Система Вестфальских договоров гарантировала всем подданным империи возможность сохранять и исповедовать свою веру. Если правитель переходил из одного вероисповедания в другое, он имел право ввести его при своем дворе, а также разрешить новое богослужение перешедшим вместе с ним в новую конфессию христианским общинам. Однако правитель должен был оставить неприкосновенным церковное устройство страны в целом.
Эти новшества вызывали недовольство у римских пап, глав некоторых католических государств и представителей католической иерархии. Папа Иннокентий X (1644–1655) выступил с протестом и осуждением религиозных аспектов Вестфальского договора. В посвященной этому булле «Zelo domus dei» он объявил договор «недействительным и ничтожным», но никаких политических последствий этот демарш папы не имел.
Оценка роли и места католической церкви в Европе должна быть далеко не однозначной. Кризисные явления и утрата католицизмом своих позиций были лишь одной из сторон вопроса. Одновременно велась огромная работа по обновлению различных сфер церковной жизни, претерпевавшей период качественных изменений. Католицизм оборонялся при помощи католической реформы и Контрреформации. Религия, политика и экономика были здесь настолько тесно и сложно переплетены, что разделить их иногда просто невозможно. Католицизм использовал в ходе Контрреформации такие методы, как инквизиция, ужесточение цензуры и публикация «Индекса запрещенных книг», апелляция к светским католическим правителям, издание апологетических трудов, совершенствование методов пропаганды. Бесспорным лидером и движущей силой Контрреформации стал созданный в 1540 г. орден иезуитов. Одним из аспектов Контрреформации была миссионерская деятельность католиков за пределами европейского континента. С этой целью в 1622 г. была создана Конгрегация пропаганды веры. Это «министерство по делам миссий» с самого начала планировало свою деятельность в масштабах всего мира.
Одновременно с Контрреформацией римско-католическая церковь проводила католическую реформу, центральное место в которой занимает Тридентский собор 1545–1563 гг. Его участникам удалось выработать целый ряд новых догматических положений и определений, уточнить и скорректировать уже существовавшие формулировки. На решения собора значительное влияние оказывала протестантская реформация, поэтому они отмечены антипротестантской направленностью. Собор осудил протестантские учения об оправдании одной верой и о Священном писании как единственном источнике истины. Были осуждены предложения об отказе от целибата (безбрачия) священников, о причастии под двумя видами и т. д. Некоторые новые элементы церковной практики были осуждены лишь потому, что они использовались протестантами: например, богослужение на национальном языке. Собором были приняты решения об укреплении церковной дисциплины, о регламентировании и унификации литургии, о развитии теологических исследований, о цензуре и повышении эффективности пропаганды, о евангелизации и миссионерской деятельности. Одним из решений, имевшим далеко идущие последствия для церкви, было решение о создании сети новых учебных заведений и систематической подготовке кадров священников.
Принятая собором программа реформы римско-католической церкви была столь широкой, а трудности ее претворения в жизнь столь большими, что ее реализация продолжалась еще в XVIII в. После разработки правил реализация декретов и решений собора были опубликованы «Римский катехизис», «Римский бревиарий» (служебник католического духовенства) и «Римский миссал» (тексты для мессы, молитвы и песнопения). Был утвержден единый текст для мессы и запрещены любые формы литургии, использовавшиеся в католической церкви менее 200 лет. Папа Григорий XIII (1572–1585) реформировал календарь, использовав данные астрономии, и перешел с юлианского на григорианский стиль.
Практическая реализация решений собора в отдельных странах во многом зависела от желания и интересов их правителей, поэтому она протекала везде по-разному. Разбуженные и экзальтированные Реформацией антипапистские, антиримские тенденции усиливались действиями монархов. Европейские государи стремились добиться максимальной независимости от Рима. Так, во Франция решения Тридентского собора даже опубликованы были лишь в XVII в.
История католической церкви Франции показывает, насколько сложны и противоречивы были отношения между папой, королем, французским епископатом и светскими властями. При Людовике XIV своего апогея достигло религиозно-светское движение галликанства, уходившее корнями в XIII в. Его сторонники добивались особого статуса французской церкви в рамках католической церкви и доказывали свои права на бблыпую автономию по отношению к папе. Существовали политическое (королевское и парламентское) и церковное (епископское) галликанство. Иногда политическое и церковное направления объединялись (если, например, Людовик XIV ссорился с папой), иногда разделялись (если Людовик XIV искал себе поддержку в духовном авторитете папы). По настоянию Кольбера епископом Боссюэ была составлена четырехстатейная Декларация галликанского духовенства, в первой статье которой подтверждалась независимость королей в светских делах от церковной юрисдикция. Во второй статье напоминалось о том, что, согласно декретам собора в Констанце, над авторитетом папы стоит авторитет вселенского собора. В третьей — подтверждалась значимость традиционных свобод и канонов галликанской церкви. Четвертая статья определяла, что декреты римского папы по вопросам веры вступают в силу лишь после их одобрения французской церковью. В 1682 г. «Декларация 4-х статей» была одобрена и принята Национальной ассамблеей французского духовенства. Людовик XIV встал на защиту своих прелатов. Папа Иннокентий XI не мог одобрить притязания французской церкви, но не стал и официально осуждать декларацию из-за боязни вызвать раскол. Папа в ответ отказался утвердить назначенных Людовиком XIV 35 галликанских епископов. В результате конфликта все эти епархии несколько лет оставались без утвержденных Римом прелатов, пока король не отступил, заверив папу, что галликанская декларация не будет применяться на практике.
Людовик XIV, действуя по принципу «Один Бог, один король, один закон, одна вера», при активной поддержке католического духовенства стал все более ограничительно толковать Нантский эдикт для того, чтобы заставить протестантов принять католицизм. Жесткие репрессивно-ограничительные меры вынудили многих протестантов превратиться в «новых католиков». В 1685 г. Людовик XIV, принимая желаемое за действительное, счел, что протестантов во Франции уже нет, и отменил Нантский эдикт, предписав своим подданным исповедовать только католическую веру.
Идейные споры в рамках католической реформы привели к возникновению в XVII в. янсенизма, получившего особое распространение во Франции. Янсенизм иногда называют континентальным отражением английского пуританизма; его основными темами являлись греховность человеческой природы, милость Бога, от которой зависит спасение, и предопределение. Толкование янсенистами последнего очень близко к кальвинистскому. Янсенистские споры и конфликты то затухали, то вновь разгорались в течение XVII и XVIII вв.
Фламандский епископ Корнелиус Янсений (1585–1638), который был профессором в Лувене, в книге «Августин» (опубликована после его смерти, в 1640 г.) выступил с отрицанием догмата о свободе воли и защитой идеи предопределения. Он учил, что обращение приходит через благодать, которая является неотвратимой и которую не может познать рассудок. Янсений доказывал, что человеческая природа порочна, поэтому спасение доступно лишь немногим избранным и зависит только от милости Бога. Воззрения Янсения широко распространились среди благочестивых французов. Расположенный неподалеку от Парижа монастырь Пор-Рояль стал центром янсенизма. У янсенистов были сторонники среди французского епископата и клира, докторов теологии и рядовых верующих, среди парламентариев и влиятельных особ королевского двора. В защиту янсенистов в середине XVII в. выступал знаменитый математик Блез Паскаль, который принял это учение и был тесно связан с монастырем Пор-Рояль, где его сестра Жаклина была монахиней.
В 1653 г. папа Иннокентий X осудил учение янсенизма. Папа Климент IX (1667–1669) потратил много сил на споры с янсенистами, которые пошли на компромисс, и было достигнуто временное перемирие.
Нападки иезуитов на учение Янсения были связаны с отстаиванием им внутренней религиозности человека и отрицанием обязательности спасения через угодные католической церкви «добрые дела». По сути спор шел между двумя концепциями христианской жизни: одну отстаивали янсенисты, другую — иезуиты. Янсенисты выступали за суровый, аскетический образ жизни при страстной вере в Бога. Они добивались усилении роли низшего клира и мирян в жизни церкви, многие из них ратовали за использование на литургии французского языка вместо латыни. Янсенисты и их сторонники активно выступали с критикой казуистики и иезуитской морали, оправдывавшей любые действия, совершаемые «на благо» католической церкви. Поскольку вопреки воле французского короля часть епископата и теологов Сорбонны поддерживала янсенистов, это еще больше осложняло отношения французской церкви с Римом.
Новый лидер янсенистов, ораторианец П. Кенель, в 1693 г. выпустил «Новый завет с моральными размышлениями», который не вызвал негативной реакции ни в Риме, ни в Париже. Однако после выхода в свет в начале XVIII в. его следующей книги «Одна проблема совести», в которой он выразил сомнение в априорной непогрешимости любого решении церкви для каждого конкретного случая, разразился скандал. Позицию Кенеля поддержали доктора Сорбонны, часть французского епископата и парламентарии. Ни увещевании, ни угрозы не помогали, и Людовик XIV обратился за помощью к римскому папе. По просьбе короля папа Климент XI (1700–1721) издал в 1705 г. буллу, в которой осуждались тезисы Кенеля о приоритете права совести верующего. Однако булла вызвала возражения у части французского епископата, которая отказалась ее принимать. Тогда Людовик XIV начал прямые репрессии против янсенистов. Часть епископов и богословов заставили отказаться от своей позиции, наиболее строптивых отправили в тюрьмы, отстранили от занимаемых мест. Монастырь Пор-Рояль был расформирован, и по указу короля в 1709 г. сами его здания были разрушены. Поскольку часть французских янсенистов нашла убежище в Нидерландах, то их стали представлять политическими противниками Франции.