Дзержинский разработал специальную инструкцию, которая определила структуру, права и функции военных ЧК. Целью этих комиссий являлась борьба с контрреволюцией во всех её проявлениях, шпионажем, преступлениями по должности. Армейские ЧК работали в тесной связи с политотделами и партийными ячейками в частях и соединениях Красной армии. Через военных комиссаров и политруков, обязанных информировать чекистов, особые отделы ВЧК – ОГПУ всегда находились в курсе настроений армии. Они также наблюдали за снабжением армии продовольствием и амуницией и следили за правильностью охраны складов[277].
21 декабря 1918 г. решением Дзержинского распущена Всеукраинская ЧК и все местные ЧК подчинены и обязаны были руководствоваться инструкциями и указаниями ВЧК, которая направила в Киев одного из членов коллегии «для информации Совнаркома Украины и контроля над выполнением местными ЧК распоряжений Всероссийской Чрезвычайной комиссии»[278].
Обострение классовой борьбы в 1918 г. потребовало улучшения координации деятельности и централизованного управления войсками вспомогательного назначения. А именно: корпуса войск ВЧК, Продовольственной армии, войска охраны железных дорог и водного транспорта, охраны сахарного производства и др., которые состояли в распоряжении различных ведомств и учреждений (ВЧК, Наркомпрода, Наркомпути, Главвода, Главсахара и других).
16 марта 1919 г. Дзержинского назначили по совместительству народным комиссаром внутренних дел РСФСР, что было продиктовано необходимостью устранять возникавшие между ВЧК НКВД разногласия. Одновременно он остался на постах председателя ВЧК и председателя Военного совета войск ВОХР.
Серьезные изменения произошли в работе Транспортного отдела ВЧК. 10 мая 1919 г. он вел работу не только на железнодорожном, но и шоссейных и водных путях, а также в сфере почтово-телеграфных учреждений. Транспортные органы ВЧК выведены из подчинения губЧК и построены по экстерриториальному принципу с учетом структуры аппарата НКПС. В городах расположения окружных железнодорожных управлений создавались ТО областных и губернских ЧК. 10 мая 1919 г. Дзержинский утвердил «Положение о транспортных органах ВЧК», по которому ТО ВЧК состоял из следующих частей: а) общая (административная) часть; б) главный инспектор (инспекция); в) специальная часть (или разведка); г) следственная часть. Общая часть делилась на следующие делопроизводства: а) железнодорожное; б) водное; в) шоссейных и грунтовых дорог; г) воен. сообщений.
19 мая 1919 г. на заседании Совета рабоче-крестьянской обороны Дзержинский поставил вопрос об объединении всех внутренних войск. А 26 мая Совет под председательством Ленина обсудил этот вопрос и решил образовать комиссию для выработки положения об объединении войск особого назначения.
Через два дня Совет рабоче-крестьянской обороны принял постановление, по которому с 1 июня 1919 г. все вспомогательные войска (особого назначения), за исключением войск железнодорожной и пограничной охраны, должны войти в подчинение НКВД через Штаб войск ВЧК, переименованным в Штаб войск внутренней охраны (ВОХР). Объединение войск специального назначения произошло на базе частей ВЧК. Общее руководство войсками возлагалось на начальника войск, который назначался по согласованию РВС Республики с ВЧК и утверждался СНК РСФСР. В составе войск ВОХР насчитывалось более 40 батальонов ВЧК. Они сохранили известную самостоятельность и оперативно подчинялись председателям губернских ЧК, а командиры бригад и секторов войск ВОХР могли их использовать только с ведома председателей ВЧК и местных ЧК.
В этот же день на совместном заседании Коллегии ВЧК, МЧК, НКВД и представителей МК РКП(б) обсужден вопрос об организации Оперативного штаба по объединению борьбы с контрреволюцией. В своем выступлении Дзержинский указал на необходимость создания единого работоспособного, не громоздкого органа, который был бы объединяющим центром всех отделов, боровшихся с контрреволюцией в Москве. Этот орган должен заняться разработкой и подготовкой планов ликвидации контрреволюционной деятельности. «Необходимость создания такого органа, – подчеркнул председатель ВЧК, – вызывается данным моментом ввиду исключительного его положения в связи с некоторыми нашими неудачами на фронте, давшими повод контрреволюционерам поднять головы. Попутно с этим необходимо обязать всех коммунистов Москвы в помощи чрезвычайной комиссии в ее борьбе с контрреволюцией. Для этого можно будет снабжать всех партийных товарищей по указанию районных комитетов мандатами на право задержания всех лиц в г. Москве, ведущих контрреволюционную деятельность».
Представитель МК РКП(б) В.М. Загорский указал, что затронутый Дзержинским вопрос обсуждался в МК «и не может быть разговоров о необходимости создания единого органа». В.Н. Манцев считал, что следует заранее выработать точные инструкции для органа, который предложил создать Дзержинский, и указал на необходимость устранения параллелизма в борьбе с контрреволюцией. Дзержинский предложил, чтобы в единый орган, т.е. в штаб, вошли М.А. Дейч в качестве постоянного там работника и представителя ВЧК Я.Х. Петерс. Дейчу указать на важность тесного контакта ЧК в провинции с местными милицейскими комиссариатами, и это бы облегчило работу ЧК в том смысле, что ЧК могли бы уделить больше внимания на борьбу с контрреволюцией.
Для координации борьбы с контрреволюцией совещание постановило образовать руководящую коллегию при МЧК во главе с Я.Х. Петерсом и по одному представителю от МЧК, Особого и Транспортного отделов[279].
24 июня 1919 г. объединенное заседание Политбюро и Оргбюро ЦК РКП(б) постановило: «Особые отделы реввоенсоветов армий подчиняются реввоенсоветам; заведующие ими назначаются реввоенсоветами по соглашению с ВЧК получают задания, и ЧК прифронтовых губерний указание от особых отделов. Оргбюро совместно с т. Дзержинским поручается найти ответственных руководителей для Особого отдела ВЧК»[280].
21 июля 1919 г. Дзержинский утвердил структуру войск внутренней охраны и штаты. Были сформированы бригады, полки, батальоны, эскадроны, батареи и команды различного назначения. Численность войск установлена в 120 тыс. человек. Вся территория страны разделена на 11 секторов по числу имевшихся в то время военных округов. Территория сектора, как правило, совпадала с территорией военного округа. В сектор входило несколько бригад по числу обслуживаемых ими губерний. Количество батальонов зависело от характера выполняемых задач. Войска каждого сектора возглавлял штаб. К августу 1919 г. в состав войск входило 35 отдельных бригад, объединявших 1 полк, 151 батальон, 8 эскадронов, 6 батарей, 20 рот. Численность войск ВОХР составила 105 тыс. человек, к 25 сентября 1919 г. – 120 тыс., к 1 мая 1920 г. – 140 тыс. человек. Порядок службы, строевая подготовка, комплектование и снабжение войск установлены по нормам и положениям Военного ведомства.
На заседании Совета рабоче-крестьянской обороны 15 августа 1919 г., проходившем под председательством В.И. Ленина, по докладу Ф.Э. Дзержинского и К.М. Валобуева решено сформировать полки из вспомогательных войск особого назначения. В укрепленных районах Курска, Воронежа, Тамбова, Камышина, Тулы и Пензы предоставить в распоряжение советов этих районов 50 % войск особого назначения, в том числе и ВЧК[281].
Ввиду расширения задач, поставленных перед войсками внутренней охраны, 21 октября 1919 г. Дзержинский приказал образовать под его председательством Военный совет в составе начальника войск К.М. Валобуева и члена совета, заведующего политическим отделом Механошина.
В связи с освобождением территории от белых армий приняты меры по развертыванию дополнительных структур в ВЧК. 18 декабря 1919 г. Дзержинский, начальник войск К.М. Валобуев, начальник штаба В. Афанасьев и начальник оперативного управления Краснов отдали приказ об организации Западно-Сибирского сектора войск ВОХР в районе вновь занятой территории Западной Сибири. Ему поручалась «охрана тыла Восточного фронта, борьба с контрреволюционными, дезертирскими мятежами, движениями и волнениями на вновь занятой территории, охрана железных дорог и водных путей сообщения, предоставление вооруженной силы в распоряжение представителей Наркомпрода для проведения в жизнь заданий Наркомпрода по выкачке продовольствия, обеспечение спокойствия для правильного и безболезненного строительства Советской власти в занятых местностях»[282].
В прифронтовой полосе созданы чрезвычайные ревкомы с главной задачей организации помощи Красной армии в борьбе с противником.
31 декабря 1919 г. на заседании Политбюро ЦК РКП(б) Дзержинский предложил образовать при Особом отделе ВЧК специальный подотдел по борьбе с контрреволюцией на Востоке и поставить во главе его В. Лукашева. Было решено не создавать «особого подотдела и вообще руководимого из Москвы специального аппарата борьбы с контрреволюционным движением среди мусульман, ограничиться сосредоточением в Особом отделе всех сведений, собираемых ЧК в населенных мусульманами губерниях, и дачей этим губЧК общих руководящих указаний»[283].
В начале 1920 г. определен порядок подчинения частей ВОХР, находившихся в распоряжении губЧК. 31 января 1920 г. Коллегия ВЧК указала, что особое отделение является отделением губЧК. Бухгалтерия, казначейство и хозяйственная часть – общая с губЧК, все отделения должны быть в одном здании с ЧК. После Гражданской войны для ликвидации параллелизма в ряде регионов страны произошло объединение особых отделов и губЧК[284].
15 марта 1920 г. Дзержинский и начальник войск Валобуев подписали инструкцию, в которой указывалось, что эти батальоны подчиняются ЧК. Командиры батальонов в отношении военно-строевого обучения, проверки несения караульной службы, хозяйственной и политической работы, а также во всех остальных отношениях непосредственно подчиняются председателю ЧК или лицу, уполномоченному на это коллегией ЧК