24 августа — в прямой связи с событиями в Баткене — указом президента Аскара Акаева отправлен в отставку министр обороны генерал-полковник Мырзакан Субанов. Непосредственное руководство боевыми действиями на юге республики возложено на командующего Национальной гвардией республики генерал-лейтенанта Абдыгула Чотбаева.
В тот же день в Бишкеке начался саммит так называемой «Шанхайской пятерки». Среди прочих в повестке дня стоит и вопрос о сотрудничестве в области борьбы с международным терроризмом, религиозным экстремизмом, сепаратизмом и незаконным оборотом наркотиков.
25 августа. Боевиков, по последним данным, уже более трехсот пятидесяти человек. Согласно источникам в правоохранительных органах Узбекистана, этот же отряд, который состоит из узбеков, таджиков, арабов и афганских пуштунов, еще 20 августа совершил нападение на метеостанцию близ границы с Таджикистаном (ледник Абрамова). Бандиты захватили 10 сотрудников метеостанции и 6 местных туристов. Метеорологов позже отпустили. В Министерстве национальной безопасности Киргизии есть информация о том, что небольшими группами пробираются через киргизскую территорию в Узбекистан не менее тысячи человек. Состоялись телефонные переговоры между президентом Киргизии Аскаром Акаевым и премьер-министром Японии Кэйдзо Обути по поводу находящихся в заложниках японских граждан. Ситуацию в Баткенском районе и совместные действия Киргизии и Таджикистана по уничтожению боевиков Аскар Акаев обсуждал и с таджикским президентом Эмомали Рахмоновым.
25 августа в ходе ночного боя боевикам удалось захватить еще два села, и, таким образом, они контролируют уже пять населенных пунктов. Ночью с 24 на 25 августа террористами взорван мост через реку Сох, связывающий ущелье, где находятся боевики, с Баткеном. Таким образом, бандиты отрезали от себя группировку правительственных подразделений. По данным разведки, общая численность боевиков в Баткенском и Чон-Алайском районах достигает уже тысячи человек.
28 августа Киргизия, Казахстан, Таджикистан и Узбекистан подтвердили единство позиции в отношении преступных действий бандформирований на юге Киргизии. Они квалифицируются как акции терроризма, поддерживаемые непризнанными международным сообществом организациями из других стран.
29 августа с обращением к народу республики выступил президент Киргизии Аскар Акаев.
Объявлен указ президента о назначении нового министра обороны — им стал Эсен Топоев, работавший до сих пор секретарем Совета безопасности республики.
30 августа. Два самолета неустановленной принадлежности подвергли бомбардировке село Кара-Тейит в Чон-Алайском районе. Согласно источникам в Министерстве обороны, после ответа находившихся рядом с селом зенитных расчетов самолеты развернулись и ушли. Несколько жителей села погибли и получили ранения.
По основной версии, это могли быть самолеты узбекских ВВС, участвующие в совместной операции по ликвидации исламских террористов, совершившие ошибку при определении целей для бомбометания. Другой авиации, кроме узбекской, в этой части Ферганской долины, по мнению военных, просто нет.
В тот же день в районе Чон-Алайский около 16 часов дня возобновились полномасштабные боевые действия между правительственными силами и отрядами террористов. Со стороны правительственных войск имеются раненые. О потерях со стороны террористов неизвестно — своих раненых и убитых боевики уносят с собой. Накануне были освобождены четверо ранее захваченных боевиками местных жителей. Они были отпущены в результате переговоров, инициированных местными жителями и якобы сообщили о том, что все остальные заложники живы. Формально чрезвычайное положение в области не вводилось, однако улицы Оша патрулируются военнослужащими, у всех прохожих проверяются документы, на въездах в город установлены блокпосты. На юге республики полным ходом идет мобилизация резервистов.
31 августа в республике празднуется День независимости. Несмотря на все слухи о возможных терактах, праздник проходит спокойно.
В течение 1–3 сентября боевики ведут себя тихо, лишь по ночам происходят незначительные перестрелки. О судьбе заложников ничего конкретного не известно, на контакты террористы не идут.
4 сентября. Лидер боевиков Тохир Фарух потребовал от властей Узбекистана освободить его сторонников, находящихся в заключении. Только в этом случае, говорится в заявлении лидера «Исламского движения Узбекистана», будут освобождены заложники. В заявлении содержится также требование открыть в Узбекистане тысячу мечетей и медресе. Военные действия на территории Киргизии происходят, говорится в заявлении, «из-за недальнозоркости бишкекских властей». Тохир Фарух требует убрать войска и не препятствовать проходу его людей в Узбекистан.
В тот же день, по официальным данным, в результате военной операции, правительственными войсками освобождены перевал Бок-Баши и район ледника Абрамова на границе Чон-Алайского района Киргизии и Джиргатальского района Таджикистана. По информации из правительственных структур, в Чон-Алайском районе боевиков больше нет. О потерях с обеих сторон не сообщается.
5 сентября становится известно, что за распространение листовок экстремистского толка в Араванском районе на юге Киргизии задержаны четверо местных жителя. У задержанных были изъяты 62 книги, брошюры, плакаты и листовки религиозно-экстремистского толка. Правоохранительными органами проводится расследование по данному факту. Местные власти ведут агитационную работу среди населения южных районов Киргизии, призывая их не поддаваться на провокации исламистов и сохранять спокойствие.
К 5 сентября правительственными войсками очищены от террористов села Зардалы и Коргон в Баткенском районе. По данным разведки, наибольшее скопление боевиков в 400 человек наблюдается в районе населенного пункта Ходжа-Ачкан. Спецподразделения «принимают все меры для освобождения заложников».
Четверо японских геологов вывезены на территорию Таджикистана и могли находиться в районе населенного пункта Джиргаталь или поблизости от Комсомолабада.
6 сентября МИД Киргизии выступил с заявлением. Киргизия призвала ООН, ОБСЕ и другие международные организации дать «принципиальную оценку» событиям в ее южных районах.
В тот же день в районе села Карамык ночью были замечены две небольшие группы боевиков, которые были обстреляны бойцами киргизской армии. Ранее, после проведения операции в Чон-Алайском районе, около 100 бандитов были вынуждены отступить в Джиргатальский район Таджикистана. По сведениям разведки, около 400–450 вооруженных террористов продолжают находиться в урочище Ходжа-Ачкан на территории Киргизии, и подразделения правительственных войск ведут подготовку к операции по локализации и ликвидации этой группировки.
6 сентября шестеро узбекских туристов, взятых боевиками в заложники на леднике Абрамова 21 августа, прибыли в Фергану. Руководитель туристической группы Равиль Ахсанов рассказал, что «боевики обходились с нами терпимо, без физического насилия, если не считать неоднократные их попытки психологической обработки членов группы. В частности, они постоянно склоняли находящихся в группе туристов русской национальности к принятию религии ислама». По словам Равиля Ахсанова, их захватил отряд боевиков численностью более 40 человек. Все они хорошо вооружены — автоматы Калашникова, пулеметы, гранатометы. Были среди них и снайперы с винтовками с оптическим прицелом. «Боевики кормили нас все это время лишь хлебом и чаем. За все время нашего пленения мы только три раза ели горячее».
7 сентября. Японские геологи передали записку властям республики и своим соотечественникам через правозащитника Турсунбека Акунова. В ней сообщается, что все заложники живы, здоровы и надеются на скорейшее освобождение.
17 сентября около 23.00 часов ночи банда из 150–200 боевиков напала на боевую позицию взвода под командованием старшего лейтенанта Ж. Исмаилова в районе села Сырт Кадамжайского района. Целью прорыва было проникновение на территорию узбекистанского анклава Сох. Умелые тактические действия сорвали замысел боевиков, в ходе трехчасового ожесточенного боя десятки бандитов были убиты и ранены, были убиты трое полевых командиров, в том числе А. Юлдашев по кличке «беспалый Абдулазиз», командовавший отрядом боевиков, вторгавшихся на территорию республики в начале августа.
В последующие дни оперативная обстановка в Баткенском, Чон-Алайском и Кадамжайском районах Ошской области в целом находится под контролем объединенной группировки войск республики и за прошедшие сутки существенных изменений не претерпела. Активных действий и вылазок боевики бандитских формирований не предпринимали и находятся в своих прежних районах сосредоточения. Основные из них — Зардалы, Ходжа-Ачкан, Шудман, Кызыл-Булак, Верхнее Жылуу-Суу. Подразделения группировки войск продолжают выполнять задачи по предотвращению прорыва боевиков через боевые позиции, горные перевалы и тропы действиями своих блокпостов и застав, засад и десантно-наблюдательных групп.
5 октября под огневым воздействием оперативной группы правительственных сил боевики мелкими группами рассредоточились в районах ущелья Ходжа-Ачкан, летников Кульп и Гарум, избегая при этом прямых боевых столкновений с правительственными войсками. Части и подразделения войск выдвинулись по назначенным маршрутам и к исходу дня овладели и закрепились на рубежах: села Зардалы и Коргон, слияние рек Арча-Баши — Ак-Терек. Продолжалась оперативно-разведывательная работа по выявлению вероятных маршрутов передвижения боевиков и районов их скопления с целью нанесения бомбовых и артиллерийских (минометных) ударов. По имеющимся данным, боевики расположены на прежних позициях в урочище Ходжа-Ачкан.
Из Кадамжайского района беженцы полностью вернулись к местам постоянного проживания, количество беженцев в Баткенском районе составляет 3379 человек.
В течение 7 октября силами войск проведены рейдовые действия по зачистке Раутского ущелья. Для укрепления охраны государственной границы по югу республики созданы Баткенский и Ляйлякский пограничные отряды, подразделения которых уже прибывают к местам своей постоянной дислокации и приступают к несению пограничной службы. Совместными усилиями спецслужб и правоохранительных органов с участием неправительственных организаций продолжается работа по освобождению заложников. Пр