С 11 по 24 октября канонерки КЛ-11, КЛ-13 и КЛ-15, находясь в Онежском обводном канале и у южного берега озера, обстреливали огневые точки противника, поддерживая атаки сухопутных частей, препятствовали переправе противника через Свирь, продвижению подкреплений, подвозу боеприпасов и снабжения. Было израсходовано 1375 снарядов. Советские войска удержали оштинский рубеж.
В ходе отступления советских войск на Свири, в Петрозаводске и Повенце было брошено свыше 20 исправных пароходов и буксиров. В начале октября 1941 г. финны начали переоборудовать их в канонерские лодки и сторожевые корабли. Главной базой финской флотилии стал Петрозаводск.
В середине октября в Вытегру прибыл отряд бронекатеров в составе БКА-35, БКА-63, БКА-64 и БКА-65, перечисленных 30 сентября 1941 г. из Ладожской военной флотилии. Но вскоре бронекатера по Вытегре и Мариинской системе были отправлены на зимовку в Молотов (Пермь). Канлодки тоже должны были идти в Молотов, но ледостав задержал их в городе Горьком. 28 ноября 1941 г. приказом наркома ВМФ Онежская флотилия была расформирована, а ее корабли переданы Волжской военной флотилии.
30 апреля 1942 г. по приказу наркома ВМФ из состава Волжской военной флотилии был сформирован Онежский отряд кораблей. Он состоял из штабного корабля «Московский комсомолец» (бывший сетевой заградитель «Исеть»), канонерских лодок КЛ-11, КЛ-13, КЛ-14, КЛ-15, КЛ-40 и КЛ-41, бронекатеров проекта 1124 (БКА-11, БКА-12, БКА-31 и БКА-32), бронекатеров проекта 1125 (БКА- 35, БКА-63, БКА-64 и БКА-65), 7 сторожевых катеров и катеров тральщиков, 4 глиссеров, охраны водного района, 31-го отдельного батальона морской пехоты, службы наблюдения и связи, отдела тыла, складов и производственных предприятии. База отряда была в городе Вытегра. 25 мая Онежский отряд кораблей непосредственно был подчинен наркому ВМФ, а оперативно — командующему 7-й Отдельной армией.
7 июня корабли, за исключением бронекатеров, прибыли в город Вытегра, и отряд приступил к выполнению боевых задач Дивизион бронекатеров, состоявший из двух отрядов по четыре катера, прибыл на Вытегру 16 июня и 21 июня начал боевую деятельность.
На Онежском озерном театре к этому времени сложилась следующая оперативная обстановка. В руках противника находился западный берег озера от Вознесенья до Повенеца с бухтами и пристанями, удобными для стоянки кораблей. Северная и южная части этого берега были укреплены системой береговой обороны, состоящей из отдельных гарнизонов и батарей. В северной части озера на полуострове Заонежье и части островов финны установили дальнобойные батареи и держали под огнем весь берег от мыса Оров-Наволок до Оров-Губы.
Восточный берег озера охраняли части 7-й Отдельной и 32-й армий (разграничительная линия по реке Водла). На севере от реки Водла до губы Черной стоял в обороне 80-й стрелковый полк войск НКВД, входивший в состав 32-й армии. Южнее реки Водла до реки Вытегра стоял 185-й отдельный стрелковый батальон войск НКВД. Побережье от реки Вытегра до устья реки Ошта занимали части 369-й стрелковой дивизии. В деревне Девятина базировалась 1-й гвардейская авиаэскадрилья самолетов Пе-2.
Местами базирования для Онежского отряда кораблей служили река Вытегра, Обводной канал, реки Андома и Водла.
В соответствии с задачами, поставленными командованием 7-й Отдельной и 32-й армий, выявились два самостоятельных направления боевой деятельности отряда: южное и северное. В дальнейшем отряд кораблей обеспечивал оборону города Вытегра и конвоирование судов на участках Вытегра — Шала; Вытегра — Андома.
Северная (шальская) группа кораблей в составе трех бронекатеров, двух канлодок и сторожевого катера обеспечивала левый фланг 32-й армии (80-й стрелковый полк), охраняя восточное побережье Повенецкого и Заонежского заливов. В задачи группы входили разведка, дозор, охрана коммуникаций, высадка разведгрупп.
В ходе дальнейшей боевой деятельности наибольшее значение приобрела высадка разведгрупп. Для этой цели использовались катера КМ и бронекатера. За два месяца в тыл противника было высажено 126 человек. Одновременно снимались с берега ранее высаженные группы.
С июня по октябрь северной группой было совершено более 70 боевых выходов, в том числе 27 в дозор, проведено 5 артиллерийских обстрелов, высажено 15 разведгрупп.
Южная группа кораблей поддерживала фланг 368-й стрелковой дивизии совместно с 31 — м отдельным батальоном морской пехоты, оборонявшим побережье от мыса Черные Пески до устья реки Вытегра (затем до Тудозера), вела разведывательные, поисковые и артиллерийские набеговые действия, несла дозорную службу.
Важное значение приобрели набеговые действия, в которых участвовали канонерские лодки и бронекатера самостоятельно и во взаимодействии с авиацией. Корабли и катера 30 раз вели огонь по береговым объектам противника.
16 сентября 1942 г. отряд кораблей в составе трех бронекатеров и двух канонерских лодок во взаимодействии со 2-й авиаэскадрильей У-2 вел огонь по северной окраине деревни Ропручей, где были расположены ремонтные мастерские, бензозаправочная станция и бараки гарнизона противника. Была вскрыта береговая оборона, вызвано много пожаров, нанесен урон противнику в живой силе и технике. Наши корабли и самолеты без повреждений вернулись на базу.
На южном направлении с июня по октябрь было совершено 160 боевых выходов, в том числе 30 — для артиллерийских обстрелов, 3 — для поиска, 107 — в дозор.
31 июля 1942 г. канонерская лодка КЛ-13 (бывший буксир «Ижорец-18») произвела высадку разведгруппы в районе острова Василисин, а затем пропала без вести. По данным популярной советской литературы она погибла в шторм, по закрытым данным причина гибели неизвестна.
В середине ноября 1942 г. Онежский отряд кораблей по Мариинской системе был отправлен зимовать в город Рыбинск.
31-й отдельный батальон морской пехоты был оставлен оборонять юго-восточное побережье Онежского озера.
К началу 1943 г. оборона побережья Онежского озера, занятого финнами, состояла из отдельных гарнизонов, узлов сопротивления, имеющих в своем составе подвижные и стационарные батареи, а также двух укрепленных районов. В первый укрепрайон входил участок от города Петрозаводска до поселка Вознесенье (обороняла 1-я онежская бригада береговой обороны), во второй — полуостров Заонежье и остров Большой Климецкий (обороняла 2-я онежская бригада береговой обороны). Финская артиллерия располагалась побатарейно или поорудийно.
Финская озерная флотилия имела в своем составе четыре канонерские лодки (общее вооружение — три 102-мм и пять 76-мм пушек), три бронекатера (три 76-мм или 45-мм пушки), три быстроходные баржи и несколько катеров, две смешанные эскадрильи (Ju-88, Не-111, Ме-109, «Кэртис»), базировавшиеся на аэродромы и площадках в районе Петрозаводска.
Приказом наркома ВМФ от 31 декабря 1942 г. Онежский отряд кораблей был переименован в Онежскую в военную флотилию. Корабли и суда флотилии тремя эшелонами с 14 мая по 14 июня прибыли в Вытегру.
К началу кампании 1943 г. из Волжской флотилии была возвращена канонерская лодка KЛ-13, а штабной корабль «Московский комсомолец» отремонтирован, перевооружен и переклассифицирован в канонерскую лодку. Кроме того, в состав флотилии были введены сторожевые катера (№ 3, 4, 5, 6), торпедные катера типа Г-5 (№ 81, 82, 83, 84, 91, 92, 93), катера-тральщики РТЩ-130, РТЩ-131 и РТЩ-132, группа сторожевых кораблей СКР-14 и СКР-15 и отряд сторожевых катеров № 47, 49, 104 и 111.
С 16 мая корабли флотилии начали конвоирование транспортов и буксиров с баржами, доставлявших грузы частям Красной армии. Основными маршрутами были озерная коммуникация (Вытегра — река Андома — губа Шала) и коммуникация, проходящая по Онежскому обводному каналу (Вытегра — поселок Кедра).
В ночь на 31 мая канонерские лодки KЛ-11 и KЛ-41, бронекатера № 12, 22, 41 и 42[76] обстреляли селения Подщелье и Ропручей. В результате обстрела установить расположение неприятельских огневых точек не удалось, так как противник ответного огня не открывал.
1 июня канонерские лодки KЛ-11, KЛ-12 и KЛ-41 провели поиск коммуникаций финнов в Петрозаводском заливе, но были обнаружены финскими самолетами. В результате суда противника укрылись в бухте, и поиск был безрезультатным. В 13 ч. 45 мин. у острова Василисин канлодки внезапно были атакованы вышедшими со стороны солнца тремя финскими самолетами. Налет был произведен одновременно тремя самолетами по трем кораблям, КЛ-12 получила попадание двух 100-кг бомб в корму и затонула. Канлодки КЛ-11 и КЛ-41 повреждений не получили. Далее без комментариев цитирую архивный документ: «После гибели КЛ-12 командир дивизиона капитан 2 ранга Г.И. Гинзбург, опасаясь повторной атаки, решил корабли рассредоточить. Он приказал командиру КЛ-41 спасать личный состав погибшей КЛ-12, а сам вместе с капитаном 2 ранга Г.С. Галковским на КЛ-11 пошел в базу. КЛ-41 направилась к месту гибели КЛ-12 для спасения личного состава, но вражеский самолет вторично атаковал канлодку. Корабль начал маневрировать и отстреливаться. Отогнанный артиллерийским огнем от канлодки, неприятельский самолет с бреющего полета обстрелял из пулемета плавающий личный состав КЛ-12. Было убито 8 человек. Только в 14 ч. 36 мин. КЛ-41 подошла к месту гибели КЛ-12 и спасла 22 человека (погибло 27 человек), в том числе и командира корабля».
В тот же день в районе устья Вытегры три финских самолета повредили катер-тральщик РТЩ-130. А в ночь на 9 июня у мыса Муромский был атакован конвой, шедший из Озерного устья в Шалу. Была повреждена баржа с мукой. Несколько налетов финской авиации на советские суда произошло и в последующие дни. Всего в июне 1943 г. наши корабли 30 раз подвергались атакам финских самолетов.
В ночь на 3 июля канонерская лодка КЛ-40 и бронекатера № 22 и 41 обстреливали поселок Ропручей. «Противник ответного огня не открывал, поэтому выяснить расположение его огневых точек и системы береговой обороны не удалось». А может там, кроме местных жителей, никого и не было?