Поздней осенью боевые корабли перебазировали на Волгу. Дьяконов командовал флотилией с августа по ноябрь. 28 ноября 1941 года флотилию расформировали, ее корабли вошли в состав Волжской военной флотилии. Дьяконов был командиром 6-й бригады речных кораблей (ноябрь 1941 – февраль 1942 года), командиром Отряда вновь строящихся кораблей в Астрахани (февраль – май 1942 года)[910]. Однако опыт показал, что боевые корабли на Онежском озере необходимы. 30 апреля 1942 года нарком ВМФ приказал создать Онежский отряд кораблей из состава Волжской военной флотилии. В состав отряда включили управление отряда (штабной корабль «Московский комсомолец»), 6 канонерских лодок, 8 бронекатеров, 7 сторожевых катеров и катеров-тральщиков, 4 глиссера охраны водного района, 31-й отдельный батальон морской пехоты, службу наблюдения и связи, отделы тыла, складов и производственных предприятий. В качестве базы вновь избрали город Вытегра. В мае под командованием капитана 2-го ранга А.П. Дьяконова отряд с Волги направился на Онежское озеро. Переход проходил с 19 мая по 7 июня. В последний день корабли, кроме бронекатеров, прибыли в Вытегру и начали боевые действия. Отряд был непосредственно подчинен наркому ВМФ, а оперативно – командующему 7-й Отдельной армией. Восточный берег Онежского озера охраняли части 32-й армии севернее реки Водла и части 7-й отдельной армии (южнее реки). Главной базой Онежского отряда кораблей служила река Вытегра, но суда базировались также в Обводном канале, на реке Андома и реке Водла. База Вытегра, канал и шлюзы Мариинской системы были слабо защищены от ударов с воздуха. С появлением кораблей положение на Онежском озере улучшилось, так как и южная и северная (Шальская) группы кораблей своими активными действиями с июня до октября связали флотилию противника и помешали его перевозкам[911].
16 июня на флотилию прибыл дивизион бронекатеров. После трех дней подготовки катера перешли в устье реки Вытегра. Уже в ночь на 27 июня катера произвели первый обстрел берегов. В ночь на 9 августа бронекатера вели разведку боем в районе Вознесенья.
В состав Онежского отряда входили дивизион канонерских лодок (7 единиц), дивизион бронекатеров (8 единиц), дивизион катерных тральщиков и сторожевых катеров (9 единиц) и 31-й батальон морской пехоты. Моряки взаимодействовали с войсками 7-й Отдельной армии. Они несли дозорную службу, высаживали разведчиков, обстреливали береговые позиции. В летнюю кампанию Онежский отряд кораблей успешно выполнял указания сухопутного командования. Были установлены тесные связи со штабами армии, а также 4-го стрелкового корпуса, 272-й и 368-й дивизий[912].
Финны от города Повенец до села Вознесенье оборудовали опорные пункты с береговыми батареями; дополнением к ним служила озерная флотилия из нескольких канонерских лодок (вооруженных буксиров), самоходных барж и вооруженных катеров. Однако, прибыв в Вытегру, моряки не только выставили дозоры вблизи своей базы, но и высылали разведку в район Вознесенье. Благодаря активным действиям дозоров движение неприятельских судов было прервано, а линия сообщения Вытегра – Андома, по которой перевозили лес, была защищена от нападений врага. Канонерские лодки Шальской группы обеспечивали переход судов на линии Петрозаводск– Медвежьегорск. Канонерские лодки за кампанию 1942 года провели несколько десятков буксиров и 37 транспортов с 8 тысячами тонн грузов. Корабли и катера обстреливали населенные пункты, занятые противником, заставляя его держать часть сил на побережье. Были прерваны неприятельские коммуникации. Более 40 высаженных на берег разведгрупп собрали сведения о положении неприятеля у побережья и в глубине[913].
С июня по октябрь северная группа совершила более 70 боевых выходов, в том числе 27 в дозор, и 5 раз проводила артобстрелы. Кроме дозоров, охраны коммуникаций, 15 раз высаживала разведгруппы, общим числом 126 человек, и снимала ранее высаженные группы. За тот же срок южная группа поддерживала фланг 368-й стрелковой дивизии. Было совершено 130 боевых выходов. 30 раз корабли и катера вели огонь по береговым объектам противника, 107 раз выходили в дозор, 3 раза – в поиск. Всего отряд выполнил 231 действие для обеспечения задания командования[914].
Сухопутное командование высоко оценило помощь моряков. Командир 4-го стрелкового корпуса генерал-майор П.А. Зайцев в отзыве писал: «Отряд кораблей за период своих действий оказал значительную поддержку и помощь в деле активной обороны частями корпуса. Своими решительными, дерзкими и смелыми налетами на тыл противника отряд оказал немалую услугу войскам, ослабляя врага и причиняя ему большие потери»[915].
Онежским отрядом кораблей Дьяконов командовал с мая 1942 по январь 1943 года[916].
В середине ноября 1942 года Онежский отряд, оставив на месте 31-й батальон морской пехоты, направился в Рыбинск на зимовку. Ранее были отправлены катера, часть тыла и оперативная часть для подготовки базирования. За зиму, несмотря на авиационные налеты противника, корабли прошли ремонт, а весной 1943 года на базе отряда была воссоздана Онежская военная флотилия. Первым эшелоном на озеро были отправлены канонерские лодки, бронекатера с походным штабом, тогда как начальник штаба капитан 2-го ранга Н.В. Антонов с группой офицеров оставался, чтобы ликвидировать последствия налета авиации противника и дождаться прибытия дивизиона торпедных катеров; именно эти катера, вооруженные «катюшами», значительно усилили огневую мощь флотилии.
Командующим флотилией с января по июль 1943 года оставался А.П. Дьяконов, которому 7 апреля 1943 года присвоили звание капитана 1-го ранга[917].
К 1943 году положение на берегах Онежского озера не изменилось. Финны удерживали западное побережье от Повенца до реки Ошта на юге, 32-я армия – восточное побережье от Заонежского и Повенецкого заливов до Повенца и севернее, 7-я отдельная армия – от устья реки Водла до устья реки Ошта. Финская флотилия состояла из 4 канлодок, 3 бронекатеров, 3 быстроходных десантных барж (БДБ) и нескольких катеров, а также 2 смешанных эскадрилий. 20 береговых батарей калибром от 75 до 152 миллиметров прикрывали все побережье.
В кампанию 1943 года флотилию оперативно подчинили 7-й отдельной армии. Ее задачей стала активная оборона южного и восточного побережья озера во взаимодействии с сухопутными войсками, артиллерийская поддержка приозерного фланга войск, защита перевозок и создание благоприятного оперативного режима на озере. Для этого Онежская флотилия располагала дивизионом канонерских лодок, отрядом бронекатеров, дивизионом минных катеров (из сторожевых и торпедных катеров, вооруженных ракетами), группы кораблей охраны водного района из сторожевых кораблей и сторожевых катеров и катеров-тральщиков. Со временем численность флотилии выросла[918].
На кампанию 1943 года Карельский фронт по согласованию с Главным штабом ВМФ поставил перед флотилией следующие задачи: противодесантная оборона побережья, содействие флангам войск артиллерией и высадками десантов, оборона озерных путей сообщения и действия на коммуникациях противника, ведение постоянных боевых действий. Основными противниками флотилии являлись авиация и береговая артиллерия[919].
В первой половине мая 1943 года основные силы флотилии прибыли. Сразу же начались боевые действия бронекатеров.
В мае 1943 года была сделана попытка обстрелять канонерскими лодками военные объекты под Петрозаводском. Однако противник, узнав о приближении кораблей, выслал авиацию, которая нанесла потери флотилии и заставила ее отойти, так как своего прикрытия с воздуха не было[920].
Летом прибыл дивизион торпедных катеров с неуправляемыми ракетами («катюшами»), которые именовали минными кораблями. После изучения новой техники А.П. Дьяконов решил проверить готовность дивизиона и отправился вместе с Антоновым к устью реки Вытегра. Так как поступило сообщение о появлении неприятельского конвоя, Антонов с 2 бронекатерами вышел в море. После того как обнаружили буксир с баржей в охранении сторожевого катера, начальник штаба флотилии радировал командующему флотилией: «Вижу противника. Прошу выслать катера». Сам он принял решение атаковать противника[921].
Так как подкрепления не прибыли, Антонов приказал второму катеру поставить дымовую завесу, прикрывающую от огня береговых батарей. Сблизившись на 42 кабельтова, атакующий катер открыл огонь и вскоре поразил баржу; буксир и сторожевой катер отвернули под прикрытие береговых батарей. Так как второй катер не успел поставить отсекающую завесу из-за малой скорости, катера попали под обстрел береговых орудий противника, и Антонов приказал выходить из боя. Катера, маневрируя под огнем, почти без повреждений прибыли на базу. Катерники получили благодарность командующего. После того были проведены успешные испытания минных катеров[922].
Так как документов по управлению катерами с ракетными установками не существовало, при помощи побывавшего на флотилии главного артиллериста ВМФ контр-адмирала В.В. Чистосердова было подготовлено Наставление по боевому применению реактивных установок на катерах ВМФ. Подготовка экипажей минных катеров позволила успешно использовать их в боях.
Дьяконов командовал Онежской флотилией с 7 августа по 28 ноября 1941 года, Онежским отрядом кораблей – с апреля по 13 декабря 1942 года и затем снова флотилией с 10 мая по 7 июля 1943 года