В ходе эволюции в кольцевом резервуаре точность копирования молекул рибозима весьма высока, мутации возникают редко. Поэтому для ускорения эволюции исследователи несколько раз прерывали автоматизированный процесс, извлекали реакционную смесь и подвергали молекулы рибозима интенсивному случайному мутированию. Это делалось при помощи «неточных», склонных к ошибкам ферментов-полимераз. Затем смесь рибозимов-мутантов возвращали в установку, и эволюция продолжалась под управлением компьютера. Исследователи использовали эти перерывы еще и для того, чтобы постепенно сокращать концентрацию субстрата в реакционной смеси — таким образом они «приучали» эволюционирующие молекулы обходиться все меньшими количествами субстрата. Рибозимам приходилось приспосабливаться к жизни во все менее благоприятных условиях.
После 70 часов искусственной эволюции с пятью «перерывами на мутирование» каталитическая активность рибозима увеличилась в 90 раз. Для этого потребовалось всего 500 циклов инкубации и разбавления. Концентрация субстрата была снижена к концу эксперимента в 20 раз по сравнению с исходной.
Поскольку часть реакционной смеси изымалась из установки в конце каждого цикла, исследователи имели возможность в деталях проследить эволюцию подопытной популяции рибозимов. Выяснилось, что 90-кратный рост эффективности фермента произошел благодаря последовательному закреплению 11 мутаций. Авторы изучили влияние каждой из них по отдельности. Оказалось, что 11 мутаций подразделяются на четыре функциональные группы, каждая из которых имеет свои особенности. Три из четырех групп повышают эффективность рибозима сами по себе, независимо от наличия или отсутствия других мутаций. Четвертая группа сама по себе не увеличивает, а в два раза уменьшает эффективность рибозима, однако в сочетании с другими мутациями она оказывает положительный эффект. Это яркий пример эпистаза.
Авторы исследования оптимистично заключают, что в недалеком будущем получить новый рибозим методом искусственной эволюции будет не труднее, чем запустить компьютерную программу.
Происхождение многоклеточных
Появление многоклеточных — типичный пример крупного эволюционного преобразования путем объединения множества простых репликаторов (в данном случае — клеток) в один комплексный.
В истории земной жизни многоклеточность возникала много раз. Помимо «настоящих» многоклеточных организмов (которых мы считаем настоящими исключительно задним числом, в ретроспективе, потому что из них «вышел толк») эволюция породила разнообразные ассоциации взаимосвязанных клеток, сформированные на базе бактерий и одноклеточных эукариот. Последние могут быть колониальными в течение всего жизненного цикла, как, например, шарик вольвокса, а могут превращаться в многоклеточный организм только по необходимости, как это происходит у амеб Dyctiostelium[62] при недостатке пищи.
По-видимому, «настоящая» (эволюционно перспективная) многоклеточность может получиться только на базе эукариот и только из клеток, обладающих единообразным геномом. Предположим, что эукариотическая клетка уже существует. Каким образом она превращается в многоклеточный организм? Что делает из законченного эгоиста, каковым является одноклеточный организм, совершенного коллективиста — представителя слаженного ансамбля клеток многоклеточного, в котором возможность размножаться оставлена только избранным? Для этого необычайного превращения клеткам сначала нужно перестать расходиться после деления. Затем следует дифференциация функций и структуры.
Почему клетки перестают расходиться? Одним из факторов отбора «на многоклеточность» могут быть хищники. Например, одноклеточная зеленая водоросль хлорелла формирует восьмиклеточные конгломераты, если хлореллу активно выедают жгутиконосцы. Увеличивая свой размер, водоросли защищаются от истребления.
Американским микробиологам из Миннесотского университета удалось проследить в ходе эволюционного эксперимента процесс превращения отдельных клеток дрожжей в многоклеточные ассоциации (Ratcliff et al., 2012).
Культуру дрожжей рассадили в десять пробирок. В каждой из десяти линий вели отбор на многоклеточность, ежедневно пересаживая самую нижнюю фракцию культуры. Рецепт такой: сначала взболтать, потом дать постоять 45 мин, все слить, оставив для пересаживания нижние 10 мл с клетками. Клеточные агрегаты тяжелее одиночных клеток, поэтому они осаждаются быстрее. Постепенно в нижней части взвеси доля клеточных агрегатов становилась все выше. В результате отбора во всех пробирках через два месяца вырастали преимущественно клеточные агрегаты. Ученые назвали получившийся фенотип «снежинками». Действительно, клеточные агрегаты хоть и не могли похвастаться изяществом настоящих снежинок, но демонстрировали центральную симметрию и имели разветвленные выросты, так что вполне соответствовали новому имени. Новообразование оказалось стабильным: когда отбор на многоклеточность прекратили (теперь клетки пересаживали в новую среду из хорошо перемешанного раствора), дрожжи все равно формировали фенотип снежинок.
Снежинки сформировались за счет того, что клетки перестали расходиться после деления. Самое интересное, что у многоклеточных дрожжей появился даже собственный способ бесполого размножения. Достигая определенного размера, кластер отделяет многоклеточного потомка. Дочерний кластер по диаметру меньше родительского в 3–5 раз. Клеточные агрегаты начали размножаться как целостные объекты, а ведь это один из главных признаков, отличающих многоклеточный организм от сообщества одноклеточных.
Правила игры в дочки-матери эволюционировали вместе с размером кластеров. Чем больше кластер, тем хуже питаются центральные клетки и, следовательно, тем медленнее кластер растет. Значит, число его потомков станет уменьшаться по мере увеличения кластеров. Вместе с тем увеличение числа потомков есть наинасущнейшая задача любого организма. Значит, новому многоклеточному организму нужно изобрести способ одновременно быстро расти и оставлять много потомков. В ходе отбора этот способ был найден: увеличить число клеток, подвергающихся апоптозу, т. е. клеточному самоубийству. Отмершие клетки становятся слабым звеном в системе клеточных связей, облегчая отделение дочерних кластеров. Апоптоз — явление, обычное для дрожжей, но здесь оно приобрело новое значение. В результате у многоклеточных дрожжей появилось своеобразное разделение функций: часть клеток размножается, а часть жертвует возможностью оставить собственных потомков и отмирает во благо остальных.
Естественный отбор в природе и в лаборатории
Действие отбора изучают не только в лабораторных экспериментах, но и в ходе многолетних наблюдений в природе. Первый подход позволяет контролировать условия среды, выделяя из бесчисленного множества реальных жизненных обстоятельств отдельные направляющие факторы. Но условия в эксперименте всегда упрощены и идеализированы. Из-за этого возникает опасность упустить что-то важное.
Например, в лабораторных экспериментах на рыбках гуппи было показано, что при усилении пресса хищников отбор ведет к замедлению старения у жертв. Наблюдения за теми же рыбками в природе выявили противоположную картину: там, где много хищников, гуппи стареют быстрее. По-видимому, несоответствие возникло из-за того, что в лаборатории рыбки меньше страдали от болезней и паразитов, чем в природе. В результате суммарный баланс векторов отбора оказался другим[63].
Еще один пример: в лабораторных экспериментах по выработке устойчивости к инсектицидам у насекомых обычно возникает полигенная (зависящая от множества генов) устойчивость, тогда как в природе аналогичный эффект бывает связан с изменениями в одном или немногих генах. В данном случае, скорее всего, сказываются различия в численности популяций. Природные популяции заведомо больше лабораторных, и поэтому в них чаще появляются очень маловероятные удачные мутации с сильным эффектом. Ну а маленьким лабораторным популяциям приходится эволюционировать за счет накопления множества мутаций со слабым эффектом (Reznick, Ghalambor, 2005).
Второй подход, основанный на длительных наблюдениях за популяциями в природе, может дать потрясающие результаты, но он трудоемок и требует терпения и мужества. Яркий пример научного героизма — 30-летнее изучение эволюции галапагосских вьюрков, проведенное Питером и Розмари Грант (Grant, Grant, 2002). Супруги Грант в деталях проследили, как вслед за изменениями климата и растительности меняется характер отбора, действующего на два вида вьюрков, и как это отражается на форме клюва и размере тела птиц. Полученные Грантами результаты сразу попали в разряд классических. Но далеко не каждый биолог способен даже ради такого выдающегося достижения полжизни просидеть на Богом забытом тропическом островке вдали от благ цивилизации.
Впрочем, дело можно ускорить, если есть возможность прямо в природе манипулировать факторами отбора, а не ждать, пока среда изменится сама. По этому пути пошли Райан Колсбик и Роберт Кокс из Дартмутского колледжа (США), изучающие эволюцию ящериц анолисов (Calsbeek, Cox, 2010). Род Anolis претерпевает в наши дни бурную адаптивную радиацию[64] и сегодня включает почти 400 видов, распространенных в Северной и Южной Америке и на островах Карибского бассейна. На разных островах эти ящерицы эволюционируют параллельно, давая сходные спектры видов (мы подробнее поговорим о таких явлениях в главе 6). Эволюцию анолисов изучают уже много лет, что позволило выявить ряд закономерностей. Например, известно, что длина конечностей у анолисов влияет на скорость лазания по растениям с разной толщиной стеблей, а крупные размеры тела характерны для тех видов, которым приходится драться за ресурсы и территорию.
Считается, что на эволюцию анолисов, обитающих на материке, решающее влияние оказывают хищники, тогда как островные популяции эволюционируют в основном под действием внутривидовой конкуренции. Об этом свидетельствуют такие черты материковых популяций, как низкая плотность, изобилие пищевых ресурсов, раннее половое созревание, слабый половой диморфизм и высокая смертность взрослых ящериц. Все это — типичные признаки популяций, находящихся под сильным прессом хищников.