После смерти Грозного влияние Годунова только усилилось, так как царь Федор ничего не делал без его совета.
Постепенно Борис, оказавшийся во главе сильной боярской партии, в основном состоявшей из Романовых и их сторонников, начал расправляться со своими извечными противниками (боярами Шуйскими, Головиными и Колычевыми), в течение нескольких лет боровшимися против него. Так, уже в конце 1584 г. опала постигла Головиных, а в следующем году был насильственно пострижен в монахи их сторонник князь Мстиславский. Во главе оппозиции остались только Шуйские, которые в итоге были сосланы, а поддерживавший их митрополит Дионисий смещен и заменен преданным Борису престарелым ростовский архиепископом Иовом. Сторонники Шуйских были заточены, находились в ссылке или погибли от яда. В результате Борис достиг такой власти, какой, по словам современников, не имел до него ни один фаворит. Вся московская администрация замыкалась на Борисе: он вел дипломатическую переписку и вместе со своим сыном, малолетним Федором, принимал иностранных послов. Постановления Боярской думы 1588 – 1589 гг. позволили ему официально вести внешнюю политику государства от своего имени. К чести этого «серого кардинала» тогдашней российской действительности следует сказать, что вводимые им изменения поначалу во многом способствовали установлению положительного имиджа страны в глазах иностранных государств. Так как Годунов по характеру не был воином, он привык добиваться желаемого при помощи искусно срежиссированных обстоятельств. И поэтому внешняя политика Московского государства во время правления Бориса отличалась по большей части мирным направлением, а войны старались вести только в случае их беспроигрышного исхода. Так, война со Швецией в 1590 г. началась при условии отсутствия у нее польской поддержки. При этом были возвращены потерянные еще при Иване IV города Ивангород, Ям, Корела, Копорье, а затем получена половина Лапландии. Врагами оставались поляки и турки, а худой мир с крымскими татарами считался лучше доброй ссоры. По отношению к национальным рубежам и окраинам бывший фаворит вел себя как усмиритель кочевников и строитель городов. Так, на родовых территориях черемисов и ногаев были построены города, населенные русскими казаками и солдатами (Уржум, Царев-Борисов, Самара, Саратов, Уральск и Царицын). В Астрахани, Курске, Воронеже, Осколе и Белгороде в 1589 – 1590-х гг. воздвигли каменные крепости, а в Сибири были построены города-остроги Тюмень, Сургут, Тобольск, Нарым, Березов, в которые были заселены колонисты из северо-восточной части страны. Отделение московского патриаршества от киевского имело своей целью дальнейшее обособление «столичной церкви» и интеллектуально-духовной элиты того времени и подчинение их сильной светской власти. В области внутренней политики Годунов помогал служилым людям, отстраняя знать и холопов как крайность и пережиток прошлого. Уже созданное закрепление крестьянства становилось средством обеспечения для помещиков-вотчинников. В 1591 – 1592 гг. произошли события, имевшие непосредственное отношение к дальнейшей судьбе фаворита и всего Российского государства: загадочная гибель в Угличе царевича Дмитрия, сына Ивана IV и Марии Нагой, сильный пожар в Москве, нашествие крымского хана Казы-Гирея и смерть в младенческом возрасте единственной дочери царя Федора и царицы Ирины. Для суеверного московского обывателя все эти знамения означали виновность Годунова в тяжких преступлениях на пути его к власти. Для Бориса эти события стали последними рубежами перед достижением заветной цели. Царь Федор скончался бездетным в 1598 г. И с того времени прекратилась династия Рюриковичей на российском престоле. Страшась безвластия и смуты, патриарх и Боярская дума присягнули на верность царице Ирине, но она неожиданно постриглась в монахини и удалилась от дел. Беспрецедентная ситуация, когда формально государственные документы подписывались именем царицы, а фактически страной управляли Боярская дума и патриарх, продолжалась более месяца и, по мнению большинства исследователей, была тщательно инспирирована Борисом, заручавшимся поддержкой всех слоев общества на предмет своего избрания московским правителем. В пользу этого, кроме родства с государем, говорили его «разумное и кроткое» правление и афишируемая сторонниками Годуновых аналогия с «золотым античным веком».
Многолетнее пребывание у вершины пирамиды власти помогло фавориту и его семье «освоить» несчитанные государственные финансы и органично встроило их в структуру московской администрации.
Но соборное начало российской государственности, нетерпимо относившееся к худородным претендентам на российский престол, требовало коллегиальной санкции, иначе говоря, созыва Земского собора. Имидж спасителя, скромно отказывавшегося от предлагаемой чести и буквально против воли помазанного на царство, по словам некоторых современников, репетировался Годуновым уже заранее. С великим трудом, а точнее, с великим мастерством актера фаворит согласился на титул самодержца. При этом заранее подобранные кандидатуры конкурентов, естественно, не имели такой популярности у «группы поддержки». Названные вслух сторонниками Годунова Федор Колычев (Романов), Богдан Бельский и другие претенденты отвергались и подлежали «строгой присяге» с письменным обязательством «не желать царства». Торжественный въезд Годунова и его родственников в царские палаты был обставлен с неслыханной пышностью. Новый государь устраивал щедрые банкеты для бедных дворян, купцов, посадских и служилых людей, и они уверовали в его избранность и «счастье». Каждый надеялся на необыкновенное вознаграждение и повышение в чине. Годунов без счета раздавал милостыню, обещал каждому помощь и покровительство. По свидетельству современников, вначале и вправду было все хорошо: стрельцам заплатили двойное жалованье, были освобождены арестанты из тюрем, купцы и мастеровые могли сбывать свои товары, не облагаемые налогами, в течение 2 лет, а крестьяне и ясачные инородцы на целый год освобождались от податей. Естественная преемственность власти от Федора к Борису прошла как должное, так как политика не изменилась. В принципе, мечта фаворита сбылась, и он не хотел серьезно менять политику страны. Так, дозволенный Годуновым в 1601 г. переход крестьян к другому владельцу затронул только мелких собственников, но даже и в такой урезанной форме не касался Московской земли. При этом Борис не переоценивал отсталость русского населения по сравнению с народами Западной Европы и осознавал благотворность науки для развития Российского государства. Как говорят, ему хотелось устроить в Москве высшую школу, где преподавали бы иностранцы. Именно он решил послать нескольких юношей учиться в Западную Европу (в Германию, Англию, Францию и Австрию). Борис организовывал посольства в Любек для приглашения на царскую службу высококвалифицированных специалистов: врачей, мастеровых и др. Иностранные торговцы пользовались подчеркнутым покровительством Бориса, а из ливонских немцев был сформирован особый отряд царской гвардии. При Борисе состояли около десятка иностранных медиков, получавших немыслимое по тем временам вознаграждение. Немцам позволили соорудить в Москве лютеранскую церковь. Есть данные о том, что многие русские, желая не отличаться по внешности от иностранцев и тем самым угодить царю, стали тщательно брить бороды. Однако порой чрезмерное благоволение Бориса к иностранцам вызывало даже неприятие этого среди русских людей. От российских самодержцев Борис перенял идею присоединения Ливонии, но он стремился добиться этого дипломатическими средствами и поэтому ничего не достиг. Полным фиаско завершилась российская политика и в Закавказье: русские войска потерпели ряд поражений а столкновениях с могущественными турками и персами. В торговой сфере были налажены отношения с ганзейскими городами, а в Сибири выстроены города-крепости Верхотурье, Томск и Мангазея, сочетавшие в себе черты острога и торговой фактории. Годунов, человек от природы мнительный, не мог встать выше личных счетов с остальными боярами. Не утешало его и всенародное избрание. Это беспокойство на первых порах нашло отражение в присяжной росписи, затем очередь дошла до опал и доносов.
Старинное боярство считало себя ущемленным вследствие усиления худородных семей и при избрании Бориса на царство не скрывало своего отношения к этому.
Годунов постоянно подозревал оппозиционные настроения и интриги со стороны ненавистных ему соперников. Именно поэтому он запретил жениться Ивану Мстиславскому и Василию Шуйскому, которые по знатности родов могли осознавать свое право на престол. Поддерживали подозрительность царя и усиливающиеся слухи, что царевич Дмитрий избежал рук убийц. По свидетельству современников, у Годунова началась бессонница, он стал мрачен и угрюм. Следующей жертвой подозрительности Бориса стал его верный сторонник Богдан Бельский, который по его поручению строил город Борисов. О его щедрости к стрельцам и строителям ходили легенды. Свою роль сыграли и сказанные на пиру неосторожные слова: «Борис царь на Москве, а я – в Борисове». По доносу Бельский был вызван в Москву, подвергнут допросу и пыткам и сослан в один из отдаленных городов. Доносчики за свою службу получили поместья и звания «детей боярских». В 1601 г. по аналогичному доносу пострадали сторонники Годунова – бояре Романовы и их родственники. Старший из братьев – Федор, красавец, щеголь и широко образованный человек – был пострижен в монахи под именем Филарета и сослан в Сийский монастырь. Жену его также постригли под именем Марфы и сослали в Заонежье, а их сына Михаила, будущего царя, с малолетним братом – на Белоозеро, в старинную вотчину Рюриковичей. К растущей напряженности, вызванной тайными арестами, пытками и казнями, с 1601 г. присоединились 3 подряд неурожайных года, чума и противоестественные метеорологические знамения. В стране начался голод, были даже случаи каннибализма. Купцы и бояре придерживали хлеб, цены на который взлетели более чем в 20 раз. То же самое делали и некоторые монастыри. Стали говорить о «несчастливом царе». Годунов пытался справиться с ситуацией, раздавая на царском подворье деньги и продукты. Эти действия только усилили бедствия, так как голодающие во множестве повалили в столицу, умирая по пути на улицах и на дорогах. Чума ширилась, так как трупы некому было убирать. Толпы разбойников и переодетых в них детей боярских наводнили окрестности Москвы, подкарауливая прохожих и грабя усадьбы. Многочисленные мошенники из числа приказных, членов их семей и даже представителей знатных фамилий переодевались в лохмотья и по несколько раз в день выстаивали очереди за «гуманитарной помощью» на царском подворье, оттесняя бедняков, а то и отнимая у них полученное. И хотя урожаем 1604 г. был остановлен голод, но не прекратились разбои. Крупные банды и их соединения состояли в основном из холопов, отпущенных господами на волю во время голода, казаков и беглых преступников. Отряды атамана Хлопка Косолапа вплотную подошли к столице, но после упорных боев были побеждены регулярными воинскими частями и ополченцами. Неприятной неожиданностью для многих москвичей стали упорные слухи о том, что в Литве появился человек, называвший себя царевичем Дмитрием. Положение Бориса ухудшалось.