и армейскими ЧК[266].
Декретом СНК от 19 августа 1918 г. наркомвоен получил право боевого использования всех частей, находившихся в районе военных действий, независимо от их ведомственной принадлежности.
14 сентября 1918 г. Дзержинский подписал «Положение ВЧК о губернских и уездных чрезвычайных комиссиях» и предложил немедленно приступить к организации губернских ЧК, которые должны разделяться на четыре главных отдела: 1) по борьбе с контрреволюцией, 2) по борьбе со спекуляцией, 3) по борьбе с преступлением по должности и 4) иногородний; в менее важных губернских городах отдел по борьбе с контрреволюцией и отдел по борьбе с преступлением по должности могли быть совмещены в один отдел, а губЧК и УЧК назначать в отдельные пункты комиссаров. В качестве вспомогательных отделов при губЧК образованы хозяйственный отдел и комендатура. Дзержинский подчеркнул, что «только при этой организации чрезвычайная комиссия по борьбе с контрреволюцией, спекуляцией и преступлением по должности выполняет те задачи, которые на нее возложены[267].
28 октября 1918 г. ВЦИК по предложению Дзержинского утвердил новое «Положение о Всероссийской и местных чрезвычайных комиссиях». В нем было юридически закреплено право ВЧК и местных ЧК формировать особые вооруженные отряды, численность которых утверждалась местными исполкомами советов по согласованию с ВЧК.
Отряды должны находиться на учете и действовать под контролем РВС Республики. При этом войска ВЧК ставились под контроль РВСР и являлись, как и другие войска вспомогательного назначения, резервом Красной армии. Решением Коллегии ВЧК численность войск установлена в 30 тыс. человек, из которых ⅓ должна находиться на фронте
Приказом по корпусу от 12 ноября 1918 г. вся вооруженная сила ВЧК объединялась в отдельные отряды (по губерниям). В состав каждого отряда входили пехота, кавалерия и артиллерия. Во главе отряда стояли начальник и политический комиссар. Начальник отряда имел права командира полка Красной армии. Отряды наряду с добровольцами могли комплектоваться мобилизованными по нарядам Всероссийского главного штаба.
В циркуляре ВЧК о структуре прифронтовых органов ВЧК, подписанном Ф.Э. Дзержинским и В.В. Фоминым 19 ноября 1918 г., указывалось, что с этого времени существуют только такие комиссии, как ВЧК – центральный орган, губчрезкомы, уездчрезкомы, фронтчрезкомы, армчрезкомы. Все прифронтовые комиссии упразднены, а подчинение стало осуществляться следующим образом: «уездчрезкомы – губчрезкомам, эти последние – Всечрезкому; армейские чрезкомы – фронтовым, фронтовые – Всечрезкому». А уездчрезкомы и губчрезкомы – исполкомам, фронтовые и армейские ВЧК – Военному ведомству»[268].
В связи с принятием постановления ВЦИК об аннулировании Брестского договора, 15 ноября 1918 г. Дзержинский и заведующий Иногородним отделом Фомин отдали распоряжение Петроградской, Великолукской, Новгородской, Псковской, Смоленской, Могилевской, Брянской, Орловской, Курской ЧК о перестройки работы ЧК. До принятия общегосударственных решений пограничную полосу охранять по-старому, пограничные ЧК не распускать; в местностях, где существует опасность, немедленно создавать ЧК, а где нет возможности – нелегальные ЧК в виде заграничной разведки; там, где имеются у неприятеля силы, боев нигде не открывать, предоставляя это Военному ведомству; «всеобщее стремление должно быть направлено к тому, чтобы все оккупированные территории покрыть сетью чрезвычкомов». В распоряжении особо подчеркивалось, что оно относится и к Украине, Белоруссии, Литве и другим районам[269].
23 ноября 1918 г. объявлено о том, что «на днях начнет функционировать Московская чрезвычайная комиссия, организация которой совершенно закончена. Состав комиссии следующий: председатель – т. Дзержинский, члены: тт. Юровский, Бреслав, Мессинг и Манцев»[270].
1 декабря 1918 г. II Всероссийская конференция ЧК, обсудив вопрос «О военной силе при чрезвычайных комиссиях», постановила создать при всех губЧК вооруженные отряды, руководствуясь строго декретом ВЦИК, поручить руководство этими отрядами штабу ВЧК. Находясь в распоряжении местных ЧК, они должны выполнять работу исключительно последних. Вместе с тем конференция отметила, что эти отряды должны быть «образцовыми служителями революции, в основу коей вложены внутренняя строгая революционная дисциплина, самоотверженность и беззаветная преданность идеям международного социализма». Конференция приняла «Инструкцию чрезвычайным комиссиям на местах» и утвердила структуру губернских и уездных ЧК. В губЧК и уЧК вместо отделов были столы. Было также решено создать транспортный отдел для работы на железнодорожных, водных и шоссейных путях сообщения[271].
3 декабря 1918 г. комиссия Совета обороны поручила НКПС совместно с представителем ВЧК переработать положение о транспортных отделах с точки зрения невмешательства в технически-распорядительные функции Комиссариата путей сообщения. Издать это положение как инструкцию за подписью т. Дзержинского. Если соглашение достигнуто не будет, обратиться снова в настоящую комиссию»[272].
В соответствии с решением конференции намечалась реорганизация аппарата ВЧК: вместо отделов по борьбе с контрреволюцией, спекуляцией и преступлениями по должности планировалось создать Юридический и Секретно-оперативный отделы. 5 декабря 1918 г. Дзержинский писал Фомину: «…С организаций Юридич. и Секретного отделов нам придется несколько задержаться. Необходимо передать все дела и арестованных МЧК, а затем взяться за организацию ВЧК. В воскресенье или понедельник созовем комиссию, зафиксируем список членов Коллегии ВЧК и распределим работу и работников»[273].
К концу 1918 г. с возрастанием масштабов Гражданской войны помимо военного контроля на всех фронтах стали создаваться чрезвычайные комиссии по борьбе с контрреволюцией. Первой из них стала ЧК на Чехословацком (Восточном) фронте, образованная 16 июля 1918 г.[274] Они подчинялись ВЧК.
Еще 30 мая 1918 г. в составе Оперативного отдела Наркомвоена было создано отделение военной контрразведки РККА – военный контроль, с 3 октября 1918 г. отдел военной контрразведки Оперативного отдела Наркомвоена, с ноября 1918 г. отдел военного контроля Регистрационного управления Полевого штаба РВСР. Постановлением РВСР с октября 1918 г. отдел военного контроля возглавил всю контрразведку Красной армии. Ему подчинялись отделения по борьбе со шпионажем, созданные в мае – июне в штабах участков и районов завесы.
Поэтому возникла необходимость слияния фронтовых и армейских ЧК с органами военной контрразведки, так как существование двух параллельных структур с одними и теми же задачами продолжаться не могло. И для решения вопроса о Военном контроле создана комиссия во главе с В.И. Лениным, в которую вошли Ф.Э. Дзержинский, М.С. Кедров, Я.М. Свердлов и другие. По согласованию с РВС Республики на базе Военного отдела ВЧК и Военного контроля 19 декабря 1918 г. решением Бюро ЦК РКП(б) с участием В.И. Ленина на базе военного контроля РВС и армейских (фронтовых) ЧК создан Особый отдел при ВЧК – единый орган борьбы с контрреволюцией и шпионажем в армии и на флоте, осуществления контроля за личным составом РККА и РККФ.
Пребывание Ф.Э. Дзержинского на Восточном фронте в январе 1919 г. по расследованию Пермской катастрофы убедило его в необходимости слияния фронтовых и армейских ЧК с органами Военконтроля. Такой опыт он уже провел в 3-й армии.
Органы военного контроля РВСР совместно с фронтовыми и армейскими ЧК по борьбе с контрреволюцией раскрыли и обезвредили многие шпионско-террористические и заговорщические организации. Они осуществляли также разведку в тылу белых армий[275].
1 января 1919 г. Военный отдел переименован в Особый отдел при ВЧК. Начальник особого отдела М.С. Кедров направил телеграмму военкомам военных округов, председателям РВС, губвоенкомам и всем губЧК о создании особых отделов в армии[276].
3 февраля 1919 г. Дзержинский подписал проект постановления об особых отделах ВЧК. 6 февраля Президиум ВЦИК утвердил «Положение об Особом отделе ВЧК и его местных органов». В нем указывалось, что отдел работает под контролем РВС и выполняет все его задания, заведующим отдела назначается член Коллегии ВЧК по согласованию с РВС, причем РВС мог выдвигать свои кандидатуры. Положение вводило следующие структуры советской военной контрразведки: Особый отдел ВЧК, особый отдел фронта, особый отдел армии, особое отделение дивизии и особые отделы в губЧК. Помимо этого, в прифронтовой полосе для наблюдения за работой железнодорожного транспорта и передвижением гражданского населения создавались контрольно-пропускные пункты.