Убийство посла было на руку военной партии Германии, которой важен был повод для начала наступления на Петроград, Москву и Царицын.
Сведение об убийстве графа Дзержинский получил 6 июля около 3 часов дня от Ленина и немедленно поехал в посольство вместе с Караханом и отрядом чекистов, следователями и комиссарами для поимки убийц.
В.Д. Бонч-Бруевич вспоминал, что, как только стало известно о покушении на германского посла Мирбаха, они с Дзержинским подъехали к посольству, переулок был быстро очищен от скопившейся толпы и установлен строгий порядок.
Миллер встретил председателя ВЧК горьким упреком: «Что вы теперь скажете, господин Дзержинский?» – и показал на бланке комиссии удостоверение с его подписью. Оно давало полномочия Блюмкину и Андрееву просить по делу аудиенции у графа Мирбаха. Но такого удостоверения Дзержинский не подписывал, подписи его и И.К. Ксенофонтова скопированы. Блюмкин повел себя как провокатор.
Они вошли в комнату и увидели развороченный взрывом пол, выбитые стекла, поврежденные потолок и стены, что свидетельствовало о мощном взрыве. Дзержинский, сделав распоряжения по ВЧК, вышел из комнаты весь взволнованный, Бонч-Бруевич сообщил ему, что сюда едут Ленин и Свердлов.
«Это хорошо, – бросил мне Дзержинский.
В это время приехал на автомобиле один из чекистов и сообщил, что конный полк ВЧК, находившийся под командой левого эсера Д.И. Попова, восстал и отказался повиноваться распоряжениям Советского правительства.
– Как? – воскликнул возмущенный Дзержинский. – Это не может быть! Это ерунда!.. Я сейчас поеду туда и разберусь, в чем дело…
– Ни в коем случае вам ехать не надо, – сказал Бонч-Бруевич Дзержинскому, – вы только испортите дело…
Свердлов присоединился к мнению Дзержинского, говоря, что стоит Феликсу приехать, и все будет в порядке. Тут же были получены сведения по телефону о том, что все левые эсеры, работавшие в ВЧК, исчезли из помещений, а заместитель председателя ВЧК Александрович не только исчез, но и захватил с собой кассу ВЧК, в которой было около полутораста тысяч рублей.
Дзержинский негодовал. Сведения, приходившие с разных сторон, его не только раздражали, не только волновали, но очень сильно возбуждали.
– Нет, я поеду к ним во что бы то ни стало…– твердил он свое».
Тогда еще Дзержинский не подозревал левых эсеров в измене, считая, что Блюмкин обманул их доверие, и распорядился немедленно разыскать и арестовать убийц, сам же выехал в отряд Попова, куда могли скрыться убийцы. Он, как и Я.М. Свердлов, был убежден, что личная поездка даст возможность установить не только местопребывание убийц, но и выяснить, насколько это убийство не личный акт, а заговор всей партии. Мятежники захватили здание ВЧК, телефонную станцию и начали военные действия, заняв вооруженными силами небольшую часть Москвы. Большинство отряда Попова состояло из деморализованных черноморских матросов и разоруженных анархистов. Активное участие в подготовке мятежа принял ставший начальником оперативного отдела штаба ЦК ПЛСР по организации восстания в Москве Д.Т. Попов. Он вместе с Александровичем принял в отряд ВЧК этих людей, скрыв его численность. Ранее в отряде служили красноармейцы-финны, большинство которых ушло на чехословацкий фронт, а многих Попов выгнал, оставив около 200 человек. На вооружении отряда находились четыре броневика, восемь орудий, три мортирные пушки, около трех тысяч гранат, 48 пулеметов. Всего мятежников насчитывалось около 1800 человек.
Приехав в отряд, председатель ВЧК задал вопрос, где находится Блюмкин, и получил ответ, что его в отряде нет, он уехал в какой-то госпиталь. Дзержинский потребовал, чтобы к нему привели дежурных, которые стояли у ворот и могли бы подтвердить отъезд Блюмкина. Заметив колебание Попова и шапку Блюмкина на столе, Дзержинский потребовал открыть все помещения и, приказав отряду остаться на своих местах, сопровождаемый тремя чекистами, начал обход помещения. В это время к нему в сопровождении нескольких десятков вооруженных матросов подошли члены ЦК левые эсеры П.П. Прошьян и В.А. Карелин и заявили, что поиски Блюмкина напрасны, он убил графа Мирбаха по распоряжению ЦК партии эсеров. Дзержинский объявил Прошьяна и Карелина арестованными и сказал присутствовавшему здесь же Попову, что если он не подчинится и не выдаст их, то, как изменник, получит пулю в лоб. Попов ответил: «Я вам подчинялся и выполнял ваши требования до тех пор, пока не получил приказа из ЦК нашей партии, которому должен подчиниться». А Прошьян и Карелин заявили, что они повинуются приказанию, но перешли в соседнюю комнату, где заседал ЦК левых эсеров, и вызвали М.А. Спиридонову, Ю.В. Саблина, Б.Д. Камкова, Черепанова, В.А. Александровича, В.Е. Трутовского, начальника их боевой дружины Э. Фишмана и других. Дзержинского со всех сторон окружили матросы, а Саблин приказал ему сдать оружие. Дзержинский обратился к матросам, спросив, позволят ли они, чтобы был разоружен председатель ВЧК, в отряде которого они состоят. Матросы заколебались. Тогда Саблин с пришедшими 50 матросами из соседней комнаты при помощи Прошьяна обезоружили Дзержинского. После этого Черепанов и Саблин заявили, что большевики стоят перед совершившимся фактом: Брестский договор сорван, война с Германией неизбежна, пусть будет и здесь так, как на Украине, мы уйдем в подполье; коммунисты могут оставаться у власти, но должны перестать лакействовать перед Германией, которая займет Россию до Волги; Муравьев уже идет на Москву, латыши 1-го стрелкового полка и солдаты Покровских казарм перешли на их сторону, с ними и отряд Я.К. Венглинского, авиационные части и две тысячи донских казаков, все Замоскворечье, рабочие и красноармейцы Москвы.
Дзержинский им ответил, что они выполняют желания и планы английских и французских банкиров и являются предателями и изменниками революции. Из другой комнаты вышла Спиридонова и, чтобы поддержать настроение матросов, обратилась к ним с речью, указав, что большевики являются изменниками революции, так как они лакействуют перед немцами, выполняя их волю.
Видя нерешительность матросов, Спиридонова и другие члены ЦК устроили митинг. В это время их каптенармус выдавал мятежникам по две пары сапог, консервы, баранки и сахар.
Вместе с Дзержинским левые эсеры арестовали председателя Моссовета П.Г. Смидовича, М.Я. Лациса и еще 27 коммунистов.
Постепенно становилась ясной лживость заявлений левых эсеров: они арестовали Я.К. Венглинского, из его отряда заманили к себе обещанием раздачи консервов 20—40 человек, которых задержали под страхом расстрела; был доставлен командир из Покровских казарм, который показал, что находящиеся там люди остались верны советской власти.
Почти все мятежники были пьяными. Сам Попов на глазах у всех выпил стакан спирту. Насколько они были пьяными, свидетельствует случайный взрыв гранаты, при котором смертельно ранены два человека.
Днем мятежники стали обстреливать чердаки незанятых домов, всех пытавшихся уйти от их патрулей расстреливали на месте. Из трех разведчиков, посланных Кремлем, расстреляли одного. Кроме того, бойцы отряда Д.И. Попова проводили аресты членов большевистской партии в Москве. Матросами из отряда заняты типография в Ваганьковском (Малом Трехгорном) пер., почтамт и телеграф. Попов приказал своему отряду занять обширный район Москвы между Курским вокзалом и Варварской площадью. Был занят фронт от Чистых прудов до Яузского бульвара. По рассказам спасшихся от этой беспорядочной стрельбы, пострадали многие посторонние лица. Все финны и солдаты из отряда Венглинского, обслуживавшие две пушки, были на стороне пленников, но они были терроризированы матросами, среди которых раздавались угрожающие голоса о расправе над пленными. Большинство же, чувствуя себя неуверенно, действовало нерешительно. Но на слова Дзержинского, что они сами призывают немцев, в подполье могут уйти только главари, а приход немцев означает полнейшее порабощение народа, отвечали заученной фразой Спиридоновой: не хотим лакействовать перед Мирбахом.
Вечером Саблин и Попов сообщили, что на съезде принята резолюция о подавлении мятежа левых эсеров, а фракция левых эсеров и их фракция во главе со Спиридоновой арестована. Действительно, VI Всероссийский съезд Советов арестовал фракцию левых эсеров (352 человека). Попов в ответ на это грозил снести пол-Кремля, полтеатра и пол-Лубянки. Но настроение в отряде с каждым новым известием становилось все более подавленным.
Один из руководителей ликвидации левоэсеровского мятежа Петерс вместе с членами ВЧК В.В. Фоминым и И.Н. Полукаровым заменил охрану V Всероссийского съезда Советов в Большом театре на более надежных латышских стрелков.
После перехода в наступление верных советской власти частей отряды левых эсеров постепенно стали отходить к Трехсвятительскому переулку, где были сгруппированы главные их силы. На предложение о сдаче поповцы прислали своих парламентеров во главе с адъютантом Попова, которые заявили, что не сдадутся и будут сражаться до последнего. Тогда большевики, подведя скрытно орудия на 200 шагов, около половины двенадцатого дня начали обстрел дома гранатами. После того как в штабе восставших стала очевидна бесперспективность дальнейшего сопротивления, Ю.В. Саблин и Попов руководили отступлением своих частей от помещения штаба к Москве-Рогожской, а оттуда по Владимирскому шоссе, оказывая вооруженное сопротивление советским войскам.
К 2 часам ночи 7 июля левые эсеры были окружены советскими частями, утром перешедшими в наступление. Когда загремели пушки и первый снаряд попал в их штаб, весь ЦК левых эсеров обратился в бегство, переодевшись в гражданское платье. «Подлые трусы и изменники убегают», – кричали им арестованные.
С каждым новым выстрелом оставалось все меньше матросов. После разрушения здания штаба снаряды стали попадать в дом, в котором находились арестованные. Из сочувствующих им финнов и других они организовали себе охрану и перешли с ними в мастерскую. Во время перехода они обратились к собравшимся там солдатам со словами: как не стыдно им поддерживать изменников революции. В ответ Саблин, ругаясь, стал угрожать солдатам, приказав занять свои посты. Но солдаты в мастерской передали арестованным оружие и гранаты. Мятежники взяли лошадей и пушки без замков, вынутых сочувствующими Дзержинскому солдатами, и ушли к Курскому вокзалу. Нерешительность левых эсеров, не сделавших никаких попыток арестовать правительство большевиков и делегатов V съезда Советов, привела к провалу мятежа. Около 300 мятежников захвачено в плен. 8 июля 1918 г. 13 активных участников мятежа, в том числе и Александрович, по постановлению ВЧК – расстреляны. 27 ноября 1918 г. Верховный революционный трибунал приговорил к расстрелу успевшего скрыться Попова и заочно к тюремному заключению на различные сроки 9 членов ЦК левых эсеров