Через два дня вице-губернатору был передан черный ящик с документами, которые он должен был взять с собой на корабль; в ящике находились назначение и инструкции для сэра Томаса, письма ему от короля и госсекретаря, назначение на пост вице-губернатора, письма сэру Чарлзу Литтлтону от короля и госсекретаря, письмо губернатору Барбадоса от короля и, наконец, инструкции о том, как вести себя в этой поездке, а также в случае самоотвода, смерти или недееспособности Томаса Модифорда.
20 (30) марта Модифорд зачитал на Барбадосе объявление о своем назначении губернатором Ямайки и призвал всех желающих последовать с ним на новое место жительства. Желающим переехать на Ямайку необходимо было взять с собой в дорогу провиант и получить разрешение на отъезд у губернатора Барбадоса. Эти разрешения нужны были для того, чтобы пресечь бегство из колонии несостоятельных должников и сервентов, срок кабалы которых еще не истек.
5 (15) апреля в связи с готовившимся отплытием сэра Чарлза Литтлтона в Англию (и на период до прибытия нового губернатора) Совет Ямайки избрал своим председателем ветерана армии генерала Венейблса Томаса Линча; одновременно он стал главнокомандующим милицейскими силами и главным судьей острова.
Литтлтон отплыл в Англию 2 (12) мая 1664 года на борту судна «Сент-Джонз хэд». В Лондоне ему пришлось выслушать обвинения в поощрении пиратов, которые выдвинул против него испанский посол дон Патрисио Моледи. Отвечая на жалобы испанского посла, Литтлтон заявил, что не может нести ответственность за антииспанские акции флибустьеров. К этому экс-вице-губернатор добавил, что никогда не получал от английского правительства ясных указаний о прекращении военных действий против испанцев. Убежденный в том, что «испанец более сговорчив, когда его хорошенько поколотить», Литтлтон представил лорду-канцлеру Англии свои соображения о необходимости всемерного поощрения приватиров на Ямайке.
Доводы Литтлтона выглядели убедительно, но назревала вторая «торговая война» с Голландией, и поэтому английское правительство не хотело обострять отношения с Испанией.
21 апреля (1 мая) на Барбадос прибыл корабль «Уэстергейт», который доставил туда сэра Эдварда Моргана с семьей, пассажиров, амуницию, а также королевские грамоты, инструкции и письма. 10 (20) мая полковник Модифорд писал по этому поводу Генри Беннету (получившему к этому времени титул лорда Арлингтона), отмечая, что уже на следующий день после своего прибытия на остров Морган с семьей пожаловал к нему на плантацию в гости. Модифорд сожалел по поводу того, что сэр Эдвард «во время утомительного плавания потерял свою старшую дочь, леди весьма красивую и достойную, и двое других из его семьи после этого тоже умерли от злокачественных болезней, вызванных грязью пассажиров».
О своем назначении и своих инструкциях новый губернатор уведомил испанские власти на Эспаньоле, отправив туда в начале мая кеч капитана Роберта Энсома «Своллоу» и фрегат «Уэстергейт». В письме губернатору Санто-Доминго указывалось, что король велел Модифорду позаботиться об острове Ямайке, а также «строго предписал ему»: «…удерживать всех его подданных от причаливания судов и вторжения на территории его Католического Величества, желая для своей королевской особы лишь одного — чтобы его подданные жили в дружбе и добрых отношениях со всеми своими соседями… Между тем позволено нам не только воздерживаться от всех актов вражды, но любезно предоставить друг другу свободу пользоваться в наших соответствующих гаванях дровами, водой и провизией за деньги. Через полковника Теодора Кэри и капитана Джона Пэррота лично ручаюсь за искренность того, что здесь написано».
Томас Линч в письме лорду Арлингтону, датированном 25 мая (4 июня), писал с Ямайки, что полковник Морган «прибыл 3 или 4 дня назад, а губернатора ожидают в течение 5–10 дней на “Мармадюке” с 600 или 800 людьми». Далее он сообщал: «“Своллоу” и “Уэстергейт” посланы на Сан-Домин-го, где полковник Кэри, К. Хэмлок и Дж. Пэррот должны получить положительный ответ на предложения сэра Томаса Модифорда о мире, но сомнительно, что Ямайка выиграет от этого, ибо это не во власти губернатора — развить или задушить торговлю, и нет нужды или выгоды приводить частных испанцев на Ямайку, ибо мы и они совершили слишком много обоюдных жестокостей, чтобы можно было быстро наладить отношения. Когда король был восстановлен на троне, испанцы думали, что поведение английской нации тоже изменится, и рискнули послать два или три судна на Ямайку за неграми, но неожиданные набеги и вторжения К. Мингса, за которые губернатор Сан-Доминго бранил специальных уполномоченных, заставили испанцев удвоить их злость, и ничего, кроме приказа из Испании, не может допустить нас к торговле, особенно в то время, когда они так обильно и дешево снабжаются неграми при помощи генуэзцев, которые имеют контракт на поставку им 24 500 негров в течение семи лет, коих испанцы должны… получать от голландцев на Кюрасао… Отзыв приватиров будет, между тем, не скорым и рискованным средством и может оказаться совершенно неэффективным без наличия пяти или шести военных кораблей. Если губернатор отдаст приказ и пообещает пресечь [приватирство], и оно не будет полностью пресечено, доверие к нему и англичанам окажется под вопросом, и проект будущей торговли из-за этого потерпит крах. Голые приказы по их сдерживанию или отзыву приучат их лишь к уходу из этого порта и заставят их… нападать на нас так же, как и на испанцев. Какую уступчивость можно ожидать от людей столь отчаянных и многочисленных, которые не имеют никакой иной стихии, кроме моря, и предпочитают не торговлю, а приватирство? Здесь может быть более 1500 их на примерно 12 судах, которые, если они будут испытывать нужду в английских каперских грамотах, смогут получить французские и португальские документы, и если с ними они захватят что-либо, то они, безусловно, получат хороший прием в Новых Нидерландах и на Тортуге. И из-за этого нас станут проклинать и ненавидеть, ибо испанцы называют всех разбойников в этих морях… англичанами».
Томас Модифорд прибыл в Порт-Ройял в начале лета. Во время заседания Совета Ямайки, собравшегося 4 (14) июня, сэр Томас принес присягу в качестве губернатора. Одновременно в совет были избраны генерал-лейтенант сэр Эдвард Морган, генерал-майор Джон Модифорд (сын губернатора), капитан Джон Мэн, майор Уильям Айви и секретарь Питер Пью. 6 (16) июня членами совета стали также подполковник Томас Линч, полковник Сэмюэл Бэрри и подполковник Генри Арчболд, а 9 (19) июня — подполковник Джон Коуп и майор Томас Фаллер. Затем были предприняты первые шаги по сворачиванию приватирства. 11 (21) июня Совет Ямайки принял постановление о том, чтобы «в соответствии с распоряжением короля со всеми подданными его Католического Величества обходились как с друзьями и союзниками, и их суда или товары не должны захватываться в силу какой-либо каперской грамоты, ранее выданной, или под любым иным предлогом».
С отменой приватирства участились акты откровенного пиратства. 28 июня (8 июля) Эдвард Морган жаловался лорду Арлингтону, что его первое письмо к нему с Ямайки «было перехвачено неким пиратом из этого города». Вице-губернатор опасался, что после отмены каперских поручений количество пиратов в окрестных водах могло увеличиться: «В море все еще имеется 14 или 15 парусников… Они насчитывают 2000 или 3000 человек, мы же не имеем ничего сильнее фортификации, способной вместить 100 человек».
Подробные сведения о состоянии дел на Ямайке содержало также письмо сэра Томаса Модифорда госсекретарю. Губернатор сообщал, что был встречен местной администрацией и жителями «с величайшей любезностью» и в течение месяца знакомился с островом, который нашел «весьма целебным и приятным». Помимо губернатора и вице-губернатора суда «Уэстергейт», «Блессинг», «Мармадюк» и «Своллоу» доставили на Ямайку 987 переселенцев. Местом своего поселения Модифорд избрал не Порт-Ройял, а Сантьяго-де-ла-Вегу. Данное решение объяснялось тем, что с «большой земли» до оконечности косы Палисадос, на которой располагался Порт-Ройял, можно было добраться, лишь преодолев шесть миль по воде; это было небезопасно, утомительно и дорого.
Далее упоминалось о прибытии на Ямайку капитана Сварта с «Гриффином» — «без людей и денег, а судно его уже не могло держаться на плаву». Предполагая дать о нем подробный отчет королю, Модифорд сообщал о своем намерении укомплектовать «Гриффин» новой командой и отправить его на Барбадос — за женой и новыми переселенцами. Эту информацию подтвердил и Томас Линч, который писал госсекретарю, что «сэр Томас Модифорд отправил своего сына, генерал-майора Джона Модифорда, на небольшом фрегате, называемом “Гриффин”, с 14 или 16 пушками, чтобы привезти с Барбадоса свою жену и любых плантаторов, которые пожелают сесть на корабль для поездки на Ямайку».
В компании с «Гриффином» ушли суда «Уэстергейт» и «Своллоу». Подчиняясь господствующим ветрам и течениям, они пошли сначала на запад, к кубинскому мысу Сан-Антонио, чтобы затем обогнуть Кубу с севера и взять курс на Малые Антильские острова. 28 августа, во время сильного шторма в Мексиканском заливе, кеч «Своллоу» капитана Энсома отделился от двух других кораблей и самостоятельно вернулся на Ямайку в конце декабря.
Согласно показаниям пленного испанского капитана Франсиско Мартина, взятым спустя четыре года, два английских судна потерпели крушение у берегов Флориды в августе 1664 года. Уцелели лишь пять человек. Они попали в плен к индейцам и жили среди них, пока губернатор Флориды не отправил солдат выкупить пленников. Последних доставили в Сан-Аугустин (современный Сент-Огастин, США) в ноябре 1664 года. Один из пленных англичан сообщил Мартину, что является старшим сыном губернатора Ямайки (у него были «прекрасное массивное тело, очень хорошее лицо и светлые, слегка вьющиеся волосы»). В январе следующего года губернатор Флориды велел капитану Мартину снарядить фрегат, чтобы отвезти пленных в Гавану, а оттуда на галеонах «серебряного флота» — в Испанию. Но, замечает Мартин, в Гаване в то время не было кораблей, готовых уйти в Европу. Дальнейшая судьба Джона Модифорда осталась невыясненной.