После того как фальшивый Мадара, личность которого была раскрыта Учихой Итачи, был убит с помощью техники Планетарного Опустошения, Чёрный Зецу, попытавшийся забрать себе Риннеган, последовал примеру Учихи Обито и был запечатан Нагато в гигантской парящей в воздухе каменной глыбе. Естественно, без этих двоих контроль над Белыми Зецу был утрачен. Это означало, что организация Акацуки потеряла контроль над своей разведывательной сетью.
В тот же день они потеряли сразу четверых членов. Фальшивый Мадара и Чёрный Зецу, как думала сама Конан, были врагами, поэтому то, что с ними случилось, имело смысл. Однако, двое других, Сасори и Бива Джузо, по её мнению, были невиновны и не заслуживали смерти. Однако, эти люди были случайно убиты самим Нагато, когда тот применил одну из своих техник, невольно разрушив убежище Акацуки, которое их организация использовала в тот период времени.
Впрочем, Конан не стала осуждать его за это. Она решила, что победа над фальшивым Мадарой намного важней. Даже, если члены Акацуки погибли в процессе его убийства, то это не имело особого значения, ведь смерть Мадары стоила этих жертв.
Таким образом, в их организации остались только Нагато, сама Конан и Какузу, который был верен скорее деньгам, чем той идее, на которой была основана Акацуки. Им предстояло набрать новых членов, но без Зецу они даже не могли найти подходящих кандидатов.
В конце концов, им повезло. Вскоре, к рядам их организации по собственной инициативе присоединился вначале Хошигаке Кисамэ, а затем и вернулся Орочимару, который объяснил своё прежнее бегство тем, что был взят под контроль одной из иллюзий Мангекью Шарингана, которую на него наложил Учиха Итачи.
Нагато и Конан были благодарны Итачи за раскрытие истинной сущности фальшивого Мадары и его приспешника, Чёрного Зецу. Однако, их организация нуждалась в новых членах, чтобы заполнить пустующие места, поэтому в обмен на помощь, они были вынуждены пообещать Орочимару помочь ему в поиске и уничтожении его обидчика, ранее взявшего разум и тело змееподобного шиноби под свой контроль.
На самом деле Конан немного опасалась, что Итачи сделает с ней или Нагато примерно то же самое. В её глазах иллюзия, способная промыть мозги даже Орочимару, была слишком опасной, чтобы позволять человеку, который может её использовать просто свободно бродить по всему миру, как ему вздумается. Поэтому она, недолго думая, согласилась.
Во время встречи с Орочимару, Нагато наоборот, как и всегда, проявил высокомерие и пафос, заявив, что Учиха Итачи лишь пыль под его ногами. Он не видел в Итачи угрозы для себя или Конан, поэтому согласился без каких-либо раздумий.
Именно Орочимару пригласил в Акацуки свою старую знакомую в лице Цунадэ. Таким образом, все шестеро нынешних членов их организации после короткого совещание приняли решение напасть на деревню Скрытого Листа.
У них были разные мотивы, но общая цель. Нагато, Конан, Орочимару и Цунадэ просто жаждали мести. Какузу, как и всегда, руководствовался жаждой денег и планирован ограбить богатые кланы деревни Скрытого Листа и Сарутоби Хирузена в частности. Что касается Хошигаке Кисамэ… то Конан была не уверена, чего хочет этот похожий на акулу странный человек…
Она знала, что он, казалось бы, искренне поддерживал действия Акацуки и считал, что мир можно было исправить только с помощью боли. Именно благодаря такому отношению, Кисамэ и заслужил доверие лидера Акацуки и даже самой Конан.
Как только Нагато поднялся на ноги, он потратил несколько дней на подготовку, убедившись в своей способности сражаться с помощью своего тела, а не марионеточных трупов. На следующий день члены организации Акацуки собрались в полном составе, чтобы вместе выдвинуться в деревню Скрытого Листа. Прежде чем они добрались до нужного места, прошло три дня.
Спустя ровно два года после судьбоносной битвы с фальшивым Мадарой, шестеро членов Акацуки ворвались в деревню Скрытого Листа. Они последовали руководству Орочимару, агенты которого уже установили истинное местонахождение джинчуурики Девятихвостого, Узумаки Наруто. Таким образом, члены Акацуки должны были незаметно для всех захватить его без каких либо потерь со своей стороны.
Конан не желала лишать жизни детей, но была вынуждена склониться перед прихотью объекта своей тайной любви. К её удивлению, Нагато казалось бы не возражал против того, чтобы собственноручно убить одного из немногих людей, которых можно было назвать его кровными родственниками.
К сожалению, вскоре после тайного проникновения в деревню, всё пошло не по плану.
Конан так и не могла узнать точных причин, по которым Узумаки Наруто внезапно выпустил девятихвостого, полностью превратившись в гигантского лиса размером с гору. Она посчитала очень подозрительным и крайне маловероятным событием, то что демон смог вырваться из печати ещё до того, как члены Акацуки смогли добраться до него.
Так или иначе, но Нагато решил воспользоваться ситуацией. Он планировал использовать лиса, чтобы привлечь внимание Данзо, поэтому атаковал изо всех сил, уничтожив большую часть деревни Скрытого Листа одной атакой.
Затем им оставалось только ждать, сдерживая девятихвостого лиса, в надежде на то, что Шимура Данзо вскоре появиться, чтобы противостоять им. Как и ожидала Конан, её любимый Нагато успешно сражался с демоном в одиночку, поглощая гигантские чёрные сферы, которые тот выплёвывал из своего рта с помощью из одной способностей Риннегана. Ему приходилось отталкивать гигантского лиса с помощью другой своей техники, когда тот пытался атаковать их, использую собственное тело. Несколько раз он применял и другие силы своих глаз, словно желая внести немного разнообразия в казавшуюся ему скучной схватку с Девятихвостым.
Когда Конан стала свидетельницей сцены борьбы между огромным монстром и слабым на вид человеком, её сердце учащённо забилось. Она с восхищением следила за демонстрацией силы, устроенной объектом её тайной любви, и с нетерпением ожидала долгожданного триумфа, которым должна была стать предстоящая смерть Шимуры Данзо. Однако, то, что случилось в дальнейшем, превзошло её ожидания.
Лидер Корня так и не появился…
Вместо Данзо, прибыл элитный отряд из джонинов Скрытого Листа в компании с троицей шиноби, что согласно книге Бинго имеют наивысший ранг угрозы в мире ниндзя. Их поддержала целая армия чунинов и отряд Анбу, которые с помощью метательного оружия пытались отвлечь на себя хотя бы часть внимания членов Акацуки.
Нагато, которого Конан считали сильнейшим в мире, был убит одним единственным ударом человека в зелёном трико. Орочимару бросил вызов своему бывшему учителю, Третьему Хокаге и тоже оказался убит меньше чем за минуту.
Его убийца, Сарутоби Хирузен, по неизвестным для Конан причинам, несмотря на отсутствие видимых травм, странным образом не пережил это. Труп похожего на обезьяну старика теперь лежал рядом с таким же невредимым, но явно мёртвым телом его змееподобного ученика.
Конан краем глаза удалось заметить, что правую часть лица мёртвого Хокаге закрывали белые бинты. Увидев это, она на мгновение задалась вопросом о том, где Сарутоби Хирузен мог получить такие обширные повреждения. Впрочем, через секунду эти мысли уже вылетели у неё из головы.
Выжившие члены Акацуки в лице Хошигаке Кисамэ, Какузу и самой Конан легко противостояли армии ниндзя Скрытого Листа. Даже после смерти Цунадэ, Нагато и Орочимару, у них всё ещё были неплохие шансы на победу. В конце концов, у врага остался только один действительно могущественный ниндзя, Джирайя. Впрочем, как заметила Конан, он потратил большую часть своей чакры и был ранен одним из ударов Цунадэ. Таким образом, он не мог продолжать сражаться дальше и оказался вытащен с поля боя за под прикрытием нескольких джонинов.
Неожиданно, в самый разгар битвы, Какузу атаковал Кисамэ, нанеся ему удар в спину. Охваченный бирюзовым сиянием чакры ветра, кунай в руке Какузу вонзился похожему на акулу мужчине в грудь. Владелец Самехады оказался застигнут врасплох, а затем стремительно убит одной атакой.
Узрев эту сцену, Конан замерла на месте, словно поражённая ударом тока. Она не ожидала, что в рядах Акацуки окажется ещё один предатель!
Пока Конан пребывала в шоке, вызванном действиями Какузу, пространство, где располагалось её тело, исказилось, словно вращаясь под действием невидимой силы. Хотя она заметила эту атаку слишком поздно, Конан сразу же узнала технику, свидетельницей которой она была уже неоднократно.
«Но как⁈ Фальшивый Мадара уже должен быть мёртв!» — мысленно восклицала она, когда её тело было разорвано на части.
К сожалению для совершившего нападение на неё шиноби, такая атака не могла забрать жизнь Конан. Спустя всего пару секунд, её превращённое в бумагу тело, ранее разорванное на маленькие кусочки, вновь собралось в полуметре от земли. Через долю секунды, синеволосая женщина вновь открыла глаза.
Приняв форму из плоти и крови, она осмотрелась в поисках напавшего на неё врага, но не находила его. Её взгляд был наполнен решимостью, и Конан была готова сражаться до последней капли крови. Проблема в том, что чувства чакры подводили её. И даже спустя полминуты она так и смогла отследить человека, который пытался забрать её жизнь
Другие ниндзя Листа не посмели атаковать её, помня об опустошении, которое синеволосая женщина вызвала своими атаками. Таким образом, бой на короткий промежуток времени неожиданно затих. Ниндзя деревни Скрытого Листа могли лишь мрачно смотреть, но не осмеливались подойти ближе.
«Мои запасы чакры уже подходят к концу… — подумала Конан, когда чистая злоба отразилась на её обычно бесстрастном лице, — но если Мадара думает, что может забрать мою жизнь так легко, то он ошибается!»
В следующие мгновение она ощутила острую боль в груди и услышала звук похожий на песнь тысячи птиц. Опустив взгляд вниз, Конан не могла ни обратить внимание на покрытую разрядами электричества руку, которая пронзила её тело насквозь.
«Я облажалась… Простите меня, Яхико, Нагато, Цунадэ, Кисамэ, Орочимару… Я подвела всех вас! Теперь я не могу отомстить за вас…» — размышляла Конан, когда слёзы хлынули из её глаз.