Княгиня попробовала переложить эту работу на секретарей императрицы, но Екатерина настояла на выполнении этого труда именно княгиней Дашковой и указом назначила свою статс-даму президентом будущей Российской академии. Императрица знала, что княгиня Дашкова успешно откроет новую академию и сумеет наладить в ней работу так, как надо, а может быть, и лучше.
Императрица была права. Екатерина Романовна была очень умным человеком и талантливым руководителем Начиная работу Президента Российской Академии, Дашкова прежде всего купила для неё дом, провела в нём ремонт и обставила его необходимой мебелью. Занимаясь восстановлением первой Академии, она получила опыт обустройства необходимых помещений для работы учёных-академиков и обслуживающего их персонала, для приобретения необходимых книг и всякого рода канцелярских товаров. Поэтому ей нетрудно было и купить подходящий дом, и отремонтировать его, и расположить в нём помещения для работы учёных, для лекционного зала, для библиотеки и других необходимых нужд, где можно было разместить закупленное оборудование.
Казалось бы, финансовая сторона тоже была обеспечена, потому что сама императрица заботилась о ней. Однако экономная Дашкова считала, что и Российская Академия должна уметь самостоятельно зарабатывать деньги. Екатерина Романовна на основе типографии расширила своё предпринимательство, приносящее неплохой доход. Она опять, как и в первой Академии, организовала группу переводчиков, печатала переведённые на русский язык как классику французской, немецкой и английской литературы, так и зарубежные литературные новинки, заключила договоры с книгопродавцами и успешно вела продажу этих книг. Так что умное руководство княгини позволило учредить новую Российскую Академию довольно быстро.
21 октября 1783 года в Петербурге состоялось торжественное открытие Императорской Российской Академии под председательством княгини Е. Р. Дашковой. В качестве членов Академии были приглашены поэты, драматурги, историки и публицисты: Г. Р. Державин, М. М. Херасков, В. И. Майков, Е. И. Костров, И. Ф. Богданович, И. И. Хемницер, М. М. Щербатов и другие. Помимо регулярных заседаний по вопросам русского языка, литературы и принципов создания словаря, чтения лекций, в том числе и публичных, проведения диспутов на филологические темы, Российская Академия основной своей задачей поставила создание первого толкового словаря русского языка. После долгих споров о выборе принципов отбора материала и его презентации в словаре Дашкова организовала словарную группу учёных, по алфавиту разделила предполагаемую работу и распределила между членами группы создание частей словаря по буквам. Екатерина Романовна, руководя группой в целом, взяла на себя ещё и труд написать часть словаря (две буквы). Словарь должен был быть толковым и строиться по корневому гнездовому принципу, то есть так: избиралось заглавное слово, состоящее только из основы (например, «сан», «дерево» и т. п.), а далее в словарную статью включались все имеющиеся слова с этим корнем, то есть производные от этого корня: сановитый, сановник, сановный, осанка и так далее. При каждом слове давалось его толкование.
После открытия Академия стала работать без промедления. Уже через месяц, 18 ноября 1783 года, на заседании Российской Академии Дашкова предложила ввести в русский алфавит букву «ё», что было одобрено всеми членами Академии.
Работа над словарём продолжалась в течение одиннадцати лет и закончилась в 1794 году. Выход в свет «Словаря Академии Российской» оказался настоящей сенсацией для российской просвещённой публики. Казалось, это был триумф княгини Дашковой. Однако Екатерине II словарь не понравился, потому что он был построен по гнездовому принципу. Дашкова сразу определила, что Екатерина это говорит под влиянием её фаворита Зубова, который ненавидел фаворитку княгиню Екатерину Романовну и поэтому позволял себе высказываться против всего, что делала Дашкова. Но и Дашкова отвечала ему такой же «взаимностью».
А между прочим, спустя почти 100 лет Владимир Иванович Даль издал «Толковый словарь живого великорусского языка», использовав тот же гнездовой принцип подачи материала. Профессор Казанского университета Бодуэн де Куртенэ, уже в начале XX века, очистив от сугубо областных, местных слов далевский словарь, оставил тот же принцип объединения слов в корневое гнездо, чем как бы вторично, после Даля, утвердил предложенный Дашковой метод создания первого русского толкового словаря.
Некоторые современные авторы пишут, что Дашкова «с огромным трудом добивалась выделения денег на организацию научных экспедиций». Возможно, Екатерина Романовна имела в своих планах организацию научных экспедиций, но ни одной экспедиции не организовала. В царствование Екатерины II в основном занимались присоединением к России новых земель: Крыма, Кубани, Тамани, Восточной Грузии и даже Америки. В 1784 году иркутский купец 1-й гильдии Григорий Иванович Шелихов, который успешно вёл торговлю с американскими индейцами, начал российское освоение (заселение) Аляски и тихоокеанских берегов Калифорнии. Но таких экспедиций, как, например, Великая Северная экспедиция (Вторая Камчатская) 1733–1743 годов с участием В. И. Беринга, С. И. Челюскина и братьев Лаптевых, начавшаяся при Анне Иоанновне, а закончившаяся при Елизавете Петровне, в царствование Екатерины II не проводилось. Вероятнее всего, Екатерина Романовна, в условиях постоянных войн, требующих огромных средств, денег на экспедиции так и не добилась.
При академиях была организована гимназия, кроме того, уже существовал Смольный институт и многие другие учебные заведения, и княгиня Дашкова, которая в течение многих лет разрабатывала программы воспитания и обучения для своих сына и дочери, имея практический педагогический опыт, не могла отказаться от составления новых программ для академической гимназии. Эти программы и методические предложения Дашковой обсуждались на заседаниях Академии, которые посещались преподавателями институтов, пансионов для благородных девиц и кадетских корпусов, поэтому частично применялись также и в Смольном институте.
Президент Российской Академии основала и журнал, название которого «Собеседник любителей Российского слова» показывало его направление. Журнал объединял известных писателей, поэтов, драматургов, журналистов; писали статьи для этого журнала и Екатерина II, и сама Дашкова.
Екатерина II, отдав бразды правления во многих экономических и политических областях Платону Зубову, неумному, но хитрому, алчному и недоброжелательному к людям фавориту, в своей последней любви полностью предала и душу и тело молодому авантюристу и его брату Валериану. Потёмкин попробовал объяснить ей, что Зубов ведёт предательскую политику по отношению к ней, пытается наладить своё служение великому князю Павлу Петровичу, Екатерина не стала его даже слушать, и он уехал в свою Южную армию на заключение мира с турками с сокрушённым сердцем и великою печалью. 5 октября 1791 года светлейший князь Григорий Александрович Потёмкин скончался, спеша на переговоры с турками по заключению мира. Это был единственный фаворит императрицы, который не был врагом Дашковой, а, наоборот, во многом ей помогал.
Надо сказать, что Дашкова в придворных кругах слыла особой со «взбалмошным характером». Она терпеть не могла Екатерининых фаворитов, и с первым же из них — Григорием Орловым — сразу же вступила в неприязненные отношения, что вызвало у вновь испечённой императрицы охлаждение к своей подруге. Было у неё столкновение и с Ланским Со всеми ласковый, вежливый и деликатный, с Дашковой, по её отзывам, он был груб. Фаворитом-врагом был для Дашковой и Александр Дмитриев-Мамонов. Ненавидела она и считала своим врагом Зубова, который не раз устраивал ей подлые провокации и вызывал у императрицы гнев против неё. Даже при последнем свидании императрицы с Дашковой во время её отставки с поста Президента двух Академий в августе 1794 года Зубов всячески старался сорвать это свидание, а императрица под его влиянием не захотела даже по-дружески проститься со своей фавориткой, столько лет служившей ей верой и правдой, как никакая другая статс-дама при её дворе.
В своих воспоминаниях княгиня Екатерина Романовна написала: «Я всегда держала себя настороже с любовниками Екатерины; с некоторыми из них я была совсем не в ладах, что побуждало их ставить меня в двусмысленное положение по отношению к императрице, раздувать между нами вражду, а я вследствие своей врожденной вспыльчивости нередко забывалась и вызывала с ее стороны заслуженное негодование.
Между моими врагами-фаворитами был граф Момонов, желавший, подобно своим предшественникам, поссорить меня с Екатериной. Будучи похитрей своих собратьев, он заметил, что я на обыкновенную удочку не поддамся, поэтому он избрал самый удачный способ — использовать меня и моею сына ради своей цели. К счастью, моя привязанность к императрице основывалась на уважении. Опыт доказал мне, как мало я была обязана доброжелательности царского гарема. Отнюдь не преклоняясь, подобно остальному стаду, перед любовниками, когда они были в силе, я не хотела признавать и их влияния. Вместе с тем мне ясно было видно, когда Екатерина действовала по отношению ко мне под влиянием их интриг, а когда слушалась внушений своего собственного сердца».
Екатерина не любила Дашкову. Ещё тогда, когда Дашкова стала действовать, желая возвести свою подругу (а она считала, что это её самая близкая подруга) на престол, Екатерина и её близкое окружение проявляли к ней большую осторожность: не «подсадная ли это утка»? И действительно, Пётр III — крестный отец Дашковой, его фаворитка Елизавета Романовна Воронцова, ради которой он хочет свою супругу сослать в монастырь, её родная (!) сестра, а сама она 19-летняя, правда, начитанная, но не разбирающаяся ни в людях, ни в политике и много среди людей болтающая глупышка. А выпад Дашковой против фаворита Григория Орлова показал, что она не понимает политики вообще, всё рубит с плеча, не может взять в толк, что Екатерина этому грубому мужлану обязана троном и, пока не утвердилась на троне, должна уповать на него, вернее, на его гвардейские штыки. После переворота Дашкова стала вести себя как хозяйка: делать язвительные замечания в адрес фаворита, показывать императрице своё неудовольствие. А главное — всем ра