Вице-адмирал А. И. Круз вступил в 1788 год как один из опытных, боевых, но младших по должности флагманов. 20 декабря 1787 года Адмиралтейств-коллегия, распределяя 40 кораблей и 14 фрегатов Балтийского флота на две дивизии и восемь эскадр, во 2-ю дивизию назначила адмиралов В. Я. Чичагова, С. К. Грейга, вице-адмиралов А. И. Круза и В. П. Фондезина, контр-адмиралов Р. К. Дугдаля, М. П. Фондезина и А. Г. Спиридова. Были определены корабли и капитаны, которым предстояло отправиться с эскадрой С. К. Грейга на Средиземное море. Пятидесятисемилетний А. И. Круз не вошел в состав экспедиции, которой должны были командовать более молодые флагманы, а оставался командиром эскадры в подчинении В. Я. Чичагова. Но история распорядилась иначе.
Когда опасность, угрожавшая столице, заставила Императрицу принимать оборонительные меры, 7 июля Екатерина II потребовала от И. Г. Чернышева держать в готовности 2 корабля («Пантелеймон» и «Победоносец»), достроить и вооружить еще два корабля, выслать в море для разведки легкие фрегаты и другие суда, в том числе гребные. Командование сводной эскадрой поручалось вице-адмиралу А. И. Крузу. Но в тот же день, получив реляцию С. К. Грейга о Гогландском сражении, Императрица потребовала как можно скорее отправить «Победослав» и «Пантелеймон» для усиления главных сил. 8 июля она указала все четыре корабля оставить в команде Круза до повеления Фактически в кампанию 1788 года эскадра А. И. Круза выполняла роль резерва наряду с главной задачей — обороной Кронштадта и Котлина от неприятеля.
Формирование эскадры проходило с трудностями. Все лучшее пошло на корабли Грейга, и в Кронштадте приходилось с трудом изыскивать и необходимые материалы, и людей. 21 июля по рапорту главного командира Кронштадтского порта вице-адмирала П. И. Пущина о нехватке моряков для вновь снаряжаемых кораблей Адмиралтейств-коллегии пришлось принять решение направить на них экипажи ремонтируемых кораблей эскадры Грейга, а также моряков торговых судов, рекрутов, выздоравливающих. 25 июля И. Г. Чернышев сообщил о мерах, принимаемых для обороны Котлина. На следующий день коллегия предоставила секретную инструкцию А. И. Крузу по обороне Кронштадта. 27 июля вице-президент объявил коллегии, что в эскадру вошли пришедшие от Грейга 66-пушечные корабли «Болеслав» и «Мечеслав», к которым через несколько дней могут присоединиться 74-пушечные «Иезекииль», «Победослав», прам «Гремящий», бомбардирские корабли «Перун» и «Гром», гребные фрегаты «Святой Марк», «Проворный», брандвахтенный фрегат «Богемия», катер «Волхов» и еще несколько судов. Он сообщил также, что часть судов уже выслана в море, где будет крейсировать до прибытия вице-адмирала Круза, а у Березовых островов капитану П. Б. Слизову, командовавшему отрядом гребных судов в Выборге, приказано поставить два из них для наблюдения за противником и предупреждения Круза о его приближении.
30 июля «Болеслав» и «Мечеслав» вышли из гавани на рейд Кронштадта, 2 августа за ними вытянулся «Иезекииль». Корабли должны были идти в крейсерство. Однако к тому времени прямая угроза Кронштадту исчезла, и вице-адмирал Круз получил приказ направить два корабля в распоряжение адмирала Грейга. 4 августа он поднял флаг на «Болеславе», а 5 августа вышел в море с «Мечеславом» и у Красной Горки соединился с отрядом, который крейсировал там с 8 июля и состоял из фрегатов «Проворный», «Богемия», 2 бомбардирских кораблей и катера «Волхов». Круз перешел на флагманский фрегат «Проворный», выяснил состояние эскадры и вернулся на «Болеслав»; 7 августа присоединился «Иезекииль», а на следующий день вице-адмирал, пересев на «Мечеслав», направил «Болеслав», «Иезекииль» и «Святой Марк» на запад, к Грейгу. 11 августа к эскадре присоединился «Победослав», 22 августа — «Европа». Но все новые требования поступали об отправке подкреплений к действующим силам, которые организовывали блокаду шхерных путей. 9 августа И. Г. Чернышев указал выслать к Грейгу два гребных фрегата и катер для прекращения шведского подвоза в Свеаборг шхерами. 27 августа высочайший указ предписал вице-президенту коллегии отправить из Кронштадта один корабль Грейгу. Видимо, в Кронштадте готовых кораблей не оказалось, и его взяли из эскадры Круза. 4 сентября «Мечеслав» двинулся на запад. 31 августа два указа потребовали взять из эскадры бомбардирский корабль, прам и три-четыре канонерские лодки в распоряжение В. П. Мусина-Пушкина, главнокомандующего войсками в Финляндии; 4 сентября И. Г. Чернышев доносил Императрице, что ее повеление исполнено. 12 сентября бомбардирский корабль «Гром» пошел для прикрытия гребных судов, переходивших к Выборгу. Таким образом, эскадра почти растаяла. Тем не менее вице-президент Адмиралтейств-коллегии заверял П. Б. Слизова, которого направлял командовать отрядом гребных судов в Фридрихсгам, что он получит всевозможную помощь от Круза.
Фактически в эскадре вице-адмирала после отправки гребной эскадры с прамом и бомбардирским кораблем в Выборг осталось только 2 линейных, бомбардирский корабли, брандвахтенный фрегат и несколько малых судов. Указ 13 сентября отправлял к Грейгу ненадежный, как считали, корабль «Принц Густав». Поэтому 15 сентября И. Г. Чернышев предложил послать бомбардирский корабль с 4 подготовленными галерами и 4 канонерскими лодками в Выборг, а остатки эскадры ввести в гавань, ибо на двух линейных кораблях оказалось много моряков, вышедших из госпиталей, а здоровые требовались для работ при порте. Императрица согласилась и в тот же день подписала указ о разоружении эскадры Круза, кроме бомбардирского корабля и шебеки, предназначенных для Выборга; но через два дня было решено разоружить и их. 21 сентября эскадра прибыла на Кронштадтский рейд. Ее участие в кампании завершилось. 22 сентября Императрица разрешила не посылать и «Принц Густав», а прам и бомбардирский корабль вернуть из Выборга.
Казалось, шведский флот окончательно заперт в Свеаборге, и С. К. Грейг не собирался его выпускать. Он разрабатывал план решительных действий, но 15 октября скончался от болезни в Ревеле. Его преемники не были так настойчивы и увели эскадру с Балтики ранее, чем море замерзло, что позволило шведскому флоту пройти в Швецию. Следовательно, кампания 1788 года, успешно начатая победой при Гогданде, не была поддержана ни активными действиями на суше, ни окончательной блокадой либо разгромом вражеского флота. Густав III, воспользовавшись вторжением датчан для подъема патриотизма в стране, смог подавить оппозиционные антивоенные силы. Сохранив флот и большую часть армии, освободившись от ненадежных офицеров, он не собирался отказываться от честолюбивых замыслов. Кампанию 1789 года Густав III также начал с наступления. Но попытки продвинуться на суше не увенчались успехом, гребная флотилия задержалась на рейде Роченсальма, а шведский флот вновь после Эландского сражения был заблокирован, теперь в Карлскроне. Однако шведы еще располагали гребной флотилией и шхерными фарватерами, по которым могли снабжать войска в Финляндии. Прекращение этих перевозок в шхерах стало одной из задач, которые предстояло решать А. И. Крузу.
Вице-адмирал мог чувствовать себя обойденным. Екатерина II считала его неудачником и человеком неуживчивым. Действительно, Круз был вспыльчив, вел себя независимо с равными, остро реагировал на попытки задеть его достоинство. Только графу И. Г. Чернышеву по старой дружбе удавалось сохранять с ним добрые отношения и улаживать конфликты между адмиралами. Круз стремился участвовать в боевых действиях, многие моряки считали его наиболее достойным принять командование флотом. Но, несмотря на ходатайства Чернышева и статс-секретаре Императрицы A. B. Храповицкого, Екатерина II и для командования Черноморским флотом, и для командования эскадрами главных сил предпочла других флагманов, более молодых. Крузу она писала 11 мая:
«Господин Вице-Адмирал Крюйз. Усердию вашему к службе я отдаю справедливость и в следствие того при удобном случае не премину употребить вас».
Пока же в 1789 году Крузу вновь предстояло командовать резервной эскадрой. Подготовка кораблей эскадры началась еще осенью 1788 года, но шла медленно, и снабжались они по остаточному принципу, так что снаряжение их пошло быстрее только после выхода из Кронштадта корабельной эскадры и галерной флотилии.
По запросу В. Я. Чичагова 16 июня два корабля и два фрегата из состава резервной эскадры были направлены для смены кораблей главных сил у Поркалаута, и 23 июня заняли этот пост, взяв на себя наблюдение за важным пунктом шхерного фарватера. Но лишь 17 июля Екатерина II подписала указ, который определял задачи резервной эскадры:
«Для охранения берегов Наших, обеспечения подвозов и вообще мореплавания Наших подданных и пособия в действиях гребного флота Нашего, признали Мы за нужное иметь особую резервную эскадру, назначая к составлению ее, сверх двух 66-пушечных кораблей и двух фрегатов, отправленных уже к Ревелю, и сверх тех судов, которые главнокомандующий флотом Нашим в Балтийском море адмирал Чичагов заблагоразсудит оставить при дальнем его отплытии, еще один 100-пушечный корабль, 4 большого рода шебеки, 10 легких судов, построенных на санкт-петербургской городской верфи и в Олонецкой губернии, и 2 катера, купленные по Нашему соизволению генерал-фельдмаршалом князем Потемкиным-Таврическим, повелевая помянутые суда вооружать по мере возможности и как число людей то дозволит и отправлять к той эскадре; на оную назначаются 2 батальона эстляндского егерского корпуса вскоре сюда ожидаемые, також из мушкетер и адмиралтейских потребное число, по сношению Адмиралтейской коллегии вице-президента графа Чернышева с генералом Салтыковым. Начальство над назначенною эскадрою поручаем вице-адмиралу Крузу, которому и дано будет от нас наставление».
Накануне, 16 июля, появился правленный рукой графа A. A. Безбородко проект высочайшего рескрипта Крузу, более детально определяющий задачи резервной эскадры. Кроме охранения берегов и судоходства, эскадра из трех кораблей, двух фрегатов и двух больших шебек должна была служить резервом главных сил. Так как два корабля и два фрегата уже были направлены Чичагову для крейсирования в Финском заливе, вице-адмиралу следовало выйти в море и принять командование. Если бы шведский флот, несмотря на появление Чичагова перед Карлскроной, решился послать корабли и фрегаты в Финский залив, A. И. Крузу предстояло нанести ему поражение, а при успешных действиях русской армии и флота совершать диверсии против противника. Было предписано также учредить пост при Поркалауте и овладеть позицией у Гангута, укрепленной шведами за зиму. По согласованию с B. П. Мусиным-Пушкиным и новым командующим гребной флотилии принцем К.-Г. Нассау-Зигеном следовало поддерживать их с моря, а при наступлении — действовать к Або (Турку), Аландским островам, Ботническому заливу и даже шведским берегам. Вице-адмирал подчинялся адмиралу Чичагову и должен был посылать ему донесения. Но многообразие порученных задач ставило Круза в зависимость и от Нассау-Зигена, что создавало двойственное подчинение. Фактически верховное руководство оставляла за собой Императрица, но ее управление на расстоянии не могло быть эффективным из-за запаздывания приказов,