В феврале 1900 года типография в Минске была арестована, большинство подпольщиков взято специальными группами Зубатова.
Минский провизор Григорий Андреевич Гершуни был арестован 7 марта. Он очень быстро понял, что Зубатов занимался разгромом «Бунда», а его группа попала под широкий полицейский бредень почти случайно. Зубатов уже объявил всем задержанным революционерам в Минске, которых везли в Москву вагонами: «За кем нет формальных доказательств их виновности – те будут просто мной отпущены, независимо от того, какие бы ужасы они за собой не признали». К членам «Бунда» это, конечно, отношения не имело, а среди других подпольщиков Зубатов своим либеральным отношением хотел набрать новых секретных сотрудников. Гершуни и его товарищи стали говорить о себе, как об идеалистах, зная, что против них нет формальных улик, а только разговоры, за которые, правда, очень легко было получить бесконечную ссылку в Сибирь. Гершуни говорил Зубатову, что случайно давал небольшие деньги на издание вроде бы нелегальной литературы, разрешал ночевать у себя вроде бы нелегальным людям, даже по их просьбу что-то хранил. Никаких имен и новых фактов Гершуни не называл, а по поводу показаний автора брошюры «Свобода» Л. Клячко заявил, что был просто знаком с ней: «в конспиративную часть меня никогда не посвящали и о принадлежности к ее типографии как я, так и многие мои знакомые ничего не знали, хотя о существовании в Минске типографии я знал, так как об этом говорили во всех кружках». В июле 1900 года Зубатов отпустил, как и обещал, многих товарищей Гершуни и его самого, хотя и назвал аптекаря-провизора «крайне двусмысленным человеком в обыденной жизни». Впоследствии, когда Гершуни возглавил созданную им Боевую организацию, его освобождение летом 1900 года Зимний дворец Зубатову так и не простил. Зубатов продолжал доказывать революционерам, что «честный человек является предателем только тогда, когда выдает такого же честного человека, а не врага государства». С такой перевернутой логикой главе политического сыска империи дезорганизовывать подпольщиков, конечно, не удалось. Он продолжал создавать моральных уродов, но в основном людей без образования. Зубатов называл черное белым, а зло добром, но деградировали в соответствии с его теориями очень немногие настоящие революционеры. Они, конечно, не читали приказов начальника Зубатова Ротаева своему подчиненному, но прекрасно понимали, какой текст там может быть: «Дорогой Сергей Васильевич! Будьте ласковы, займитесь не отлагая проектом похода на жидов и не затягивая сообщите его мне. Очень хотелось бы, чтобы компания была закончена к Новому году». Революционеры стали говорить, что «самодержавие в империи искалечено и изуродовано до неузнаваемости». Политические идеалы Зубатова все дальше и дальше уходили от политических реальностей. Монархия продолжала обострять социальные противоречия среди подданных. В окрестностях Минска и Петербурга, Москвы и Киева проходили собрания революционеров, которые говорили о свободе сходок, слова и печати, и их становилось все больше. Рабочие союзы Зубатова блокировали хозяева деньгами и жалобами в правительство, в котором было много недругов статского советника. Его сотрудники пытались и пытались сделать зубатовщину массовой и писали рабочим в листовках: «Сила, надежда и будущее в союзах. Разные партии давно стараются нас организовать, но до сих пор у нас нет ни одной чисто рабочей организации. Те партии, которые работают среди нас, задаются очень большими, но очень далекими целями. Они стремятся к мировому перевороту. Всецело предаться нашим интересам, широко и мощно объединить рабочую массу могут только профессиональные рабочие союзы».
В 1900 году после съезда всех революционеров-эмигрантов на похороны Петра Лаврова, в Париже они создали «Аграрно-Социалистическую лигу», чтобы координировать свою деятельность по борьбе с империей. В эту Лигу вошли и многие будущие социалисты-революционеры. Летом 1900 года в Харькове прошла встреча многих представителей имперских эсеровских групп, которые говорили о создании партии. В ноябре они выпустили свой «Манифест». В начале 1901 года московская группа «Союза социалистов-революционеров» в Финляндии выпустила первый номер партийной газеты «Революционная Россия», в мае вышел ее второй номер. Процесс создания массовой революционной партии значительно ускорился послу того, как в феврале 1901 года в империи после долгого перерыва произошло политическое убийство, совершенное одиночкой.
Пятидесятипятилетний Николай Боголепов, профессор римского права, ректор Московского университета, в 1898 году стал министром народного просвещения и сразу же начал давить студенческое движение в империи. Он не допускал никакого свободомыслия и по всей монархии из высших учебных заведений начали изгоняться либеральные преподаватели и профессора. В 1899 году он отправил в солдаты более двухсот студентов Киевского и Петербургского университетов, среди которых был двадцатипятилетний Петр Карпович, за участие в студенческих беспорядках исключенный сначала из Московского, а потом Юрьевского университетов. Петр Карпович уехал из России и поступил в Берлинский университет. В Берлине Карпович тесно сблизился с русскими эмигрантами, стал революционером, в начале 1901 года вернулся в Петербург и 14 февраля в знак протеста против репрессий правительства по отношению к студентам прямо в приемной двумя выстрелами из своего револьвера «Смит-Вессон», любимого оружия Андрея Желябова, смертельно ранил министра Боголепова, который через две недели умер. Его допрашивал старый борец с «Народной волей» министр юстиции Н. Муравьев и услышал от Карповича слова, эхом прогремевшие по империи: «Не надо, Ваше превосходительство, вопросов. Я был послан убить министра Боголепова. Другие министры последуют за ним и это только открытие огня». Карпович назвал себя социалистом-революционером. Почти тут же, 9 марта ночью, статистик Самарской земской управы Николай Лаговский, почти месяц встречавший никуда не выезжавшего обер-прокурора Синода Победоносцева, разрядил барабан своего револьвера в окна его кабинета на Литейном проспекте, но не попал в самого сановника. Его задержала наружная полицейская охрана, и Лаговский также назвал себя эсером, считающим самодержавие не отвечающим народным интересам. Империя почувствовала, что на нее накатывается вторая террористическая волна, и это будет настоящее цунами.
Зимний дворец побоялся казнить Карповича и замуровал его в Шлиссельбург, и это было совершенно не характерно для не знавшего пощады самодержавия. Майский номер «Революционной России» писал: «Выстрел в Богомолова не случайность. Это самый естественный акт, которым можно и должно было ответить на репрессии. Его ждали. Не студенческие организации, не мы – революционеры. Его ждало все общество, встретившее смерть Боголепова как необходимость, без содрогания перед убийством, без жалости к потерпевшему. Карпович внес в движение то, что ему недоставало – личную решимость, и тем вывел его на единственно верный путь – прямой и самоотверженной борьбы. С 14 февраля не только по задачам, но и по методам, не только по направлению, но и по темпу движение стало революционным».
Создание партии социалистов-революционеров летом 1901 года шло полным ходом. В Харькове действовала «Южная партия социалистов-революционеров», имевшая сильные группы в Полтаве, Киеве, Харькове и Воронеже. Ее «Манифест» призывал к массовой борьбе против самодержавия, о создании единого партийного цента в империи, о терроре, как средстве самозащиты. Именно там действовал будущий соратник Гершуни Михаил Мельников. В Минске и во всем Западном крае работал перешедший на нелегальное положение Гершуни, объединявший разрозненные после погрома «Бунда» группы. На севере и в центре империи действовал «Северный союз социалистов-революционеров», выросший из саратовского кружка, созданного дворянином Александром Аргуновым. С 1897 года штаб-квартира Союза находилась в Москве. В своей куоккальской типографии москвичи печатали листовки, прокламации, брошюру «Наши задачи», два номера газеты «Революционная Россия», которые производили сильное впечатление на имперское общество, включая Департамент полиции. Летучие листки опять начали писать о терроре и это было новым веянием после спокойного от выстрелов пятнадцатилетия. Союзу пошли большие финансовые пожертвования от желавших смены самодержавия, у него росли связи со многими губернскими городами. Гершуни опубликовал в подпольной газете большую статью «О зубатовцах», и сам главный сыщик страны пообещал Плеве поймать отпущенного им нелегала. Количество социалистов-революционеров, занимавшихся только партийными делами, быстро увеличивалось. Объявление новой партии эсеров было задержано не несколько месяцев Зубатовым, разгромившим их типографию и арестовавшим более двадцати социалистов-революционеров.
Летом 1901 года эсеровскую типографию из Финляндии было решено перевести в Сибирь. У Зубатова был свой агент в московских кружках Аргунова, и звали его Евно Азеф. Зубатов верный своей тактике поощрения провокаций, ждал, пока Союз анархистов в Москве разрастется и тогда можно будет арестовать многих виновных и невиновных. Он любил говорить: «Мы вызовем вас на террор и раздавим». Зубатов не мог арестовать типографию Союза в Финляндии, имевшей автономию, но перевод ее в Сибирь менял дело. Самонадеянный статский советник очень любил играть с огнем и в итоге проиграл свою жизнь.
Типографию с особыми предосторожностями перевезли в Томск, конечно, под присмотром Летучего филерского отряда Медникова. Как только она начала печатать третий номер «Революционной России», Зубатов, который не мог этого допустить, приказал арестовать томскую и московскую эсеровскую группы. К концу сентября было арестовано несколько десятков революционеров и либералов. До суда из-за недостатка улик жандармы смогли довести только двенадцать эсеров, отправленных на каторгу в Сибирь. Многие из них бежали и впоследствии как члены Боевой организации участвовали в покушениях на великого князя Владимира Александровича, начальника дворцовой охраны Д. Трепова, московского градоначальника И. Шувалова, московского генерал-губернатора Д. Гершельмана.