Чтобы спасти креационистскую догму, было привлечено благочестивое объяснение, соответствующее библейской мифологии и повествующее о потопах, казнях, которым Господь подвергал животный мир, недовольный путями его развития. Получалось, что геология и палеонтология не только подтверждают библейскую историю, но и конкретизируют её, находят новые подробности в кратком библейском изложении. После полного уничтожения в ходе каждой из катастроф, растительный и животный мир вновь возобновлялся в неизменных со дня творения формах и развивался по путям, всё более угодным Создателю.
Сент-Илер же за десять лет, прошедших до знаменитого диспута, всё более грешил против абсолютных и нетленных библейских истин, а когда не имел фактов для их опровержения, всё более часто дополнял их смелыми, но на тот период бездоказательными умозрительными рассуждениями. Именно так, интуитивно и бездоказательно он вплотную подошёл к идее естественного отбора. Он утверждал, что когда изменения среды оказывают на животных вредные воздействия, они вымирают, и вместо них развиваются другие животные, тоже испытывающие изменения, но такие, которые полезны применительно к новым условиям. Что же стало бы с библейской картиной мира, если бы в науке были признаны подобные еретические положения? Нужно было его остановить. Причём сделать это, опираясь на науку, на добытые в процессе исследований факты, используя умозрительность и недостаточную фактическую базу трансформистской теории. В задачу Кювье входило показать, что трансформистский эволюционизм является чистой метафизикой, надуманным мнением, научные же факты свидетельствуют в пользу библейской картины мира. И Кювье блестяще справился с этой задачей.
В 1830 г. Сент-Илер представил в Академию наук Франции отчёт о достижениях своих лучших учеников, которые в работах по анатомическому строению головоногих моллюсков доказывали переходный характер этого строения по отношению к организации позвоночных животных. Само по себе обоснование единого плана не было потрясением основ. В конце концов Господь мог пользоваться единым планом, создавая всю эту живность, которая, как было сказано позднее в последней части «Фауста» Гёте, начала своё существование «в широком море», а затем росла и росла, достигнув, в конечном счёте, своей высшей точки.
Но признание Академией всей этой галиматьи о поступательном развитии жизни путём закономерной трансформации одних видов и другие полностью дискредитировало бы и библейскую картину мира, и научные достижения самого Кювье, который сумел громадными усилиями подогнать добытые им факты и полученные на их основе обобщения под эту картину. Этого Кювье стерпеть не мог. Тем более, что он был во многом прав. Не было единого творческого плана развития живой природы, как не было и основанной на этом плане единой лестницы существ в духе швейцарца Боне или друга Гете немца Гердера. Было ветвистое дерево развития, очень сложное по своему строению. Но этого ни Кювье, ни Сент-Илер не знали.
И когда в стенах их общей альма-матер Национального музея естественной истории разгорелась битва идей, оба бывших друга, Кювье и Сент-Илер, обрушились друг на друга со всей силой накопленных за время их научной деятельности аргументов. Подогреваемые присутствием и заинтересованным вниманием высокообразованной и высокопоставленной публики, они вскоре, как это часто бывает в идеологических спорах, перешли к взаимным обвинениям в научной несостоятельности, устарелости взглядов, фантастичности выводов. Ибо за идеологическим противостоянием всегда кроется политическая борьба, мобилизация альтернативных политических сил.
И на этом поле Кювье полностью разгромил Сент-Илера, а его креационизм одержал безоговорочную исторически обусловленную победу над зарождающимся и довольно примитивным эволюционизмом. Кювье так и сыпал фактами, остроумными контраргументами, вызывая сочувственный смех аудитории. Он ясно и просто излагал свои мысли, перемежая их ссылками на свои собственные научные изыскания и последние находки учёных разных стран. Он поставил на службу креационистской доктрине достижения палеонтологии, сравнительной анатомии, морфологии растений и животных. Он опирался также и на данные эмбриологии, заимствованные им из фундаментального труда Карла фон Бэра, который также был сторонником теории разноплановых типов в строении зародышей.
Сент-Илер же был поставлен в позицию защищающегося, он не мог опираться в своих положениях на достаточное количество и качество фактов, поскольку они ещё не были открыты наукой. Он мог лишь возражать на трактовки фактов, предложенные Кювье. Он выражался слишком наукообразно, неясно, слишком сложно для популистской аудитории. Кювье же в совершенстве владел аудиторией, она была на его стороне. Горы фактов, приводимых Кювье, ясно свидетельствовали, что типы животных являются замкнутыми, изолированными системами, каждая из которых создана по отдельному плану. Из этого со всей несомненностью вытекало, что идея их эволюционного происхождения путём трансформации друг от друга совершенно беспочвенна и может считаться не научной, а голословной метафизической конструкцией. Кювье и в голову не могло прийти, что приводимые им факты могут иметь совершенно иной, противоположный смысл, а его выводы проистекают из слабости науки его времени, а не из её доказательной силы. Как бы то ни было, победа Кювье над Сент-Илером была полной. После неё трансформистский эволюционизм во Франции рассматривался как беспочвенная и довольно вредная для состояния общества, чреватая революционным хаосом философия. В консервативных кругах, находившихся у власти, не было сомнения, что эта философия является прямой наследницей идей, в своё время обосновываемых так называемыми просветителями и подготовивших почву для многолетнего революционного кошмара. Луи-Филипп, пришедший к власти в результате «малой революции» 1830 г., всеми силами стремился не допустить нового революционного взрыва, и он 18 лет, вплоть до революции 1848 г., которая свергла возглавляемый им режим, подвергал гонениям любые попытки пропаганды идей, которые были созвучны взглядам просветителей.
Поражение в диспуте с Кювье имело трагические последствия для Сент-Илера. Его карьера круто пошла под гору. После окончания диспута он ещё выпустил книгу «Основы зоологической философии», в которой пытался объясниться перед образованным обществом и отстоять свою правоту более веско, чем при устном изложении своих взглядов в споре с Кювье. По своему названию она перекликалась с книгой Ламарка «Философия зоологии». Но его уже не хотели ни читать, ни слушать. Он ведь работал в государственном учреждении, которое финансировалось правительством, а правительство совсем не было заинтересовано в поддержке и пропаганде идей, которые шли вразрез с библейской картиной мира и могли быть использованы для подогрева революционной активности. Его начали потихоньку теснить, затем шаг за шагом лишали почётных званий и титулов, и он умер в 1844 г., через 14 лет после диспута в полной безвестности и опале.
Кювье умер на 12 лет раньше Сень-Илера в 1832 г. в почёте и славе. Его теория катастроф ещё некоторое время поддерживалась в науке силой и инерцией его авторитета, как защищавшаяся им форма. Через некоторое время, однако, наука шагнула дальше, и обе его основные догмы – креационистская и катастрофистская – стали рассматриваться и освещаться в лекциях как любопытные научные курьёзы. Так это оценивается и по сей день. Навечно закреплены в науке достижения Кювье в сфере палеонтологии и сравнительной анатомии животных, обнаруженные им факты, которые помогли обосновать столь нелюбимый им эволюционизм.
Ламарк был самым старшим из великолепной троицы учёных Национального музея естественной истории. Он был на 25 лет старше Кювье и на 28 лет старше Сент-Илера, т. е. оба они по возрасту годились ему в сыновья. Он умер в 1829 г. и не мог присутствовать на диспуте 1830 г. Он прожил огромную, наполненную творческими исканиями жизнь, уйдя из неё в 85 лет. Но его вклад в науку не был по достоинству оценен современниками, не был в полной мере осознан и потомками. Автор фундаментальных трудов о природе Франции и мира, Ламарк умирал в почти полной нищете, едва сводя концы с концами на мизерную пенсию. Пока ещё были силы работать, он издавал свои труды на собственные скудные средства. Он не дожил до свержения власти Бурбонов, а реакция времён Реставрации и Священного союза монархов делала всё возможное, чтобы этот опасный вольнодумец, последний просветитель, страдавший ностальгией по революции, этот отпрыск знатнейшего, но обедневшего рода, сохранивший традиции демократического свободомыслия, не выходил в своих писаниях и лекциях за рамки теории букашек и цветочков, в крайнем случае – червей и зверюшек, а то, не дай Бог, ворвётся оттуда в философию и наговорит такого, что может оказать дурное влияние на юношество и способствовать распространению протестных настроений.
Сам Ламарк тоже старался держаться в этих рамках, и нередко вкладывал свои социальные взгляды в размышления об эволюции животных, в раскрытие механизмов прогресса в животном мире. В этом он продвинулся гораздо дальше классических просветителей, показывая источники прогресса психики, увенчанные формированием человеческого разума. Главная идея Ламарка о том, что прогресс невозможен без самосовершенствования, до сих пор не нашла понимания в человеческой цивилизации, причём эта мысль чужда и так называемым неоламаркистам.
Общественное мнение образованного общества времён Реставрации также было настроено в своём большинстве против восприятия прогрессивных идей. Склонность к консерватизму убеждений подпитывалась усталостью от военного напряжения наполеоновской империи, воспоминаниями об ужасах революционного террора и конфискаций собственности времён якобинской диктатуры. Не очень сочувствуя прогнившему режиму Реставрации, верхи общества страшились продолжающегося бурления низов, маргинальных слоёв, которые философии не читали, но всегда были готовы при серьёзном кризисе власти достать из погребов оружие и перегородить улицы баррикадами.