Вторую группу составили «определенные» архиерейские дома и монастыри. Вотчины большинства из них делились на две части: с одной части доходы шли на содержание монастыря или архиерейского дома, эти вотчины и доходы с них стали называться «определенными», управление ими было возвращено их владельцам; с другой части вотчин доходы поступали в Монастырский приказ, эти доходы и вотчины получили название «заопределенных», и непосредственное управление ими по-прежнему оставалось в руках Монастырского приказа. У небольшой части «определенных» владельцев вотчины не делились на указанные две части, и «заопределенные» суммы брались из их общих доходов. «Определение» продолжалось до 1710 г., всего было «определено» 11 архиерейских домов и 60 монастырей, большая часть которых находилась в центре страны. По своим размерам и доходам это были крупнейшие феодалы.
Таким образом, на втором этапе реформы из-под управления Монастырского приказа были выведены все церковные владения окраинных епархий, в других епархиях — маловотчинные монастыри и архиерейские дома, а также «определенные» вотчины «определенных» владельцев. В итоге пределы ведомства Монастырского приказа резко сократились, в его непосредственном подчинении остались только «заопределенные» вотчины «определенных» монастырей и архиерейских домов. Если дать оценку происшедшим изменениям, то можно сказать, что на втором этапе церковной реформы правительство отступило от политики полной секуляризации церковных владений и перешло на позиции частичной их секуляризации. Главная причина такой переориентации была в том, что правительство убедилось в невозможности иметь какие-то доходы с маловотчинных духовных владельцев. Как и в первые годы реформы, оно получало теперь с церкви примерно 100 000 руб. в год.
Помимо сказанного, в это время происходит и еще одно очень важное событие. В конце второго этапа реформы Петр I приходит к мысли о необходимости реорганизации высшего управления церкви, точнее, о ликвидации патриаршества и замене его Духовной коллегией. В 1718 г. царь поручает видному церковному деятелю, псковскому архиепископу Феофану Прокоповичу подготовить особый документ, получивший название «Духовный регламент», в котором бы давалось обоснование намечавшемуся преобразованию и одновременно излагались функции и задачи нового органа высшей церковной власти.
На 1720–1721 гг. падает третий этап церковной реформы. Именно, указом от 17 августа 1720 г. закрывается Монастырский приказ, а указом 6 октября 1720 г. устанавливалось, что «заопределенные» вотчины, которыми ведал Монастырский приказ, возвращаются в управление их владельцев, но положенный с них «оклад Монастырского приказа», т. е. так называемого «заопределенные» сборы, должны поступать в государственную казну. Таким образом, с этого времени все земельные вотчины возвращались в управление их владельцев, однако часть доходов с них стала изыматься в пользу государства.
25 января 1721 г. Петр I издает манифест о ликвидации патриаршества и замене его Духовной коллегией, а также об утверждении «Духовного регламента». Духовная коллегия, как и другие коллегии этого времени, состояла из 11 членов во главе с президентом, которым стал бывший местоблюститель патриаршего престола Стефан Яворский, все остальные члены коллегии также должны были быть духовными лицами. Спустя два дня члены коллегии, как и другие государственные чиновники, приняли присягу на верность и послушание царю, признавая в нем «крайнего судию Духовной сей коллегии», т. е. свою полную зависимость от монарха. В манифесте и введении к регламенту дается обоснование реформы высшего управления церковью. Простой народ, видя честь и славу, которыми окружен патриарх, может прийти к мысли, что «есть то второй государь, самодержцу равносильный». А этим могут воспользоваться люди, замышляющие недоброе против царя. Да и сами патриархи выступали против монархов, начиная с древнейших времен и кончая «у нас бывшими замахами» (явный намек на патриарха Никона, который попытался возвыситься над царем Алексеем Михайловичем). Как видим, главной целью реорганизации было укрепление абсолютистской самодержавной власти, которая не могла терпеть «замахов» на нее со стороны патриарха и высшего духовенства, стремилась сделать церковь послушной исполнительницей воли царя.
14 февраля 1721 г., в день открытия Духовной коллегии, она была переименована Петром I в «святейший правительствующий Синод», которому было поручено и управление церковными вотчинами. Эти изменения сделали Синод, высший орган церковного управления, более представительным учреждением, чем должна была быть Духовная коллегия, и в известной степени приравнивали его к Сенату. Но, с другой стороны, Синод вскоре ставится в еще большую зависимость от царской власти. Это выразилось в том, что в 1722 г. должность президента Синода, назначаемого из духовенства, ликвидируется, и вместо него Синод должен был возглавляться обер-прокурором из офицеров. Обер-прокурор осуществлял полный контроль над Синодом и непосредственно подчинялся царю.
Синод стал высшим государственным органом по управлению делами православной церкви. Он назначал на духовные должности, истолковывал христианские догматы, вел борьбу с различного рода «ересями» и отступлениями от официального вероучения, обладал судебными правами в делах веры, брака и по некоторым преступлениям духовенства. На него возлагались также задачи по «исправлению духовного чина» с тем, чтобы поднять его авторитет и тем самым усилить идеологическое влияние церкви на народ.
Четвертый и последний этап реформы приходится на 1721–1725 гг. Для него характерно стремление Петра I ввести в монастырях и архиерейских домах строго определенные штаты. Для этого велась большая подготовительная работа, собирались последние данные о хозяйственном состоянии церковных вотчин, были изданы некоторые распоряжения о нормах штатов. Однако из-за смерти Петра I в январе 1725 г. его намерения не были осуществлены.
Таково содержание и этапы церковной реформы, проведенной Петром I в 1701–1725 гг. Она была задумана в целях использования церковных богатств в интересах государства, для чего в начале реформы была проведена фактически полная секуляризация духовных вотчин. Однако, как оказалось, значительное число духовных владельцев получало небольшие доходы, которые не могли стать источником пополнения государственной казны. Поэтому правительство постепенно отходит от своего первоначального замысла, и реформа заканчивается частичной секуляризацией церковных доходов или их изъятием в пользу государства. Но и этот результат следует признать весьма важным, поскольку это была по существу первая реальная секуляризация церковных богатств с тех пор, как этот вопрос был поставлен двести лет тому назад, в конце XV — начале XVI в. Еще большее его значение в том, что церковь так и не оправилась от этого удара. Вопрос о «заопределенных» вотчинах и доходах с них, поступавших в казну, и вообще о церковных крестьянах уже не сходил больше с повестки дня всех последующих правительств, пока не закончился решением о полной секуляризации в 1764 г. Другой важный результат — реорганизация высшего церковного управления, ликвидация патриаршества и замена его государственным учреждением — Синодом.
Все это, безусловно, сильно подорвало экономические и политические позиции церкви и поставило ее в бóльшую зависимость от абсолютизма, чем это было прежде. Однако вопреки мнению некоторых историков она еще не стала полной служанкой государства, о чем с несомненностью свидетельствует последующая история церкви.
Следующий важный период во взаимоотношениях церкви и государства — середина 20-х — 50-е годы XVIII в. Сразу после смерти Петра резко обострилась борьба светской власти и духовенства. Один из руководителей Синода, его вице-президент и новгородский архиепископ Феодосий Яновский, открыто выступил против церковной реформы. Он требовал возвращения к прежним порядкам, в частности восстановления права церкви на полное распоряжение церковными доходами. Несомненно, что он отражал настроения значительной части духовенства, особенно высшего. Однако эта вспышка протеста была быстро подавлена, Феодосий лишен сана архиепископа, разжалован в монахи и сослан в отдаленный Корельский монастырь.
Как бы в ответ на это выступление правительство предпринимает меры, которые должны были усилить контроль светской власти за духовенством, особенно за его вотчинами. С этой целью указом от 12 июля 1726 г. Синод был разделен на два департамента. Первый департамент получил название «Духовного соборного правительства», но практически сохранил название «Синод». Он должен был ведать только религиозными делами (вопросы веры, христианской нравственности и т. п.) и мог непосредственно сноситься с Верховным тайным советом, которому представлял и финансовые отчеты. Второй департамент стал называться «Коллегия экономии синодального правления», он призван был управлять вотчинами духовенства и решать судебные вопросы. По своим делам он должен был входить с донесениями в Сенат.
Проведенная реорганизация, бесспорно, подорвала положение Синода и, следовательно, духовенства. Если раньше Синод имел право непосредственного сношения с монархом и подчинялся только ему, то теперь он ставился в подчиненное положение к Верховному тайному совету, являвшемуся совещательным органом при царе. Коллегия экономии, ведавшая экономическими делами, хотя формально и входила в Синод, но практически уже больше зависела от Сената. В итоге, можно сказать, светская власть усилила свое влияние на церковь.
Но борьба на этом не закончилась. В 1726–1730 гг. церковь приняла участие в противоборстве новой знати, возвысившейся при Петре I и выражавшей интересы основной массы дворянства, и старой родовитой аристократии, стремившейся к олигархическому правлению и ограничению абсолютистской власти. На стороне этой аристократии выступала и церковь. Вначале, при Петре II, ей удалось достичь определенных успехов. В частности, в составе Синода ведущее положение заняли представители духовенства, жаждавшие восстановления в церкви старых дореформенных порядков. Однако в борьбе, развернувшейся в начале 1730 г. в связи с избранием на престол Анны Ивановны, «верховники», стремившиеся к ограничению ее власти, и негласно поддерживавшая их церковная верхушка потерпели поражение. Вследствие этого в Синоде вновь оказались наверху сторонники петровских преобразования. Несколько позднее правительство Анны Ивановны наносит еще один удар по церкви. Воспользовавшись тем, что на церковных крестьянах накопились большие недоимки по сборам, оно обвинило в этом Синод, в 1738 г. изъяло из его ведения Коллегию экономии и передало ее в полное подчинение Сенату.