Ушаков поднял сигнал всей эскадре, которая спешно снималась с якорей; суда направлялись к местам, которые должны были занять по диспозиции. Около 8.15 флагман приказал кораблю «Богоявление» и фрегату «Григорий Великия Армении» идти атаковать третью батарею, позднее Ушаков направил корабль «Симеон и Анна» на батарею № 2, а «Магдалину» — на батарею № 1. Чтобы не задерживать движения, он приказал обрубить якорный канат, и «Святой Павел» двинулся к острову.
В исходе девятого часа флагманский корабль открыл огонь по батарее № 1, проходя мимо нее вблизи стоявших у берега фрегатов. Неприятельские батареи отвечали. В начале десятого часа, когда корабль проходил между турецким фрегатом и «Казанской», ядро потопило лодку с десантным орудием, тянувшуюся на бакштове за кормой «Святого Павла» Около 9.15 флагманский корабль прошел 2-ю батарею, положил с кормы верп и убрал паруса. Он стоял в кабельтове от берега, между 1-й и 2-й батареями, и обстреливал их и шанцы ядрами и картечью.
По диспозиции вдоль западной, восточной и северной сторон острова Видо стали фрегаты «Керим», «Казанская», «Николай», «Григорий Великия Армении», «Мехмет-бей», в их интервалах расположились шхуна № 1, турецкая бомбарда, «Панагия Апотуменгана», корабли «Святой Павел», «Симеон», «Магдалина», турецкий пашинский, «Захарий», Реал-бея, «Богоявление Господне», «Михаил».
Здесь и должно было сказаться усиленное вооружение кораблей крупнокалиберной артиллерией. Если в походе перегруженные корабли оказывались тяжелы в управлении, то огневая мощь их была так велика, что позволила решить проблему подготовки высадки.
К 10.00 неприятельские батареи ослабили огонь, со 2-й и 3-й людей сняли, и Ушаков приказал везти один десант мимо этих батарей, а второй между 3-й и 4-й, где было удобно.
Первыми у 3-й батареи пристали два турецких баркаса, за ними — русские. Десантники очистили от неприятеля окопы у берега. В начале одиннадцатого часа Ушаков приказал турецкой эскадре прекратить огонь. К 10.15 на батарее № 3 появился турецкий, на батарее № 2 — русский флаг. Около 10.30 на «Святом Павле» появился сигнал прекратить бой всей эскадре. Вскоре канонада стихла; лишь корабль «Богоявление Господне» стрелял по стоявшим у крепости кораблю «Леандр» и фрегату «Брюн».
В 10.30 Ушаков поднял сигнал всей эскадре умножить десант, а затем — все суда с десантом вести к 1-й батарее. Около 10.45 над стоящим у 2-й батареи французским бомбардирским судном и галерой турки подняли свои флаги.
В конце одиннадцатого и начале двенадцатого часа последовали сигналы насколько можно усилить десант, а с берега были вызваны гребные суда. Около 11.45 был поднят сигнал всей эскадре послать пушки к десанту между 4-й и 5-й батареями, а вскоре на 1-й батарее поднят кейзер-флаг как сигнал о взятии Видо. Кадыр-бей, приехавший на «Святой Павел», поздравил Ушакова с победой. В полдень с острова привезли пленных: генерала Пиврона, шесть офицеров и семь рядовых.
В начале тринадцатого часа Ушаков поднял сигнал кораблям «Захарий», «Магдалина», фрегатам «Григорий Великия Армении», «Казанская» отойти подальше. Флагманский корабль также хотели оттянуть, но его дрейфовало к берегу, и пришлось, обрубив канат, вступить под паруса. В 12.30 и 12.45 флагман приказал кораблю «Богоявление» прекратить огонь; видно было, как ядра с крепости или «Леандра» перелетали через него. Только в 13.00, после третьего сигнала, корабль «Богоявление» перестал палить. Лишь фрегат «Навархия» стрелял по неприятелю. В начале четырнадцатого часа на французском фрегате была сбита грот-брам-стеньга и фор-марс-рей, вскоре фрегат «Навархия» прекратил огонь и пошел к юго-востоку.
Около 13.15 последовал сигнал кораблю «Захарий» и фрегату «Николай» отойти далее. В исходе четырнадцатого часа «Святой Павел» прошел мимо берега и карантинного острова, в 14.15 он встал на якорь вблизи турецкого адмиральского корабля; в 15.00 присоединился контр-адмиральский корабль. Неаполитанский министр с английским капитаном вернулись на британский бриг.
Незадолго до того с маяка сообщили, что на севере видны пять военных судов. В 15.15 последовали сигналы эскадре сняться с якоря и стараться выиграть ветер лавированием, в 15.30 — о появлении 5 неприятельских судов на севере. В 17.30 Ушаков послал опросить показавшиеся в Северном проливе два судна, оказавшиеся австрийскими купеческими.
В начале семнадцатого часа со всей эскадры затребовали гребные суда, ибо с прежде сделанных батарей приняли сигнал о необходимости подкреплений. Вскоре выяснилось, что сигнал ошибочный, и сигнал о присылке судов отменили. Но в 17.45 с батарей вновь пришел сигнал о подкреплении, ибо противник усилился, и вновь были вызваны гребные суда.
Вскоре после 17.30, на заходе солнца, спустили гюйс. Но деятельность на кораблях продолжалась. В исходе девятнадцатого часа к командующему с донесением прибыл с батареи поручик Зинкович, а капитан-лейтенант Клопакис с «Захария» доставил шкиперов австрийских судов. В 19.00 на «Святой Павел» вернулся майор Боасель с частью десанта; треть десантников осталась на острове Видо. Основные усилия были перенесены на главный остров. С 18.45 до 19.30 с новой батареи обстреливали крепость.
На 19 февраля был намечен штурм. В 00.15 был дан сигнал крейсерским судам держаться на своих местах, в 00.45 — всей эскадре везти десант, в 1.30 — послать отряд людей в десант. В 4.15 Ушаков поднял сигнал всей эскадре сниматься и идти в повеленный путь. В 5.30 «Святой Павел» снялся с якоря; до 7.00 снялись корабли «Михаил», «Захарий», «Богоявление», фрегаты «Григорий Великия Армении», турецкий контр-адмиральский корабль и 2 фрегата, 4 кирлангича, 1 купеческое судно. По сигналу командующего в 6.30 эскадра пошла в устье Северного пролива. Но не успели корабли занять места, как на борт корабля «Святой Павел» прибыл адъютант генерала Шабо. Он доставил письмо коменданта Корфу о сдаче.
20 февраля на борту «Святого Павла» был подписан акт о капитуляции французских войск на острове. Французы передавали крепость с вооружением и снаряжением союзному командованию. Гарнизон должен был с воинскими почестями выйти на эспланаду и сложить оружие, а затем ожидать отправки в Тулон на судах за счет соединенной эскадры, пленные обязались не воевать в течение восемнадцати месяцев против российского Императора и султана. Они могли взять личное имущество, тогда как все казенное передавалось русским и турецким комиссарам. Союзники обязались не преследовать тех жителей острова, которые служили французам. В общем, побежденные могли быть довольны мягкими условиями, тем более что часть французов пала жертвой турок, да и всех прочих могли перерезать, если бы не защита русских моряков.
В подробном рапорте Павлу I Ушаков указал потери сторон и результаты. На острове Видо из 800 французов не более полутора сотен на лодках ушли через пролив; пленены были, кроме генерала Пиврона, 20 офицеров и 422 нижних чина, а остальные погибли. Со стороны союзников потери оказались невелики: 9 убитых, 28 раненых на русских и 8 убитых, 7 раненых на турецком фрегате «Капитан Керим». При штурме сухопутных укреплений Корфу русских погибло 19, ранено 55, турок убито 38, ранено 50, албанцев убито 23, ранено 42, да на батареях погибло трое и ранено 17. Большинство французского трехтысячного гарнизона сдалось в плен. В качестве трофеев союзникам достались суда (включая фрегат и корабль) и многочисленное имущество в крепости.
Владение крепостью вызывало новые проблемы. Недоставало солдат, и Ушаков сообщал Императору о необходимости усилить гарнизон Корфу. Вице-адмирал отправил в столицу список отличившихся. Пользуясь удобным случаем, он в письме Г. Г. Кушелеву просил о возвращении чинов разжалованным офицерам и награждении достойных.
Резолюции Павла I на донесении Ушакова одобрили обращения флагмана.
25 марта последовал указ о производстве Ф. Ф. Ушакова в адмиралы «за покорение всех похищенных французами прежде бывших Венецианских островов и взятие последнего из них острова Корфу с крепостями, укреплениями и военными кораблями». Однако орденов пожаловано не было. В частности, Ушаков по праву заслужил за невиданную победу (овладение крепости силами одного флота с мизерными потерями) и руководство действиями флота под обстрелом ордена Святого Георгия I степени. Но он так и не получил этой награды.
Награды поступили от других стран. В марте 1799 года верховный визирь обратился к Ушакову с благодарностью султана и дивана за освобождение Ионических островов. Пришли поздравления Г. Нельсона и A. B. Суворова. Неаполитанский король Фердинанд IV прислал флотоводцу ленту ордена Святого Януария, султан Селим — высшую награду «челенг» (алмазное перо из своей чалмы), соболиную шубу и 1000 червонцев.
Наиболее четко заслуги флотоводца оценил Томара:
«Завоевание островов Эгейских, довершенное вами без Армии, без Артиллерии и, что больше, без хлеба, представляет не токмо знаменитый воинский подвиг, но и первое в столь долговременную войну отторжение целого члена Республики, именовавшейся единою и нераздельною».
На взятии острова заботы адмирала не окончились. 30 марта он писал, что на Корфу будет та же система, что и на остальных островах. Ушаков знал, что были желающие подчинить себе Ионические острова, и хотел обеспечить как дальнейшее существование их населения, так и права России на Средиземном море. На свой страх и риск адмирал решил образовать из Корфу, Занте, Кефалонии, Итаки, Санта-Мавры, Паксоса и Цериго независимую Республику Семи Соединенных островов под покровительством России и Турции. Он же по просьбе островитян подготовил перед штурмом Корфу и первую конституцию нового государства. В соответствии с конституцией город Корфу был признан «главным присутственным местом», в нем учреждали сенат, который следовало избирать всем жителям Республики. На каждом из островов предстояло создать Малый совет. Избирать можно было лиц, достигших двадцати четырех лет и обладавших доходом от тридцать до ста червонцев в год. Ушаков сам написал и текст присяги для избранных.