Контр-адмирал Мекензи был первым начальником этого военного поселения, и, когда через четыре года императрица Екатерина посетила Севастополь, в нем было до сорока домов, большей частью казенных, небольшая церковь Св. Николая Чудотворца, казармы для офицеров, пристань и до десяти русских и греческих лавочек; в адмиралтействе, бывшем на месте нынешнего, находились: малая кузница, мачтовый сарай и два небольших магазина; порох хранился в пещерах.
После смерти Мекензи место его заступил контр-адмирал граф Войнович, а затем, в 1789 году, главное начальство над портом и флотом принял Ф.Ф. Ушаков.
В первое время отвлекаемый военными действиями и потом связанный недостаточностью способов, Ушаков не мог сделать много. Потемкин поручил ему раздать, по его усмотрению, вблизи Севастопольского порта нескольким флотским штаб-офицерам небольшие земли для заведения на своем иждивении хуторов с огородами; место, доставшееся Ушакову, было в Георгиевской балке. Сверх того, по высочайшему повелению, ему отданы были в вечное и потомственное владение леса и земли в окрестностях деревни Дуванки, в 15 верстах от Севастополя.
По заключению мира он немедленно приступил к починке кораблей, постройке разных мелких судов, госпиталя и казарм на местах наиболее здоровых и необходимых строений в адмиралтействе, какие тогда назначены были на плане Севастополя11; заботился об учреждении дорог, рынков, устройстве колодцев и вообще снабжении города пресной водой и жизненными припасами12; учредил перевоз через бухты на вольнонаемных гребных судах, загородные гулянья и пр. Соборная церковь Св. Николая, находившаяся на месте теперешней, была им перестроена и значительно увеличена13.
Укрепления севастопольские и вообще устройство пограничных крепостей в том краю, равно как и построение Одесского порта, возложено было на особую экспедицию, высочайше учрежденную 25 октября 1792 года под главным управлением графа Суворова-Рымникского, командовавшего войсками в Екатеринославской губернии и Таврической области и имевшего главную квартиру свою в Херсоне.
В 1792 году Ушаков призван был императрицей на короткое время в Петербург. Екатерина пожелала видеть героя, стяжавшего себе такую громкую славу, и встретила в нем человека прямодушного, скромного, мало знакомого с требованиями светской жизни. Строгий адмирал, созданный для моря, вполне носил на себе отпечаток этого призвания и далеко не мог выражаться столь же метко и красноречиво, как заставлять говорить орудия в батареях своих кораблей.
В 1793 году, 2 сентября, Ушаков произведен в вице-адмиралы, прослужив в чине контр-адмирала три с небольшим года.
В 1793 году Суворов принял начальство над армией, двинутой для усмирения Польши, которую взволновал тогда Косцюшко; Екатеринославским же, Вознесенским и Таврическим генерал-губернатором назначен был генерал-фельдцейхмейстер князь П.А. Зубов. В ведение его и главное распоряжение поступило построение всех крепостей на юге; но, по воле государыни, ближайшее наблюдение за построением укреплений в Кинбурне и Овидиополе и устройством Одесского порта поручено было начальнику Черноморского гребного флота вице-адмиралу де Рибасу, укрепления Севастопольского порта и вообще в Тавриде перешли в заведование генерал-аншефа М.В. Каховского, а в крепости Тираспольской – князя Г.С. Волконского.
В июне 1796 года князь Зубов назначен был главнокомандующим Черноморскими флотами, с правами отдельного начальника, независимого в своих действиях от Адмиралтейств-коллегии. В кратковременное управление свое он успел только основать новую верфь, на месте, избранном де Рибасом, ниже Днепровских порогов в местечке Кинчасах, для постройки военных и транспортных судов и «распространения в полуденной стране Империи всеобщего мореплавания и торговли».
6 ноября 1796 года Екатерина отошла в вечность, и с воцарением императора Павла I многие преобразования и перемены последовали как в армии, так и во флотах. От 12 ноября того же года князь Зубов получил высочайший указ «О бытии в ведении Государственной Адмиралтейской коллегии Черноморскому правлению, со всеми флотами, портами и верфями в ведомстве сего правления состоящими»; также ей подчинялся тогда Черноморский гренадерский корпус, состоявший из четырех батальонов.
Главным командиром назначен был вице-адмирал Мордвинов; в Севастополе оставлен вице-адмирал Ушаков, которому вскоре повелено было, кроме своего начальства, постоянно доносить Таврическому и Новороссийскому генерал-губернатору графу Каховскому о состоянии Севастопольского порта, флота и команд, обо всех переменах и случаях. Контр-адмирал Пустошкин сменил вице-адмирала де Рибаса, основателя и строителя Одесского порта, приняв от него как самый порт, так и начальство над гребным флотом, для которого главным местопребыванием должен был служить Николаев.
Тогда же с Балтийского флота контр-адмирал Карцов высочайше назначен «быть инспектором Черноморских флотов», осмотреть все на месте и сделать подробное донесение14. По избранному государем административному порядку, все отдельные начальники портов начали получать в рескриптах за собственноручным его величества подписанием все относившиеся к ним повеления, и обязаны были представлять прямо ему срочные ведомости и делать донесения. Такие же меры строгой отчетности и ответственности последовали тогда и в армиях.
Облеченный с юных лет в звание генерал-адмирала, император Павел постепенно следил за всеми нуждами и потребностями флота, и хотя не принимал прямого участия в управлении им, но вблизи мог видеть все вкравшиеся от времени недостатки. Образование офицеров составляло предмет особенной заботливости его, и в январе 1797 года повелено было во всех портах «учредить класс для флагманов, капитанов и офицеров, в котором собираться ежедневно всем тем, кто того дня службой занят не будет, и проходить все нужные для морского офицера науки, как то: тактику и эволюцию, навигацию, практику и о корабельной архитектуре, равномерно чтение Устава».
В портах начали получать уведомления обо всех нововведениях и замечательных морских происшествиях, и первое из таких, сообщенное генерал-лейтенантом графом Кушелевым «в Севастопольскую конференцию морской тактики, дабы господа флотские офицеры могли сделать нужные из того замечания», было подробное описание сражения сэра Джона Джервиса с испанским флотом у мыса Сент-Винсент (14 февраля 1797 г.); и потом сражение у Кампердауна (12 октября того же года), где английская эскадра под начальством адмирала Дункана одержала победу над голландским адмиралом де Винтером.
17 ноября 1796 года учреждены нового образца мундиры для всех флотских чинов; 25 февраля 1797 года издан Морской устав, а 1 января 1798 года – штаты флотов. На Черном море тогда положено было иметь три 100-пушечных корабля, девять 70-пушечных и три 66-пушечных; шесть фрегатов 50-пушечных; четыре фрегата 36-пушечных; два бомбардирских корабля и два катера. В гребном флоте: четыре фрегата, десять плавучих батарей, четыре бомбардирских катера, 106 канонерских лодок, три голета и 141 разных мелких судов. Корабельный флот составлял одну дивизию, разделенную на три эскадры.
На содержание Черноморских флотов отпускалось 2 112 264 руб.; нередко, однако, недостаток в суммах или несвоевременное их доставление заставляли Ушакова выдавать заимообразно из собственных денег по нескольку тысяч в контору Севастопольского порта, чтобы не остановить производства работ. К 1797 году состояло годных: кораблей 84-пушечных – 1; 74-пушечных – 3; 66-пушечных – 4, итого – 8. Фрегатов, могущих держать линию, – 1 1; боевых (50-пушечных) – 4.
Разных боевых судов и крейсерских – 19. Гребного флота: шхун, бригантин, катеров, лансонов, требакул, канонирских лодок, скампаней, баркасов, крейсерских судов и транспортных – 98; Донской флотилии – 27; транспортов портовых – 13. Всего 180 судов. Контр-адмирал Карцов нашел, что денежными суммами, артиллерией, снарядами, припасами и материалами Черноморское ведомство было снабжено сполна по штатному положению. Из донесений его видно, что:
В Севастопольском порте производились только починки и исправления кораблей; никакого же нового строения судов не было. Флотских генералов, штаб- и обер-офицеров и нижних чинов состояло всего 7126; морской артиллерии – 1238; флотских Черноморских батальонов – 1 130; ведомства адмиралтейского и интендантского – 390. Итого – 10 088 человек. Адмиралтейство, с его магазинами и разными мастерскими, построено в заведении порта, при входе в гавань, на низменности берега.
Киленбалк с магазинами помещен в другой бухте. Корабли, фрегаты и прочие суда расположены на якорях возле берега, в который врыты, вместо палов, также якоря для закрепления швартовых. Все суда содержались чисто и со всевозможной бережливостью; но только причинялся большой вред в фальшивых обшивках от червей, коими здешние воды изобилуют, почему каждое судно необходимо было килевать через каждые два года.
Главных строений никаких не производилось, и только в некоторых местах по бухте, где стояли ошвартовленные корабли и прочие военные суда, уравнивался берег для построения магазинов и удобного положения на нем корабельных вещей. Против многих судов такие пристани были уже окончены и на них сложены артиллерия и запасный рангоут, а в магазинах помещены все припасы и такелаж. Казармы для служителей построены на высотах берегов, кругом гавани и против каждого корабля; они были каменные (из местного камня и плиты), покрыты черепицей, а иные землей; некоторые же достраивались и все вообще были весьма сухи и чисты.
Строение казарм, корабельных магазинов и отделка берегов производились корабельными служителями, без всякой платы от казны и только с небольшим употреблением казенных материалов. Пороховых погребов не имелось, но порох удобно хранился в прибрежных пещерах, нарочно вырытых, большей частью в Инкермане. Каменный двухэтажный госпиталь на 300 человек построен был на высоте берега в южной бухте, против города, и содержался в наилучшем порядке; при нем имелась казарма для госпитальной прислуги.