22 марта 1824 года Грейг ввел правила вычисления размеров рангоута, а 4 февраля 1826-го — правила определения толщины такелажа в зависимости от ранга и размера судна. Для облегчения он заменил латунные блоки бакаутовыми, ввел правила расчета якорных цепей и веса якорей, определил численность команды на военных и транспортных судах.
В годы руководства Грейга в практику вошли якорные цепи вместо канатов, водоотливные помпы, иллюминаторы, сигнальные фонари, дневной и ночной телеграфы (первый изобретен A. C. Грейгом). Были усовершенствованы нактоузы для лучшего освещения компасов, кирпичные камбузные печи заменены железными, слюдяные фонари стеклянными; в каютах вместо сальных свечей ввели фонари, усовершенствовали крюйт-камеры и лазареты, использовали измерители дифферента, опреснительные установки, переговорные трубы и многое другое.
Любопытно отметить, что часть этих нововведений предлагал задолго до того С. К. Грейг, но о них на флоте благополучно забыли, и потребовались усилия его сына, чтобы сменить, наконец, разваливающиеся каменные камбузы и установить опреснительные установки и водоотливные помпы.
Для сохранения кораблей Грейг в мирное время предписал снимать часть носовых и кормовых орудий. Чугунный балласт позволил уменьшить сырость в трюмах и кубриках, загнивание корпуса. Были введены правила противопожарной безопасности при стоянке в портах, отменено раскачивающее суда килевание, применены громоотводы. Чтобы исключить пересыхание корпуса при стоянке у стенки порта, для более равномерного прогрева он ввел швартовку в разных местах акватории на мертвых якорях. На стоянках применяли переносные краны и ручные машины, позволявшие приподнимать мачты и просушивать шпоры и степсы. Посещая корабли, адмирал контролировал их сохранение.
Серьезное внимание Грейг обращал на главное оружие кораблей — артиллерию. Зная, что пушки Луганского завода часто разрывает, он заказывал орудия на Олонецком заводе. Моряк приказал хранить порох в латунных бочонках вместо деревянных, установил новую пробу пороха, спроектировал станки для каронад, единорогов и орудий гребных судов. На одну треть для экономии и сохранения стволов были уменьшены учебные заряды, фитильные запальники заменены замками (вновь видна аналогия с С. К. Грейгом). Грейг ввел лучшую отделку ядер и бомб для точности и безопасности стрельбы, упростил крепление пушек на корабле по-походному, заменил тростниковые запальные трубки более безопасными перьевыми.
Для кораблей свыше 100-пушечного ранга с толстыми бортами потребовалась разработка орудий с удлиненными стволами. Такие орудия были разработаны под руководством Грейга, соответствующее представление послано в столицу в 1827 году, и получено разрешение изготавливать длинные пушки; в 1830 году было решено изготавливать пушки по чертежам Грейга для всего флота.
Интересовавшийся с детства химией, Грейг в 1821 году изобрел новый зажигательный состав для брандскугелей, который дольше горел.
В 1825 году из 15 черноморских кораблей в строю было 10, тогда как на Балтике — всего 5, что свидетельствует о качестве кораблестроения и отношении к их сохранению. Не мудрено, что, когда вступивший на престол Николай I организовал под председательством адмирала Моллера Комитет для образования флота, его членом наряду с вице-адмиралами С. Л. Пустошкиным, Д. Н. Сенявиным, контр-адмиралом П. М. Рожновым, капитан-командорами Ф. Ф. Беллинсгаузеном, И. Ф. Крузенштерном и М. И. Ратмановым стал вице-адмирал Грейг. Благодаря усилиям выдающихся моряков, составивших комитет, Российский флот вошел в русско-турецкую войну боеспособным.
Увеличение числа плаваний для перевозки войск и грузов в разные пункты побережья потребовало организации навигационного обеспечения безопасного судоходства. Не существовало достоверных карт и лоций Черного и Азовского морей. Грейг реорганизовал Черноморское депо карт и создал гидрографическую службу во главе с Е.П. и М. П. Манганари — выдающимися гидрографами. Уже к 1828 году были сделаны аккуратные описи Днестровского, Днепровского лиманов, реки Буга, Крымского берега от Очакова до Керчи, части Керченского пролива, затем наступила очередь Азовского моря, устья Дуная и Румелийского побережья. Благодаря усилиям черноморских гидрографов в 1841 году появилась знаменитая карта Манганари, служившая многим поколениям моряков, в 1851 году — первая лоция Черного моря. Съемки братьев Манганари, особенно иностранных берегов, сделанные в 1828–1835 годах, сохранили значение и через столетие. В лоции 1937 года было написано: «Для остальных берегов Черного моря единственными картами являются карты атласа Манганари, съемки 1825–1835 гг.». Потребовалось создать практически заново навигационную обстановку. К 1828 году было построено несколько маяков: Инкерманские в Севастополе, плавучий у Кинбурнской косы, в Одессе и Еникале, на Тендровской косе, на мысах Тарханкут и Айтодор, Таклинский. В Бугском и Днепровско-Бугском лиманах по берегам были установлены навигационные знаки.
Для оперативного управления флотом в 1819–1820 годах были выработаны дневные (флажками) и ночные (фонарем) сигналы. Дневные флажные сигналы, разработанные на Черном море, были введены для всего флота. Чтобы главный командир мог руководить действиями флота из Николаева, Грейг в 1828 году предложил построить оптический телеграф от этого пункта до Севастополя; еще в 1826 году была сооружена линия до Очакова; в 1830 году началось ее продление до Севастополя и Херсона, а затем и до Измаила. Телеграф, разработанный Грейгом и построенный на Черном море, в то время был самым протяженным в России. При осаде Варны в 1828 году был применен полевой оптический телеграф для связи между флотом и войсками графа Воронцова. Буквенный телеграф, введенный Грейгом, оказался при осаде Варны удобным для передачи длинных многословных приказов с флота на берег.
Понимая важность обороны главной базы флота, Грейг добился постройки в 1821–1827 годах батарей с ядрокалильными печами на входных мысах Севастопольской бухты. Он разработал план оборонительных сооружений для защиты города с суши, однако средства не были выделены, и Севастополь пришлось укреплять в 1854 году уже после вторжения неприятеля в Крым.
Судьба города в результате осады союзных войск вполне объясняет, почему Грейг являлся твердым противником перевода всего управления и кораблестроения из Николаева в Крым. Благодаря его стойкости удалось сохранить после Крымской войны основные верфи, мастерские и систему администрации, без которых не было бы возможности восстановить флот.
Совершая регулярные плавания с эскадрами, Грейг готовил моряков. Главный командир лично экзаменовал офицеров, заставляя весь флот учиться, подготовил инструкцию для образования юношества. По его инициативе в Николаеве было расширено Штурманское и создано Артиллерийское училища. Неудачей завершились обращения 1823-го и 1826 годов в Петербург об открытии своего Морского кадетского корпуса; Грейгу удалось лишь добиться в столичном Морском корпусе десяти мест для детей черноморцев. В Николаеве и Севастополе были открыты училища для девочек и мальчиков. По настоянию адмирала в черноморских училищах была введена ланкастерская система обучения. Грейг нередко сам посещал учебные заведения, участвовал в экзаменах будущих офицеров. Он ввел порядок, по которому по каждой дисциплине экзаменовал специалист; ранее экзамены по всем предметам доверяли одному преподавателю. Для офицеров адмирал организовал в Николаеве курсы повышения квалификации; на них читали лекции по корабельной архитектуре, физике, механике, пневматике, гидростатике и гидродинамике. Желающие могли заниматься в Николаевской астрономической обсерватории. Грейг приобщал офицеров к занятиям метеорологией и астрономией, снабжал их необходимыми инструментами и поручал вести метеорологические журналы. Наиболее способных офицеров отправляли за границу и на российские предприятия для совершенствования в корабельной архитектуре и других делах.
По предложению лейтенанта В. И. Мелихова в 1824 году при поддержке Грейга была открыта Севастопольская морская библиотека. Библиотека и Кабинет древностей существовали при Депо карт в Николаеве.
С 1817 года каждую кампанию флот начал выходить в море для учебы. Сам Грейг ежегодно участвовал в этих плаваниях и проводил в море пять-шесть недель, добиваясь превращения массы кораблей в боевую силу. Экипажи учились маневрировать в составе эскадры и стрелять. Именно в эти годы получили мореходную и военную практику те моряки, что прославились позднее в боях с турецким флотом.
Приказы Грейга были образцовыми. Он наблюдал за маневрами судов, нередко прибывал на оплошавший корабль и требовал повторить не получившиеся эволюции.
Адмирал заботился об улучшении обмундирования и питания матросов, облегчении их жизни. Он приказал перевести морской госпиталь из Богоявленска в Николаев, чтобы не везти больных за 12 верст. В Севастополе бесплатно снабжали медикаментами детей и жен матросов. Получив разрешение использовать арестантов на строительных работах, Грейг освободил моряков для боевой учебы. Не имея возможности ликвидировать телесные наказания, он ограничил их определенным минимумом, запрещал употреблять наказания «без послабления» и требовал от судов не отступать от требований законов. Один из современников писал о нем:
«Враг кастовых различий, разъединяющих общество, он серьезно заботился о сближении сословий моряков, как верном ручательстве за успех дела… Судьба матроса была одна из лучших забот, сердечным интересом Грейга. Постоянно заботясь о материальном благосостоянии матроса, он охранял и святость его человеческих прав от произвола господ, привыкших часто прибегать к телесным увещеваниям. Для искоренения этих диких порывов, глубоко возмущавших его душу, он строго запретил жестокое обращение с матросами и вместе с тем постановил за обыкновенные проступки давать не более 25 линьков или розог, за важные — предавать суду. Постановление это он считал равно обязательным и для себя, и для подчиненных, т. е. командиров. В этом отношении, как во многих других, адмирала Грейга можно ставить в пример и образец по самому прогрессивному времени».