Тем временем иезуиты отыскали янсенистскую крамолу и в первой книге Кенеля, и по их ходатайству папа передал ее на рассмотрение специальной комиссии. Итогом этого стала булла Климента XI «Unigenitus», опубликованная в 1713 г. В этой булле папа осудил все теологические тезисы Кенеля. Одновременно были осуждены призывы янсенистов вернуться к раннехристианской церкви и предоставить всем христианам право самостоятельно читать и толковать Библию.
Однако и эта папская булла не была безоговорочно принята французским епископатом. Часть духовенства потребовала для решения этого вопроса созвать вселенский собор. Французский клир разделился на тех, кто подчинился церковной дисциплине и принял буллу, и тех, кто ее не принимал и требовал созыва собора. В 1718 г. новой буллой папа осудил сторонников созыва собора и под угрозой отлучения вновь потребовал признать буллу «Unigenitus». Попытки разрешить вопрос с помощью репрессивных мер со стороны королевской власти и церковной иерархии не могли утихомирить страсти. В правление Людовика XV были найдены компромиссные решения. К середине XVIII в. и сам янсенизм начал вырождаться, однако янсенистские споры продолжались (постепенно затухая) до конца XVIII в.
В Нидерландах янсенизм привел к расколу церкви. После Реформации, уничтожившей большинство католических епархий, голландская церковь управлялась апостолическим викарием с резиденцией в Утрехте, который благодаря этому сохранил ранг архиепископства. В начале XVIII в. апостолический викарий перешел на позиции янсенистов и официально заявил об их поддержке. Папа низложил его, но голландский епископат отказывался принимать новых назначавшихся папой апостолических викариев. Генеральные Штаты, враждебно настроенные к папскому престолу, поддерживали голландское янсенистское духовенство. Кафедра оставалась вакантной 20 лет, а в 1723 г. голландский епископат сам назначил архиепископа Утрехта. Рим не одобрил этот выбор, как не одобрил и следующего избранника. Но голландский клир оставался на позициях янсенизма. В 1763 г. был проведен национальный собор: утрехтская церковь признала верховенство папы, осудила некоторые тезисы янсенистов, но отказалась признать буллу «Unigenitus». Попытки папы Климента XIV преодолеть раскол успеха не имели. Позднее янсенистская церковь объединилась с голландскими старокатоликами.
Основными оппонентами янсенистов были иезуиты, всегда находившиеся в центре не только теологических, но зачастую и светских споров. «Черные гвардейцы» папства были основной движущей силой Контрреформации. Они завоевали сильные позиции в сфере образования, вели издательскую деятельность, активно и плодотворно занимались иностранными миссиями, участвовали во всех теологических спорах и дискуссиях, отстаивая интересы папства. Во многих католических странах члены «Общества Иисуса» были духовниками и советниками монархов. Искусные дипломаты и хитрые политики, не гнушавшиеся никакими средствами для достижения поставленных орденом целей, иезуиты во многом способствовали восстановлению и укреплению подорванных Реформацией позиций католической церкви в европейских странах. Именно иезуиты приложили много стараний для того, чтобы использовать в интересах церкви достижения гуманитарных наук и культуры XVII в.
Золотое время переживала казуистика и полемическое богословие. Иезуиты в своих трактатах путем всевозможных толкований и логических ухищрений умудрялись оправдывать практически любое действие, вплоть до убийства, совершенное в интересах католической церкви.
Амбиции ордена иезуитов вызывали сначала отдельные опасения, а затем растущую оппозицию во многих европейских странах. Усиление позиций иезуитов в сфере образования вызывало недовольство университетских докторов теологии и епископата. Сами короли с опаской смотрели на рост могущества иезуитов. Возникали конфликты даже непосредственно с папским престолом. Папа Бенедикт XIV (1740–1758) часто жаловался приближенным на упрямство и неповиновение иезуитов. Папе пришлось напоминать генералу ордена о канонических правилах. Бенедикт XIV запретил иезуитам заниматься коммерцией и участвовать в работорговле.
Во второй половине XVIII в. недовольство орденом охватило несколько королевских дворов, царствующих династий и широкие круги аристократии. Против иезуитов объединились янсенисты и сторонники галликанства, духовенство и философы, энциклопедисты и масоны. Раздались первые требования о ликвидации «Общества Иисуса».
Преследования иезуитов начались в Португалии, где орден активно выступал против политического курса, проводившегося министром Помбалом. Последний развернул активную кампанию борьбы с иезуитами, особенно после того, как в 1756 г. стал премьер-министром и фактическим правителем государства. Часть монастырей была закрыта, а принадлежавшие им земли переданы государству.
После покушения на короля Португалии Жозе I в 1758 г. иезуитам было предъявлено обвинение в организации широкого антикоролевского заговора. В 1759 г. на этом основании многие португальские иезуиты были отправлены в тюрьмы, а остальные вывезены из страны морем и высажены на берега Папской области.
Новая гроза разразилась над иезуитами уже во Франции в 1760 г. Против иезуитов объединились все, кто выступал за ограничение власти папы и видел в них основную опору папства. Предлогом стало дело иезуита Лавалетта, владельца большого торгового дома на Мартинике. Он оказался разорен, объявил о банкротстве и неспособности выплатить задолженность в 3 млн ливров. Кредиторы, марсельские купцы, подали в суд, предъявив претензии непосредственно ордену. Орден, исключив отца Лавалетта из своих рядов, отказался брать долг на себя. Но иезуиты проиграли судебный процесс сначала в Марселе, а затем в Париже. Судебное разбирательство накалило страсти — общественность Франции с радостью и злорадством встретила приговор.
Вскоре началось еще одно судебное разбирательство — иезуитов обвинили в том, что их внутренние правила противоречат законам Франции, что в своих трудах и в учебных заведениях они распространяют пагубные для Франции идеи. В 1761 г. некоторые книги иезуитов были запрещены, французским подданным запретили вступать в орден, а самим иезуитам — вести преподавательскую деятельность. Однако король приостановил вступление в силу этого приговора на один год.
Попытки иезуитов и их сторонников использовать передышку были безуспешны. В 1762 г. в Руане вынесли первый приговор об упразднении ордена иезуитов: их обвинили в пропаганде извращенной морали и доктрины, в том, что они создают государство в государстве. Другие провинциальные парламенты высказались менее радикально — орден был запрещен не везде. Окончательное решение было за королевским советом. Людовик XV долго колебался, нов 1764 г. подписал эдикт о запрете «Общества Иисуса» во Франции. После этого конгрегация иезуитов во Франции распалась, хотя они и не были высланы из страны. Иезуитам было разрешено вести ограниченную проповедническую деятельность под надзором местного епископа галликанской церкви.
После того как орден потерял французскую и португальскую ветви, папа Климент XIII в булле «Apostolicum pescendi» от 1765 г. дал обществу новую апробацию и попытался опровергнуть выдвигавшиеся против иезуитов обвинения. Стремление папы спасти орден успеха не имело. Против «Общества Иисуса» выступила даже католическая Испания, где Карл III ограничил сферу активности иезуитов как в самой стране, так и в ее американских колониях. Они были смещены с высоких должностей, а два года спустя, в 1767 г., все иезуиты были арестованы и депортированы в Папскую область. Уже затем был издан ордонанс о запрете ордена. Аналогичные действия были предприняты в Неаполе сыном Карла III Фердинандом IV. В 1768 г. под предлогом столкновения с папским престолом из-за предпринятых церковных реформ герцог Пармский, внук Людовика XV и племянник испанского короля Карла III, изгнал орден из своих владений.
В ответ на эти действия папа Климент XIII направил представителям Бурбонской династии увещевательное послание, которое их возмутило. Поскольку герцог Пармский был вассалом папы, Климент XIII объявил о лишении его власти, что еще более раззадорило Бурбонов. Франция и Неаполь перешли к активным наступательным действиям, напав непосредственно на папские владения: Франция заняла Авиньон, Неаполь начал осаду Понтекорво и Беневенто.
После смерти Климента ХIII Франция и Испания постарались посадить в Риме послушного им первосвященника. Еще на конклаве францисканец Ганганелли, избравший после вступления на папский престол имя Климента XIV, передал испанскому кардиналу записку, в которой писал, что с точки зрения канонического права упразднение иезуитского ордена возможно, отметив, что мир папского престола с европейскими державами дороже ордена иезуитов. Вскоре после избрания Климент XIV дал более определенные обещания на этот счет, но с принятием решения медлил. Его попытки умилостивить Бурбонов потерпели провал, и в 1773 г. опубликованием бреве «Dominus ас redemptor» Климент XIV упразднил орден.
Иезуитам предписывалось перейти в другие ордена, либо подчиниться местным церковным властям и по предписанию епископа отправиться в любое назначенное им место для выполнения пастырских обязанностей. По требованию европейских государей, генерал ордена иезуитов Риччи, его помощники и некоторые члены ордена были арестованы с целью воспрепятствовать возможным попыткам восстановить орден. Большинство иезуитов подчинилось решению папы. После этого орден просуществовал еще три года в Польше и в прусской Силезии под защитой Екатерины II и Фридриха II. Новый папа Пий VI (1775–1799) благосклонно закрывал на это глаза. В 1775 г., после смерти Риччи, судебный процесс, начатый против арестованных иезуитов, был прекращен.
Упразднение ордена иезуитов было результатом объединенных усилий прежде всего глав католических европейских держав. «Просвещенные» монархи навязали свою волю переживавшему период упадка политического влияния папскому престолу. Папство показало себя полностью зависимым от европейских правителей, во имя мира с которыми глава римско-католической церкви пожертвовал своим самым действенным орудием и самой надежной опорой.