Мысль о ликвидации особых отделов либо, как минимум, о резком изменении их задач, сужении полномочий окончательно укрепилась у Дзержинского к концу 1920 г. К этому времени существовало 4 фронтовых, 6 армейских, 57 дивизионных, 31 контрольный пункт, 36 особых постов и 27 особых бюро и столов. Кроме того, функционировали 30 особых отделов губернских ЧК и 11 контрольно-пропускных пунктов[294].
В конце Гражданской войны не был решен спор между Ф.Э. Дзержинским и Л.Д. Троцким о судьбе военной разведки. Еще в сентябре 1920 г. произошла ее реорганизация. В «Положении о Регистрационном управлении» указывалось, что оно является самостоятельным органом стратегической агентурной разведки глубокого тыла. А в ноябре принято постановление СТО о подчинении Регистрационного управления не только командованию Красной армии, но и ВЧК на правах отдела и о включении начальника управления в Коллегию ВЧК с правом решающего голоса. Но Троцкому удалось отстоять независимость военной разведки, и постановление (в части включения Региструпа в состав ВЧК) не было выполнено[295].
В связи с созданием Войск внутренней службы Корнев получил назначение на должность командующего войсками ВНУС Республики и одновременно зам. пред. Комитета обороны Москвы. Для него впервые введен статус командующего войсками приказом РВСР № 431 от 6 сентября 1920 г., подписанным Э.М. Склянским и Ф.Э. Дзержинским.
11 сентября 1920 г. Дзержинский писал Манцеву из Харькова: «Ввиду нового положения о войсках необходимо Вам обсудить вопрос детально с Корневым. Считаю, что должность начтыла должна будет быть устранена и вся борьба возложена на команвойсками внутренней службы на фронте, назначенного согласно параграфа девятого по соглашению Реввоенсовета Республики и наркомвнудел. Считаю, что успешная борьба с бандитизмом невозможна без полного доверия и поддержки фронта. О результате совещания с Корневым уведомите меня. Минск»[296].
Окончание войны с Польшей потребовало уделить большее внимание охране государственной границы. 15 октября 1920 г. Дзержинский был назначен председателем комиссии по выработке мер для усиления охраны государственной границы. Советская пограничная охрана образована 28 мая 1918 г. и вначале находилась в ведении Наркомата финансов, затем передана Наркомвнешторгу. Комиссия Дзержинского пришла к выводу о необходимости передачи этого важного государственного дела в руки одного органа. Поэтому 24 ноября 1920 г. решено создать Особый отдел ВЧК по охране границы РСФСР, на основе постановления СТО о реорганизации пограничной охраны. Войсковое обеспечение охраной границы СТО возложил на те части войск внутренней службы (ВНУС), которые находились в оперативном подчинении ВЧК.
Однако реально Особый отдел ВЧК по охране границы РСФСР в силу быстро меняющейся военно-политической обстановки создан не был. Руководство охраной границы продолжал осуществлять ОО ВЧК, который с 20 июля 1920 г. возглавлял В.Р. Менжинский. Ему напрямую подчинялись созданные на местах ОО по охране отдельных участков границы. И 24 ноября 1920 г. СТО возложило охрану границы на Особый отдел ВЧК по охране границ. В его распоряжение выделены некоторые части Военного ведомства и войск ВНУС, уже охранявшие пути сообщения, наиболее важные предприятия, склады, учреждения связи и другие объекты, участвовали в подавлении мятежей, вели борьбу с бандитизмом.
Приказом Ф.Э. Дзержинского от 20 декабря 1920 г. Иностранный отдел Особого отдела ВЧК расформирован и образован Иностранный отдел ВЧК с передачей всех сотрудников, инвентаря и дел ИНО ОО ВЧК в распоряжение ИНО ВЧК. Отдел подчинен начальнику Особого отдела В.Р. Менжинскому, временно исполняющим должность начальника ИНО назначен Я.Х. Давыдов, которому поручено в недельный срок представить на утверждение штаты ИНО. Вся работа остальных отделов с Наркоминделом, Наркомвнешторгом, Центроэваком, Бюро Коминтерна должна была производиться только через ИНО ВЧК[297].
24 декабря 1920 г. для объединения борьбы с бандитизмом, шпионажем и контрреволюцией Дзержинский принял решение о реорганизации особых отделов. В войсковых частях и военных учреждениях при Цупчрезвычкоме Украины создан Особый отдел с подчинением ему всех особых отделов, находившихся на территории Украины и Крыма. При Киевском и Харьковском военных округах сформированы окружные особые отделы с подчинением Особому отделу при Цупчрезкоме. Расформирование и реорганизация фронтовых, армейских, окружных и пограничных особых отделов на территории Украины возложены на Особый отдел Цупчрезкома; в распоряжение Особого отдела Цупчрезкома переданы аппараты и сотрудники бывших особых отделов Южного фронта и входивших в них армий. Особый отдел 14-й армии был переформирован в пограничный особый отдел с обслуживанием румынской границы от Каменец-Подольска до Маяки включительно[298]. 29 декабря 1920 г. комиссия ВЧК с участием Дзержинского заслушала вопрос о борьбе с бандитизмом, в том числе и об организации специального аппарата. За подписью Э.М. Склянского, Х.Г. Раковского, Ф.Э. Дзержинского и С.С. Каменева предложены конкретные меры для ликвидации бандитизма. В частности – организация при командующем всеми вооруженными силами на Украине постоянного совещания в составе представителей от Всеукраинского ЦИК, Наркомпрода, Наркомвнудела, начальника всех ЧК и ОО на Украине и начальника политотдела фронта[299].
1921 г. характерен началом перестройки структуры ВЧК к условиям мирного времени. Однако борьба с вооруженными формированиями противников советской власти еще продолжалась, поэтому при реорганизации основное внимание было по-прежнему уделено военному компоненту.
В годы Гражданской войны и борьбы с интервентами накоплен значительный опыт создания наиболее приемлемой организационной структуры и системы управления. Но она в большей мере соответствовала эпохе военного коммунизма и оказалась во многом непригодной с переходом к новой экономической политике. Это была значительная трудность, которую следовало преодолеть для того, чтобы органы и войска ВЧК могли эффективно работать в новых условиях. Реформирование началось с войск и особых отделов ВЧК. При этом обращено внимание на то, чтобы войсковые её части не были «родными сестрами полевых дивизий РККА», то есть стали более маневренными и меньшими по численности, сплоченными не только дисциплиной, но и подбором и близостью с ЧК.
После Гражданской войны несколько увеличены штаты органов и войск безопасности. Так, численность центрального аппарата ВЧК с января по сентябрь 1921 г. выросла в 1,6 раза – с 1648 до 2645 человек.
В центральный аппарат ВЧК входили три управления и два отдела: Административно-организационное управление для осуществления контроля над работой органов ВЧК и инструктирования подчиненных ему подразделений; Экономическое управление для борьбы с «экономическим шпионажем, вредительством и диверсиями в народном хозяйстве»; Секретно-оперативное управление (впоследствии получивший название Секретно-политический отдел) для координации деятельности оперативных подразделений, ведения борьбы с «антисоветскими партиями, политическими группами и организациями» и должностными преступлениями, а также для наблюдения за интеллигенцией и духовенством (в его состав вошли Иностранный, Информационный, Оперативный, Особый и Секретный отделы); Особый отдел – для борьбы со шпионажем и контрреволюционными преступлениями, осуществления контроля над личным составом Красной армии и Красного флота; Транспортный отдел – для борьбы с «враждебными элементами» на железнодорожном и водном транспорте и надзора за его деятельностью. Эта сфера интересов советских органов безопасности впоследствии осталась неизменной (менялись лишь названия) и находила свое оформление в том или ином структурном подразделении центрального и местных аппаратов органов безопасности (отделение, отдел, управление)[300].
15 января 1921 г. в ВЧК продолжено обсуждение вопроса о пограничных войсках. На совещании присутствовали: Ф.Э. Дзержинский, С.С. Каменев, Лебедев, В.С. Корнев, М.Н. Тухачевский, И.С. Уншлихт, Д.Н. Авров, Пермяков и от пограничной стражи комиссар финляндской границы Березинский. Было решено определить для охраны границы общее число войск в 100 000 человек, в том числе до ⅙ конницы. Полевому штабу совместно с Особым отделом ВЧК выработать инструкцию, определяющую принципы охраны границы и расчетов пограничных военных сил. Организация связи в пограничной полосе возложена на Военное ведомство; между пограничными войсками и Военным ведомством предложено установить «тесную органическую связь»[301].
19 января 1921 г. постановлением СТО войска ВНУС, за исключением войск ВЧК, переданы в Военное ведомство «в целях сокращения численности армии и сосредоточения всей вооруженной силы Республики в одном ведомстве»[302].
Ввиду сокращения численности армии и сосредоточения всей вооруженной силы страны в одном ведомстве постановлением СТО от 19 января 1921 г. войска ВЧК снова выделены из войск внутренней службы в особый самостоятельный вид войск под названием «войска Всероссийской чрезвычайной комиссии», во всех отношениях подчиненные ВЧК[303]. В их состав вошли части и подразделения губернских и областных ЧК, полномочных представительств ВЧК, транспортных и особых отделов ВЧК, а также пограничные войска, железнодорожная и водная милиция[304]