Будучи личностью незаурядной, волевой и энергичной, Никон все же не смог одержать верх в борьбе против царя. Его позиция отражала исторически обреченный запоздалый всплеск претензий духовной власти на приоритет перед светской. Царю удалось добиться победы при поддержке зарубежных патриархов, которые осудили своего собрата и лишили его высшего церковного сана. Конечно, дело было не столько в личных качествах Алексея Михайловича, сколько в существенных изменениях во внутриполитической и международной обстановке, в которой протекал конфликт царя и патриарха. Крушение Никона стало важным этапом на пути утверждения абсолютизма в России. Оно в известной степени подготовило радикальный шаг Петра I, связанный с фактическим упразднением патриаршества в 1700 г.
На эволюцию государственной надстройки указывали и другие перемены в России второй половины XVII в., имеющие отношение к сфере управления. В стареющей системе центральных органов — приказов возникает орган с необычайными функциями, выводящими его за рамки компетенции Боярской думы или какого-либо иного государственного учреждения. Речь идет о Приказе тайных дел, учреждение которого относится к 1654 г. Сущность деятельности нового приказа, согласно Котошихину, состояла в том, чтобы «его царская мысль и дела исполнились все по его хотению, а бояре б и думные люди о том ни о чем не ведали». Служащие приказа рыскали по стране и докладывали царю о состоянии умов, злоупотреблениях администраторов. «И те подьячие, — писал тот же автор, — над послы и над воеводами подсматривают и царю, приехав, сказывают». Притом Приказ тайных дел пользуется особым положением и доверием царя, «и в тот приказ бояре и думные люди не входят и дел не ведают, кроме самого царя».
Такое обособление личной канцелярии царя с функциями контрольно-полицейского характера говорило о многом. Приказ активно занимался проведением сысков не только по делам светского характера, но и по религиозным, почитавшимся особо одиозными (раскол). Важной отраслью ведения нового учреждения было личное царское хозяйство, поставленное на широкую ногу. Это также свидетельствовало о том, что происходит мобилизация материальных и денежных ресурсов короны с целью укрепления ее независимого положения. Той же цели служила финансовая политика царизма, когда казна объявила монополию на некоторые ходовые в зарубежной торговле товары (поташ, пеньку, сало и др.). Это приносило большие доходы. Есть основания считать, что так называемая «кабацкая» реформа 1652 г. (сокращение производства и продажи вина) была вовсе не актом «морального» порядка, а скорее одной из мер расширения хлебной торговли казны.
Попыткой в какой-то мере согласовать деятельность громоздкого и неслаженного аппарата центрального управления служило учреждение особого Счетного приказа, призванного координировать финансовую деятельность приказов. Известно, что почти все центральные учреждения наряду с административно-судебными функциями имели также и финансовые, отвечая за сбор налогов по территориям, группам населения или по отдельным видам налогообложения. Хотя реальных дел за Счетным приказом почти не числилось, его возникновение — симптом времени, предвосхищающий позднейшие учреждения петровского времени с общегосударственным объемом прав.
Намеком на необходимость приведения в систему обширного и разноречивого фонда летописей стало создание Записного приказа, недолго просуществовавшего и оставившего мало следов деятельности. Опять-таки осознание подобной задачи само по себе немаловажно.
Таким образом, история государственного аппарата России второй половины XVII в. позволяет говорить о назревавших переменах, имеющих ясную тенденцию перехода к абсолютизму. Столь же характерны сдвиги и в области практической деятельности царских учреждений того времени. Она все более обретает черты бюрократизации, выделения слоя приказных людей, профессионально занимающихся делами управления. Уже в московском восстании 1648 г. выявилась линия протеста против приказных дельцов — дьяков, подьячих и прочих «канцеляристов». За вторую половину XVII в. число приказных людей в Москве возросло стремительно, достигнув к 1698 г. 2750 человек против 673 человек в 1626 г. За 40—90-е годы XVII в. в местных приказных избах число служащих выросло более чем в 8 раз. Предпринимались шаги по упорядочению повседневной работы приказов, регламентации делопроизводства и распорядка дня. Было составлено расписание, в какие дни недели какие приказы «вносят» свои дела в Золотую палату для слушанья боярам. Несанкционированные в Москве земельные раздачи на местах объявлялись недействительными. Равным образом лишались законной силы сделки между дворянами, объектом которых были земельные угодья. Требовалась непременная регистрация этих сделок в приказах. Все это не шло в сравнение с петровскими преобразованиями, но робкие опыты в данном направлении осуществлялись.
К 1669 г. относится правительственное распоряжение об укреплении низшего звена местной администрации в лице выборных должностных лиц посадских и крестьянских «миров» — сотских, пятидесятских и десятских. Предписывалось ориентироваться при этом на «добрых и прожиточных» людей, т. е. на верхушку крестьянско-посадского населения. Этим развивались соответствующие меры Уложения 1649 г. Кстати, речь идет о дополнительных, «новоуказных» статьях к Уложению.
Административное устройство России в XVII столетии имело в своей основе уездное деление (до 220 уездов на конец века). Одновременно начинает проступать тенденция к укрупнению административно-территориальных единиц. Создаются так называемые «разряды», объединяющие группу уездов, прежде всего в военном отношении (например, Белгородский разряд на юге). Несколько разрядов возникло в пределах Сибири (Тобольский, Томский, Енисейский, а в конце XVII в. — Верхотурский).
«Родимые пятна» удельно-княжеских порядков в административно-территориальном плане в изучаемое время еще сказывались на столице государства — Москве. Будучи крупнейшим городом России, Москва, с точки зрения управления, суда и налогово-финансового устройства, являла собой весьма пеструю картину. Хотя уже в XVI в. ушло в прошлое деление города на «трети» между старинными представителями правящей династии, сохранились другие черты разобщения групп ее населения и отдельных районов столицы. Жители Москвы представляли собой смесь сословно-групповых объединений разной ведомственной принадлежности, своеобразный конгломерат слобод, сотен и других поселений. Лишь в полицейском отношении наблюдалось наличие общего для всего населения города органа — Земского приказа. Что же касается суда и фискально-налоговой системы, то тут имело место большее многообразие. Почти треть жителей столицы составляли стрельцы, пушкари и другие мелкие служилые люди «по прибору». Ими ведали особые приказы — Стрелецкий и Пушкарский, ямщиками занимался Ямской приказ. Особую подсудность имели жители частновладельческих, а также церковно-монастырских слобод в Москве. То же можно сказать о казенных и дворцовых ремесленниках, членах торговых корпораций. Своей жизнью жила Немецкая слобода.
Вся эта калейдоскопичность, свойственная средневековой социальной структуре, приходила в вопиющее противоречие с процессом социально-экономического развития, идущего к размыванию этих граней, выделению иных категорий населения безотносительно к их сословно-ведомственным и узкоместным признакам. Она изживалась постепенно, и это изживание находило официально законодательное отражение с большим отставанием от жизни. Лишь в течение первой четверти XVIII в. произошла соответствующая перестройка, но ее проявление стало ощущаться ранее.
В результате «посадского строения» 1649–1652 гг. в стране в государево тягло было перечислено более 10 тыс. дворов беломестцев, в том числе почти 1,5 тыс. — в Москве. Реформа дала определенный эффект, но ее практическая реализация постоянно натыкалась на противодействие духовных и светских феодалов. В некоторых случаях правительство отступало от исходных принципов «строения», потрафляя крупным землевладельцам. Объявляя в Уложении 1649 г. об отписке частновладельческих беломестных слобод в тягло, правительство обещало пострадавшим от этого феодалам компенсацию за счет раздачи «государевых сел». Но главное положение о неотчуждении тяглых дворов и участков беломестцев было подтверждено указом 1660 г. Площадным подьячим строго запрещалось составлять документы на такие сделки.
«Посадское строение» следует рассматривать как существенную уступку городскому населению и, прежде всего, его предпринимательской верхушке, тем «капиталистам-купцам», которые были хозяевами формирующегося всероссийского рынка. Именно купечество было связано наиболее непосредственно с товарно-денежными отношениями, казна от него получала большие доходы. Представители торгового капитала широко привлекались для выполнения всевозможных государственных служб, особенно тех, которые имели финансово-хозяйственный характер. Купцов назначали управителями казенных предприятий, таможенными головами, ответственными за сбор налогов. О весомом для государственного бюджета значении этих «служб» говорит хотя бы тот факт, что ежегодные сборы таможни в Архангельске, к которым были приставлены богатейшие купцы, приносили доход до 300 тыс. руб. в год.
Разработка финансовых и в более широком плане экономических мероприятий проводилась при активном участии людей «торгового чина». Так, введение соляной пошлины в значительной мере было инициативой Назария Чистого, начинавшего свою карьеру в качестве гостя. У истоков денежной реформы (введение в оборот медной монеты) стоял гость В. Г. Шорин. Высший слой купечества — гости, члены гостиной и суконной сотен — находился на принилегированном положении, а гости имели право наряду с дворянами владеть вотчинами. Правительство не раз прибегало к услугам торговых людей для выполнения ответственных дипломатических поручений в других странах.
Поэтому царское правительство прислушивалось к голосу отечественных коммерсантов и учитывало в своей политике их требования. Под влиянием купцов принимались меры по унификации таможенного обложения и его упрощению. Уставной таможенной грамотой 1653 г. были отменены многочисленные мелкие сборы и введена единая «рублевая» пошлина. Новоторговый устав 1667 г., имея ярко выраженную протекционистскую окраску, значительно облегчил конкурентную борьбу на рынке местным торговцам, для иностранных негоциантов ввели повышенные пошлины и ограничили операции внутри России. Предпринимались также шаги, направленные на поощрение отечественной промышленности.